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发布日期: 2016 - 12 - 30
摘要 单倍型变异不仅包括SNPs,还包括插入、缺失,尤其是基因拷贝数的变异。然而进行个体基因组间的比较是很困难的,原因是传统测序方式得到的短读长不能准确地重建包含重复序列的染色体区域。玉米中存在一类能够降低种子含氮量的蛋白家族(α-玉米蛋白),之前研究利用BAC克隆重叠群分析目标区间中的基因拷贝数,在两种爱荷华州硬秆玉米自交系中的6个(30-500kb)区域检测到41-48个α-玉米蛋白基因。但是这种技术的工作量巨大而且花费很高。本文利用单分子实时测序技术,组装了软秆玉米自交系W22对应的6个染色体区域。为了验证这些组装的区域,本文还构建了W22的光学图谱来验证两者之间的一致性。利用W22的全长cDNAs序列,发现经过自动校正和组装后的PacBio序列的错误率小于0.1%。一些带有提前终止密码子的表达基因,散布在不表达的基因之间,产生特异基因型的差异表达。这些区域的序列和之前研究的硬秆玉米自交系对应的区域,表现出明显的不同。 材料方法 植物材料:玉米自交系(W22);DNA提取:黑暗条件下生长的幼苗。光学图谱:选择核酸内切酶Nt.BspQ1(GCTCTTC)作为标签。剪切的DNA分子着色:IrysPrep Reagent Kit。测序平台:PacBio RS II,建库20ug DNA(20kb)。 研究结果 1、W22的全基因组测序及基因组光学图谱的构建 光学图谱:366 Gb(100kb),207 Gb(180kb),N50=280kb。组装:705 BNG contigs,N50=4.43Mb,最长16.2Mb。光学图谱总长2.1Gb(不含由于重复序列导致组装失败)。标准化所有光学图谱长度后达到2.2Gb,占参考基因组B73(2.3G)的96%。全基因组测序:128 SMRT cells(93.47G),40.7X,N50=7.7kb,最长的reads=47.824kb,一致性序列58.93G。去除低质量数据:N50=6.6kb,最长的reads=46.632kb。W22 cDNAs来源:之前的研究报道。 2、zein基因对应染色体区间的组装α-玉米蛋白基因在三种玉米自交系中的分布。将W22 α-玉米蛋白基因位点的一致性序列比对参考基因组B73/BSSS53,不同长度和不同一致性的reads的数量。(四种不同颜色代...
发布日期: 2016 - 12 - 23
摘要 叶绿素是一种和叶片的光合作用及植株潜在产量密切相关的重要生理指标。目前关于水稻叶绿素含量自然变化的相关基因报道很少,而且发现这种变化范围也是受限制的。本文利用来自全球的529份水稻资源进行叶绿素含量的全基因组关联分析,共发现46个和叶绿素含量变化相关联的位点,并利用3个F2群体对这些关联的位点进行验证。利用近等基因系和转基因材料,发现在水稻的抽穗期,籽粒数、株高以及抽穗期(Ghd7)是和叶绿素含量变化相关联的。通过提高Ghd7的表达量能降低叶绿素的含量,主要原因是叶绿素和叶绿体的生物学合成基因的表达量下调。此外,通过对窄叶基因(NAL1)两年的表型数据研究发现,均和叶绿素含量变化显著相关。进一步研究发现在NAL1的5’ UTR区域具有大量的多态位点,以及编码区的4个非同义突变SNPs,并观察到主要的单倍型对应水稻不同性状的表现。 材料方法 植物材料:529种水稻资源(199份中国水稻核心/微核心种质+129份国家水稻育种计划亲本材料+148份微核心种质(USDA)+18份水稻SNP计划材料+35份全球种质资源)。测序方案:Illumina HiSeq 2000, PE90bp。(1Gb clean data/accession)参考序列: japonica cv. Nipponbare version 6.1。序列比对:BWA。SNP识别:SAMtools,BCFtools。GWAS分析:FaST-LMM:LMM+LR(FaST linear mixed models for genome-wide association studies. Nat. Methods,2011. 8:833–835)。R脚本:MLMM(An efficient multi-locus mixed-model approach for genome-wide association studies in structured populations. Nat. Genet. 2012,44:825–830.)。qRT-PCR:RNA extraction kit (TransZol reagent;TransGene),3ug 总RNA进行反转录。 研究结果 1、群体结构分析利用ADMIXTURE(188,637 SNPs)进行群...
发布日期: 2016 - 12 - 15
摘要野化是一种由驯化的品种再度返回到野生状态的现象,远离之前受到的限制环境因素,被认为是一种和物种驯化截然相反的进化现象。之前研究发现考艾岛的野鸡是一类高变异、高混杂的群体,本文利用全基因组测序对考艾岛野鸡的全基因组选择性清除位点进行了定位分析。检测到的选择清除位点绝大多数对于野化来说都是独特的,且不同于受驯化的位点。为了解释一些功能基因对应的表型性状,本研究在实验控制条件下,利用考艾岛野鸡群体和(红原鸡x驯化蛋鸡)杂交群体针对之前已经报道的QTL进行研究。结果表明这些受选择的基因表现出和鸡冠的大小、孵化行为及繁殖力显著相关。本研究还发现一些分别适应野生和驯化环境下的差异遗传区间,以及野鸡中一些和性别选择及繁殖相关适应性基因的证据。材料方法 动物材料:23只考艾岛野鸡(来自岛上8各不同区域)。DNA提取:盐提取法。鸡参考基因组:version Galgal4(Lifescope version 2.5)测序方案:SOLiD 5500xl,平均测序深度5X。序列比对:Picard (http://broadinstitute.github.io/picard/) version 1.92,GATK。多样性位点过滤:VCFtools version 0.1.13。(小于2条reads,小于80%完整序列)。驯化家鸡受选择的位点信息:Whole-genome resequencing reveals loci under selectionduring chicken domestication. Nature 464, 587–591 (2010).这些数据包括8个单独的混池:4个(8-11只)肉鸡池,3个(8-11只)蛋鸡池,1个红原鸡池。SOLiD测序,平均测序深度5X。混池杂合度分析:40Kb滑动窗口。计算:R统计环境。绘图:ggplot2。Tajima’s D计算:ANGSD。选择清除区间注释:利用Ensembl genes version 79+biomaRt package识别受清除的区间,ANNOVAR注释位置及可能编码蛋白的基因。个体的单倍型分析:Chromopainter v2。选择性清楚分析:比较考艾岛野鸡与红原鸡/驯化鸡混池之间。 研究结果1、考艾岛野鸡和受驯化的鸡群体杂合度分析不同品种的基因组杂合度分析(红色:考艾岛野鸡;绿色:蛋鸡;...
发布日期: 2016 - 12 - 08
摘要本研究为了定位木豆枯萎病和不育花叶病基因,采用了集群分离分析(BSA)的测序方法。抗病和感病混池均来自(ICPL 20096 x ICPL 332)的重组自交系群体子代。利用木豆基因组草图计算抗、感池的SNP index,最终获得了7个木豆枯萎病和不育花叶病的候选SNPs位点。同时另外增加了4个其他基因型的木豆进行重测序,与BSA结果一起统计,一共检测到8362个非同义突变SNPs。在这8362个SNPs中,有60个SNPs位点在BSA检测到的7个候选SNPs的侧翼2Mb的范围内。单体型分析结果将范围缩小到7个基因的8个非同义突变SNPs内。这8个候选SNPs进一步在抗、感不同的11个基因型木豆中进行重测序的结果验证。这些分析获得了与抗枯萎病相关的4个基因中的4个候选非同义突变SNPs,以及抗不育花叶病3个基因中的4个候选非同义突变SNPs。进一步的蛋白注释和表达的分析最终确定两个最后可能的候选基因,抗不育花叶病基因C.cajan_01839和抗枯萎病基因C.cajan_03203。鉴定到的候选区间/SNPs将对木豆的遗传辅助育种是有用的。 材料方法植物材料:共11种基因型木豆,其中抗枯萎病:ICPL20096,ICPL99050,ICPL20097,ICPL8863,ICPL87119,HPL24。抗不育花叶病:ICPL20096,ICPL99050,ICPL20097,ICPB2049,ICPL87119,ICPL85063。ICPL20096(抗枯萎病、不育花叶病)与ICPL332(感枯萎病、不育花叶病)杂交构建一个包含188个单株的F7 RIL群体。测序方案:抗病亲本ICPL20096(14.85X),从包含188个单株的F7 RIL群体中各挑选16个极端的抗(13.91X)、感(15.3X)子代进行混池测序。另外10个基因型材料(ICPL20096,ICP8863,ICPB2049,ICPL20097,ICPL99050,ICPL332,HPL24,ICP85063,ICPL87,ICPL88039)进行全基因组重测序,参考基因组:Asha。挑选的四个进行非同义突变SNPs鉴定:ICPL20097(R-FW,R-SMD),ICP8863 (R-FW,S-SMD),ICPB2049(S-FW,R-SMD),ICPL99050(R-FW,R-SM...
发布日期: 2016 - 12 - 01
摘要:土壤碱度是作物生产力和质量的主要非生物限制因素。野生大豆(Glycine soja)被认为比栽培大豆(G.max)更具胁迫耐受性,并且对于增加大豆的碱性耐受性有相当大的遗传变异。在这项研究中,通过RNA测序,分析了碱性耐受的野生大豆品种N24852在90mM NaHCO3胁迫12小时和24小时的根的转录组。与对照相比,在NaHCO3处理12小时和24小时后,共鉴定了449个差异表达基因(DEGs),包括95个和140个上调基因,108个和135个下调基因。14个DEGs的定量RT-PCR分析显示与RNA测序结果的高一致性。与转录因子和转运蛋白相关的GO富集分析显示,在NaHCO3胁迫后12小时和24小时显著富集上调基因。核因子Y亚基A(NF-YA)转录因子在NaHCO3应激后12小时富集,碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)、乙烯反应因子(ERF)、三螺旋和锌指(C2H2、C3H)转录因子在NaHCO3应激后12和24小时发现。与ABC转运蛋白、铝激活的苹果酸转运蛋白(ALMT)、谷氨酸受体(GLR)、硝酸盐转运蛋白(NRT)/质子依赖性寡肽(POT)家族、S型阴离子通道(SLAH)等离子转运蛋白相关的基因在NaHCO3处理后24小时富集上调基因,这意味着它们在碱性条件下维持大豆根中的离子稳态。KEGG通路富集分析显示“苯丙素类生物合成”和“苯丙氨酸代谢”途径可能参与大豆对碱胁迫的应答。这项研究为进一步调查碳酸氢盐胁迫应答基因的功能和大豆耐碱性的分子基础提供了根据。 材料与方法:材料:野生大豆(Glycine soja)。取材方法:对129个大豆品种初步筛选,鉴定出耐碱性野生大豆品种N24852。大豆种子用1%次氯酸钠表面灭菌30秒,并用去离子水冲洗三次。将二十粒种子播种在装有干净石英砂的塑料盆中。发芽后7天,将幼苗稀释至每盆四株植物。将四个罐放置在含有1.5L新鲜1/2浓度的Hoagland营养液(pH≈6.5)的塑料容器中,其可通过底部的小孔吸收营养液。当出现第二个三小叶(种植后约14天)时,施加包含90mM NaHCO3(最终pH为8.5,通过加入KOH调节)的处理溶液以诱导碱性胁迫。对照不含NaHCO3。实验设置三个生物学重复。处理12和24小时后,收集根尖(3cm),液氮中冷冻并储存在-80℃用于提取RNA。剩余的根组织和叶,用于测量离子浓度。&...
发布日期: 2016 - 11 - 30
摘要重组自交系群体是一种稳定遗传的双亲群体,已经被广泛应用于遗传图谱的构建。这些遗传图谱都是进行QTL定位工作所必须的,同时遗传图谱还能帮助基因组组装的contig和scaffold锚定到最终正确的基因组位置上。在本研究中,对两个百脉根的重组自交系群体MG-20 X Gifu,Gifu X L. burttii进行了重测序的研究。MG-20X Gifu群体包含187个单株,共87140个标记,1929个重组位点。Gifu X L. burttii群体包含96个单株,共357973个标记,1044个重组位点。这两个高密度的遗传图谱能够进一步促进QTL定位的精确度,鉴定参考基因组中的组装错误以及结构变异的描述。  材料方法RIL:187株(MG-20 X Gifu)F9,96株(Gifu X L. burttii)F8;DNA提取:CTAB法。测序平台:Illumina HiSeq 2000,PE93bp,文库大小500bp。参考基因组:MG-20 L. japonicus genome v.3.0。SNP识别:SAMtools software v0.1.19。 研究结果1、重组自交系重测序测序深度分布两个群体的测序深度分布。MG-20 X Gifu群体单株平均测序深度(6.53X),Gifu X L. burttii群体单株平均测序深度(8.03X)。 2、重组自交系基因型block的构建 MG-20 X Gifu群体中,1号染色体上包含41个标记的block分析。A,为进行基因型纠错和过滤的block分型。B,最终的block分型。 全基因组范围内的基因型block之间的重组率(对角线上方)及LOD值(对角线下方)。A,MG-20 X Gifu群体。B-D:对参考基因组组装错误的识别及Gifu X L. burttii正确的遗传图谱B,Gifu X L. burttii群体(包含异常的片段);C,Gifu X L. burttii群体(去除异常的片段);D,Gifu X L. burttii群体(去除异常以及1-2染色体间易位的片段)。 3、偏分离及重组位点的分布两个遗传群体中Gifu的基因型比例。MG-20 X Gifu标记总体比较平衡,但在Gifu X L. burttii群体中表现明显的偏...
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  • 2014 - 11 - 11
    计算平台:2015年3月,南京集思慧远购买的Dell的机架式服务器开始正式运行。目前公司的服务器可以为海量生物信息数据进行存储、处理和后续服务。该服务器具有较高的分析性能,可以轻松完成基因组组装、转录组拼接、重测序分析、基因注释等常用的生物信息分析。
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专业团队 / Teachers 更多
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证知名师范院校外语系师范专业毕业,毕业以来就一直从事小学、初中的教学和研究工作,6年的任教经验,特别是一年国际学校任教的经历,让我对中、外的小学生的语言学习有了更多的认识;在我的课堂中,学生的兴趣始终是我关注的出发点; 另外,语言不仅是一门语言,同时也是一种文化;更难得是的思维习惯的养成;我喜欢活跃互动的课堂形式,有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性,同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键,各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径!
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        Hello,我是LINDA,毕业于广州著名学府的英语教育专业,擅长地道的口语教学,多年的口语教学经验告诉我,口语学习必须要大胆开口说,英语是一种语言,重要的是懂得如何交流和沟通。流利的口语更可以提高语感,有助于更容易学习英语。我喜欢活跃互动的课堂形式,有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性,帮助你找到适合自己的英语学习方法、掌握解题的关键,独特而有个性的教学风格是我的课堂。
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证最受学生欢迎的英语女神。 教学成绩:2013年获评明师教育最受学生喜爱女教师金奖; 2014年班均人数、带班量居英语科头名,并创下英语科目班均人数最多纪录; 曾参加高考口语,一模口语评卷工作,英语口语界权威代表。 教学特点:10年丰富的教学经验,执教高三保证班超过6年。自创语法填空(Grammar)稳夺8空技巧,小作文首句法,20分钟高分大作文速成法,助你挑战速度极限。2013年以来Sammi所带的班期期爆棚,人数居高不下,被学生奉为英语女神。
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        拥有全国认可的英语专业最高等级证书---TEM-8,极具英语权威。刻苦钻研Task-based Language Teaching(TBLT)教学法,熟练掌握Reading, Speaking, Listening, Writing课堂教学技能,在教坛凭借新颖教学方法,获得家长和学生一致好评,获得“最佳教师奖”。 “3P”魅力(Professional, Passionate, Patient)专业+热情+耐心=100% 魅力 Rachel执教的英语课堂生动有趣
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证经验丰富·考点明确:Sarah具有丰富的教学经验,长期担任明师初中英语教材组成员,负责各大名校试卷分析工作,熟知初中各年级英语考点,提炼各类“易错题”、“高频题”;善于归纳解题方法和构建、整理知识结构体系;同时擅长针对考试题型演示解题方法,炮制最适合学生的“抢分秘笈”。 幽默课堂·轻松学习:Sarah以独特的“栋笃笑”风格,打造具有个人特色的幽默课堂,为学生们提供轻松、愉悦的学习环境。对于初中英语较难的知识点,Sarah善于以生动有趣的例子诠释,加速学生的理解及记忆。
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        课堂的知识引领者,课后的指导人气王。7年教龄,目前教有学生162人,为人亲切带点小幽默,喜欢和小朋友探讨问题。有着一套特别的独家口诀教学方法,急速解决音标和词语记忆。使命必达:课堂学习口诀朗朗出,氛围轻松又愉快,逻辑解题好深入,民校难题不攻自破,英语知识吸收so easy;了解学生长与短,取长补短步步来,让你手拿快速抢分神器,提高分数快狠稳。让学生中做到:自己的学习自己做主。有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性,同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键,各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径!
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        课堂的知识引领者,课后的指导人气王。数学界的歼10,辅导界的F1,专业上因其厚积而知矢发,教学上因其不羁而易发散,长期致力于高考教学及研究,近年更是连续在最后时刻神奇命中多道高考大题。课堂上善于举一反三,有序引导,因而江湖人称“变长期担任教材主编,试卷创作等工作,能准确把握中考物理难点重点,善于进行方法的归纳和知识体系的构建。有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性,同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键,各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径!
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·有教学经验及商务背景·有国际认可教师资格证课堂的知识引领者,课后的指导人气王,从来是标榜自信的个体,对处理语文题目有独特的角度和方法,所有复杂的题目经由他巧妙的梳理,都会变得简单明了,答案一针见血;天生体贴又温和,喜欢用快乐的大手,把身旁的学生捧在云端之上;连续多年担任保证班和毕业班的工作,对应考辅导有非常丰富的的经验。有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性,同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键,各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径!
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        6年的任教经验,特别是一年国际学校任教的经历,让我对中、外的小学生的语言学习有了更多的认识;在我的课堂中,学生的兴趣始终是我关注的出发点; 另外,语言不仅是一门语言,同时也是一种文化;更难得是的思维习惯的养成;我喜欢活跃互动的课堂形式,有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性,同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键,各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径!
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证所有复杂的题目经由他巧妙的梳理,都会变得简单明了,答案一针见血;天生体贴又温和,喜欢用快乐的大手,把身旁的学生捧在云端之上;连续多年担任保证班和毕业班的工作,对应考辅导有非常丰富的的经验。对教学有自己独到见解,善于将枯燥抽象的知识生动化,让学生的成绩在轻松的氛围中得到提高,在平时的教学过程中,根据学生不同的成绩水平,帮助其找出问题,从而提高成绩。乐观开朗的性格很容易就成为了学生的良师益友。
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证“星级导师”优秀老师,连续多年任教保证班,一直兼教多种不同的课型,熟悉各个年级的考点、重点,更能分级教学,做到因人施教,有丰富的教学经验。参与编写保证班教材,并多次进行教材指导会议,编写的教材多次命中名校试题。 “生活课堂”:引用“六大板图”将作文素材一网打尽,剔除素材苦恼,让你做到“一材多用”、“多材一意”。擅于将学生身边的示例、网络信息、时事引进课堂,让学习技巧变得通俗易记。课堂注重与学生交流对话,做到真正地读懂学生,不断追求更好的教学方法,达到提分的效果。我喜欢活跃互动的课堂形式,有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性,同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键,各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径!
  • 发布时间: 2014 - 10 - 28
    ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        “接受最严格、最权威、最正统的师范训练。 教学横跨6个年级,对初高中考点了如指掌。 出色的教学得到认同,曾任中四日校科长,现任学科长、皇牌数学老师,带领教师团队,提供更优质课程。 以解题技巧著称,独创蛊惑解题方法,观察题目结构,迅速找出正确答案。提供快、准、狠夺分套路,节省考试时间,夺得更高分数。专业知识,融合时尚资讯,成功改革高中数学教材。,不断追求更好的教学方法,达到提分的效果。我喜欢活跃互动的课堂形式,有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性,同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键,各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径!
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