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    发布时间: 2018 - 08 - 30
    摘要细胞分裂素活化蛋白激酶(MAPK)级联反应是通用的信号转到模块,在植物的各种生物和非生物胁迫、激素、细胞分裂和发育过程中起着至关重要的作用。MAPK作为级联反应的一部分,对进一步适当的细胞反应起着重要的作用。尽管MAPK在几种模式植物中都有相关报道,但是目前在猕猴桃中还没有系统的分析。本文在猕猴桃基因组中共鉴定到18个可能的MAPK基因,并对该基因家族在基因组上的位置,基因结构,系统发育及保守motif进行了分析。系统发育分析结果表明猕猴桃的MAPK基因家族能够分类到5个亚家族,这些基因的motif在相同的亚家族组具有很高的相似度。基因结构分析表明猕猴桃MAPK家族基因的外显子个数从2-29个不等,表明该家族的基因之间存在很大的变异。利用qRT-PCR对该家族的基因进行定量分析,证实了该基因家族响应多种生物和非生物胁迫及激素处理,对胁迫响应和激素信号转导通路都有潜在的影响作用。材料方法猕猴桃品种“jinkui”,MS培养基生长,4周后进行激素、冷胁迫、热激处理、盐处理;长势正常的植株,用丁香假单孢菌处理植物根系。定量PCR平台:ABI 7300 Real-time PCR System,每种处理的0h当作标准“1”,热图构建:MeV4.8;MAPK鉴定:拟南芥MAPK(https://www.arabidopsis.org),葡萄MAPK(http://www.genoscope.cns.fr/ externe/GenomeBrowser/Vitis/),猕猴桃基因组(http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/kiwi/download.cgi),BLASTP(阈值设置1x e -50),HMMER比对猕猴桃蛋白数据库;然后分析基因序列是否包含TDY或TEY motif以及11个保守亚结构域(符合条件的鉴定为预测MAPK基因)。蛋白分...
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    发布时间: 2018 - 08 - 22
    南京集思慧远客户发表麻栎叶绿体全基因组序列及系统发育分析IF=3.687麻栎(Quercus Acutissima)是栎属重要的特有生态植物,广泛分布于全国各地。然而,对其叶绿体基因组的研究却很少。在本研究中,对麻栎的叶绿体(Cp)全基因组进行了测序、分析,并与壳斗科家族4种植物进行了比较。麻栎叶绿体基因组的大小为161124bp,包括1个90,423 bp的大单拷贝(LSC)区和一个19,068 bp的小单拷贝(SSC)区,由51,632 bp的两个反向重复区(IR)隔开。全基因组的GC含量为36.08%,LSC、SSC和IR的GC含量分别为34.62%、30.84%和42.78%。麻栎叶绿体基因组编码136个基因,其中蛋白质编码基因88个,rRNA基因4个,tRNA基因40个。在重复结构分析中,麻栎叶绿体基因组中共检测到31个正向重复、22个反向重复序列和65个简单序列重复位点。基因组中丰富的简单序列重复位点(SSRs)的存在表明了未来群体遗传工作的潜力。基因组比较表明,LSC区比SSC区和IR区的差异更大,非编码区的差异比编码区的差异更大。25个物种的系统发育关系推断,栎属的成员不形成进化枝,而麻栎(Quercus acutissima)与栓皮栎(Q.variabilis)密切相关。本研究确定了麻栎叶绿体基因组的独特特征,为物种鉴定和生物学研究提供了理论依据。材料方法材料:在南京林业大学和南京紫金山分别种植麻栎,收集新鲜的叶子用冰冷冻,并立即储存于-80֯C,以供后期分析。方法:测序平台:Illumina Hiseq 2500;数据质控:Fastqc;组装软件:NOVOPlasty;注释:CpGAVAS;检测注释结果:Dogma和BLAST;鉴定tRNA:tRNAcanse;图谱绘制:OGDRAWv1.2;用MISA和REPuter对SSRs和long repeat进...
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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    南京集思慧远客户发表不同耕作方式下小麦豌豆轮作区细菌和真菌多样性评价Canadian Journal of Soil Science      IF=1.08土壤管理实践有可能改变农业领域微生物的多样性和功能。本研究旨在通过15年小麦-豌豆轮作试验,研究小麦-豌豆轮作试验中细菌和真菌的多样性。处理措施包括: 常规耕作,去掉残茬(T)、去掉碎秸的免耕(NT)、免耕与碎秸保留(NTS)和传统的带有残茬的耕作方式(TS)。采用高通量测序平台,对0-10 cm和10-30 cm土壤中细菌16S rRNA(V3 V4)和真菌ITS(ITS2)区基因进行了序列分析。在两个处理深度为97%的相似性发现的优势细菌和真菌门分别是蛋白细菌(Proteobacteria 26.3%),放线菌门(Actinobacteria 25.1%), 酸杆菌门(Acidobacteria 15.0%) ,芽孢杆菌门(Gemmatimonadetes 8.8%),子囊菌门(Ascomycota 85.8%) 和担子菌门(Basidiomycota 8.0%)。耕作和留茬效应与一些门有显著的相关性。免耕和留茬措施通过改善土壤化学性质影响真菌和细菌物种的多样性,而这些化学性质有可能影响土壤的生境和活性。因此,免耕和留茬可以改善黄土高原土壤质量,促进农业可持续发展。材料与方法材料:两次轮作和四次耕作处理:T、NT、NTS、TS。轮作顺序:W→P→W或P→W→P。在2016年进行W→P→W实验之前,采集土壤样品。取样期内在0~10cm和10~30cm的深度范围内随机抽取3个土心样品,将每个地块的三个土心汇集在一起,形成一个复合样品,立即储存在干冰上,一部分存入-80oC用于分子实验,一部分存入4oC进行微生物碳/氮分析,其余样品风干进行其他化学分析。方法:PH计测定PH;Walkley-...
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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    SQANTI:广泛分析全长转录组测序数据,用于全长转录组鉴定和定量中的质控摘要      使用三代测序进行全长转录组高通量测序为发现数千种新的转录本铺平了道路,甚至在注释良好的哺乳动物物种中也是如此。测序技术已经发展成为研究的必需品及能够发现变异体的工具。本研究介绍了SQANTI,一种用于三代转录组测序分类的自动化方法,它可以使用47个唯一的描述符来评估数据和预处理方法的质量。以小鼠神经转录组((PacBio三代测序)为例来说明SQANTI是如何有效地分析全长转录组的组成。通过RT-PCR对 ToFU处理过的PacBio的转录本进行整体评估,发现许多新的转录本是测序方法的技术伪影,SQANTI质量描述符可以用来设计过滤策略删除它们。在这些精确的转录本中,大多数新的转录本都是现有剪接位点的新组合,既丰富了一般代谢功能,也丰富了神经特异性功能。本研究揭示了:这些新的转录本对正确量化转录水平(通过最先进的基于二代的量化算法)有着重要的影响。通过将SQANTI处理过的转录本和公共蛋白质组学数据库进行比较,发现在蛋白质组学检测中,很难进行可替代的异构体检测。SQANTI允许用户最大限度地利用三代测序的分析结果,通过提供质量评估来精确转录本质量。SQANTI介绍     SQANTI是用Python实现的,用R进行统计分析和生成描述性绘图。其程序有两个主要功能:sqanti_qc.py 和sqanti_filter。     sqanti_qc.py:(1)根据所提供的参考序列校正转录本,并返回校正后的转录本。(2)将测序的转录本与现有的基因组注释进行比较,生成基因模型,并根据剪接点对转录本进行分类。(3)利用GeneMarkS-T对ORFs进行了预测。(4)运行了预测RT切换的算法;(5)返回转...
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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    摘要微型裸腹蚤(Moina Micrura)是幼鱼的理想饵料和经济上重要的甲壳类动物,在水生生态系统可以作为评价水质的指标。与水蚤(Daphnia)相似,为了适应外部环境它的繁殖模式可以从孤雌生殖(PF)转变为有性生殖(SF)。为了揭示微型裸腹蚤的生殖转换机制,我们利用RNA-Seq和iTRAQ分析方法,研究了SF和PF在微型裸腹蚤中的差异表达基因(DEGs)及其蛋白产物。在SF中共检测到1665个DEGs(702个上调,963个下调)和600个差异表达蛋白(DEPs)(102个上调,498个下调)。相关分析表明,31个基因在转录和蛋白质组水平上均有显著差异,包括15个上调基因和16个下调基因。同时,   528个DEPs在转录水平上有不一致的表达,这意味着转录后(包括翻译)调节。这些高度上调的基因及其蛋白产物主要属于与珠蛋白(globin-related)有关的家族、卵黄蛋白相关( vitellogenin-related)家族、角质层(cuticle-related)相关家族、热休克(hsp)相关家族和甲基转移酶相关家族,它们都参与了水蚤的生殖转换。相反,PF中上调的基因及其蛋白产物与代谢过程密切相关,这可能是造成微型裸腹蚤种群快速繁殖的原因之一。材料与方法材料:微型裸腹蚤(中国,武汉南湖)方法:在25°C条件下,在12 h光/12 h黑暗光周期中培养健康的孤雌个体,根据微型裸腹蚤的生物学特性喂养小球藻1年。当种群密度达到一定水平时,就会发生生殖转换。采集健康SF和PF,并确认其生殖状态。转录组测序平台:Illumina HiSeqTM 2000 蛋白分析平台:LC/LC–MS/MS、 iTRAQ研究结果1.转录组的鉴定与分析图2 SF和PF中DEGs和DEPs的火山图      FPKM分...
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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    甘薯二倍体野生近缘种盐胁迫转录组分析 摘要Ipomoea imperati是甘薯的野生二倍体近缘亲属,具有高盐度耐受能力,有巨大的作物改良潜力。我们比较了盐胁迫下的I. imperati转录组与对照,以确定候选基因和盐响应中涉及的途径。De novo组装产生67,911个转录本,且覆盖度较高。共有39,902个推定的基因被注释到,936和220个基因分别参与根和叶中的盐反应。功能分析表明在I. imperati在整个的盐胁迫期间系统响应,其中包括四个代谢过程:感觉起始,转录重编程,细胞蛋白质组分变化和细胞稳态调节。我们鉴定了许多参与ABA信号传导途径的候选基因,以及转录因子,转运蛋白,抗氧化酶和与合成、催化代谢相关的酶。此外,两种膜转运蛋白基因,包括液泡阳离子/质子交换蛋白和肌醇转运蛋白,被认为在耐盐性中起重要作用。该研究在生态适应上提供基础,也为将来在甘薯和其他作物改良中的应用提供有价值的信息。 材料与方法前期处理:所有种子在发芽前都被划伤。生长条件:长日照条件下16小时光照/ 8小时黑暗。湿度:50%。 两周龄幼苗用100mM-500mM的NaCl溶液浇水5天以适应盐土壤。处理组:在第6天,每天施用600mM NaCl,持续7天。对照组:用淡水浇灌的幼苗。 在处理后0小时,3小时,24小时,3天和7天分别收获来自处理的(600mM NaCl)和对照(淡水)植物的根和叶的三个生物学重复。所有样品快速放在液氮中冷冻并储存在-80℃下用于RNA提取。 结果1.   I. imperati对盐胁迫的表型和生理反应。图1. 在0小时,24小时,72小时(3d)和168小时(7d)比较I. imperati的对照(淡水)和盐处理的(600mM NaCl)植物。在用100mM-500mM的连续NaCl预处理5天后,每天用60...
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发布时间: 2017 - 03 - 24
摘要:最近的研究表明lncRNAs作为肌发生和成人骨骼肌再生的必要调节器起重要作用。然而,lncRNAs在成人骨骼肌干细胞(MuSCs)的肌分化和肌发生中的特定作用仍然未知。本文鉴定了在骨骼肌特异性富集的lncRNA(myogenesis相关lncRNA,简称lnc-mg)。小鼠骨骼肌中,lnc-mg的敲除导致肌肉萎缩,运动期间肌肉耐力丧失。此外,lnc-mg的骨骼肌特异性过表达促进骨骼肌增生。原代骨骼肌细胞的体外分析显示lnc-mg在肌分化期间逐渐增加,并且过表达lnc-mg后促进细胞分化。推测lnc-mg作为小RNA-125b的竞争内源性RNA(ceRNA),控制胰岛素样生长因子2的蛋白质丰度,促进肌发生。本文研究将lnc-mg鉴定为肌肉细胞分化和骨骼肌发育的新型非编码调节剂。 材料:8周龄的C57B / 6J小鼠,每组3雄3雌。方法:体外细胞培养和分化。从小鼠中分离骨骼肌干细胞。实时PCR分析。细胞转染。lnc-mg表达质粒、空质粒、shRNA(短发卡RNA)对照。免疫荧光染色。小鼠模型骨骼肌lnc-mg基因敲除。微阵列分析过表达或敲除后的lnc-mg。双荧光素酶测定。生物素标记的miR-125b捕获。Western免疫印迹。ELISA分析。 结果:1、 肌发生期间诱导骨骼肌富集的lnc-mg。(a)未分化的MuSCs(GM)和分化5天的MuSCs(DM)中注释的lncRNA的微阵列热图。在分化的过程中,共有70个上调和12个下调lncRNA。(b)小鼠各组织中lnc-mg表达量的实时PCR分析。在骨骼肌细胞中表达丰富。(c)小鼠骨骼肌不同的肌组织和其他主要器官中的lnc-mg表达量分析。在各器官中都有表达,但不同的肌组织中表达量较高。(d)骨骼肌干细胞分化5天期间,lnc-mg表达量的实时PCR分析。在肌分化期间逐渐增加。(e)通过对lnc-mg...
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发布时间: 2017 - 03 - 17
摘要:异常自噬与多种心血管疾病相关。长非编码RNA(lncRNAs)作为基因调控中新出现的调控因子,如何调节心脏中的自噬作用尚不清楚。本文研究发现,一种称为自噬促进因子(APF)的长非编码RNA,可以通过定位miR-188-3p和ATG7调节自噬细胞死亡。结果表明,miR-188-3p通过靶向ATG7抑制自噬和心肌梗死。此外,发现APF lncRNA调节miR-188-3p,从而影响ATG7表达,以及自噬细胞死亡和心肌梗死。目前的研究揭示了自噬过程的新型调节模型,包括心脏中的APF、miR-188-3p和ATG7。它们的表达水平调节可以作为心肌梗死和心力衰竭的新型治疗策略的潜在靶标和诊断工具。 方法:心肌细胞培养和处理。从雄性小鼠(1-2天)中分离心肌细胞。细胞死亡测定。Western印迹分析。荧光素酶构建体和转染。定量逆转录PCR。(茎环逆转录PCR(qRT-PCR))实时RT-PCR进行绝对定量。制备亚细胞级分。使用生物素化DNA探针和miRNA的Pull-down测定。Northern印迹分析。动物实验。 结果:1、 miR-188-3p参与调节ATG7的表达。(a)miR-188-3p抑制ATG7的表达。用miR-188-3p和阴性对照(mimic-NC)转染心肌细胞。通过免疫印迹分析ATG7的水平。(b)在ATG7的3’UTR区域中推测的miR-188-3p结合位点。(c)miR-188-3p的敲除增加ATG7的表达水平。用anta-188-3p和antagomir阴性对照(anta-NC)转染心肌细胞。(d)miR-188-3p减弱A/R(缺氧再氧化)后ATG7水平的增加。用miR-188-3p和NC转染心肌细胞,然后暴露于A/R。(e)ATG7靶保护剂可以减弱由miR-188-3p诱导的ATG7的减少。用ATG7靶标保护剂(ATG7-TPm...
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发布时间: 2017 - 03 - 10
摘要:鲽鱼是身体结构不对称的脊椎动物。在变态发育期间,一只眼睛迁移到颅骨的对侧,同时颅面发生转变,色素沉积也倾向一侧。这种生理的演变过程依然神秘。本文比对分析两种鲽鱼的基因组和转录组,发现甲状腺激素、视黄酸信号以及光换能途径起主要作用。研究证明视黄酸在不对称的色素沉积中起关键作用,和甲状腺激素共同作用,调节眼睛迁移。皮肤光换能途径中出现了视蛋白的表达,引发了光照差异,导致视黄酸梯度产生,形成不对称。鉴别这一独特发展过程的遗传基础,有助于了解不对称结构的长期进化起源,以及脊椎动物调控身体形态的机制。 实验材料:暂养雌核发育(假受精)的日本比目鱼,收集血液用于提取DNA。在培养箱中孵育单批受精卵产生日本比目鱼和半滑舌鳎幼鱼。幼鱼喂养小活虾(卤虫无节幼体),直到变态结束。正常变态阶段基于眼部迁移:变态初期(眼睛迁移前阶段;日本比目鱼-孵化后16d、半滑舌鳎-15d);变态前期(眼睛开始迁移;日本比目鱼21DAH,半滑舌鳎18DAH);变态期(眼睛迁移的上边缘超过背面边缘;日本比目鱼25DAH,半滑舌鳎19DAH);变态后期(眼睛迁移通过背中线;日本比目鱼29DAH,半滑舌鳎22DAH)。鱼约3个月大时,从日本比目鱼和半滑舌鳎的两侧收集皮肤,研究不对称色素沉积。将2-巯基-1-甲基咪唑直接溶解,并对变态期的日本比目鱼注射4天,以抑制内源性TH(甲状腺激素)合成。用于整体原位RNA杂交、免疫组织化学和细胞增殖分析的幼鱼麻醉后在4%多聚甲醛(PFA)中固定过夜,储存在4℃甲醇中。用于RNA和DNA提取的幼鱼保存在-80℃。 实验方法:1、基因组测序和组装提取一个雌性日本比目鱼的DNA。Illumina HiSeq 2000。为了确保随机性,构建了170bp,500bp,800bp,2kb,5kb,10kb,20kb和40kb插入片段的8个双端测序文库。用SOAP d...
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发布时间: 2017 - 03 - 01
摘要:小RNA(miRNA)是一类独特的短内源性RNA,主要在转录后水平参与基因调节,对于植物和动物等真核生物的正常发育和生理至关重要。以前人们认为miRNA在不同的物种中独立进化,但是最近的证据表明这些物种最后的共同祖先可能已经使用miRNA用于转录后调节。本综述介绍了miRNA途径在各种真核生物中的共性和差异,并讨论了它们可能的进化起源以及它们和机体复杂性、多细胞结构的联系。 小RNA(miRNAs)由发夹转录物产生的短的(约21-24个核苷酸(nt)),内源性的单链RNA,可调节基因表达。miRNA通过与靶标mRNA互补结合,抑制基因表达,从而介导翻译抑制、降解或裂解。它和短的干扰RNA(siRNA)、与PIWI相互作用的RNA(piRNA)同属于功能性小RNA。虽然siRNA和miRNA有某些共同特征,并且都由核糖核酸酶Dicer产生,但它们负责不同的细胞任务,并且可以通过独特的特征彼此区分(图1)。小RNA最早是二十多年前在果蝇中发现,miRNA在多种生物过程中起作用并且对于动物和植物的正常发育是必需的。在动物进化过程中,miRNA数量的显着上升且参与调节发育,可能促进动物复杂性进化。植物和动物中miRNA家族之间缺乏序列同源性,且miRNA的生物发生和作用模式有差异,因而人们认为miRNA在不同的物种中独立进化。然而,最近关于植物和动物miRNA的研究意外地提出了旧的问题:所有动物的共同祖先是否具有miRNA?植物和动物的miRNA是否有共同的起源?miRNA有多少次进化? miRNA和siRNA之间的差异。a,miRNA和siRNA前体和双链体的图示。miRNA通常由在茎区携带错配的短发夹产生,而siRNA是由茎区完全互补的长发夹产生。miRNA前体通常产生单个双链体,而siRNA前体会产生多个双链体。b,pre-miRNA序列的小RNA轮...

转录组测序

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