服务热线: 025-85381280
专业领域 更多
文献解读 / Case 更多
  • 浏览次数: 88
    发布时间: 2018 - 03 - 29
    生物炭的改良可以降低植物对叶和土壤传播病原体引起的病害的敏感性。生物炭土壤改良与叶片病原体之间缺乏物理联系,这表明系统范围内的植物防御系统在生物炭的存在下被激活,其可通过防御相关基因的上调而介导。促进生物炭刺激植物保护的机制仍然是深入研究的主题。这种“生物炭效应”的一个可能的解释是用生物炭改良土壤会改变根际的微生物群落,促进刺激植物生长和诱导植物抗性的有益微生物繁殖。为了阐明产生“生物炭效应”的机制,本研究全面监测了番茄植株的发育和对叶片真菌病原灰霉病的抗性。使用原生生物炭和洗涤生物炭的改良和非改良土壤,由活性化学成分组成;同时通过高通量16S rRNA基因扩增序列和碳源利用谱分析了根际细菌群落的演替。试验设计本研究进行了两个独立的实验。试验(I)旨在了解生物炭土壤改良对植物生长发育和叶面病菌抑制的影响。与根系相关细菌群落的演替和多时间点的微生物代谢潜力有关。试验(II)确定了不同的生物炭组分在单一时间点对叶面病原体抑制和与根相关的细菌群落结构和代谢潜力的贡献。在这两个实验中,植物随机分布在温度控制的温室中,并保持在最佳施肥和灌溉条件下。在实验I中,每个处理的六株植物在四个时间点(第3,6,9,12周)取样,代表植物生长的各个阶段(幼苗,快速生长,开花和第一次果实),以测定植物生理参数,叶片膜稳定性,叶矿物质,光合色素组成以及植物次生代谢物。主要研究成果在生物炭改良土壤中生长的植物相对于未改良的土壤在大多数评估时间(第6,9和12周,P另外,为了确定生物炭的哪一组分在“生物炭效应”中起主导作用,研究者分析了番茄植物在天然和无化学生物炭(CFB)的情况下对灰霉病的抗性实验(实验II)。在用生物炭改良的盆栽混合物中生长的植物相对于在未改良的盆栽混合物中生长的植物(从AUDPC值计算,PFig. 1 Effect of biochar soil amendment on...
  • 浏览次数: 104
    发布时间: 2018 - 03 - 28
    摘要季也蒙毕赤酵母(M. guilliermondii)能显著抑制贮藏梨的自然腐烂并对储存品质无不良影响,同时还能诱导梨的抗性。通过和对照相比发现季也蒙毕赤酵母能显著诱导一些抗性相关基因的表达,比如一些编码苯丙氨酸解氨酶、过氧化物酶、β-1, 3葡聚糖酶的基因。此外,研究发现和空白对照0d相比接种季也蒙毕赤酵母的梨中葡聚糖酶表达水平上升105倍。这些研究表明季也蒙毕赤酵母能够增强梨的抗性机制。接种3天后的梨和空白对照相比,检测到144个显著上调表达的基因(其中包括抗性相关的酶:类G蛋白偶联受体1、类阳离子过氧化物酶1、类β葡聚糖酶12)。抗性相关的转录组因子WRKY9,WRKY31以及其他一些和发病机理相关的基因(Pyr c1,Pru ar 1-like,Pru av 1-like)也受到诱导。这些结论为拮抗酵母菌在梨中的生防机制提供新的研究基础。材料方法沙梨品种:“Shuijing’’,所有梨都是均一大小随机采集、成熟且无明显损伤结痂;用0.1%次氯酸钠消毒1min并用自来水清洗干净,室温风干。在所有梨的表面“赤道区域”挖出(5mm deep X 4mm diameter)规格相同的三个孔,对照:每个孔加入30ul无菌蒸馏水,处理:每个孔加入30ul季也蒙毕赤酵母悬浮液。所有样品室温条件风干2h并开始孵化(20℃,湿度:95%),孵化0(接种后2h)、1-5天,从孔的周围取2g梨果实组织(切成砂浆状、加入液氮研磨,提取总RNA),每种处理取3个生物学重复(共36样品)。测序方案:Illumina HiSeq X Ten PE150,文库(150-250bp),平均7.2G/sample。差异基因筛选标准:|log2 (Fold change)| ≥ 2,FDR 。定量PCR:Biorad CFX-96(内参:ACTIN)。研究结果1、季也蒙毕赤酵母对梨自然腐烂和品质的影响...
  • 浏览次数: 110
    发布时间: 2018 - 03 - 23
    位置记忆赋予再生组织两个关键属性。首先,离身体近端的截肢比远端截肢的再生更快。第二,新的组织是有图案的。只有损伤部位远端的结构才能再生。虽然相当多的研究集中在了解不同的生物体是如何开始再生的,并且计算模型已经预测了位置信息如何调节再生生长,然而关于位置记忆的细胞机制知之甚少。跨膜受体Prod1是位置记忆唯一真正的效应者。除Prod1外,小分子维甲酸(RA)也被报道为两栖类肢体位置记忆的效应物。尽管有关Prod1和RA的这些数据,但没有调节位置记忆的分子,在未受伤的附肢中表现出轻微的表达,并且在物种间保守。普遍假设预测位置记忆机制的分子梯度存在于未受伤的附肢中。因此,本研究测定了沿着成年斑马鱼尾鳍近远轴轴线的RNAs,蛋白质和代谢物的全局丰度,鉴定了许多不同的图案分子。这些信息为再生生物学领域提供了丰富的资源。主要研究结果为了鉴定可能参与尾鳍位置记忆的候选分子,本研究对未受伤的斑马鱼尾鳍的近端,中间和远端区域进行了RNA测序(RNA-seq)和无标记定量(LFQ)蛋白质组学(图1A),共鉴定出566个转录本和238个蛋白质,主要存在于近或远的富集梯度中(图1B)。另外,主成分分析(PCA)显示鳍的近端和远端区域之间的转录物(图1C)和蛋白质(图1D)丰度的变化很大。中间区域的转录本聚集成一个独特的组,但更接近于远端区域(图1C)。差异丰富分子的最大差异发生在近端和远端区域之间,包括1,424个转录本和113个蛋白质(图1E)。因此,基因组的表达在整个尾鳍的近远端轴上存在着定量的差异。Fig. 1. Transcriptomic and proteomic mapping of positional information in uninjured caudal fins.图1无损伤尾鳍位置信息的转录和蛋白质组学图谱为了确定沿尾鳍近远端轴线差异表达的分子类型,因此对RNA-se...
  • 浏览次数: 87
    发布时间: 2018 - 03 - 22
    摘要菠菜是一种重要的多叶蔬菜,富含多种必需营养素。本文组装出菠菜的基因组草图,其中包含25,495个编码蛋白的基因。菠菜基因组具有高达74.4%的转座子重复序列。并未发现近期的全基因组复制事件。基因组共线性分析结果表明在石竹目基因组进化过程中菠菜—甜菜之间存在大量的染色体内和染色体间的重排现象。对120份野生和栽培菠菜的转录组测序结果发现超过420k变异位点,数据分析结果表明Spinacia turkestanica可能是栽培菠菜的直接祖先,同时菠菜驯化过程中也遇到较弱的瓶颈期。研究发现93个受到驯化选择的区域,其中包括和抽薹、开花及叶片数量等性状相关的位点。材料方法自交系:Sp75,20天幼嫩叶片,测序方案:Illumina HiSeq2500, 214.9G( 150 bp, 200 bp, 300 bp, 500 bp ,1 kb, 3 kb, 10 kb, 15 kb, );120个菠菜品种(栽培种,野生种)RNA-seq:Illumina HiSeq2500 SE100,平均测序0.83G/sample。基因组组装:Platanus+SOAPdenovo2(框架),光学图谱:IrysView;LTR还原转座子:LTRharvest,重复元件:RepeatModeler,转座子分类:REPCLASS。转录组数据比对:Tophat,组装:Cufflink。同源基因分析:OrthoMCL,共线性分析:MCScanX。转录组数据比对参考基因组:BWA,SNP,indel鉴定:SAMtools。系统进化树:PAUP(最大简约法),PCA:EIGENSOFT smartpca,群体结构:STRUCTURE,LD:Haploview,选择性清除:XP-CLR,Fst,π(核酸多样性),全基因组关联分析:EIGENSOFT。研究结果1、菠菜基因组de novo测序组装及基因组注释...
  • 浏览次数: 135
    发布时间: 2018 - 03 - 15
    摘要山核桃在森林学和园艺学中是一种常见的长寿二倍体树木。山核桃是一种风媒授粉的雌雄同株树,起作用的雌性和雄性器官的位置和时间都是不同的。由于山核桃基因组的信息的局限性,阻碍了有关其花器官发育相关机制的研究。本文利用RNA-seq技术对山核桃的雌性和雄性花序进行比较转录组学的研究,并首次提供了山核桃转录本的de novo组装信息。最终利用山核桃雌性花序测序数据构建了一个包含53894条unigene的数据库,N50(1411bp),而且与雄性花序相比仅有少数unigene的差别。通过生信分析获得了11813条简单重复序列,并且在其中开发了7725对引物。在雌、雄花序间共检测到5826个差异表达基因,其中大部分是和植物激素调节相关的,特别是赤霉素生物合成(GA2OX,GA20OX)、赤霉素信号接收(GID1)、赤霉素调控(GASA,GRF,GRAS)。此外大约1/10(569)的差异表达基因是转录因子,至少有15个ARF,3个bZIP,33个bHLH,8个GH3,13个MADS-box,92个MYB,28个NAC,14个zf-Dof转录因子是和山核桃花器官性别分化相关的。山核桃转录组的组装结果能够增强对不同性别花器官的特异性基因的理解,并且对山核桃种质资源管理和育种工作也有一定的作用。材料方法生长4年的山核桃树:雄性和雌性花序(各3个生物学重复),分别混成一个样建库测序。测序平台:Illumina HiSeq 2000 PE100,雌性(60.98M reads),雄性(57.04M reads)。de novo组装:Trinity;unigene功能注释:Nr,KOG,GO,KEGG,Swiss-Prot,TrEMBL。SSR标记设计:MISA(http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/)研究结果1、转录组de novo组装Unigene长度和G...
  • 浏览次数: 126
    发布时间: 2018 - 03 - 01
    RNA-seq+iTRAQ当前,随着科研技术的不断发展。对于探讨同一生物学问题的方式也越来越多,但最终总逃不过几大经典的组学范围。今天小编就跟大家一起了解一篇转录组+蛋白组揭示铁皮石斛种子萌发机制的文章。【研究方案】文章主要利用转录组+蛋白组联合分析的方式,对铁皮石斛种子在菌根真菌共生和萌发条件下分子水平发生的变化进行探究。通过比较共生与非共生条件下,不同发育时期铁皮石斛种子转录本和蛋白的变化,进而鉴定出调控兰科植物种子共生萌发的关键蛋白。研究结果1、差异蛋白(基因)在共生和非共生萌发条件下相邻发育时期的表达模式共检测到308个差异蛋白(基因)热图中A(差异蛋白),B(差异基因),红色:上调,绿色:下调,黑色:无显著差异,灰色:数据缺失;中间(KOG注释分类),主要集中在碳水化合物代谢,翻译及翻译后修饰三大类2、共生和非共生萌发条件下差异蛋白KEGG富集分析                                  横坐标:富集因子,纵坐标:P-value,圆圈大小:蛋白个数结果表明共萌发过程中真菌的寄生能诱发的重要蛋白(脂质和碳水化合物代谢相关)的较早、较高表达,内质网中蛋白的加工,并且提高贮藏物质的利用率。3、相同发育时期共生和非共生萌发条件下差异蛋白聚类分析                 共生和非共生萌发条件下至少在同1时期检测到的差异蛋白共229个(基于表达模式所有差异蛋白聚类为9个集合)4、转录组和蛋白组联合分析          ...
在线咨询
  • 咨询类别:
  • *
  • 联系人
  • 公司名称:
  • *
  • 公司网址:
  • MSN:
  • QQ:
  • 电话
  • 手机:
  • 传真:
  • E-mail:
  • *
  • 邮政编码:
  • 留言主题:
  • 留言内容
  • *
浏览次数: 44
发布时间: 2018 - 08 - 03
四倍体玫瑰形态特征的QTL分析摘要玫瑰,属于蔷薇科蔷薇属一系列花大艳丽的栽培种,有二倍体和四倍体,目前是世界上最受欢迎的,以及商业上重要的观赏植物之一。玫瑰长久以来就象征着美丽和爱情,有多种浪漫的花语:爱情、美丽、勇敢,不同花的颜色代表不同的意义或爱情的语言。本研究利用最近开发的新的方法,基于已发布的玫瑰的高密度SNP连锁图谱,对分离的四倍体玫瑰进行数量性状QTL的检测,以揭示许多关键形态特征的遗传调控,同时有助于推进多倍体物种中的标记-性状探索的方法。材料与方法材料:四倍体'K5'玫瑰群体,由对比品系P540和P867杂交获得。P540:母本,深红色花,茎和叶柄有刺,易患白粉病;P867:父本,浅橙色花,茎和叶柄上少或无刺,对白粉病抗性强表型测量:3个地点进行表型的测量:荷兰的Wageningen(WAG),肯尼亚的两个生产地点:Nairobi(NAI)和Njoro(NJO)。方法:TetraOrigin;one-stage versus two-stage analysis;single- versus multi-environm-ent analyses;single-marker ANOVA;Co-fact-or analysis;Genotypic information coefficier(GIC)。结果分析1. 一阶段线性混合模型与两阶段QTL分析一阶段分析用蓝色表示,两阶段分析用红色表示。一阶段方法较为强大,检测到更多的QTL位点,但总的来说,两种方法结果相似。2. 单环境与多环境QTL分析单环境分析结果为彩色虚线,多环境分析结果为实心黑线。在单环境分析中发现一些在多环境分析中不存在的QTL。但总体来说,两种分析结果较为相似。3. QTL等位基因组成确定对等位基因构型分析表明,至少有一个QTL峰可能被多个等位基因所影响。4. 单标记方差分析单标记方差分析...
浏览次数: 78
发布时间: 2018 - 07 - 31
摘要番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)对世界各地的番茄市场都产生重大的冲击,杀虫剂和防虫网的使用并没有有效的控制病原菌的侵染。番茄品系AVTO1227是一种高抗TYLCV的材料,本文利用AVTO1227和感病株系“Money maker”构建的F2和BC1群体用来评估抗病遗传机制,并鉴定到一个和SlNACI连锁的隐性抗病基因(ty-5)。对子代的抗、感材料分别进行基因组DNA混池并测序,在4号染色体2.22-3.19Mb区间定位到TYLCV抗病基因(ty-5)。利用定位区间标记将抗病基因进行进一步定位在标记ty5-25~ ty5-29之间,且该区间只有一个pelota基因,因此将该基因作为ty-5的候选基因。在双亲材料中pelota的启动子区域存在两个颠换SNP,外显子区存在一个颠换SNP。然而在三个番茄材料中无论是否接种TYLCV,pelota均未表现出显著的差异。材料方法抗病材料:AVTO1227(ty-5),CLN2777A(Ty-2),感病材料:Money maker,9210;AVTO1227 x Money maker(F2,F2:3),BC1(分别用抗、感亲本作为轮回亲本)。发病状况评估:0-4级别,0:无明显侵染症状,1:叶片顶端轻微泛黄,无卷曲,2:叶片泛黄,顶端卷曲,3:较大面积的叶片泛黄、卷曲,叶片生长缓慢,4:严重泛黄、卷曲,停止生长。F2混池:抗池R(27株,分类为0级),感池S(27株,分类为4级)。测序平台:Illumina High-seq 2500,R池(253M clean reads),S池(239 M clean reads)。参考基因组:Heinz 1706。关联分析:Δ(SNP_index), Δ(INDEL_index), ED。区间作图:JOINMAP4.0,LOD≥3。研究结果1、接种番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)后的表型比较五...
浏览次数: 73
发布时间: 2018 - 07 - 25
研究背景砂仁Amomum villosum,土沉香Aquilaria sinensis,巴戟天Morinda officinalis和广藿香Pogostemon cablin是我国南方著名的药用植物,具有独特的药理活性,但它们的内生真菌很少被报道。采用高通量测序技术,对4种药用植物的叶、茎、根相关内生真菌群落进行了研究。从四种药用植物中,共收集到169,149种内生真菌序列(reads),并将其分为791个可操作的分类单元(OTU)。这些OTUs分类学跨越5门,27科,75目,167科,291属。在属水平上,毛竹属、念珠菌属、黄球藻属和隐球菌属是砂仁A. villosum的优势属;土沉香A. sinensis的优势属为黑孢子菌属、Tylopilus属、线虫捕捉菌属、梨孢霉属和棒孢属;巴戟天M.officinalis的优势属为赭霉属、尾孢属、曲霉属、Cyphellophora属;广藿香P.cablin的优势属为Cladophialophora属、Meira属、Sakaguchia属、青霉属。4种药用植物中,巴戟天的内生真菌多样性最高(H’4.25),而土沉香的内生真菌多样性最低(H’2.37)。同一种植物不同器官间内生真菌群落具有显著差异。材料与方法样品采集和表面消毒不同植物:砂仁、土沉香、巴戟天和广藿香;不同器官:茎、叶、根;所有样品采集均保持无菌环境;附着在组织表面的泥浆和颗粒用蒸馏水冲走,75%乙醇浸泡1min,0.1%HgCl2浸泡1min,以清洗植物表面的微生物。测序平台真菌内转录间隔区(ITS1);Illumina MiSeq PE250生信分析FLASH用于原始数据分析;Trimmonatic为前处理工具;UCHIME删除嵌合体;QIIME用于OTU聚类等;GenBank和IndexFungorum用于数据库检索。真菌群落组成的统计分析利用Mothur对有效的O...
浏览次数: 226
发布时间: 2018 - 07 - 04
发表期刊:International Journal of Molecular Sciences影响影子:3.687研究背景为了评价代谢物的变化与果实颜色变化之间的相互关系,本研究对两种不同猕猴桃的果肉进行了代谢物和转录本的组合分析。选取了果实发育的两个不同阶段:70d(盛开后)和100d(盛开后)以及两个品种“HB”和“YF”。采用超高效液相色谱四极串联质谱法和高通量RNA测序法分别获得代谢物和转录谱。对代谢物的鉴定和定量结果表明,共获得28,837种代谢物,其中13,715种能够匹配到物质。通过对HB100与HB70的比较,发现41个代谢产物为黄酮类化合物,其中7个为差异代谢物,分别为苯并呋喃酮、木犀草素、二氢杨梅素、矢车菊素、天竺葵色素,飞燕草色素和(−)-表没食子儿茶素。代谢物与转录本的关联分析表明,在果实发育过程中,两种代谢途径存在显著差异,其中之一是类黄酮生物合成,选择14个结构基因进行表达分析,同样转录组分析得到5个转录因子基因。RT-qPCR结果和聚类分析表明,AaF3H、AaLDOX、AaUFGT、AaMYB、AabHLH和AaHB2最有可能成为候选基因。建立了类黄酮生物合成的调节网络,以说明参与代谢物积累的差异表达的候选基因具有显著差异,在果实发育期间诱导红色着色。这种连接基因和类黄酮的调节网络揭示了一个系统参与了红果肉和绿果肉的色素沉积,表明这种结合分析方法这不仅有助于了解基因型与表型的关系,而且为育种提供更有价值的信息。材料方法材料两种不同类型的猕猴桃:“HB”(全红色果肉)和“YF”(全绿色果肉);两种不同发育阶段:开花后70d和开花后100d;每个样本设置三个生物重复,每个样本从6个猕猴桃树中随机采集30个果实,每两个作为一个生物重复。代谢组甲醇水(体积比为1:1)提取液;在提取和后续分析过程中,分别进行3次独立重复。检测平台:UPLC-Trip...

优秀案例

158页次8/15首页上一页...  3456789101112...下一页尾页
回到顶部
Copyright © 2005 - 2013 南京集思慧远生物科技有限公司
犀牛云提供企业云服务
地址:江苏省南京市栖霞区仙林大学城纬地路9号江苏生命科技创新园F6栋522室
技术顾问:025-85381280/025-85380280行政人事:025-83361344
邮箱:tech@genepioneer.com
邮编:330520