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    发布时间: 2019 - 03 - 13
    合作单位:江苏大学食品与生物工程学院发表期刊:Food Chemistry影响因子:4.946(SCI二区)研究背景:桔霉素(citrinin,CIT)是一种次生代谢物,最初由桔青霉Penicillium citrinum生产。后来发现它是由曲霉属、红曲属、青霉属等产生的。一些农业食品中报告了CIT的污染情况,包括大米、奶酪、小麦、苹果和其他商业食品。食品中的CIT污染不仅造成重大经济损失,而且对人们构成肾毒性威胁。实验目的:比较10μg/mL CIT处理和不处理Cryptococcus podzolicus Y3的转录和蛋白质组,以揭示酵母对CIT的防御反应及CIT降解的分子机制。实验取材:CIT处理和不处理Cryptococcus podzolicus Y3酵母菌株组学:转录组学和蛋白组学主要研究成果01蛋白的差异表达分析在每个凝胶中总共检测到102个差异表达的蛋白质(平均fold change>1.2)。其中42个差异显著表达蛋白(平均fold change2,p2,p02差异表达蛋白的WEGO分类对所有已鉴定的蛋白质进行了GO功能注释分析,其中被鉴定为细胞和代谢过程的蛋白质为第1位,其次是生物调节和对刺激的反应。所涉及的许多细胞成分是细胞器、细胞成分和生物大分子。结合和催化功能是分子功能中识别最多的蛋白质,其次是抗氧化蛋白、电子携带蛋白、转运蛋白等。03基因的差异表达分析共获得了43928个转录物和17088个unigenes,其N50值分别为2844和2219(补充表S2)。所有基因均用BLAST软件进行注释,其中包括NR、Swissprot、GO、COG、KOG、Pfam和KEGG数据库。共有14550个基因被注释到数据库中。检测所有基因的表达水平,共获得1409个差异表达基因(DEGS,fold change2,p04基因的GO分类根据细胞...
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    发布时间: 2019 - 03 - 11
    摘要草莓属配子体不亲和系统的研究已经广为人知了,但是其遗传机制目前仍是未知的。通过人工自花授粉获得了11个不同亲和性的第二世代绿色草莓,用来代表不同的坐果率水平。本研究对两个较大差异坐果率的自交系进行全基因组重测序,Ls-S2-53(自交不亲和)和Ls-S2-76(强自交亲和)。利用完全自交亲和的野草莓作为参考样品,进行两个绿色草莓全基因组变异检测和注释分析。两测序样品间每条染色体上的多态分布都很相似,但是纯合变异的数量和分布区域是不一致的。基因表达分析表明6个和自交不亲和显著相关的候选基因,用野草莓基因组作为参考,将一个FIP2-like(肌动蛋白骨架合成相关)作为两个自交不亲和自交系的候选基因,该基因编码的肽链在两个材料中均存在不同长短的数量的氨基酸数量的丢失。通过抑制FIP2-like的表达减少了花粉管顶端F-actin的合成,在一定程度上抑制了花粉粒的生成和花粉管的发育。研究结果表明差异的纯合变异分布影响了绿色草莓的果实坐果率,完整编码的FIP2-like能够正常促进F-actin的合成,而较短氨基酸序列的FIP2-like对两个自花授粉草莓的亲和性有影响。材料方法植物材料:F.viridis 42,Ls-S1-2,11个Ls-S1-2自交系;测序材料:Ls-S2-53,Ls-S2-76(幼嫩叶片);Ls-S2-53人工自花授粉后(0h)叶、花梗、花萼、花瓣、雌蕊、花药用来做组织特异表达分析,雌蕊自花授粉后(6,12,24,48,72h)做时空表达分析。测序策略:Illumina Hiseq 2500,Ls-S2-53(80X),Ls-S2-76(75X)。参考基因组:F. vesca reference genome v2.0.a1;比对参考基因组:BWA v0.6.1,过滤冗余序列:SAMtools,变异检测:GATK,变异位点注释:SnpEff,基因功能注释:...
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    发布时间: 2019 - 01 - 29
    小基因组测序,等待您的加入!客户发表文章:”The Complete Plastid Genome of Magnolia zenii and Genetic Comparison to Magnoliaceae species“        壹俺们很优秀,无奈太低调,悄悄告诉您,俺们公司客户叶绿体文章又有一篇发表啦!集思慧远带着自主研发的叶绿体组装软件为您科研道路上添砖加瓦!下面小编就带您看看,一篇叶绿体文章如何造就!贰                      宝华玉兰的完整质体基因组及其与木兰科植物的遗传比较                           IF=3.098宝华玉兰是一种极度濒危物种,仅存于中国江苏省宝华山有18棵。关于它的分子生物学的信息很少,直到现在还没有对宝华玉兰进行质体基因组研究。本文通过对宝华玉兰(Magnolia Zenii)的完整叶绿体基因组进行测序组装,鉴定SSR,并通过对近缘物种基因组结构和序列数据的比较分析,揭示了5个突变热点,对今后木兰科的系统发育和进化研究具有重要意义。这篇文章的研究内容如下:1、叶绿体基因组组装宝华玉兰基因组长160,048 bp,GC含量为39.2%,包括一对26,596 bp的反向重复区(IRA和IRB),一个大单拷贝区(LRC)88,098 bp,一个小单拷贝区(SSC)18,757 bp.2、木兰科物种叶绿体基因组比较分析用28种木兰科物种和2种鹅掌楸的叶绿体基因组进行序列比对。宝华玉兰的叶绿体基因组放...
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    发布时间: 2019 - 01 - 28
    摘要油菜是一种重要的油料作物,为了适应不同的气候带和纬度,形成了三种主要的生态型(冬性,半冬性,春性)。这些生态型多样性背后的遗传机制目前还是未知的。本研究这对收集的世界各地的991份资源品种进行全基因组重测序并分析了这些资源的遗传多样性。测序结果分别和油菜“Darmor-bzh”,“Tapidor”基因组比对鉴定到5.56M/5.53M SNPs,1.86M/1.92M Indels。文章通过构建等位基因漂变图揭示主要群落的,利用遗传多样性和连锁不平衡参数研究了甘蓝型油菜两个亚基因组的非对称进化。选择性清除分析表明了调控各种植物发育和胁迫的直系同源基因间的遗传多样性。全基因组关联分析发现在FT和FLC同源基因的启动子区域的SNP,符合不同生态型的油菜。材料方法实验材料:来自39个国家,658种冬性、145种半冬性、188种春性油菜。测序策略:Illumina HiSeq Xten PE150,共7.9T(平均测序深度6.6X)。油菜参考基因组:‘‘Darmor-bzh’’ genome (B. napus v4.1 genome),‘‘Tapidor’’genome。系统发育分析:MEGA5.2(NJ树,Kimura 2-parameter model);LD分析:PLINK,群体结构:ADMIXTURE;PCA:EIGENSOFT(smartPCA)。SNP重组率计算:R package FastEPRR;等位基因漂移分析:TREEMIX,基因流画图:R package ggplot2。选择性清除:PopGenome(Fst),XP-CLR;关联分析:TASSEL(MLM)。研究结果1、991份油菜资源群体结构和遗传变异A/B.991份油菜资源全球分布情况及对应三种生态型;C.991份材料的系统进化分析(与油菜生态型大致相同);D.群体主成分分析,PC1能够区分冬性和半...
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    发布时间: 2018 - 12 - 13
    发表期刊:Postharvest Biology and Technology影响因子:IF=3.112(SCI二区)研究背景草莓(Fragaria×ananassa Duch.)由于其独特的风味和多汁的质地,是一种在世界范围内广受欢迎的园艺作物。它是维生素C和抗氧化剂的良好来源,但由于软化快、机械损坏、真菌腐烂和采后代谢迅速,很容易腐烂。在6℃贮藏1d后,草莓果实中的蔗糖水平由于快速的采后代谢而达到无法检测的水平。虽然草莓品种的贮藏期不同,但平均贮藏期通常只有3-5d。先前研究报道了CO2诱导的生理和机械变化,收获后,草莓果实中含有较高水平的二氧化碳(CO2)以提高可储存性。暴露于20%CO2中12或48h的草莓果实比在环境空气中贮藏3d的水果更结实。高浓度的二氧化碳会影响细胞壁钙的结合,提高果实的硬度。为了深入了解高浓度CO2在分子和生化水平上的影响,多学科方法是必要的。整合基因组学、蛋白质组学和代谢组学将有助于更好地理解植物对外界刺激的全面定性和定量反应。尽管对草莓果实采后对高CO2的响应进行了研究,但对细胞反应的全面了解仍不甚清楚。本研究联合转录组学和代谢组学方法来研究分子和细胞反应,将收获的草莓果实短期暴露于30%CO2,以全面了解改善的果实耐贮性。材料与方法01植物材料与CO2处理草莓于80%红色收获,收获后,果实立即运往实验室。选择大小和颜色一致的果实作为试验材料。分组:0D:环境空气0h(收获后立即)1D:3h环境空气处理后1d1DT:3h 30%CO2处理后1d 02硬度测定随机抽取3个重复容器中的10个草莓果实进行硬度测定(n=30),经硬度测定后丢弃。采用CT-3纹理分析仪进行硬度测量。用直径为100mm、速度为2mm、应变为5mm、直径为100 mm的平板探针,在果实赤道面测量果实硬度(N)。草莓果实表面微生物...
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    发布时间: 2018 - 12 - 13
    集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》英文标题:Comparative transcriptome analysis of roots, stems and leaves Isodon amethystoides reveals candidate genes involved in Wangzaozins biosynthesis杂志:BMC PLANT BIOLOGY影响因子:IF=3.930摘要    王枣子是一种重要的中药植物,具有治疗多种疾病的药理作用,包括肺结核。四环二萜类化合物王枣子素(王枣子甲素Wang zaozin A,王枣子乙素GlucocalyxB)是王枣子的主要生物活性化合物。然而,关于这些化合物生物合成的分子信息仍然不清楚。通过对王枣子中王枣子素积累水平的研究,发现该植物的根、茎和叶组织有很大的变化,表明不同组织间代谢产物生物合成和积累的可能存在差异。为了更好地阐明四环二萜生物合成途径,我们对根、茎和叶组织进行转录组测序,并进行了de novo序列组装和分析。分析了与二萜类生物合成有关的候选基因,如CPS、KSL等。用qRT-PCR方法对8种涉及四环二萜类生物合成的转录本在王枣子不同组织中的表达谱进行了验证,解构该通路的基因表达谱。ISPD、ISPF和ISPH(MEP途径)以及IaCPS和IaKSL(二萜类途径)候选基因在叶片和根中的差异表达,可能是造成王枣子叶片中王枣子素积累较高的原因之一。本文报道的基因组数据和分析为进一步研究这一重要药用植物奠定了基础。材料与方法植物材料:一年生健康王枣子个体的根、茎、叶(3个重复)王枣子素的提取与鉴定(靶标代谢):种类:王枣子甲素、王枣子乙素和王枣子丙素        &...
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发布时间: 2018 - 09 - 27
发表期刊:BMC Plant Biology影响因子:3.930(SCI二区)研究背景红豆杉属植物由于其天然产物紫杉醇是一种成功的抗癌药物而备受关注。密叶红豆杉T. fuana和云南红豆杉T. yunnanensis是分布在喜马拉雅山上两种濒危红豆杉品种。近年来,紫杉醇的市场需求超过供应,受到几个限制条件的限制,如红豆杉生长缓慢、紫杉醇含量低和合成路线复杂。目前紫杉醇的生物合成途径已经被揭示,产生了大量的紫杉醇前体、中间体和衍生物。到目前为止,已鉴定出红豆杉属14种植物,但不同品种和品种间积累的紫杉醇含量差异很大。对这两种形态相似的红豆杉种类之间的紫杉醇类化合物以及其他次级代谢产物的种间差异性积累的代谢特征的研究将促进高产品种的繁育,并揭示物种和环境依赖的代谢变化的机制。本研究可为这两种濒危红豆杉种质资源的保存提供有价值的信息。材料与方法1.植物材料分别采自西藏吉隆和西藏墨脱15株独立的10年生密叶红豆杉T. fuana和云南红豆杉T. yunnanensis的新鲜小枝(图1a),吉隆平均海拔4000米,莫陀岛平均海拔1200米。2.非靶标代谢组学样品:两种红豆杉新鲜枝条样本25mg,设置15个生物重复(15株)。检测平台:UPLC-Triple-TOF-5600+(AB SCIEX)Q,采用DIA数据采集模式。此外,每10个样品分析一次QC样品。3.生物信息学分析数据预处理:XCMS软件;代谢物匹配:KEGG、HMDB数据库(10ppm);数据过滤:在不到50%的QC样品或80%的生物样品中检测到的特征被去除,并利用k近邻算法对缺失值的剩余峰值进行估计,进一步提高数据质量。此外,计算所有QC样品中代谢特征的相对标准偏差,然后去除那些30%的相对标准偏差。4.紫杉醇类化合物和黄酮类化合物靶标测定样品:分别从两种红豆杉的6棵树采集新鲜枝条,样品在40℃下完全干燥,然后研磨成粉...
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发布时间: 2018 - 08 - 10
研究背景代谢调控在癌症,代谢疾病,病原体感染,微生物群落,热量限制以及推进老化过程中起关键作用。因此,保守的代谢调节器和传感器,包括雷帕霉素(TOR)途径的靶标,已经重新聚焦在医学和生物技术领域。但是,基因组规模的生物合成调控以及基因组和代谢之间的相互作用尚不明确。氨基酸可以作为蛋白质合成的前体,也可以作为核苷酸,辅因子和脂质合成,碳氮传感和内稳态以及氧化还原缓冲的中间体。为了能够使功能性基因组学方法研究代谢,利用酿酒酵母基因组规模的基因敲除集合中的氨基酸营养缺陷型,通过靶标代谢组学来记录所有菌株的精确氨基酸浓度分布,并将获得的信息组装在基因组规模的基因-代谢相互作用中。通过描述在染色质水平上运作的转录和信号转导的代谢影响,或者通过代谢依赖系统,核糖体或蛋白质转运,通过稳态反馈,实现对细胞生长代谢的调节和稳态的全局洞察。sdfd材料与方法1.高通量氨基酸定量分析代谢物提取:351个基因缺失的酵母菌株,在同一天对同一批次的菌株进行代谢物提取。检测平台:Agilent 1290 Infinity-Agilent 6460;利用Masshunter软件以动态SRM模式获得游离氨基酸的信号。2.雷帕霉素敏感性分析在SM培养基中的384多孔板(70ml/孔)中,0.1 OD600条件下接种11个浓度为7-1000nM(n=4)的雷帕霉素菌株,监测生长48h。测定最大比生长速率并用于确定剂量反应曲线中的EC50值。3.蛋白质印迹的可视化将表达GFP-Atg8的营养缺陷型菌株在指数生长期间收集在SM培养基中,并在30℃接种于氮-星型浮选培养基SD(-N)中6h。收集OD600等分试样提取蛋白质,使用兔多克隆抗GFP和山羊抗兔的硝化纤维膜上的化学发光使GFP和GFP-Atg8显现Ig-HRP抗体。4.荧光显微镜在SM培养基中指数生长期间收集细胞,在SD(-N)培养基中饥饿6h。图像在Oly...
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发布时间: 2018 - 08 - 03
1摘要在春季短时期内,绿茶质量的感官品质发生了很大变化,但其机理尚未明确阐明。使用气相色谱飞行时间质谱联用(GC-TOF-MS)和超高效液相色谱四极杆质谱连用(UPLC-Q-TOF-MS)对早春,中春和晚春的茶树幼芽进行代谢物分析。多变量分析显示出在不同的时期幼芽的代谢物表型差异很大。在晚春季节,氨基酸含量下降,而碳水化合物,黄酮及其糖苷,三羧酸循环和光呼吸途径强烈增强,这些都很好地反映在茶的感官品质上。代谢组学分析进一步证明了成熟叶片中代谢物表型的明显变化。结果表明,早春绿茶品质的波动是由幼芽代谢产物表型的变化引起的,这可能与成熟叶片中的碳和氮储量的再活化有关。2材料与方法——植物材料:嫩芽和成熟的叶子。选取的茶植株用N、P、K 施肥(285、60、90千克/公顷/年)。在4月1日(T1)、15日(T2)、28日(T3)三个时期随机采摘了10个重复。在样本收集的2周之前内,计算平均日气温,保持环境干扰的一致性。(茶的化学成分与气候因子显著相关)——平台:①UPLC-Q-TOF/MS(超高效液相色谱四级杆飞行时间质谱);  色谱柱:HSS T3。       ②GC×GC-TOF/MS(二维气相色谱飞行时间质谱);内标:10μl的L-2-氯苯丙氨酸;色谱柱:一维度 DB-5ms(30 m × 250 µm i.d. × 0.25 µm);二维度 DB-17H  (2.5m×0.1 mm i.d.×0.1 µm)。      质谱:Pegasus HT, Leco Co., CA, USA        模式:不分流模式。——数据处理和多变量数据分析:Transomic...
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发布时间: 2018 - 05 - 15
植物已经开发了多种防御机制,以保护自己免受生物和非生物胁迫。次生代谢物的积累,显示出许多生物学特性,胁迫反应的主要组成部分。其中,挥发性有机化合物(VOCs)是参与植物对病原体和植食性昆虫的保护,也是吸引授粉者和种子携带者的相关群体。不同的信号分子,如水杨酸(SA)、龙胆酸(GA)、乙烯(ET)或茉莉酸(JA),在番茄植株上积累了病原菌。SA的积累与无毒性感染有关,而在番茄的兼容互作中发现高水平的GA和ET。JA与植物对植食性昆虫或坏死病原体的反应有关。然而,这些防御分子在感染强毒或无毒的pst菌株的番茄Rio Grande中所起的作用还没有被阐明。本研究应用非靶向GC-MS代谢组学方法分析了用无毒菌株Pst DC3000或强毒菌株Pst DC3000感染的RG-Pto番茄植株中差异的VOCs,并利用用乙酸、丙酸、异丁酸或丁酸和几种羟基单酯(Z)-3-己烯醇对番茄叶片的VOC谱进行了表征。材料与方法植物材料与细菌接种将植物浸泡在含硅藻土L-77(0.05%)的10mM MgCl2溶液中,以模拟接种。从下至上,在指定的时间采集第3和第4叶,并冷冻在液氮中。第5叶放置在10mL螺旋帽瓶中,保存5h进行ET测定。设置6个生物重复分别用于每个时间段和番茄与细菌互作分析。水杨酸和龙胆酸的提取及HPLC分析1525Waters二元高效液相色谱法分离,利用2475Water多λ荧光探测器(λ激发313 nm;λ发射405nm)测定SA和GA。茉莉酸和乙烯测定     第5叶新鲜组织0.5g用于乙烯测定;利用4890A Hewlett Packard气相色谱分离;每个时间点,设置6个生物学重复,建立ET的标准曲线,并利用MassLynx Waters软件计算ET的含量。在JA定量中,将番茄第3和第4叶中的250mg冷冻组织添加到含有内标二氢茉莉酮酸酯的80%甲醇-1%乙...

代谢组学

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