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文章解读                                              / Case 更多
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  • 2017 - 06 - 09
    蛋白质组学是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态,了解蛋白质之间的相互作用与联系,揭示蛋白功能与细胞生命活动规律的一个新的研究领域。Q:什么样的样本可以做蛋白定性分析?A:蛋白质溶液、SDS-PAGE条带(考染、银染条带清晰可见)、Western blot目标条带、双向凝胶电泳点等样本,符合送样要求均可进行蛋白质定性,就样本不同定性出来的蛋白质数量会有差别。Q:蛋白全谱分析能鉴定多少蛋白?A:蛋白全谱分析鉴定的蛋白数与物种、样本中蛋白质含量及复杂程度、蛋白组分分离程度、数据库的完整度都有很大的关系。一般情况下,一次全谱分析可以鉴定3000-5000种蛋白;但一般胶条可以鉴定几种到几百种蛋白质。Q:双向凝胶电泳与质谱联用鉴定蛋白的过程是什么?A:通过对蛋白质双向电泳的图谱扫描,进行谱图差异分析,找出差异点切出,进行脱色、酶解、质谱检测,得到质谱原始数据文件,通过...
  • 2017 - 05 - 11
    1、长非编码RNA 建库时为什么只去除 rRNA:•  与 mRNA 相似,有一部分长非编码 RNA 具有 polyA 尾,用去除 rRNA 的方法能够最大限度地保留含有polyA 尾的长非编码RNA。而对于去除 mRNA,目前用到的方法主要为Oligo dT 磁珠调离的方法,此方法会去除包含有polyA 尾的长非编码RNA。
  • 2017 - 04 - 22
    1、生物学重复间相关系数低问题:•  实验技术重复高,生物学重复和处理有关,样品本身导致重复间差异因素就很不好控制,是由于样品问题导致的生物学重复相关系数较低。•  可用无生物学重复,按照之前的比较再做差异及富集分析,让老师关注感兴趣较为符合预期的基因功能(代谢过程),可以通过实验的手段q-PCR等,弥补生物学重复的不足,只要找到解释生物学现象的插入点,写文章就没有问题。 2、转录组测序后续验证实验:•  最常见的是实时荧光定量PCR,也可以通过Northern blot 技术验证。这两种技术都可以从表达趋势上验证测序结果的准确性。•  另外对转录组测序挖掘出的目标性状功能基因的功能验证则可通过转基因验证。 3、转录组测序深度的问题:•  转录组测序中没有提到测序深度,因...
  • 2017 - 04 - 10
    代谢组学作为一门继基因组学、转录组学及蛋白质组学之后新发展起来的技术,通过考察生物体系受刺激或扰动后(如将某个特定的基因变异或环境变化后)其代谢产物的变化或其随时间的变化,来研究生物体系的代谢途径。近年来受到越来越多的关注,现在就初级入门者比较关心的问题做一个总结。Q:代谢组学与其他组学相比,有什么优势?A:①基因和蛋白质表达的微小变化会在代谢物水平得到放大;②代谢组学的研究不需进行全基因组测序及建立大量表达序列标签的数据库;③代谢物种类远少于基因和蛋白的数目,每个生物体中代谢产物大约在103数量级,而最小的细菌,其基因组中也有几千个基因;④生物体液的代谢物分析可反映机体系统的生理和病理状态。Q:非靶标和靶标定量如何选择?A:如果没有特别关注的代谢物质建议选择非靶标,可以检测出某一特定条件下所有的代谢产物,并进行定性和相对定量分析,以寻找目标差异代谢物;如果有关注的目标代谢物建议选择靶标定...
  • 2016 - 04 - 30
    1、 GBS的适用范围:•  GBS适用于那些拥有家系群体或自然群体的物种,有无参考基因组均可;尤其适合重复序列较多的物种,如玉米、高粱等。
  • 2014 - 11 - 11
    计算平台:2015年3月,南京集思慧远购买的Dell的机架式服务器开始正式运行。目前公司的服务器可以为海量生物信息数据进行存储、处理和后续服务。该服务器具有较高的分析性能,可以轻松完成基因组组装、转录组拼接、重测序分析、基因注释等常用的生物信息分析。
优秀案例 / Case 更多
发布日期: 2016 - 06 - 25
测序发现控制袖蝶翅膀花纹的基因开关2016-2-1 测序中国摘要:研究进化的一个重要目标是,当生物中出现一种新的形态结构,找到其背后的基因变化。据英国剑桥大学官网近日消息,该校科学家通过对多种亚马孙袖蝶做基因测序分析发现,控制它们翅膀上不同条纹和斑点的基因开关。研究进化的一个重要目标是,当生物中出现一种新的形态结构,找到其背后的基因变化。据英国剑桥大学官网近日消息,该校科学家通过对多种亚马孙袖蝶做基因测序分析发现,控制它们翅膀上不同条纹和斑点的基因开关各自独立,而且不同袖蝶都有这些基因开关,就像一种基因“画笔盒”,能通过异种交配来产生新花纹。  对于进化而言,种间基因交换非常重要,人类也曾发生过这类交换,可能正是这些交换帮我们在高纬度地区生存下来。在蝴蝶中,交换翅膀花纹模式能让不同蝴蝶拥有相同的示警信号,抵御它们的天敌,这种现象也叫拟态。袖蝶翅膀的花纹常见为两种模式结合,前翅为一对丹尼斯红斑,后翅为像扇子似的放射形红纹。 研究人员对17种142只袖蝶做了测序,对比了它们的DNA数据,一直追溯到近200万年前,研究它们前后翅的两个花纹区域是怎样结合的。他们发现,虽然这些花纹的基因开关彼此相邻,却可以独立操作。从近200万年前那次偶然杂交的位点开始,每种花纹开关只进化过一次,且所有袖蝶都有这些开关。  参与该研究的剑桥大学动物学系教授克里斯·吉金斯说,蝶翅上不同的色块由不同的基因开关控制,可以独立打开或关闭。而这些开关在各种袖蝶中都有,通过不同组合就能产生新的花纹。通过鉴别各基因开关与花纹多少、何时进化、如何分化之间的关系,能绘出袖蝶物种进化树,显示它们的种间色彩跨越。  另一位研究人员、剑桥大学动物学系的理查德·沃班克说,这种进化“画笔”的关键是每个基因开关都是独立的,而开关控制的基因相同,每次编码同一种蛋白质。由于开关独立,它们更细微也更强大,允许进化上的修修补补而不影响控制脑和眼睛的基因部分。这种模块化意味着开关很小一片基因就能在蝴蝶翅膀上产生某种花纹,就像一种基因画笔盒。
发布日期: 2016 - 05 - 30
科学家通过多种方法探究长链非编码RNA2016-2-3测序中国摘要:直到今天,针对lncRNA的简洁且合理的分类系统仍遥不可及。 2013年,一群研究人员决定更加深入地挖掘一种名为H1的人类胚胎干细胞系,并且获得了一些惊喜。H1是最著名的干细胞系之一,但该团队还是成功发现了2000多个。直到今天,针对lncRNA的简洁且合理的分类系统仍遥不可及。 2013年,一群研究人员决定更加深入地挖掘一种名为H1的人类胚胎干细胞系,并且获得了一些惊喜。H1是最著名的干细胞系之一,但该团队还是成功发现了2000多个此前未被阐明的RNA片段。更重要的是,其中有146个为人类胚胎干细胞所独有,从而为研究多能性——变成体内任何细胞类型的能力——提供了诱人线索。然而,这些转录并未受到关注,因为它们含有往往会被序列分析器过滤掉的重复性编码片段。这是一个巨大的盲点。其他实验室曾发现了富含重复性编码并且在人类干细胞中非常重要的RNA存在的初步证据。在主要来自美国加州斯坦福大学的研究人员分析结果时,他们意识到,自己正好找到了此类RNA。团队成员Vittorio Sebastiano介绍说,在一份包含146个RNA序列的清单中,最丰富的3个——被命名为HPAT2、HPAT3和HPAT5——似乎对于建立可发育成人类胚胎的多能细胞是必需的。 这些RNA片段是长链非编码RNA(lncRNA)(至少有200个碱基长并且不会编码蛋白的序列)的例证。lncRNA存在于很多不同种类的组织中,而且经常在细胞内特定位置处被发现。不过,大多数lncRNA缺少得到明确定义的功能,并且直到最近,还被认为仅仅是转录噪音。 随着更多数据大量涌入,这种观点开始发生变化。数据表明,lncRNA被转录的基因组区域在进化中要比此前想象的更加高度保守,而这意味着它们具备一些功能。不过,直到今天,针对lncRNA的简洁且合理的分类系统仍遥不可及。功能优先 由于lncRNA的清单是如此之长,因此一个关键步骤是决定哪些被优先用于研究。约15年前在研究生阶段发现了lncRNA的John Rinn提议,从那些来自已同疾病联系起来的基因组区域的lncRNA开始。目前,Rinn在麻省理工学院和哈佛大学成立的布罗德研究所内管理一家专注于研究分子的实验室。 另一个想法是研究lncRNA位于哪些地方——比如,找到靠近转录起始...
发布日期: 2016 - 05 - 28
2016-7-7 生物帮 2016年7月6日,国际著名学术期刊《美国国家科学院院刊》杂志在线发表了中科院上海植物逆境生物学研究中心朱健康研究组题为" Methylation interactions in Arabidopsis hybrids require RNA-directed DNA methylation and are influenced by GENEtic variation”的研究论文。研究以模式植物拟南芥为研究材料,发现了RdDM 路径在F1杂交一代的DNA 甲基化相互作用中起到关键作用,并首次明晰该途径所产生的DNA甲基化并不是调控杂种优势形成的主要表观遗传因子。朱健康课题组张青竹、王栋和梁兆波为论文共同第一作者,朱健康教授为论文通讯作者。 杂种优势是一种普遍而重要的生物学现象,指遗传结构不同的两个群体杂交所产生的子代在生长势、生活力、繁殖力、适应性以及产量、品质等性状方面超过双亲的现象,已被广泛应用到作物育种中。植物杂种优势机制解析一直是国内外植物科学研究的重点和热点,但迄今为止,未能全面解析其复杂的分子作用机制。近年来,鉴于DNA甲基化对基因表达调控的重要作用,DNA甲基化状态在杂种与亲本的变化和杂种表现的关系受到越来越多的关注。目前的研究表明杂种中DNA甲基化水平明显高于亲本,同时也发现F1代的中RNA介导的DNA甲基化(RdDM)路径标志性24nt siRNA水平也高于亲本。因此,人们推测RdDM途径可能参与了杂种DNA甲基化模式和水平的调控,同时对杂种优势的产生发挥重要作用。但此推测正确与否,一直缺乏有效的实验证据。 朱健康课题组利用表观遗传基因组学手段,并开发出一种新算法,在杂种中鉴定出将近3000个甲基化相互作用的区域,该区域不但包含了数百个前人已经鉴定的、存在于亲本间甲基化差异的区域(differentially methylated regions, DMRs)的甲基化相互作用区域,而且有最新鉴定的2000多个位于非DMRs的区域。进一步研究发现,发生甲基化相互作用的区域富集了大量的sirna。因此为了进一步揭示RdDM途径对DNA甲基化模式与水平的作用,研究人员构建了调控RdDM途径的2个关键基因NRPD1和NRPE1的双突变体nrp1 nrpe1亲本,并获得了nrp1 ...
发布日期: 2016 - 05 - 15
新研究披露与脑部功能障碍相关的241个基因2016-1-29  测序中国摘要:美国宾夕法尼亚州格伊辛格卫生系统的研究人员汇总了241个与大脑功能障碍有关的基因,同时发现了17个新基因突变与大脑发育障碍有关,包括自闭症、癫痫、精神分裂症和双相感情障碍,相关研究成于2016年1月28日发表。美国宾夕法尼亚州格伊辛格卫生系统的研究人员汇总了241个与大脑功能障碍有关的基因,同时发现了17个新基因突变与大脑发育障碍有关,包括自闭症、癫痫、精神分裂症和双相感情障碍,相关研究成果于2016年1月28日发表在《JAMA Psychiatry》杂志上。研究人员从PubMed数据库中调查了2003年 3月28日至2015年5月7日期间的近400项研究,这些研究中包含了大量的大脑发育障碍患者。研究人员所关注的数据包括以下几个方面:全基因组中的致病功能丧失(pathogenic loss-of-function )序列及结构变异数据、六种不同的脑部疾病(包括智力障碍、自闭症、多动症、精神分裂症、双相感情障碍、癫痫)的表型数据、大规模研究或案例报告中关注的候选基因,研究人员针对这些数据进行分层、多层次数据集成研究。研究人员将所发现的基因排为4个级别:一级为包含三个或三个以上新生致病性功能丧失突变体(de novo pathogenic loss-of-function variants)的基因,二级为包含两个新生致病性功能丧失突变体的基因,三级为包含一个新生致病性功能丧失突变体的基因,四级为仅包含遗传性致病性功能丧失突变体的基因。使用这种方法,研究人员确定了241个基因与大脑功能障碍有关,同时找出了17中与自闭症或其他脑部疾病有关的新基因。总体来说,研究人员把59个基因归为一级,44个归为二级,68个归为三级,70个归为四级。在这241个基因中,7个被证明与脑部障碍直接相关,10个为候选基因。研究人员表示,“脑部疾病新致病基因的识别,增加了人类对脑部疾病生物学机制的了解,为最终的靶向治疗奠定基础。如今我们知道至少40%-50%的大脑紊乱由个人的基因突变所致,诸如此类的研究使人类对脑部疾病的了解更加清晰。”该研究团队还创建了在线数据库供其他研究者或临床医生所使用,在线数据库中含有241个基因的具体信息和分类。参考文献:A Cross-Disorder Method to Ident...
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