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    发布时间: 2019 - 01 - 29
    小基因组测序,等待您的加入!客户发表文章:”The Complete Plastid Genome of Magnolia zenii and Genetic Comparison to Magnoliaceae species“        壹俺们很优秀,无奈太低调,悄悄告诉您,俺们公司客户叶绿体文章又有一篇发表啦!集思慧远带着自主研发的叶绿体组装软件为您科研道路上添砖加瓦!下面小编就带您看看,一篇叶绿体文章如何造就!贰                      宝华玉兰的完整质体基因组及其与木兰科植物的遗传比较                           IF=3.098宝华玉兰是一种极度濒危物种,仅存于中国江苏省宝华山有18棵。关于它的分子生物学的信息很少,直到现在还没有对宝华玉兰进行质体基因组研究。本文通过对宝华玉兰(Magnolia Zenii)的完整叶绿体基因组进行测序组装,鉴定SSR,并通过对近缘物种基因组结构和序列数据的比较分析,揭示了5个突变热点,对今后木兰科的系统发育和进化研究具有重要意义。这篇文章的研究内容如下:1、叶绿体基因组组装宝华玉兰基因组长160,048 bp,GC含量为39.2%,包括一对26,596 bp的反向重复区(IRA和IRB),一个大单拷贝区(LRC)88,098 bp,一个小单拷贝区(SSC)18,757 bp.2、木兰科物种叶绿体基因组比较分析用28种木兰科物种和2种鹅掌楸的叶绿体基因组进行序列比对。宝华玉兰的叶绿体基因组放...
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    发布时间: 2019 - 01 - 28
    摘要油菜是一种重要的油料作物,为了适应不同的气候带和纬度,形成了三种主要的生态型(冬性,半冬性,春性)。这些生态型多样性背后的遗传机制目前还是未知的。本研究这对收集的世界各地的991份资源品种进行全基因组重测序并分析了这些资源的遗传多样性。测序结果分别和油菜“Darmor-bzh”,“Tapidor”基因组比对鉴定到5.56M/5.53M SNPs,1.86M/1.92M Indels。文章通过构建等位基因漂变图揭示主要群落的,利用遗传多样性和连锁不平衡参数研究了甘蓝型油菜两个亚基因组的非对称进化。选择性清除分析表明了调控各种植物发育和胁迫的直系同源基因间的遗传多样性。全基因组关联分析发现在FT和FLC同源基因的启动子区域的SNP,符合不同生态型的油菜。材料方法实验材料:来自39个国家,658种冬性、145种半冬性、188种春性油菜。测序策略:Illumina HiSeq Xten PE150,共7.9T(平均测序深度6.6X)。油菜参考基因组:‘‘Darmor-bzh’’ genome (B. napus v4.1 genome),‘‘Tapidor’’genome。系统发育分析:MEGA5.2(NJ树,Kimura 2-parameter model);LD分析:PLINK,群体结构:ADMIXTURE;PCA:EIGENSOFT(smartPCA)。SNP重组率计算:R package FastEPRR;等位基因漂移分析:TREEMIX,基因流画图:R package ggplot2。选择性清除:PopGenome(Fst),XP-CLR;关联分析:TASSEL(MLM)。研究结果1、991份油菜资源群体结构和遗传变异A/B.991份油菜资源全球分布情况及对应三种生态型;C.991份材料的系统进化分析(与油菜生态型大致相同);D.群体主成分分析,PC1能够区分冬性和半...
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    发布时间: 2018 - 12 - 13
    发表期刊:Postharvest Biology and Technology影响因子:IF=3.112(SCI二区)研究背景草莓(Fragaria×ananassa Duch.)由于其独特的风味和多汁的质地,是一种在世界范围内广受欢迎的园艺作物。它是维生素C和抗氧化剂的良好来源,但由于软化快、机械损坏、真菌腐烂和采后代谢迅速,很容易腐烂。在6℃贮藏1d后,草莓果实中的蔗糖水平由于快速的采后代谢而达到无法检测的水平。虽然草莓品种的贮藏期不同,但平均贮藏期通常只有3-5d。先前研究报道了CO2诱导的生理和机械变化,收获后,草莓果实中含有较高水平的二氧化碳(CO2)以提高可储存性。暴露于20%CO2中12或48h的草莓果实比在环境空气中贮藏3d的水果更结实。高浓度的二氧化碳会影响细胞壁钙的结合,提高果实的硬度。为了深入了解高浓度CO2在分子和生化水平上的影响,多学科方法是必要的。整合基因组学、蛋白质组学和代谢组学将有助于更好地理解植物对外界刺激的全面定性和定量反应。尽管对草莓果实采后对高CO2的响应进行了研究,但对细胞反应的全面了解仍不甚清楚。本研究联合转录组学和代谢组学方法来研究分子和细胞反应,将收获的草莓果实短期暴露于30%CO2,以全面了解改善的果实耐贮性。材料与方法01植物材料与CO2处理草莓于80%红色收获,收获后,果实立即运往实验室。选择大小和颜色一致的果实作为试验材料。分组:0D:环境空气0h(收获后立即)1D:3h环境空气处理后1d1DT:3h 30%CO2处理后1d 02硬度测定随机抽取3个重复容器中的10个草莓果实进行硬度测定(n=30),经硬度测定后丢弃。采用CT-3纹理分析仪进行硬度测量。用直径为100mm、速度为2mm、应变为5mm、直径为100 mm的平板探针,在果实赤道面测量果实硬度(N)。草莓果实表面微生物...
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    发布时间: 2018 - 12 - 13
    集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》英文标题:Comparative transcriptome analysis of roots, stems and leaves Isodon amethystoides reveals candidate genes involved in Wangzaozins biosynthesis杂志:BMC PLANT BIOLOGY影响因子:IF=3.930摘要    王枣子是一种重要的中药植物,具有治疗多种疾病的药理作用,包括肺结核。四环二萜类化合物王枣子素(王枣子甲素Wang zaozin A,王枣子乙素GlucocalyxB)是王枣子的主要生物活性化合物。然而,关于这些化合物生物合成的分子信息仍然不清楚。通过对王枣子中王枣子素积累水平的研究,发现该植物的根、茎和叶组织有很大的变化,表明不同组织间代谢产物生物合成和积累的可能存在差异。为了更好地阐明四环二萜生物合成途径,我们对根、茎和叶组织进行转录组测序,并进行了de novo序列组装和分析。分析了与二萜类生物合成有关的候选基因,如CPS、KSL等。用qRT-PCR方法对8种涉及四环二萜类生物合成的转录本在王枣子不同组织中的表达谱进行了验证,解构该通路的基因表达谱。ISPD、ISPF和ISPH(MEP途径)以及IaCPS和IaKSL(二萜类途径)候选基因在叶片和根中的差异表达,可能是造成王枣子叶片中王枣子素积累较高的原因之一。本文报道的基因组数据和分析为进一步研究这一重要药用植物奠定了基础。材料与方法植物材料:一年生健康王枣子个体的根、茎、叶(3个重复)王枣子素的提取与鉴定(靶标代谢):种类:王枣子甲素、王枣子乙素和王枣子丙素        &...
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    发布时间: 2018 - 12 - 10
    英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要   逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果,RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止,经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中,有13个候选参考基因(包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因,以及目前使用的β-actin基因)在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA)、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中,用GeNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2,分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后,被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外,为了验证我们的结果,我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性,并将有...
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    发布时间: 2018 - 12 - 03
    发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反,这类信息可以由功能宏组学收集,如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP),它们对微扰具有较高的敏感性,因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面,特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系,为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标,在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢,氨基酸生物合成,孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少,尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息,并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析,到目前为止,还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征,这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注:从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名,女性8名)。从每个人身上采集粪便样本,同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库,以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较,并进行分类和功...
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发布时间: 2017 - 02 - 17
摘要:DNA N6-甲基脱氧腺苷(6mA)主要是原核(细菌)DNA修饰,(以往的研究表明5mC修饰在调控哺乳动物基因表达中起着非常重要的作用;而6mA修饰广泛存在于细菌中,在DNA复制、修复、基因表达调控及宿主-病原体相互拮抗等方面发挥重要的功能。6mA修饰方式在高等真核生物基因组中由于其含量极低,因此其研究一直被忽视。)目前已经发现其在真核DNA中存在并发挥表观遗传的作用。本文研究表明,在脊椎动物的早期胚胎发育期间,6mA累积到总脱氧腺苷的0.1-0.2%,但随着胚胎发育,逐渐减少。在此过程中,大部分的6mAs位于基因组的重复区域。 方法:收集斑马鱼早期胚胎、分离gDNA。将未受精的精子从麻醉的雄性中挤出,将卵母细胞从麻醉的雌性中挤出。受精胚在28.5℃的Holtfreter's溶液中生长,并根据标准形态学标准分期。将卵母细胞和不同阶段的胚胎在液氮中冷冻,直到收集到足够的胚胎用于DNA提取。 猪卵母细胞采集和体外成熟。在屠宰场收集青春期前母猪的卵巢。用注射器吸出3-6mm的窦卵泡,收集卵丘-卵母细胞复合体(COCs)。用PVA-TL-HEPES培养基洗涤三次,再用TCM-199培养基洗涤两次。随后,在5%CO2的潮湿气氛中,在38.5℃下不含激素的TCM-199培养基中使COCs成熟42- 44小时。然后,在工作溶液(0.03g透明质酸酶,5.46g甘露醇,0.001g BSA,5ml PVA-TL-HEPES和95ml ddH2O)中洗涤COC以除去卵丘细胞,并取出成熟卵母细胞,-80℃冻存。体外受精。体外成熟后,用2ml新鲜IVF培养基轻轻洗涤COC以除去卵丘细胞。洗涤后,将裸露的卵母细胞置于50μL矿物油覆盖的IVF培养基中。将卵母细胞在38.5℃,5%CO2下孵育30分钟,直到加入精子。将卵母细胞与精子在IVF培养基中在38.5℃,5%CO2下...
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发布时间: 2016 - 12 - 22
摘要:炎症性肠病(IBD)可能是基因与环境相互作用产生的。本文研究了240个初诊病例IBD和190个对照的全基因组表观遗传范围内的DNA甲基化差异。通过全基因组重亚硫酸盐测序,鉴定到439个差异甲基化位点(DMP)和5个差异甲基化区域(DMR)。结合基因组数据和表观遗传数据,找出甲基化的数量性状位点。与VMP1甲基化相关的两个SNP位点,与已知的IBD的SNP位点连锁不平衡。TXK基因(DMR内的)与IBD相关的高甲基化,与全血和CD8+ T细胞的基因表达呈负相关,和其他的细胞不是这种关系。因此,IBD中位点特异性的DNA甲基化的变化,会引起潜在的基因型和细胞特异性的基因表达量的改变。备注:先前的GWAS研究已经证明了200个SNP位点与IBD相关。 材料与方法:样品收集和细胞分离。在以下管中采集血液样品:9ml Z血清凝块激活空泡(Greiner,Frickenhausen,Germany),9ml K3 EDTA空泡(Greiner)和PAXgene血液RNA管(BD,NJ,USA)。将18-36ml的EDTA缓冲血液用于初始Ficoll(Ficoll-Paque,GE healthcare,Bucks,UK)密度梯度离心以获得外周血单核细胞。使用autoMACs Pro细胞分离器(Miltenyi,Germany)对用抗体包被的微珠(人CD14 +,CD8 +和CD4 +微珠,20ml / 1×107个细胞)标记的细胞进行免疫磁性分离。在初始CD14 +耗尽步骤后进行CD4 +分离。使用荧光抗体染色和流式细胞仪(FACS Aria II,BD,Germany)估计细胞纯度。在外周血单核细胞消耗后,将红细胞在冰上裂解(1,000ml dH2O,8.3g NH4Cl,1.0g KHO3和1.8ml 5%EDTA),通过离心回收白细胞。...
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发布时间: 2016 - 10 - 14
摘要:缺氧是水环境中最广泛和最紧迫的问题之一。本文的研究表明,海洋青鳉鱼(Oryzias melastigma)缺氧后,导致F1和F2代的生殖障碍(性腺发育延缓、精子密度减少、精子活力降低),尽管这些后代(和他们的生殖细胞)从未暴露于缺氧环境。进一步研究表明,跨代的生殖障碍与F0、F2的精子特异基因的差异甲基化模式有关,相关的转录组和蛋白质组的改变可能影响精子的发生。所发现的遗传和表观遗传的影响表明,缺氧可能对鱼类种群产生一个巨大而持久的威胁。调节精子发生的基因和表观遗传修饰在脊椎动物中是高度保守的,这些结果同时也揭示了缺氧在其他脊椎动物中潜在的遗传效应,包括人类。 材料与方法:材料:海洋青鳉鱼取材方法:性成熟的海洋青鳉鱼保持在常氧(normoxia)或缺氧(hypoxia)培育一个月。常氧的F1、F2代受精卵的仍保持常氧培育。缺氧组的受精卵在受精1h后收集,并分为两类,一类恢复常氧培育,并持续两代。另一类仍缺氧培育两代。 测序策略和分析流程:测序:Illumina HiSeq 2000分析:测定睾丸组织学改变、精子活力和受精成功率,分析精子的DNA甲基化模式(使用甲基化DNA免疫沉淀测序、MeDIP Seq),分析F0、F2代常氧、缺氧和跨代组的睾丸的差异表达基因(RNA-seq)和蛋白质组(采用Western blot和iTRAQ定量测定)。 研究结果:1、F0、F1、F2代生殖功能障碍。a、实验设计。b、F0、F1、F2代的精子活力。N、T、H代表常氧、跨代、缺氧组。VAP、平均路径速度;VCL、曲线运动速度;VSL、直线运动速度。可见,即使未缺氧,F1T、F2T的精子活力也明显下降。c、睾丸重量比较分析。d、精子细胞比例比较分析。 2、F0、F1、F2代睾丸中缺氧诱导的蛋白表达差异(DEPs)。同位素标记相对差异绝对定量(iT...
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发布时间: 2016 - 09 - 14
摘要:本文报道了全基因组单碱基分辨率下,镉胁迫水稻的甲基化的胞嘧啶和转录组的变化。在镉胁迫和无镉水稻基因组之间,CG和非CG的甲基化标记有广泛差异。检测到2320个非冗余的差异甲基化区域。RNA测序发现了2092个DNA甲基化修饰基因在镉胁迫下的差异表达。上游、下游、基因区,高甲基化(CG,CHH,CHG)的基因比低甲基化的基因更多。许多基因与应激反应、金属转运和转录因子有关。大多数的DNA甲基化修饰基因在镉胁迫下发生转录改变。在DNA甲基化和组蛋白修饰活性中的一个功能缺失的突变体子集,被用来确定选定的基因的转录丰度。相比于野生型,DRM2和MET1的突变导致镉胁迫后基因较低的转录水平,DRM2中OsIRO2、OsPR1b和Os09g02214的转录本明显减少。一种常用的DNA甲基化抑制剂,5-氮杂胞苷,被用来探讨DNA去甲基化是否产生生理后果。5-氮杂胞苷降低所选基因的DNA甲基化水平,但促进水稻幼苗生长和水稻镉积累。 材料:水稻(Oryza sativa ssp japonica cv. Nipponbare)取材方法:种子用5%次氯酸钠消毒,用蒸馏水彻底清洗。30℃、暗室孵育两天,种子萌发。随后,幼苗被转移至1.2L聚乙烯容器中,加入一半霍格兰营养液,暗室孵育两天。然后,又在14h光照(30℃)、10h黑暗(25℃)下,孵育两天。之后,进行0μM和 80μM的镉(硫酸镉)处理,pH 5.8,设三个生物学重复。对BS-seq和RNA-seq,80μM的镉(硫酸镉)处理四天。对长期实验,0μM和 5μM的镉处理一个月。 DNA提取:每个文库36个苗。QIAamp DNA Mini Kit。RNA提取:每个文库36个苗。TRIzol Reagent。共四个库(根、茎有无镉)。 测序:BS-seq(重亚硫酸盐测序):Illumina hiseq ...

表观遗传

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