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    发布时间: 2018 - 12 - 10
    英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要   逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果,RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止,经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中,有13个候选参考基因(包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因,以及目前使用的β-actin基因)在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA)、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中,用GeNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2,分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后,被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外,为了验证我们的结果,我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性,并将有...
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    发布时间: 2018 - 12 - 03
    发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反,这类信息可以由功能宏组学收集,如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP),它们对微扰具有较高的敏感性,因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面,特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系,为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标,在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢,氨基酸生物合成,孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少,尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息,并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析,到目前为止,还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征,这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注:从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名,女性8名)。从每个人身上采集粪便样本,同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库,以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较,并进行分类和功...
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    发布时间: 2018 - 11 - 26
    摘要全转录组范围内鉴定能与蛋白结合的RNA(RBPs),是了解转录后基因调控网络的必要条件。然而RBPs蛋白组的研究主要局限于多聚腺苷酸的RNA与蛋白的结合,对于没有ploy-A尾的RNA(主要的是非编码RNA和RNA前体)几乎都没发现。本文介绍了一种点击化学(主旨是通过小单元的拼接,来快速可靠地完成形形色色分子的化学合成。它尤其强调开辟以碳-杂原子键(C-X-C)合成为基础的组合化学新方法,并借助这些反应(点击反应)来简单高效地获得分子多样性。)辅助的RNA互作捕获策略(CARIC),能够对RBPs进行无差别鉴定,不受RNA是否具有ploy-A尾的约束。CARIC主要是利用炔基尿苷类似物对RNA进行标记,并在活体内进行RNA-protein光照交联,然后与叠氮化物生物素进行点击化学反应,亲和富集后进行蛋白组分析。利用CARIC在人的宫颈癌细胞中鉴定到597个RBPs,包括130个之前未知的RBPs。这些新发现的RBPs可能是和非编码RNA结合的,因此发现了一些之前未知的非编码RNA参与的过程(例如蛋白酶体功能和中间代谢)。材料方法实验材料:人的宫颈癌细胞,胚肾细胞;质粒构建和细胞转染:克隆宫颈癌细胞cDNA(hnRNPC,MBNL1,VDAC1,NME2),克隆质粒:VigoFect;几种已知RPBs用来验证CARIC技术成功率CARIC分离出的RNA测序:Illumina HisEq 4000 PE150;蛋白质谱检测:LC-MS/MS,Easy nLC 1000 system +Velos Pro Orbitrap Elite mass spectrometer;质谱数据分析:MaxQuant version 1.5.5.1(原始数据分析),依靠人的蛋白数据(UniProt)Andromeda search engine进行蛋白查询;CARIC RBPs验证:CLIP...
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    发布时间: 2018 - 11 - 09
    前沿慢性阻塞性肺病(COPD)是一种炎性疾病,其特征在于进行性空气流量限制,并且被认为部分地由于响应于慢性空气污染物暴露(主要来自吸烟)而引起的夸大的肺部炎症。目前可用的治疗方法在很大程度上是无效的。因此,有效治疗COPD迫切需要新型的治疗药物。前期系统药理学鉴定了补肺益肾方(BYF)的195种潜在靶点,并被证实对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠有短期治疗作用。然而,对慢性阻塞性肺疾病(COPD)的长期疗效及机制尚不清楚。因此,本研究以慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠为研究对象,于第9~20周给药。然后通过转录组学-蛋白质组学-代谢组学分析第32周BYF对慢性阻塞性肺病大鼠的长期影响。材料与方法样本收集第0-8周构建COPD大鼠模型,将32只大鼠置于一个暴露于烟草和反复肺炎克雷伯菌感染的封闭的盒子里,第9-20周大鼠每日灌胃给予生理盐水(2mL)、BYF(4.44g/kg,0.5g/ml)和氨茶碱(2.3mg/kg)。检测方法转录组:Microarray(4×44K)大鼠全基因组表达谱芯片;蛋白组:8-plex iTRAQ,NanoLC-QTOF-MS;代谢组:Agilent-1200 LC-Agilent-6520 Q-TOF;数据分析Agilent GeneSpring GX software version 11.0Mascot:蛋白质鉴定Mass Hunter:代谢物鉴定SIMCA-P:PLS-DA基因、蛋白质和代谢物集富集、网络和通路分析Bingo(CytosCapev3.1.1插件)用于分析转录本和蛋白质的分子功能;DAVID和KEGG数据库对转录本和蛋白质进行途径富集分析。Metscape用于分析基因、蛋白质和代谢组学数据的整合途径;ClueGO(Cytoscape插件被用来探索基因和蛋白的分子功能。MetaboAnalyst 3.0被用来确定代谢物...
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    发布时间: 2018 - 11 - 08
    砷暴露对小鼠肠道宏基因组和代谢谱的响应IF=8.3091.摘要背景:人类肠道是一个极其复杂、多样和庞大的微生物群落-肠道微生物群。肠道微生物群在代谢过程、能量产生、免疫和认知发育、上皮稳态等方面发挥着重要作用。然而,肠道微生物群的组成和多样性很容易受到外界因素的影响,这就增加了接触有毒环境化学物质导致肠道微生物群改变或失调的可能性。砷的暴露影响全世界的大量人口,并且与许多疾病有关,包括癌症,糖尿病和心血管疾病。目的:研究了砷暴露对肠道微生物组成及其代谢状况的影响。方法:采用16S rRNA基因测序和质谱代谢组学分析相结合的方法,研究砷暴露对肠道微生物群的功能影响。结果:16S rRNA基因测序结果表明,10 ppm砷暴露4周后,砷对C57BL/6小鼠肠道微生物组分有明显的干扰作用。此外,代谢组学图谱显示了一种并行效应,许多肠道菌群相关的代谢物在多个生物基质中被干扰。结论:砷的暴露不仅改变肠道微生物群落的丰度水平,而且在功能水平上也严重干扰其代谢状况。这些发现可能为肠道微生物群的微扰及其作为接触砷导致或加重人类疾病的潜在新机制的作用提供新的见解。2.材料和方法动物和处理:无特定病原体的C57BL/6雌性小鼠20只(6周龄,体重20±3g)。平均分为两组。两组小鼠在同样的环境条件下饲养,供给相同的食物和水。饲养到8周龄后,处理组:饮用水中注入无机砷(亚砷酸钠,10ppm)持续四周;对照组:依旧供给清水。在整个实验过程中,每天评估小鼠腹泻,脱水和身体状况恶化的情况。用砷4周后,用二氧化碳对小鼠实施安乐死并进行尸体剖检。对肝脏(左侧,内侧,右侧和尾状叶)和结肠(远端,横向和前期结肠)的多发区域的炎症,水肿,上皮缺损,高血浆和发育异常等指标进行评估。病理评分未显示对照组和砷治疗组小鼠之间存在任何显着差异,也未观察到体重,死亡率和食物摄入量的任何显着变化。16SrRNA测序数...
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    发布时间: 2018 - 10 - 30
    文章题目:A strategy for association study on intestinal microbiomeand brain metabolome across lifespan of rats.杂志:Analytical  Chemistry 影响因子:IF=6.0421摘要   人们越来越认识到微生物群-肠-脑轴在哺乳动物一生中对哺乳动物生长和健康的不同作用。大量研究表明,肠道微生物群及其代谢物广泛参与脑与肠的沟通。脑代谢组与肠道微生物的关联研究是一个活跃的领域,它提供了大量关于微生物、脑和肠道相互作用的信息,但数据大小和复杂的层次关系是形成重要的、可重复的结论的主要障碍。本研究采用多种分析平台和生物信息学方法,对雄性Wistar大鼠在生长过程中的脑代谢和肠道微生物群关联分析进行了两级策略的研究。轨迹分析表明,与年龄相关的脑代谢组和肠道微生物在总体变化模式上具有相似性。 四个高水平分类的相关对“代谢类型—细菌门”包含“脂质-螺旋菌”、“游离脂肪酸-厚壁菌门”、“胆汁酸-厚壁菌门”、“神经递质-拟杆菌门”在单元-多元相关分析和功能分析的基础上被筛选出。进一步鉴定了上述高水平关键对中的四组特异性“代谢产物-细菌”关联对。通过一项独立的动物研究验证了关键相关对的有效性。这种两级策略有效地识别了从系统多组学研究中获得的大数据集中的主要相关性,加深我们对大脑和肠道之间终生联系的理解。材料与方法动物材料:正常生长实验取出生后第1、3、7、12、24、56、111周的雄性大鼠全脑和肠内容物,每组6只,共42只。      在限制饮食验证实验中,12只雄性大鼠(4周龄)被喂食3周,然后6只(随机选择)饲喂Libitum,其余6只饲喂60%的Libitum 5周...
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发布时间: 2018 - 04 - 11
摘要尖孢镰刀菌能引发西瓜枯萎病并大大的降低产量。百里香酚已经被广泛的报道对病原微生物有抗菌活性。在本研究中,尖孢镰刀菌在体外的生长是显著受到百里香酚抑制的,干重显著降低。百里香酚诱导的细胞膜损伤会在侵染24h后出现。本文利用RNA-seq分析百里香酚处理后的尖孢镰刀菌基因表达水平的变化,并揭示百里香酚可能的杀菌机制。总共鉴定到5057个差异表达基因,其中2440上调,2617下调。分析结果表明大多数鞘糖脂生物合成、鞘脂类代谢相关基因都是下调表达的;而和抗氧化活性、壳多糖的生物合成途径、细胞壁修饰相关基因是上调表达的。这些结果利用qRT-PCR进行了验证。表明百里香酚能够产生活性氧积累,通过抑制与细胞壁和细胞膜生物合成相关基因的表达来破坏细胞壁和细胞膜的完整性。材料方法尖孢镰刀菌培养:土豆葡萄糖琼脂培养基(空白对照);80 µg/mL百里香酚(处理);处理72h后,取菌丝,提取总RNA建库测序(各3个生物学重复)。测序平台:Illumina HiSeq 2500;参考基因组:F. oxysporum f. sp. vasinfectum比对参考基因组:TopHat v2.0.12,比对到每个基因的reads:HTSeq v0.6.1,差异基因分析:DEGseq R package (1.20.0),|log2 (Fold change)| 1,fdr。qRT-PCR:Bio-Rad CFX96 Real-Time PCR。研究结果1、百里香酚抑制尖孢镰刀菌生长 不同浓度百里香酚处理尖孢镰刀菌干重   B-E(0、40、80、120µg/mL百里香酚)电镜下尖孢镰刀菌生长状况(百里香酚对真菌细胞壁或细胞膜产生破坏)2、处理和对照间差异基因功能注释分析 处理(80µg/mL百里香酚)和对照(0...
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发布时间: 2018 - 03 - 22
摘要菠菜是一种重要的多叶蔬菜,富含多种必需营养素。本文组装出菠菜的基因组草图,其中包含25,495个编码蛋白的基因。菠菜基因组具有高达74.4%的转座子重复序列。并未发现近期的全基因组复制事件。基因组共线性分析结果表明在石竹目基因组进化过程中菠菜—甜菜之间存在大量的染色体内和染色体间的重排现象。对120份野生和栽培菠菜的转录组测序结果发现超过420k变异位点,数据分析结果表明Spinacia turkestanica可能是栽培菠菜的直接祖先,同时菠菜驯化过程中也遇到较弱的瓶颈期。研究发现93个受到驯化选择的区域,其中包括和抽薹、开花及叶片数量等性状相关的位点。材料方法自交系:Sp75,20天幼嫩叶片,测序方案:Illumina HiSeq2500, 214.9G( 150 bp, 200 bp, 300 bp, 500 bp ,1 kb, 3 kb, 10 kb, 15 kb, );120个菠菜品种(栽培种,野生种)RNA-seq:Illumina HiSeq2500 SE100,平均测序0.83G/sample。基因组组装:Platanus+SOAPdenovo2(框架),光学图谱:IrysView;LTR还原转座子:LTRharvest,重复元件:RepeatModeler,转座子分类:REPCLASS。转录组数据比对:Tophat,组装:Cufflink。同源基因分析:OrthoMCL,共线性分析:MCScanX。转录组数据比对参考基因组:BWA,SNP,indel鉴定:SAMtools。系统进化树:PAUP(最大简约法),PCA:EIGENSOFT smartpca,群体结构:STRUCTURE,LD:Haploview,选择性清除:XP-CLR,Fst,π(核酸多样性),全基因组关联分析:EIGENSOFT。研究结果1、菠菜基因组de novo测序组装及基因组注释...
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发布时间: 2018 - 03 - 01
RNA-seq+iTRAQ当前,随着科研技术的不断发展。对于探讨同一生物学问题的方式也越来越多,但最终总逃不过几大经典的组学范围。今天小编就跟大家一起了解一篇转录组+蛋白组揭示铁皮石斛种子萌发机制的文章。【研究方案】文章主要利用转录组+蛋白组联合分析的方式,对铁皮石斛种子在菌根真菌共生和萌发条件下分子水平发生的变化进行探究。通过比较共生与非共生条件下,不同发育时期铁皮石斛种子转录本和蛋白的变化,进而鉴定出调控兰科植物种子共生萌发的关键蛋白。研究结果1、差异蛋白(基因)在共生和非共生萌发条件下相邻发育时期的表达模式共检测到308个差异蛋白(基因)热图中A(差异蛋白),B(差异基因),红色:上调,绿色:下调,黑色:无显著差异,灰色:数据缺失;中间(KOG注释分类),主要集中在碳水化合物代谢,翻译及翻译后修饰三大类2、共生和非共生萌发条件下差异蛋白KEGG富集分析                                  横坐标:富集因子,纵坐标:P-value,圆圈大小:蛋白个数结果表明共萌发过程中真菌的寄生能诱发的重要蛋白(脂质和碳水化合物代谢相关)的较早、较高表达,内质网中蛋白的加工,并且提高贮藏物质的利用率。3、相同发育时期共生和非共生萌发条件下差异蛋白聚类分析                 共生和非共生萌发条件下至少在同1时期检测到的差异蛋白共229个(基于表达模式所有差异蛋白聚类为9个集合)4、转录组和蛋白组联合分析          ...
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发布时间: 2017 - 11 - 10
水稻水稻是禾本科,稻属植物,所结子实即稻谷,去壳后称大米。作为一种重要的粮食作物,世界上有将近一半人口,包括几乎整个东亚和东南亚的人口,都以稻米为食。本研究以不耐盐的栽培稻和耐盐野生稻为亲本,培育出耐盐子代。运用RNA-seq和QTL定位联合分析,寻找耐盐基因。摘要土壤含盐量是一个影响作物产量的常见非生物因素。为了从野生稻中找到增强水稻耐盐的基因,用来自湖南茶陵的野生稻作为供体,用栽培种93-11作为受体培育了一系列渐渗系(ILs)。通过评估285个ILs在幼苗阶段的耐盐性,发现了一个耐盐IL:9L136。在染色体1,5,7和9~12号上发现了10个与耐盐相关的QTL,每个QTL能引起2~8%的表型变化。来自野生稻等位基因的4个QTL改善了93-11栽培种的耐盐性。材料与方法1、研究材料的培育2、表型评估选取回交亲本93-11和285个 IL的种子消毒后在30度条件下萌发2天,选取萌发后大小相同的幼苗转移到培养液中,生长14天后,每个株系选取10棵幼苗转移到含有125 mM NaCl的培养液中,盐处理9天后,取出恢复7天,统计存活率和耐盐等级(STS)。耐盐等级(STS)如下:等级0:幼苗死亡或接近死亡;等级1:幼苗生长显著抑制,存活率低于20%;等级2:幼苗生长受到抑制,存活率在 20~~40%;等级3:幼苗正常生长,存活率在40~~60%;等级4:幼苗正常生长,存活率在60~~80%;等级5:幼苗正常生长,存活率在80~~100%3、生理指标的测定测定6个与非生物胁迫相关的生理学指标:脯氨酸、可溶性和丙二醛糖含量,SOD,CAT和POD酶的活性。将回交亲本93-11和较强耐盐性的9L136株系放入125 mM NaCl 培养液中,在以下时间点迅速取样(0,1,2,3,4天),然后测定生理指标,每个实验重复3次。4、RNA-seq分析回交亲本93-11和渐渗株系9L136...

转录组测序

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