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文章解读                                              / Case 更多
发布日期: 2019 - 03 - 19
◆◆前沿◆◆由于技术的巨大进步,我们已经进入了多组学时代,能够对细胞分子机制(基因组,转录组,蛋白质组和代谢组)进行系统的定量表征。代谢物是一种较新的进入组学光谱的物质,这些小分子化合物与基因组和蛋白质组相联系,代表了这个被定义为新陈代谢的动态系统中最下游的阶段。以更直观的方式,新陈代谢可以被描述为具有代谢齿轮的机制,其与基因和蛋白质的活性交织在一起。这些齿轮被视为只是作为一个更大的系统的一个组成部分的功能执行。通过这些不同组学水平的生化组织的信息流被描述为分子生物学的中心法则(图1)。在这个框架内,代谢组已被广泛接受为分子水平的表型的动态和敏感测量,将代谢组学置于与病理生理过程相关的生物标志物和机制发现的最前沿。图1 代谢产物作为基因和蛋白质活性的活性调节剂然而,对代谢物的感知主要是作为下游产品的基因和蛋白质活性的标志物,使其对其影响深远的监管活动的认识最小化。事实上,代谢组与所有其他组学水平相互作用并积极调节(图1)。通过这种相互作用,代谢物也是生物过程和表型的直接调控者。这一概念,即代谢物是生物过程中的活跃实体,已被研究数十年,其中开创性地发现乳糖依赖性调节来自lac操纵子的细菌中的基因表达;葡萄糖,脂肪酸和其他脂类可作为胰岛素分泌和敏感性的调节剂;以及营养和能量传感器mTOR激酶的关键细胞作用。最近,随着代谢组学技术的出现和发展,对具有生物活性的代谢物的发现迅速增长。因此,代谢物可以在各种情况下显著影响细胞生理学,支持它们作为生物活性剂的重要作用。01代谢活性原理最近的机制研究表明,活性代谢物强烈影响组学景观的所有层面,从基因组,表观基因组和转录组到蛋白质组。在此框架内,代谢组具有两种控制DNA,RNA和蛋白质功能的总体机制:化学修饰和代谢物-大分子相互作用。1.1大分子的代谢化学修饰代谢物驱动DNA和RNA(例如甲基化)和蛋白质(翻译后修饰)的关键共价化学修饰。已显示这些化学修饰的动态特征显著影响细胞功能。蛋白质的翻译后修饰涉及至少几十个不同的小分子,它们可以在酶反应中与不同的氨基酸共价结合,例如,赖氨酸乙酰化(源自乙酰辅酶A),半胱氨酸棕榈酰化(源自棕榈酰基-CoA)或酰化(源自其他酰基-CoA物种)。需要注意的是,乙酰化过程也发生在非酶作用下,整体化学计量比低,功能作用不清。负责翻译后修饰的其他代谢物包括琥珀酰-CoA(精氨酸琥珀酰化),以及用于糖基化...
发布日期: 2019 - 03 - 19
继叶绿体开年连发3篇后,集思慧远sRNA-seq也见新篇章了!客户们棒棒哒!!!下面小编给大家分享下这篇文章英文题目:Identification and Analysis of microRNAs in the SAM and Leaves of Populus tomentosa杂志:Forests影响因子:IF=1.956摘要茎尖分生组织(SAM)是位于植物顶端的一种重要组织,可持续生长和分化、发育为地上部分。SAM的发育受到一系列复杂的分子调控网络的控制,其中microRNAs(miRNAs)及其靶基因起着关键作用。然而,人们对木本植物中的miRNAs知之甚少。本研究利用小RNA(Srna)测序技术,建立了毛白杨茎尖和成熟叶组织的4个文库,鉴定了99个已知的miRNA家族。此外,193种已知的miRNA,包括植物激素、发育和细胞过程相关的miRNA,表现出显著的差异表达。有趣的是,对miR172、miR164和miR 393的qPCR分析显示在茎尖发育过程中表达模式有显著变化。这些miRNAs的靶基因参与调节激素反应和干细胞功能。特别是参与维持茎尖干细胞的miR 172靶基因APETALA2(AP2)在发育的初始活动阶段就有特异性表达。这些发现对了解miRNAs参与SAM的发展和分化在树种中的调节机制提供了新的见解。材料与方法植物材料:  毛白杨(20年)的健康茎尖和周围叶片.选择了以下三个发展阶段:图中绿色框中组织表示用于qPCR测定的组织;蓝色框表示用于高通量测序的组织。方法:形态观测:切片,显微镜观察sRNA测序与分析:测序平台:Illumina HiSeq 2500(IA时期每个样品2个重复,共4个文库;数据量平均每个文库12M)分析:GenBank和Rfam数据库对sRNA进行分类注释      MIREAP预测新miRNA 表达量:TPM靶基因预测:psRNATarget和psRobotqPCR分析结果1..生长过程中茎尖和叶片形态和解剖结构的变化2.SAM和叶片中sRNAs的序列分析SAM和叶片数据过滤后的sRNAs的总体大小分布3、毛白杨中已知和novel-miRNAs的鉴定    经过序列相似性搜索,确定了349个已知的m...
发布日期: 2019 - 03 - 13
合作单位:江苏大学食品与生物工程学院发表期刊:Food Chemistry影响因子:4.946(SCI二区)研究背景:桔霉素(citrinin,CIT)是一种次生代谢物,最初由桔青霉Penicillium citrinum生产。后来发现它是由曲霉属、红曲属、青霉属等产生的。一些农业食品中报告了CIT的污染情况,包括大米、奶酪、小麦、苹果和其他商业食品。食品中的CIT污染不仅造成重大经济损失,而且对人们构成肾毒性威胁。实验目的:比较10μg/mL CIT处理和不处理Cryptococcus podzolicus Y3的转录和蛋白质组,以揭示酵母对CIT的防御反应及CIT降解的分子机制。实验取材:CIT处理和不处理Cryptococcus podzolicus Y3酵母菌株组学:转录组学和蛋白组学主要研究成果01蛋白的差异表达分析在每个凝胶中总共检测到102个差异表达的蛋白质(平均fold change>1.2)。其中42个差异显著表达蛋白(平均fold change2,p2,p02差异表达蛋白的WEGO分类对所有已鉴定的蛋白质进行了GO功能注释分析,其中被鉴定为细胞和代谢过程的蛋白质为第1位,其次是生物调节和对刺激的反应。所涉及的许多细胞成分是细胞器、细胞成分和生物大分子。结合和催化功能是分子功能中识别最多的蛋白质,其次是抗氧化蛋白、电子携带蛋白、转运蛋白等。03基因的差异表达分析共获得了43928个转录物和17088个unigenes,其N50值分别为2844和2219(补充表S2)。所有基因均用BLAST软件进行注释,其中包括NR、Swissprot、GO、COG、KOG、Pfam和KEGG数据库。共有14550个基因被注释到数据库中。检测所有基因的表达水平,共获得1409个差异表达基因(DEGS,fold change2,p04基因的GO分类根据细胞成分、分子功能和生物学过程,将所有DEGS聚为33类。对于细胞组分类别,大多数参与细胞部分(181),细胞(178),细胞器(128),膜(127),膜部分(80),细胞器部分(60)和大分子复合物(54)。就分子功能类别而言,催化(263)、结合(165)和运输活动(78)占大多数。而在生物过程类别中,绝大多数与代谢过程(311)、细胞过程(253)和单一有机体过程(240)有关。值得注意的是,...
发布日期: 2019 - 03 - 11
摘要草莓属配子体不亲和系统的研究已经广为人知了,但是其遗传机制目前仍是未知的。通过人工自花授粉获得了11个不同亲和性的第二世代绿色草莓,用来代表不同的坐果率水平。本研究对两个较大差异坐果率的自交系进行全基因组重测序,Ls-S2-53(自交不亲和)和Ls-S2-76(强自交亲和)。利用完全自交亲和的野草莓作为参考样品,进行两个绿色草莓全基因组变异检测和注释分析。两测序样品间每条染色体上的多态分布都很相似,但是纯合变异的数量和分布区域是不一致的。基因表达分析表明6个和自交不亲和显著相关的候选基因,用野草莓基因组作为参考,将一个FIP2-like(肌动蛋白骨架合成相关)作为两个自交不亲和自交系的候选基因,该基因编码的肽链在两个材料中均存在不同长短的数量的氨基酸数量的丢失。通过抑制FIP2-like的表达减少了花粉管顶端F-actin的合成,在一定程度上抑制了花粉粒的生成和花粉管的发育。研究结果表明差异的纯合变异分布影响了绿色草莓的果实坐果率,完整编码的FIP2-like能够正常促进F-actin的合成,而较短氨基酸序列的FIP2-like对两个自花授粉草莓的亲和性有影响。材料方法植物材料:F.viridis 42,Ls-S1-2,11个Ls-S1-2自交系;测序材料:Ls-S2-53,Ls-S2-76(幼嫩叶片);Ls-S2-53人工自花授粉后(0h)叶、花梗、花萼、花瓣、雌蕊、花药用来做组织特异表达分析,雌蕊自花授粉后(6,12,24,48,72h)做时空表达分析。测序策略:Illumina Hiseq 2500,Ls-S2-53(80X),Ls-S2-76(75X)。参考基因组:F. vesca reference genome v2.0.a1;比对参考基因组:BWA v0.6.1,过滤冗余序列:SAMtools,变异检测:GATK,变异位点注释:SnpEff,基因功能注释:NR,Swiss-Prot,GO,COG,KEGG。配子体自交不亲和候选基因挑选:研究报道,除了S-locus基因外,一些发生修饰改变的基因也参与花粉管发育(生理生化代谢,信号转导,),挑选的候选基因基于基因功能注释及序列突变分析(非同义突变,终止密码子获得或丢失,移码突变,编码缺失等),共挑选17个基因进行组织特异表达分析。F-actin体外可视化:Zeiss LSM 800 confocal ...
发布日期: 2019 - 01 - 29
小基因组测序,等待您的加入!客户发表文章:”The Complete Plastid Genome of Magnolia zenii and Genetic Comparison to Magnoliaceae species“        壹俺们很优秀,无奈太低调,悄悄告诉您,俺们公司客户叶绿体文章又有一篇发表啦!集思慧远带着自主研发的叶绿体组装软件为您科研道路上添砖加瓦!下面小编就带您看看,一篇叶绿体文章如何造就!贰                      宝华玉兰的完整质体基因组及其与木兰科植物的遗传比较                           IF=3.098宝华玉兰是一种极度濒危物种,仅存于中国江苏省宝华山有18棵。关于它的分子生物学的信息很少,直到现在还没有对宝华玉兰进行质体基因组研究。本文通过对宝华玉兰(Magnolia Zenii)的完整叶绿体基因组进行测序组装,鉴定SSR,并通过对近缘物种基因组结构和序列数据的比较分析,揭示了5个突变热点,对今后木兰科的系统发育和进化研究具有重要意义。这篇文章的研究内容如下:1、叶绿体基因组组装宝华玉兰基因组长160,048 bp,GC含量为39.2%,包括一对26,596 bp的反向重复区(IRA和IRB),一个大单拷贝区(LRC)88,098 bp,一个小单拷贝区(SSC)18,757 bp.2、木兰科物种叶绿体基因组比较分析用28种木兰科物种和2种鹅掌楸的叶绿体基因组进行序列比对。宝华玉兰的叶绿体基因组放在顶部作为参考基因组。3、IR边界的收缩与扩张分析比较30个物种的IR边界区域,基因由彩色盒子表示,基因与边界之间的间隙由碱基长度表示。4、系统进化树分析30个物种的双系统进化树。线上数字表示每类的后验概率,线下的数字表示步长值,右侧的垂直线表示这些物种的亚属分类位置。叁小 结这篇文章到这分析就结束了,通过对宝华玉兰的叶绿体基因组进行组装注释,共鉴定出130个基因,其中79个是编码蛋白基因,37个...
发布日期: 2019 - 01 - 28
摘要油菜是一种重要的油料作物,为了适应不同的气候带和纬度,形成了三种主要的生态型(冬性,半冬性,春性)。这些生态型多样性背后的遗传机制目前还是未知的。本研究这对收集的世界各地的991份资源品种进行全基因组重测序并分析了这些资源的遗传多样性。测序结果分别和油菜“Darmor-bzh”,“Tapidor”基因组比对鉴定到5.56M/5.53M SNPs,1.86M/1.92M Indels。文章通过构建等位基因漂变图揭示主要群落的,利用遗传多样性和连锁不平衡参数研究了甘蓝型油菜两个亚基因组的非对称进化。选择性清除分析表明了调控各种植物发育和胁迫的直系同源基因间的遗传多样性。全基因组关联分析发现在FT和FLC同源基因的启动子区域的SNP,符合不同生态型的油菜。材料方法实验材料:来自39个国家,658种冬性、145种半冬性、188种春性油菜。测序策略:Illumina HiSeq Xten PE150,共7.9T(平均测序深度6.6X)。油菜参考基因组:‘‘Darmor-bzh’’ genome (B. napus v4.1 genome),‘‘Tapidor’’genome。系统发育分析:MEGA5.2(NJ树,Kimura 2-parameter model);LD分析:PLINK,群体结构:ADMIXTURE;PCA:EIGENSOFT(smartPCA)。SNP重组率计算:R package FastEPRR;等位基因漂移分析:TREEMIX,基因流画图:R package ggplot2。选择性清除:PopGenome(Fst),XP-CLR;关联分析:TASSEL(MLM)。研究结果1、991份油菜资源群体结构和遗传变异A/B.991份油菜资源全球分布情况及对应三种生态型;C.991份材料的系统进化分析(与油菜生态型大致相同);D.群体主成分分析,PC1能够区分冬性和半冬性,PC2能区分半冬性和春性油菜。总体分类结果与三种生态型相符。E/F.连锁不平衡分析结果表明,半冬性油菜多样性更丰度,A/C亚组之间存在不平衡进化,A亚组重组率更高。2、主要产地间等位基因交流A/B.冬性和春性油菜产地间基因交流分析;C.4条主要的基因漂变路线3、自然和人工选择的选择性清除A.3个生态型亚群之间两两选择性清除分析。春性和冬性材料间受选择区域能注释到两个和花期相关的基因;B.开花...
常见问题 更多
  • 2017 - 06 - 09
    蛋白质组学是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态,了解蛋白质之间的相互作用与联系,揭示蛋白功能与细胞生命活动规律的一个新的研究领域。Q:什么样的样本可以做蛋白定性分析?A:蛋白质溶液、SDS-PAGE条带(考染、银染条带清晰可见)、Western blot目标条带、双向凝胶电泳点等样本,符合送样要求均可进行蛋白质定性,就样本不同定性出来的蛋白质数量会有差别。Q:蛋白全谱分析能鉴定多少蛋白?A:蛋白全谱分析鉴定的蛋白数与物种、样本中蛋白质含量及复杂程度、蛋白组分分离程度、数据库的完整度都有很大的关系。一般情况下,一次全谱分析可以鉴定3000-5000种蛋白;但一般胶条可以鉴定几种到几百种蛋白质。Q:双向凝胶电泳与质谱联用鉴定蛋白的过程是什么?A:通过对蛋白质双向电泳的图谱扫描,进行谱图差异分析,找出差异点切出,进行脱色、酶解、质谱检测,得到质谱原始数据文件,通过...
  • 2017 - 05 - 11
    1、长非编码RNA 建库时为什么只去除 rRNA:•  与 mRNA 相似,有一部分长非编码 RNA 具有 polyA 尾,用去除 rRNA 的方法能够最大限度地保留含有polyA 尾的长非编码RNA。而对于去除 mRNA,目前用到的方法主要为Oligo dT 磁珠调离的方法,此方法会去除包含有polyA 尾的长非编码RNA。
  • 2017 - 04 - 22
    1、生物学重复间相关系数低问题:•  实验技术重复高,生物学重复和处理有关,样品本身导致重复间差异因素就很不好控制,是由于样品问题导致的生物学重复相关系数较低。•  可用无生物学重复,按照之前的比较再做差异及富集分析,让老师关注感兴趣较为符合预期的基因功能(代谢过程),可以通过实验的手段q-PCR等,弥补生物学重复的不足,只要找到解释生物学现象的插入点,写文章就没有问题。 2、转录组测序后续验证实验:•  最常见的是实时荧光定量PCR,也可以通过Northern blot 技术验证。这两种技术都可以从表达趋势上验证测序结果的准确性。•  另外对转录组测序挖掘出的目标性状功能基因的功能验证则可通过转基因验证。 3、转录组测序深度的问题:•  转录组测序中没有提到测序深度,因...
  • 2017 - 04 - 10
    代谢组学作为一门继基因组学、转录组学及蛋白质组学之后新发展起来的技术,通过考察生物体系受刺激或扰动后(如将某个特定的基因变异或环境变化后)其代谢产物的变化或其随时间的变化,来研究生物体系的代谢途径。近年来受到越来越多的关注,现在就初级入门者比较关心的问题做一个总结。Q:代谢组学与其他组学相比,有什么优势?A:①基因和蛋白质表达的微小变化会在代谢物水平得到放大;②代谢组学的研究不需进行全基因组测序及建立大量表达序列标签的数据库;③代谢物种类远少于基因和蛋白的数目,每个生物体中代谢产物大约在103数量级,而最小的细菌,其基因组中也有几千个基因;④生物体液的代谢物分析可反映机体系统的生理和病理状态。Q:非靶标和靶标定量如何选择?A:如果没有特别关注的代谢物质建议选择非靶标,可以检测出某一特定条件下所有的代谢产物,并进行定性和相对定量分析,以寻找目标差异代谢物;如果有关注的目标代谢物建议选择靶标定...
  • 2016 - 04 - 30
    1、 GBS的适用范围:•  GBS适用于那些拥有家系群体或自然群体的物种,有无参考基因组均可;尤其适合重复序列较多的物种,如玉米、高粱等。
  • 2014 - 11 - 11
    计算平台:2015年3月,南京集思慧远购买的Dell的机架式服务器开始正式运行。目前公司的服务器可以为海量生物信息数据进行存储、处理和后续服务。该服务器具有较高的分析性能,可以轻松完成基因组组装、转录组拼接、重测序分析、基因注释等常用的生物信息分析。
优秀案例 / Case 更多
发布日期: 2018 - 04 - 26
文章标题:Identification and Analysis of NaHCO3 Stress Responsive Genes in Wild Soybean (Glycine soja) Roots by RNA-seq.期刊:Frontiers in Plant Science.影响因子:IF=4.495.发表时间:2016年11月.作者单位:National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, National Center for Soybean Improvement, Key Laboratory for Biology and Genetic Improvement of Soybean (General, Ministry of Agriculture), Jiangsu Collaborative Innovation Center for Modern Crop Production, Nanjing Agricultural University, China. 摘要:土壤碱度是作物生产力和质量的主要非生物限制因素。野生大豆(Glycine soja)被认为比栽培大豆(G.max)更具胁迫耐受性,并且对于增加大豆的碱性耐受性有相当大的遗传变异。在这项研究中,通过RNA测序,分析了碱性耐受的野生大豆品种N24852在90mM NaHCO3胁迫12小时和24小时的根的转录组。与对照相比,在NaHCO3处理12小时和24小时后,共鉴定了449个差异表达基因(DEGs),包括95个和140个上调基因,108个和135个下调基因。14个DEGs的定量RT-PCR分析显示与RNA测序结果的高一致性。与转录因子和转运蛋白相关的GO富集分析显示,在NaHCO3胁迫后12小时和24小时显著富集上调基因。核因子Y亚基A(NF-YA)转录因子在NaHCO3应激后12小时富集,碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)、乙烯反应因子(ERF)、三螺旋和锌指(C2H2、C3H)转录因子在NaHCO3应激后12和24小时发现。与ABC转运蛋白、铝激活的苹果酸转运蛋白(ALMT)、谷氨酸受体(GLR)、硝酸盐转运蛋白(NRT)/质子依赖性寡肽(POT...
发布日期: 2018 - 02 - 02
文章标题:Comparative Transcriptomic Analysis Reveals That Ethylene/H2O2-Mediated Hypersensitive Response and Programmed Cell Death Determine the Compatible Interaction of Sand Pear and Alternaria alternata       期刊:Frontiers in Plant Science影响因子:IF=4.495.发表时间:2017年2月.作者单位:Institute of Horticulture, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences/Jiangsu Key Laboratory for Horticultural Crop Genetic Improvement, Nanjing, China,Department of Plant Sciences, University of California at Davis, Davis, CA, USA,Crops Pathology and Genetics Research Unit, United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service, Davis, CA, USA. 摘要:沙梨(Pyrus pyrifolia)生产的主要限制因素是由死体营养型真菌-互生交链孢霉引起的黑斑病。然而,梨对互生交链孢霉的分子水平反应机制未知。本文研究了抗性品种Cuiguan(CG)和易感品种Sucui1(SC1)对互生交链孢霉感染的宿主响应。使用RNA-Seq技术在互生交链孢霉感染的早期鉴定了CG和SC1之间的大量差异表达基因(DEGs)。K-mean聚类和Mapman分析显示,易感品种SC1中,参与乙烯(ET)生物合成和ET信号通路的基因(如ACS、ACOs、ERFs),以及过敏反应(HR)和程序性细胞死亡(PCD)的基因显着富集。抗性品种CG中,接种真菌后,响应过氧化氢和超氧化物的基因上调。SC1中,ET水平极高。CG中,解毒酶(例...
发布日期: 2017 - 06 - 17
摘要低剂量的、不会杀死细胞的辐射处理会对病理学的临床表现造成强烈的影响,包括微生物和宿主基因表达的变化。尽管肠道微生物对维持人类身体健康的必要性已经广为人知,但是辐射对微生物群落的改变机理仍然了解的很少。本研究将小鼠暴露在高LET(线性能量传输)辐射下,观察肠道微生物组分和功能的潜在变化。同时发现多种与酶的活性相关的代谢物丰度也发生了显著的变化。分析结果表明在不同剂量的辐射下微生物和代谢物的组分会发生动态变化,这可能是由于不同辐射剂量对微生物生态与宿主细胞损伤修护过程中的信号互作的影响产生的结果。除了微生物的群落结构发生变化外,一系列和微生物特异酶促反应相关的通路活性也发生了变化,包括碳水化合物的消化和吸收以及脂多糖的生物合成等,而响应辐射剂量变化的如磷脂酰肌醇信号通路会影响特定生物学分类微生物的丰度。材料方法6个月大的雄性小鼠,16O (600 MeV/n)四种辐射剂量(空白对照、0.1、0.25、1Gy)处理(每种处理各10只小鼠);测序平台:Illumina HiSeq 2500,16S rRNA V4(F515/R806);微生物种类丰度、多样性分析:QIIME;α多样性分析:Faith’s phylogenetic diversity metric (PD);β多样性分析:PCoA(非加权UniFrac距离);16S rRNA测序样品的KO功能注释:PICRUSt;小鼠粪便代谢组:UPLC-ESI-QTOF-MS;代谢物鉴定数据库:Metlin,HMDB(一级质谱);mass tolerance thresholds:1-7.5ppm。(质荷比误差范围);代谢网络互作图:内部脚本(通过计算所有微生物可能的得分);代谢物网络模型:依靠KEGG数据库中的不可逆酶活反应(KEGG REST API);研究结果1、小鼠在不同剂量LET辐射下粪便中微生物的变化a.不同剂量辐射及不同的辐射时间小鼠肠道微生物的变化;(随着剂量的上升,微生物丰度在下降,辐射剂量达到0.25Gy时为最低值;时间较长的辐射对应微生物丰度也越低)b.不同剂量辐射及不同的辐射时间小鼠肠道微生物群落的PCoA分析;(和空白对照相比在0.1和0.25Gy下的微生物群落结构差异较大,当达到1Gy时群落结构与空白对照相近)c/d.不同剂量辐射及不同的辐射时间小鼠肠道科水平的微生物群落变化。2、...
发布日期: 2016 - 07 - 30
摘要:花生是世界上最重要的油料作物之一,为许多人提供了大量的脂质和蛋白质。雌激素在花生胚珠受精后的雌蕊发育中起重要作用。小RNA(miRNA)在植物的许多发育和生理过程中发挥重要作用。因此,分析不同雌激素阶段的miRNA序列,可以探索和验证基因功能。从雌激素阶段A1、A2、A3(分别为5,10和20天的发育期)收集提取小RNA,进行测序。从三个不同阶段获得了266个已知的和357个新的miRNA。A3阶段reads数最多。在木质素分解代谢过程中涉及的基因仅在A1阶段被鉴定。铜离子结合过程也特异性地出现在A1阶段,而生物过程的负调节仅出现在A2和A3阶段。与生长相关的基因仅在A3阶段发现,表明该生长因子可能有助于落花生在这一阶段的快速生长。不同雌蕊阶段的miRNAs的鉴定和评估可以作为进一步研究雌蕊miRNA调节机制的基础。一些生物过程在不同的雌蕊阶段特异性调节,表明miRNA在雌蕊发育中起重要作用。 材料与方法:材料:落花生(A. duranensis)。取材方法:收集三个不同阶段的雌蕊(A1:5天,A2:10天,和A3:20天),并在RNA提取之前在液氮中速冻。 测序策略和分析流程:测序:Illumina HiSeq2000。分析:预测花生潜在的miRNAs:psRNATarget program;  分析潜在靶目标的功能:BLASTx;  从头组装:SOAP denovo;  层次聚类分析:MultiExperiment Viewer;  功能注释、GO功能分析、KEGG途径分析:BLASTx。 结果:1、 序列分析高通量测序用于鉴定雌蕊不同发育阶段的低丰度候选miRNAs,包括miRNA,非编码RNA,tRNA,rRNA,snRNA和snoRNA。在所有的小RNA中,70.62%是A1和A2阶段共有的,而16.28%和13.10%分别是A1和A2阶段独有的。此外,60.45%的小RNA是A1和A3阶段共有的,而15.72%和23.83%分别是A1和A3阶段独有的。64.17%的小RNA是A2和A3阶段共有的,12.33%是A2阶段独有的,23.50%是A3阶段独有的。在雌蕊不同阶段中鉴定的小RNA的数量和种类显示在表1中。在三个发育阶段中均检...
发布日期: 2016 - 06 - 25
测序发现控制袖蝶翅膀花纹的基因开关2016-2-1 测序中国摘要:研究进化的一个重要目标是,当生物中出现一种新的形态结构,找到其背后的基因变化。据英国剑桥大学官网近日消息,该校科学家通过对多种亚马孙袖蝶做基因测序分析发现,控制它们翅膀上不同条纹和斑点的基因开关。研究进化的一个重要目标是,当生物中出现一种新的形态结构,找到其背后的基因变化。据英国剑桥大学官网近日消息,该校科学家通过对多种亚马孙袖蝶做基因测序分析发现,控制它们翅膀上不同条纹和斑点的基因开关各自独立,而且不同袖蝶都有这些基因开关,就像一种基因“画笔盒”,能通过异种交配来产生新花纹。  对于进化而言,种间基因交换非常重要,人类也曾发生过这类交换,可能正是这些交换帮我们在高纬度地区生存下来。在蝴蝶中,交换翅膀花纹模式能让不同蝴蝶拥有相同的示警信号,抵御它们的天敌,这种现象也叫拟态。袖蝶翅膀的花纹常见为两种模式结合,前翅为一对丹尼斯红斑,后翅为像扇子似的放射形红纹。 研究人员对17种142只袖蝶做了测序,对比了它们的DNA数据,一直追溯到近200万年前,研究它们前后翅的两个花纹区域是怎样结合的。他们发现,虽然这些花纹的基因开关彼此相邻,却可以独立操作。从近200万年前那次偶然杂交的位点开始,每种花纹开关只进化过一次,且所有袖蝶都有这些开关。  参与该研究的剑桥大学动物学系教授克里斯·吉金斯说,蝶翅上不同的色块由不同的基因开关控制,可以独立打开或关闭。而这些开关在各种袖蝶中都有,通过不同组合就能产生新的花纹。通过鉴别各基因开关与花纹多少、何时进化、如何分化之间的关系,能绘出袖蝶物种进化树,显示它们的种间色彩跨越。  另一位研究人员、剑桥大学动物学系的理查德·沃班克说,这种进化“画笔”的关键是每个基因开关都是独立的,而开关控制的基因相同,每次编码同一种蛋白质。由于开关独立,它们更细微也更强大,允许进化上的修修补补而不影响控制脑和眼睛的基因部分。这种模块化意味着开关很小一片基因就能在蝴蝶翅膀上产生某种花纹,就像一种基因画笔盒。
发布日期: 2016 - 06 - 10
文章标题:De novo transcriptome sequencing of pakchoi (Brassica rapa L. chinensis) reveals the key genes related to the response of heat stress.期刊:Acta Physiol Plant.影响因子:IF=1.563.发表时间:2016年9月.作者单位:State Key Laboratory of Crop Genetics & Germplasm Enhancement, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China;Institute of Vegetable Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014, China. 摘要:小白菜是一种生长在世界各地的重要植物,喜欢凉爽的气候,其生长会被夏季高温严重影响。对小白菜高温胁迫的分子调控机制知之甚少。基因序列有限的可用性极大地影响了分子育种和功能基因组分析。在这项研究中,我们对高温胁迫下的小白菜进行了RNA-seq。最后,得到64.29M的clean reads,包括32666条unigene,N50长度为1405 bp,总长度为33.39Mb。共得到11024个SSR标记,位于8404条unigene。这些发现对分子标记辅助育种非常有用。在高温组(TH)和对照组(CK)之间共有1220个差异表达基因,其中699个上调,521个下调。GO富集分析表明,12个GO亚类和9个KEGG通路显著富集。六个差异表达基因的荧光定量PCR结果进一步验证了RNA-seq的可靠性。本文首次用转录组分析高温胁迫小白菜的综合特性。鉴定得到几个响应高温胁迫的重要基因,并讨论了它们在热应激反应中的作用。总之,我们的研究揭示了小白菜的转录组。此外,为未来的基因组和高温胁迫的遗传研究提供了重要的资源。 材料与方法:材料:小白菜耐热自交系幼苗。取材方法:三周龄的幼苗暴露于高温(38/30℃,白天/夜晚)120h,对照组(28/20℃,白天/夜晚)。收集叶片,设三个生物学重复。 测序策略和分析流程:测序:Illumina HiSeq 2...
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