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  • 2017 - 06 - 09
    蛋白质组学是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态,了解蛋白质之间的相互作用与联系,揭示蛋白功能与细胞生命活动规律的一个新的研究领域。Q:什么样的样本可以做蛋白定性分析?A:蛋白质溶液、SDS-PAGE条带(考染、银染条带清晰可见)、Western blot目标条带、双向凝胶电泳点等样本,符合送样要求均可进行蛋白质定性,就样本不同定性出来的蛋白质数量会有差别。Q:蛋白全谱分析能鉴定多少蛋白?A:蛋白全谱分析鉴定的蛋白数与物种、样本中蛋白质含量及复杂程度、蛋白组分分离程度、数据库的完整度都有很大的关系。一般情况下,一次全谱分析可以鉴定3000-5000种蛋白;但一般胶条可以鉴定几种到几百种蛋白质。Q:双向凝胶电泳与质谱联用鉴定蛋白的过程是什么?A:通过对蛋白质双向电泳的图谱扫描,进行谱图差异分析,找出差异点切出,进行脱色、酶解、质谱检测,得到质谱原始数据文件,通过...
  • 2017 - 05 - 11
    1、长非编码RNA 建库时为什么只去除 rRNA:•  与 mRNA 相似,有一部分长非编码 RNA 具有 polyA 尾,用去除 rRNA 的方法能够最大限度地保留含有polyA 尾的长非编码RNA。而对于去除 mRNA,目前用到的方法主要为Oligo dT 磁珠调离的方法,此方法会去除包含有polyA 尾的长非编码RNA。
  • 2017 - 04 - 22
    1、生物学重复间相关系数低问题:•  实验技术重复高,生物学重复和处理有关,样品本身导致重复间差异因素就很不好控制,是由于样品问题导致的生物学重复相关系数较低。•  可用无生物学重复,按照之前的比较再做差异及富集分析,让老师关注感兴趣较为符合预期的基因功能(代谢过程),可以通过实验的手段q-PCR等,弥补生物学重复的不足,只要找到解释生物学现象的插入点,写文章就没有问题。 2、转录组测序后续验证实验:•  最常见的是实时荧光定量PCR,也可以通过Northern blot 技术验证。这两种技术都可以从表达趋势上验证测序结果的准确性。•  另外对转录组测序挖掘出的目标性状功能基因的功能验证则可通过转基因验证。 3、转录组测序深度的问题:•  转录组测序中没有提到测序深度,因...
  • 2017 - 04 - 10
    代谢组学作为一门继基因组学、转录组学及蛋白质组学之后新发展起来的技术,通过考察生物体系受刺激或扰动后(如将某个特定的基因变异或环境变化后)其代谢产物的变化或其随时间的变化,来研究生物体系的代谢途径。近年来受到越来越多的关注,现在就初级入门者比较关心的问题做一个总结。Q:代谢组学与其他组学相比,有什么优势?A:①基因和蛋白质表达的微小变化会在代谢物水平得到放大;②代谢组学的研究不需进行全基因组测序及建立大量表达序列标签的数据库;③代谢物种类远少于基因和蛋白的数目,每个生物体中代谢产物大约在103数量级,而最小的细菌,其基因组中也有几千个基因;④生物体液的代谢物分析可反映机体系统的生理和病理状态。Q:非靶标和靶标定量如何选择?A:如果没有特别关注的代谢物质建议选择非靶标,可以检测出某一特定条件下所有的代谢产物,并进行定性和相对定量分析,以寻找目标差异代谢物;如果有关注的目标代谢物建议选择靶标定...
  • 2016 - 04 - 30
    1、 GBS的适用范围:•  GBS适用于那些拥有家系群体或自然群体的物种,有无参考基因组均可;尤其适合重复序列较多的物种,如玉米、高粱等。
  • 2014 - 11 - 11
    计算平台:2015年3月,南京集思慧远购买的Dell的机架式服务器开始正式运行。目前公司的服务器可以为海量生物信息数据进行存储、处理和后续服务。该服务器具有较高的分析性能,可以轻松完成基因组组装、转录组拼接、重测序分析、基因注释等常用的生物信息分析。
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