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文章解读                                              / Case 更多
发布日期: 2018 - 12 - 13
发表期刊:Postharvest Biology and Technology影响因子:IF=3.112(SCI二区)研究背景草莓(Fragaria×ananassa Duch.)由于其独特的风味和多汁的质地,是一种在世界范围内广受欢迎的园艺作物。它是维生素C和抗氧化剂的良好来源,但由于软化快、机械损坏、真菌腐烂和采后代谢迅速,很容易腐烂。在6℃贮藏1d后,草莓果实中的蔗糖水平由于快速的采后代谢而达到无法检测的水平。虽然草莓品种的贮藏期不同,但平均贮藏期通常只有3-5d。先前研究报道了CO2诱导的生理和机械变化,收获后,草莓果实中含有较高水平的二氧化碳(CO2)以提高可储存性。暴露于20%CO2中12或48h的草莓果实比在环境空气中贮藏3d的水果更结实。高浓度的二氧化碳会影响细胞壁钙的结合,提高果实的硬度。为了深入了解高浓度CO2在分子和生化水平上的影响,多学科方法是必要的。整合基因组学、蛋白质组学和代谢组学将有助于更好地理解植物对外界刺激的全面定性和定量反应。尽管对草莓果实采后对高CO2的响应进行了研究,但对细胞反应的全面了解仍不甚清楚。本研究联合转录组学和代谢组学方法来研究分子和细胞反应,将收获的草莓果实短期暴露于30%CO2,以全面了解改善的果实耐贮性。材料与方法01植物材料与CO2处理草莓于80%红色收获,收获后,果实立即运往实验室。选择大小和颜色一致的果实作为试验材料。分组:0D:环境空气0h(收获后立即)1D:3h环境空气处理后1d1DT:3h 30%CO2处理后1d 02硬度测定随机抽取3个重复容器中的10个草莓果实进行硬度测定(n=30),经硬度测定后丢弃。采用CT-3纹理分析仪进行硬度测量。用直径为100mm、速度为2mm、应变为5mm、直径为100 mm的平板探针,在果实赤道面测量果实硬度(N)。草莓果实表面微生物测定随机抽取3个重复容器中的1个草莓果实进行微生物分析(n=3)。用3M膜好氧计数板或3M膜酵母和霉菌计数板(3M)培养果实表面微生物,评价CO2的杀菌效果。不溶性果胶测定采用细胞壁提取液进行不溶性果胶(insoluble pectin)测定。随机抽取3个重复容器中的1个果实进行检测(n=3)。用Multiple Plate Reader(Perkin Elmer,Waltham,MA,USA)在...
发布日期: 2018 - 12 - 13
集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》英文标题:Comparative transcriptome analysis of roots, stems and leaves Isodon amethystoides reveals candidate genes involved in Wangzaozins biosynthesis杂志:BMC PLANT BIOLOGY影响因子:IF=3.930摘要    王枣子是一种重要的中药植物,具有治疗多种疾病的药理作用,包括肺结核。四环二萜类化合物王枣子素(王枣子甲素Wang zaozin A,王枣子乙素GlucocalyxB)是王枣子的主要生物活性化合物。然而,关于这些化合物生物合成的分子信息仍然不清楚。通过对王枣子中王枣子素积累水平的研究,发现该植物的根、茎和叶组织有很大的变化,表明不同组织间代谢产物生物合成和积累的可能存在差异。为了更好地阐明四环二萜生物合成途径,我们对根、茎和叶组织进行转录组测序,并进行了de novo序列组装和分析。分析了与二萜类生物合成有关的候选基因,如CPS、KSL等。用qRT-PCR方法对8种涉及四环二萜类生物合成的转录本在王枣子不同组织中的表达谱进行了验证,解构该通路的基因表达谱。ISPD、ISPF和ISPH(MEP途径)以及IaCPS和IaKSL(二萜类途径)候选基因在叶片和根中的差异表达,可能是造成王枣子叶片中王枣子素积累较高的原因之一。本文报道的基因组数据和分析为进一步研究这一重要药用植物奠定了基础。材料与方法植物材料:一年生健康王枣子个体的根、茎、叶(3个重复)王枣子素的提取与鉴定(靶标代谢):种类:王枣子甲素、王枣子乙素和王枣子丙素           仪器: Agilent Technologies 1260 Infinity Series HPLC           转录组平台:Illumina HiSeq4000结果四环二萜累积量     为了研究四环二萜类化合物的分布规律,测定了王枣子植物三种组织(根、叶、茎)中三...
发布日期: 2018 - 12 - 10
英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要   逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果,RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止,经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中,有13个候选参考基因(包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因,以及目前使用的β-actin基因)在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA)、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中,用GeNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2,分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后,被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外,为了验证我们的结果,我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性,并将有助于不同组织和激素处理下的檀香功能基因组学研究。材料和方法植物材料:收集三株5-7年的檀香根、茎、叶。                 用新芽诱导生成愈伤组织,并用SA、MeJA和GA处理。利用RNA-seq数据筛选候选参考基因及引物设计qPCR和扩增效率基因稳定性分析:五个不同的程序:geNorm(版本3....
发布日期: 2018 - 12 - 03
发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反,这类信息可以由功能宏组学收集,如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP),它们对微扰具有较高的敏感性,因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面,特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系,为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标,在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢,氨基酸生物合成,孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少,尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息,并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析,到目前为止,还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征,这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注:从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名,女性8名)。从每个人身上采集粪便样本,同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库,以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较,并进行分类和功能注释。02检测平台宏基因组测序测序平台:Illumina HiScanSQ双端测序生物学信息学分析:USEARCH对reads合并和过滤;Megan v.5.11.3用于分类注释。通过针对来自UniProt/Swiss-Prot数据库(2015_12发布)的细菌序列的DIA-MOND blastx搜索(最高命中和e值阈值10-5)进行功能注释,随后检索与每个UniProt/Swiss-Prot登...
发布日期: 2018 - 11 - 26
摘要全转录组范围内鉴定能与蛋白结合的RNA(RBPs),是了解转录后基因调控网络的必要条件。然而RBPs蛋白组的研究主要局限于多聚腺苷酸的RNA与蛋白的结合,对于没有ploy-A尾的RNA(主要的是非编码RNA和RNA前体)几乎都没发现。本文介绍了一种点击化学(主旨是通过小单元的拼接,来快速可靠地完成形形色色分子的化学合成。它尤其强调开辟以碳-杂原子键(C-X-C)合成为基础的组合化学新方法,并借助这些反应(点击反应)来简单高效地获得分子多样性。)辅助的RNA互作捕获策略(CARIC),能够对RBPs进行无差别鉴定,不受RNA是否具有ploy-A尾的约束。CARIC主要是利用炔基尿苷类似物对RNA进行标记,并在活体内进行RNA-protein光照交联,然后与叠氮化物生物素进行点击化学反应,亲和富集后进行蛋白组分析。利用CARIC在人的宫颈癌细胞中鉴定到597个RBPs,包括130个之前未知的RBPs。这些新发现的RBPs可能是和非编码RNA结合的,因此发现了一些之前未知的非编码RNA参与的过程(例如蛋白酶体功能和中间代谢)。材料方法实验材料:人的宫颈癌细胞,胚肾细胞;质粒构建和细胞转染:克隆宫颈癌细胞cDNA(hnRNPC,MBNL1,VDAC1,NME2),克隆质粒:VigoFect;几种已知RPBs用来验证CARIC技术成功率CARIC分离出的RNA测序:Illumina HisEq 4000 PE150;蛋白质谱检测:LC-MS/MS,Easy nLC 1000 system +Velos Pro Orbitrap Elite mass spectrometer;质谱数据分析:MaxQuant version 1.5.5.1(原始数据分析),依靠人的蛋白数据(UniProt)Andromeda search engine进行蛋白查询;CARIC RBPs验证:CLIP(交联免疫沉淀);鉴定蛋白功能分析:等电点(ExPASy),密度分布曲线(MATLAB),蛋白结构域(Pfam),新陈代谢相关蛋白(Reactome)。 实验流程1、细胞内与蛋白结合的编码和非编码RNA(RPBs)首先用4SU(4-硫尿核苷)及EU(乙炔基尿苷)进行标记;2、365 nm UV光照射,使得4SU与RNA发生交联;3、细胞溶解后用铜催化的叠氮-炔烃环加成反应,再与标记到RN...
发布日期: 2018 - 11 - 09
前沿慢性阻塞性肺病(COPD)是一种炎性疾病,其特征在于进行性空气流量限制,并且被认为部分地由于响应于慢性空气污染物暴露(主要来自吸烟)而引起的夸大的肺部炎症。目前可用的治疗方法在很大程度上是无效的。因此,有效治疗COPD迫切需要新型的治疗药物。前期系统药理学鉴定了补肺益肾方(BYF)的195种潜在靶点,并被证实对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠有短期治疗作用。然而,对慢性阻塞性肺疾病(COPD)的长期疗效及机制尚不清楚。因此,本研究以慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠为研究对象,于第9~20周给药。然后通过转录组学-蛋白质组学-代谢组学分析第32周BYF对慢性阻塞性肺病大鼠的长期影响。材料与方法样本收集第0-8周构建COPD大鼠模型,将32只大鼠置于一个暴露于烟草和反复肺炎克雷伯菌感染的封闭的盒子里,第9-20周大鼠每日灌胃给予生理盐水(2mL)、BYF(4.44g/kg,0.5g/ml)和氨茶碱(2.3mg/kg)。检测方法转录组:Microarray(4×44K)大鼠全基因组表达谱芯片;蛋白组:8-plex iTRAQ,NanoLC-QTOF-MS;代谢组:Agilent-1200 LC-Agilent-6520 Q-TOF;数据分析Agilent GeneSpring GX software version 11.0Mascot:蛋白质鉴定Mass Hunter:代谢物鉴定SIMCA-P:PLS-DA基因、蛋白质和代谢物集富集、网络和通路分析Bingo(CytosCapev3.1.1插件)用于分析转录本和蛋白质的分子功能;DAVID和KEGG数据库对转录本和蛋白质进行途径富集分析。Metscape用于分析基因、蛋白质和代谢组学数据的整合途径;ClueGO(Cytoscape插件被用来探索基因和蛋白的分子功能。MetaboAnalyst 3.0被用来确定代谢物最相关的途径。结果与讨论01BYF对慢性阻塞性肺疾病大鼠的呼吸检测本研究以慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠为研究对象,研究了BYF对COPD大鼠的长期影响。建立吸烟和细菌感染所致慢性阻塞性肺病(COPD)大鼠模型,并于第9~20周给予BYF治疗。于第0~32周进行肺功能评估,并于第32周进行病理组织学分析。如图1所示,与对照组相比,模型大鼠的潮气量(TV)、最大呼气流量(PEF)和50%潮气量呼气...
常见问题 更多
  • 2017 - 06 - 09
    蛋白质组学是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态,了解蛋白质之间的相互作用与联系,揭示蛋白功能与细胞生命活动规律的一个新的研究领域。Q:什么样的样本可以做蛋白定性分析?A:蛋白质溶液、SDS-PAGE条带(考染、银染条带清晰可见)、Western blot目标条带、双向凝胶电泳点等样本,符合送样要求均可进行蛋白质定性,就样本不同定性出来的蛋白质数量会有差别。Q:蛋白全谱分析能鉴定多少蛋白?A:蛋白全谱分析鉴定的蛋白数与物种、样本中蛋白质含量及复杂程度、蛋白组分分离程度、数据库的完整度都有很大的关系。一般情况下,一次全谱分析可以鉴定3000-5000种蛋白;但一般胶条可以鉴定几种到几百种蛋白质。Q:双向凝胶电泳与质谱联用鉴定蛋白的过程是什么?A:通过对蛋白质双向电泳的图谱扫描,进行谱图差异分析,找出差异点切出,进行脱色、酶解、质谱检测,得到质谱原始数据文件,通过...
  • 2017 - 05 - 11
    1、长非编码RNA 建库时为什么只去除 rRNA:•  与 mRNA 相似,有一部分长非编码 RNA 具有 polyA 尾,用去除 rRNA 的方法能够最大限度地保留含有polyA 尾的长非编码RNA。而对于去除 mRNA,目前用到的方法主要为Oligo dT 磁珠调离的方法,此方法会去除包含有polyA 尾的长非编码RNA。
  • 2017 - 04 - 22
    1、生物学重复间相关系数低问题:•  实验技术重复高,生物学重复和处理有关,样品本身导致重复间差异因素就很不好控制,是由于样品问题导致的生物学重复相关系数较低。•  可用无生物学重复,按照之前的比较再做差异及富集分析,让老师关注感兴趣较为符合预期的基因功能(代谢过程),可以通过实验的手段q-PCR等,弥补生物学重复的不足,只要找到解释生物学现象的插入点,写文章就没有问题。 2、转录组测序后续验证实验:•  最常见的是实时荧光定量PCR,也可以通过Northern blot 技术验证。这两种技术都可以从表达趋势上验证测序结果的准确性。•  另外对转录组测序挖掘出的目标性状功能基因的功能验证则可通过转基因验证。 3、转录组测序深度的问题:•  转录组测序中没有提到测序深度,因...
  • 2017 - 04 - 10
    代谢组学作为一门继基因组学、转录组学及蛋白质组学之后新发展起来的技术,通过考察生物体系受刺激或扰动后(如将某个特定的基因变异或环境变化后)其代谢产物的变化或其随时间的变化,来研究生物体系的代谢途径。近年来受到越来越多的关注,现在就初级入门者比较关心的问题做一个总结。Q:代谢组学与其他组学相比,有什么优势?A:①基因和蛋白质表达的微小变化会在代谢物水平得到放大;②代谢组学的研究不需进行全基因组测序及建立大量表达序列标签的数据库;③代谢物种类远少于基因和蛋白的数目,每个生物体中代谢产物大约在103数量级,而最小的细菌,其基因组中也有几千个基因;④生物体液的代谢物分析可反映机体系统的生理和病理状态。Q:非靶标和靶标定量如何选择?A:如果没有特别关注的代谢物质建议选择非靶标,可以检测出某一特定条件下所有的代谢产物,并进行定性和相对定量分析,以寻找目标差异代谢物;如果有关注的目标代谢物建议选择靶标定...
  • 2016 - 04 - 30
    1、 GBS的适用范围:•  GBS适用于那些拥有家系群体或自然群体的物种,有无参考基因组均可;尤其适合重复序列较多的物种,如玉米、高粱等。
  • 2014 - 11 - 11
    计算平台:2015年3月,南京集思慧远购买的Dell的机架式服务器开始正式运行。目前公司的服务器可以为海量生物信息数据进行存储、处理和后续服务。该服务器具有较高的分析性能,可以轻松完成基因组组装、转录组拼接、重测序分析、基因注释等常用的生物信息分析。
优秀案例 / Case 更多
发布日期: 2018 - 04 - 26
文章标题:Identification and Analysis of NaHCO3 Stress Responsive Genes in Wild Soybean (Glycine soja) Roots by RNA-seq.期刊:Frontiers in Plant Science.影响因子:IF=4.495.发表时间:2016年11月.作者单位:National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, National Center for Soybean Improvement, Key Laboratory for Biology and Genetic Improvement of Soybean (General, Ministry of Agriculture), Jiangsu Collaborative Innovation Center for Modern Crop Production, Nanjing Agricultural University, China. 摘要:土壤碱度是作物生产力和质量的主要非生物限制因素。野生大豆(Glycine soja)被认为比栽培大豆(G.max)更具胁迫耐受性,并且对于增加大豆的碱性耐受性有相当大的遗传变异。在这项研究中,通过RNA测序,分析了碱性耐受的野生大豆品种N24852在90mM NaHCO3胁迫12小时和24小时的根的转录组。与对照相比,在NaHCO3处理12小时和24小时后,共鉴定了449个差异表达基因(DEGs),包括95个和140个上调基因,108个和135个下调基因。14个DEGs的定量RT-PCR分析显示与RNA测序结果的高一致性。与转录因子和转运蛋白相关的GO富集分析显示,在NaHCO3胁迫后12小时和24小时显著富集上调基因。核因子Y亚基A(NF-YA)转录因子在NaHCO3应激后12小时富集,碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)、乙烯反应因子(ERF)、三螺旋和锌指(C2H2、C3H)转录因子在NaHCO3应激后12和24小时发现。与ABC转运蛋白、铝激活的苹果酸转运蛋白(ALMT)、谷氨酸受体(GLR)、硝酸盐转运蛋白(NRT)/质子依赖性寡肽(POT...
发布日期: 2018 - 02 - 02
文章标题:Comparative Transcriptomic Analysis Reveals That Ethylene/H2O2-Mediated Hypersensitive Response and Programmed Cell Death Determine the Compatible Interaction of Sand Pear and Alternaria alternata       期刊:Frontiers in Plant Science影响因子:IF=4.495.发表时间:2017年2月.作者单位:Institute of Horticulture, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences/Jiangsu Key Laboratory for Horticultural Crop Genetic Improvement, Nanjing, China,Department of Plant Sciences, University of California at Davis, Davis, CA, USA,Crops Pathology and Genetics Research Unit, United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service, Davis, CA, USA. 摘要:沙梨(Pyrus pyrifolia)生产的主要限制因素是由死体营养型真菌-互生交链孢霉引起的黑斑病。然而,梨对互生交链孢霉的分子水平反应机制未知。本文研究了抗性品种Cuiguan(CG)和易感品种Sucui1(SC1)对互生交链孢霉感染的宿主响应。使用RNA-Seq技术在互生交链孢霉感染的早期鉴定了CG和SC1之间的大量差异表达基因(DEGs)。K-mean聚类和Mapman分析显示,易感品种SC1中,参与乙烯(ET)生物合成和ET信号通路的基因(如ACS、ACOs、ERFs),以及过敏反应(HR)和程序性细胞死亡(PCD)的基因显着富集。抗性品种CG中,接种真菌后,响应过氧化氢和超氧化物的基因上调。SC1中,ET水平极高。CG中,解毒酶(例...
发布日期: 2017 - 06 - 17
摘要低剂量的、不会杀死细胞的辐射处理会对病理学的临床表现造成强烈的影响,包括微生物和宿主基因表达的变化。尽管肠道微生物对维持人类身体健康的必要性已经广为人知,但是辐射对微生物群落的改变机理仍然了解的很少。本研究将小鼠暴露在高LET(线性能量传输)辐射下,观察肠道微生物组分和功能的潜在变化。同时发现多种与酶的活性相关的代谢物丰度也发生了显著的变化。分析结果表明在不同剂量的辐射下微生物和代谢物的组分会发生动态变化,这可能是由于不同辐射剂量对微生物生态与宿主细胞损伤修护过程中的信号互作的影响产生的结果。除了微生物的群落结构发生变化外,一系列和微生物特异酶促反应相关的通路活性也发生了变化,包括碳水化合物的消化和吸收以及脂多糖的生物合成等,而响应辐射剂量变化的如磷脂酰肌醇信号通路会影响特定生物学分类微生物的丰度。材料方法6个月大的雄性小鼠,16O (600 MeV/n)四种辐射剂量(空白对照、0.1、0.25、1Gy)处理(每种处理各10只小鼠);测序平台:Illumina HiSeq 2500,16S rRNA V4(F515/R806);微生物种类丰度、多样性分析:QIIME;α多样性分析:Faith’s phylogenetic diversity metric (PD);β多样性分析:PCoA(非加权UniFrac距离);16S rRNA测序样品的KO功能注释:PICRUSt;小鼠粪便代谢组:UPLC-ESI-QTOF-MS;代谢物鉴定数据库:Metlin,HMDB(一级质谱);mass tolerance thresholds:1-7.5ppm。(质荷比误差范围);代谢网络互作图:内部脚本(通过计算所有微生物可能的得分);代谢物网络模型:依靠KEGG数据库中的不可逆酶活反应(KEGG REST API);研究结果1、小鼠在不同剂量LET辐射下粪便中微生物的变化a.不同剂量辐射及不同的辐射时间小鼠肠道微生物的变化;(随着剂量的上升,微生物丰度在下降,辐射剂量达到0.25Gy时为最低值;时间较长的辐射对应微生物丰度也越低)b.不同剂量辐射及不同的辐射时间小鼠肠道微生物群落的PCoA分析;(和空白对照相比在0.1和0.25Gy下的微生物群落结构差异较大,当达到1Gy时群落结构与空白对照相近)c/d.不同剂量辐射及不同的辐射时间小鼠肠道科水平的微生物群落变化。2、...
发布日期: 2016 - 07 - 30
摘要:花生是世界上最重要的油料作物之一,为许多人提供了大量的脂质和蛋白质。雌激素在花生胚珠受精后的雌蕊发育中起重要作用。小RNA(miRNA)在植物的许多发育和生理过程中发挥重要作用。因此,分析不同雌激素阶段的miRNA序列,可以探索和验证基因功能。从雌激素阶段A1、A2、A3(分别为5,10和20天的发育期)收集提取小RNA,进行测序。从三个不同阶段获得了266个已知的和357个新的miRNA。A3阶段reads数最多。在木质素分解代谢过程中涉及的基因仅在A1阶段被鉴定。铜离子结合过程也特异性地出现在A1阶段,而生物过程的负调节仅出现在A2和A3阶段。与生长相关的基因仅在A3阶段发现,表明该生长因子可能有助于落花生在这一阶段的快速生长。不同雌蕊阶段的miRNAs的鉴定和评估可以作为进一步研究雌蕊miRNA调节机制的基础。一些生物过程在不同的雌蕊阶段特异性调节,表明miRNA在雌蕊发育中起重要作用。 材料与方法:材料:落花生(A. duranensis)。取材方法:收集三个不同阶段的雌蕊(A1:5天,A2:10天,和A3:20天),并在RNA提取之前在液氮中速冻。 测序策略和分析流程:测序:Illumina HiSeq2000。分析:预测花生潜在的miRNAs:psRNATarget program;  分析潜在靶目标的功能:BLASTx;  从头组装:SOAP denovo;  层次聚类分析:MultiExperiment Viewer;  功能注释、GO功能分析、KEGG途径分析:BLASTx。 结果:1、 序列分析高通量测序用于鉴定雌蕊不同发育阶段的低丰度候选miRNAs,包括miRNA,非编码RNA,tRNA,rRNA,snRNA和snoRNA。在所有的小RNA中,70.62%是A1和A2阶段共有的,而16.28%和13.10%分别是A1和A2阶段独有的。此外,60.45%的小RNA是A1和A3阶段共有的,而15.72%和23.83%分别是A1和A3阶段独有的。64.17%的小RNA是A2和A3阶段共有的,12.33%是A2阶段独有的,23.50%是A3阶段独有的。在雌蕊不同阶段中鉴定的小RNA的数量和种类显示在表1中。在三个发育阶段中均检...
发布日期: 2016 - 06 - 25
测序发现控制袖蝶翅膀花纹的基因开关2016-2-1 测序中国摘要:研究进化的一个重要目标是,当生物中出现一种新的形态结构,找到其背后的基因变化。据英国剑桥大学官网近日消息,该校科学家通过对多种亚马孙袖蝶做基因测序分析发现,控制它们翅膀上不同条纹和斑点的基因开关。研究进化的一个重要目标是,当生物中出现一种新的形态结构,找到其背后的基因变化。据英国剑桥大学官网近日消息,该校科学家通过对多种亚马孙袖蝶做基因测序分析发现,控制它们翅膀上不同条纹和斑点的基因开关各自独立,而且不同袖蝶都有这些基因开关,就像一种基因“画笔盒”,能通过异种交配来产生新花纹。  对于进化而言,种间基因交换非常重要,人类也曾发生过这类交换,可能正是这些交换帮我们在高纬度地区生存下来。在蝴蝶中,交换翅膀花纹模式能让不同蝴蝶拥有相同的示警信号,抵御它们的天敌,这种现象也叫拟态。袖蝶翅膀的花纹常见为两种模式结合,前翅为一对丹尼斯红斑,后翅为像扇子似的放射形红纹。 研究人员对17种142只袖蝶做了测序,对比了它们的DNA数据,一直追溯到近200万年前,研究它们前后翅的两个花纹区域是怎样结合的。他们发现,虽然这些花纹的基因开关彼此相邻,却可以独立操作。从近200万年前那次偶然杂交的位点开始,每种花纹开关只进化过一次,且所有袖蝶都有这些开关。  参与该研究的剑桥大学动物学系教授克里斯·吉金斯说,蝶翅上不同的色块由不同的基因开关控制,可以独立打开或关闭。而这些开关在各种袖蝶中都有,通过不同组合就能产生新的花纹。通过鉴别各基因开关与花纹多少、何时进化、如何分化之间的关系,能绘出袖蝶物种进化树,显示它们的种间色彩跨越。  另一位研究人员、剑桥大学动物学系的理查德·沃班克说,这种进化“画笔”的关键是每个基因开关都是独立的,而开关控制的基因相同,每次编码同一种蛋白质。由于开关独立,它们更细微也更强大,允许进化上的修修补补而不影响控制脑和眼睛的基因部分。这种模块化意味着开关很小一片基因就能在蝴蝶翅膀上产生某种花纹,就像一种基因画笔盒。
发布日期: 2016 - 06 - 10
文章标题:De novo transcriptome sequencing of pakchoi (Brassica rapa L. chinensis) reveals the key genes related to the response of heat stress.期刊:Acta Physiol Plant.影响因子:IF=1.563.发表时间:2016年9月.作者单位:State Key Laboratory of Crop Genetics & Germplasm Enhancement, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China;Institute of Vegetable Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014, China. 摘要:小白菜是一种生长在世界各地的重要植物,喜欢凉爽的气候,其生长会被夏季高温严重影响。对小白菜高温胁迫的分子调控机制知之甚少。基因序列有限的可用性极大地影响了分子育种和功能基因组分析。在这项研究中,我们对高温胁迫下的小白菜进行了RNA-seq。最后,得到64.29M的clean reads,包括32666条unigene,N50长度为1405 bp,总长度为33.39Mb。共得到11024个SSR标记,位于8404条unigene。这些发现对分子标记辅助育种非常有用。在高温组(TH)和对照组(CK)之间共有1220个差异表达基因,其中699个上调,521个下调。GO富集分析表明,12个GO亚类和9个KEGG通路显著富集。六个差异表达基因的荧光定量PCR结果进一步验证了RNA-seq的可靠性。本文首次用转录组分析高温胁迫小白菜的综合特性。鉴定得到几个响应高温胁迫的重要基因,并讨论了它们在热应激反应中的作用。总之,我们的研究揭示了小白菜的转录组。此外,为未来的基因组和高温胁迫的遗传研究提供了重要的资源。 材料与方法:材料:小白菜耐热自交系幼苗。取材方法:三周龄的幼苗暴露于高温(38/30℃,白天/夜晚)120h,对照组(28/20℃,白天/夜晚)。收集叶片,设三个生物学重复。 测序策略和分析流程:测序:Illumina HiSeq 2...
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