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    发布时间: 2017 - 08 - 17
    梨 学名: Pyrus spp分类地位:被子植物亚门,双子叶纲,蔷薇目,蔷薇科,梨属  摘要 对3种亚洲梨:库尔勒,雪花和玉露香在收获和贮藏7个月后表皮蜡质的化学成分,晶体结构和相关基因的表达水平进行分析、测定。其中,蜡质含量最高的是库尔勒,最低的是雪花。表皮蜡质的主要成分是烷烃,脂肪醇,萜烯类化合物,脂肪酸和醛类化合物。储藏后,所有品种的蜡质含量都出现减少,蜡质的晶体结构变得光滑。玉露香水果对黑斑病的抗性最强。基因表达分析显示:在贮藏后涉及蜡质合成的4个结构基因(CER6, KCS9, KCS20 and FDH1)的表达水平较高,另外3个(CER60, DGAT1 and MAH1)的表达水平较低,2个转录基因(LTPG1 and LTP4)和1个转录激活因子(MYB96)的表达水平与蜡质含量一致。总的来说,了解水果在收获和贮藏后表皮蜡质的差异能够更好地理解它们对抗病性的贡献和收获后的储藏性能。    材料与方法 1.  植物材料  从用于商品的梨中挑选没有疾病感染、物理损伤的3种不同品种的梨作为实验材料。库尔勒(Pyrus sinkiangensis Yü)收获于2015.9.9,雪花(Pyrus bretschneideri Rehd.)收获于2015.9.4,玉露香(‘Kuerle’ × ‘Xuehua’)收获于2015.9.7.收获后每个品种取100 个立即用来测定相关数据,另外每个品种再取100 个贮藏在3℃(相对湿度60~~80%)7个月,然后取出,在室温下进行相关实验。 2.表皮蜡质的提取 将果实洗干净后,于通风厨内把果实放在600mL氯仿内浸泡并搅拌1min,然后脱去其它物质,称量并记录蜡质的重量...
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    发布时间: 2017 - 08 - 17
    梨 学名: Pyrus spp分类地位:被子植物亚门,双子叶纲,蔷薇目,蔷薇科,梨属  摘要 对3种亚洲梨:库尔勒,雪花和玉露香在收获和贮藏7个月后表皮蜡质的化学成分,晶体结构和相关基因的表达水平进行分析、测定。其中,蜡质含量最高的是库尔勒,最低的是雪花。表皮蜡质的主要成分是烷烃,脂肪醇,萜烯类化合物,脂肪酸和醛类化合物。储藏后,所有品种的蜡质含量都出现减少,蜡质的晶体结构变得光滑。玉露香水果对黑斑病的抗性最强。基因表达分析显示:在贮藏后涉及蜡质合成的4个结构基因(CER6, KCS9, KCS20 and FDH1)的表达水平较高,另外3个(CER60, DGAT1 and MAH1)的表达水平较低,2个转录基因(LTPG1 and LTP4)和1个转录激活因子(MYB96)的表达水平与蜡质含量一致。总的来说,了解水果在收获和贮藏后表皮蜡质的差异能够更好地理解它们对抗病性的贡献和收获后的储藏性能。    材料与方法 1. 植物材料  从用于商品的梨中挑选没有疾病感染、物理损伤的3种不同品种的梨作为实验材料。库尔勒(Pyrus sinkiangensis Yü)收获于2015.9.9,雪花(Pyrus bretschneideri Rehd.)收获于2015.9.4,玉露香(‘Kuerle’ × ‘Xuehua’)收获于2015.9.7.收获后每个品种取100 个立即用来测定相关数据,另外每个品种再取100 个贮藏在3℃(相对湿度60~~80%)7个月,然后取出,在室温下进行相关实验。 2.表皮蜡质的提取 将果实洗干净后,于通风厨内把果实放在600mL氯仿内浸泡并搅拌1min,然后脱去其它物质,称量并记录蜡质的重量 ...
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    发布时间: 2017 - 08 - 11
    核盘菌:分类地位:子囊菌亚门、盘菌纲、柔膜菌目、核盘菌科、核盘菌属。是一种危害作物和蔬菜的世界性的重要的植物病原菌。核盘菌可以广泛地侵染很多单子叶和双子叶植物。另外,此菌危害十字花科、豆科、茄科、芸香科等植物。一般情况下见到的多为该种的菌核,子囊盘从菌核上产生,油菜菌核的子囊盘比较容易获得。  摘要   油菜菌核病是一种造成许多重要作物巨大经济损失的重要的植物病原菌。核盘菌与其宿主的相互作用比最初想象的更复杂,至今难以理解。在本研究中,对核盘菌侵染油菜叶片的RNA进行转录组分析。我们比对到了11,074,508 and 11,495,788对双端reads。一共获得了13313个基因。并按照 他们的功能类别进行分类。用核盘菌侵染6小时(hpi)和24小时后,不同上调程度的差异表达基因(DEGs)主要集中在DNA结合基因和ATP结合基因。然而离子结合和氧化还原酶基因在24小时后被激活。大部分在48小时后上调的DEGs属于水解酶类。这些基因的表达水平与水解酶的功能相关。结果显示:不同的基因在不同的阶段被激活。在侵染过程中,我们对被激活的令人感兴趣的基因的相对表达水平通过qRT-PCR进行评估。我们的研究结果为核盘菌的侵染机制提供了新的理论。 材料与方法 1.植物材料,真菌和生长条件    野生型油菜品种NRS-1用土壤种植在花盆中,至于温室中,温度为20±2℃,相对湿度为60~~90%,光照为12小时,黑暗为12小时,培养20周,核盘菌在PDA培养基上于25℃培养5天。 2.样品收集和制备   用于转录组测序RNA的样品在4个不同时间点提取:没有侵染的核盘菌,侵染油菜6小时后的核盘菌,侵染油菜24小时后的核盘菌,侵染油菜...
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    发布时间: 2017 - 08 - 08
    摘要    mRNA的3’UTR(非编码区)在其定位、翻译和稳定性的调节等方面具有重要的作用。剪切或多腺苷酸化合成的mRNA具有不同3’UTR,但是参与响应胁迫过程的机制尚未被阐明。本研究报道了在脱水胁迫过程中出现与胁迫相关mRNA的3’UTR延长的现象。这些延长的3’UTR具有LncRNA的特征,同时可能没有互作的miRNA。利用T-DNA插入突变体的功能研究发现,这些延长的3’UTR能够作为反义转录本抑制正义链基因的表达、激活转录或导致下游基因的读出转录(从一个操纵子的启动子开始转录的RNA聚合酶,若缺失位于操纵子末端的转录终止部位,或由于某种原因不能识别终止信号时,转录终止就不能正常进行,而是继续转录到相邻的操纵子)。进一步的分析表明具有3’UTR延长的转录本比不具有3’UTR延长的poly(A)信号更弱,而3’UTR延长的生物起源部分是依赖反式作用因子FPA的。最终结果表明脱水胁迫能够诱导转录本3’UTR的延长,而3’UTR延长能够作为LncRNA调控它的相邻基因。 材料方法 拟南芥野生型:哥伦比亚,突变体:哥伦比亚T-DNA插入突变数据来源:European Nucleotide Archive(ERP003245);链特异性RNA数据分析:TopHat/Cufflinks,3’UTR的延长识别:计算机流程,3’UTR的延长编码能力评估:Coding Potential Calculator (CPC),ORF预测:GenScan;miRNA靶点预测:psRobot。Ploy(A)信号预测:(Sherstnev et al. 2012),正义-反义链识别:(Wang et al. 2014)。 研究结果 1、脱水胁迫后拟南芥3’UTR的延长蓝色/粉色:正义链和反义链的丰度,红色矩形内表...
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    发布时间: 2017 - 07 - 20
    集思慧远于2017年7月11日正式取得两例计算机软件著作权登记证书。这两例计算机软件著作分别是集思慧远连锁不平衡衰减分析软件【简称:LDd‍ecay】和集思慧远基因表达模式层次聚类软件【简称ClusterGene】。随着公司的不断发展,公司整体研发实力也在公司不断上升,将会持续推出更多的计算机软件著作权。 备注:计算机软件著作权登记是我国著作权法规所规定的对计算机软件著作权保护的一项行政辅助管理措施,《计算机软件著作权登记办法》第二条和国务院18号文件均有规定,国家著作权行政管理部门鼓励著作权人进行计算机软件著作权登记,并对已登记的软件给予重点保护。 软件著作权登记文件是对登记事项的初步证明,对确定软件著作权的归属、理顺著作权关系、减少著作权纠纷以及打击非法盗版等有着积极的作用。
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    发布时间: 2017 - 07 - 08
    近日,我公司设计研发的两款软件集思慧远ddRAD标记开发流程软件[简称:ddRADPip]以及集思慧远细菌基因组组装及注释流程软件[简称:BCGPip]经版权中心审核,登记在国家版权局。这两款软著的申报成功,标志着公司的自主研发进入全新阶段,为公司的长远发展奠定了坚实基础。
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发布时间: 2018 - 03 - 28
摘要季也蒙毕赤酵母(M. guilliermondii)能显著抑制贮藏梨的自然腐烂并对储存品质无不良影响,同时还能诱导梨的抗性。通过和对照相比发现季也蒙毕赤酵母能显著诱导一些抗性相关基因的表达,比如一些编码苯丙氨酸解氨酶、过氧化物酶、β-1, 3葡聚糖酶的基因。此外,研究发现和空白对照0d相比接种季也蒙毕赤酵母的梨中葡聚糖酶表达水平上升105倍。这些研究表明季也蒙毕赤酵母能够增强梨的抗性机制。接种3天后的梨和空白对照相比,检测到144个显著上调表达的基因(其中包括抗性相关的酶:类G蛋白偶联受体1、类阳离子过氧化物酶1、类β葡聚糖酶12)。抗性相关的转录组因子WRKY9,WRKY31以及其他一些和发病机理相关的基因(Pyr c1,Pru ar 1-like,Pru av 1-like)也受到诱导。这些结论为拮抗酵母菌在梨中的生防机制提供新的研究基础。材料方法沙梨品种:“Shuijing’’,所有梨都是均一大小随机采集、成熟且无明显损伤结痂;用0.1%次氯酸钠消毒1min并用自来水清洗干净,室温风干。在所有梨的表面“赤道区域”挖出(5mm deep X 4mm diameter)规格相同的三个孔,对照:每个孔加入30ul无菌蒸馏水,处理:每个孔加入30ul季也蒙毕赤酵母悬浮液。所有样品室温条件风干2h并开始孵化(20℃,湿度:95%),孵化0(接种后2h)、1-5天,从孔的周围取2g梨果实组织(切成砂浆状、加入液氮研磨,提取总RNA),每种处理取3个生物学重复(共36样品)。测序方案:Illumina HiSeq X Ten PE150,文库(150-250bp),平均7.2G/sample。差异基因筛选标准:|log2 (Fold change)| ≥ 2,FDR 。定量PCR:Biorad CFX-96(内参:ACTIN)。研究结果1、季也蒙毕赤酵母对梨自然腐烂和品质的影响...
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发布时间: 2018 - 03 - 23
位置记忆赋予再生组织两个关键属性。首先,离身体近端的截肢比远端截肢的再生更快。第二,新的组织是有图案的。只有损伤部位远端的结构才能再生。虽然相当多的研究集中在了解不同的生物体是如何开始再生的,并且计算模型已经预测了位置信息如何调节再生生长,然而关于位置记忆的细胞机制知之甚少。跨膜受体Prod1是位置记忆唯一真正的效应者。除Prod1外,小分子维甲酸(RA)也被报道为两栖类肢体位置记忆的效应物。尽管有关Prod1和RA的这些数据,但没有调节位置记忆的分子,在未受伤的附肢中表现出轻微的表达,并且在物种间保守。普遍假设预测位置记忆机制的分子梯度存在于未受伤的附肢中。因此,本研究测定了沿着成年斑马鱼尾鳍近远轴轴线的RNAs,蛋白质和代谢物的全局丰度,鉴定了许多不同的图案分子。这些信息为再生生物学领域提供了丰富的资源。主要研究结果为了鉴定可能参与尾鳍位置记忆的候选分子,本研究对未受伤的斑马鱼尾鳍的近端,中间和远端区域进行了RNA测序(RNA-seq)和无标记定量(LFQ)蛋白质组学(图1A),共鉴定出566个转录本和238个蛋白质,主要存在于近或远的富集梯度中(图1B)。另外,主成分分析(PCA)显示鳍的近端和远端区域之间的转录物(图1C)和蛋白质(图1D)丰度的变化很大。中间区域的转录本聚集成一个独特的组,但更接近于远端区域(图1C)。差异丰富分子的最大差异发生在近端和远端区域之间,包括1,424个转录本和113个蛋白质(图1E)。因此,基因组的表达在整个尾鳍的近远端轴上存在着定量的差异。Fig. 1. Transcriptomic and proteomic mapping of positional information in uninjured caudal fins.图1无损伤尾鳍位置信息的转录和蛋白质组学图谱为了确定沿尾鳍近远端轴线差异表达的分子类型,因此对RNA-se...
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发布时间: 2018 - 03 - 22
摘要菠菜是一种重要的多叶蔬菜,富含多种必需营养素。本文组装出菠菜的基因组草图,其中包含25,495个编码蛋白的基因。菠菜基因组具有高达74.4%的转座子重复序列。并未发现近期的全基因组复制事件。基因组共线性分析结果表明在石竹目基因组进化过程中菠菜—甜菜之间存在大量的染色体内和染色体间的重排现象。对120份野生和栽培菠菜的转录组测序结果发现超过420k变异位点,数据分析结果表明Spinacia turkestanica可能是栽培菠菜的直接祖先,同时菠菜驯化过程中也遇到较弱的瓶颈期。研究发现93个受到驯化选择的区域,其中包括和抽薹、开花及叶片数量等性状相关的位点。材料方法自交系:Sp75,20天幼嫩叶片,测序方案:Illumina HiSeq2500, 214.9G( 150 bp, 200 bp, 300 bp, 500 bp ,1 kb, 3 kb, 10 kb, 15 kb, );120个菠菜品种(栽培种,野生种)RNA-seq:Illumina HiSeq2500 SE100,平均测序0.83G/sample。基因组组装:Platanus+SOAPdenovo2(框架),光学图谱:IrysView;LTR还原转座子:LTRharvest,重复元件:RepeatModeler,转座子分类:REPCLASS。转录组数据比对:Tophat,组装:Cufflink。同源基因分析:OrthoMCL,共线性分析:MCScanX。转录组数据比对参考基因组:BWA,SNP,indel鉴定:SAMtools。系统进化树:PAUP(最大简约法),PCA:EIGENSOFT smartpca,群体结构:STRUCTURE,LD:Haploview,选择性清除:XP-CLR,Fst,π(核酸多样性),全基因组关联分析:EIGENSOFT。研究结果1、菠菜基因组de novo测序组装及基因组注释...
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发布时间: 2018 - 03 - 15
摘要山核桃在森林学和园艺学中是一种常见的长寿二倍体树木。山核桃是一种风媒授粉的雌雄同株树,起作用的雌性和雄性器官的位置和时间都是不同的。由于山核桃基因组的信息的局限性,阻碍了有关其花器官发育相关机制的研究。本文利用RNA-seq技术对山核桃的雌性和雄性花序进行比较转录组学的研究,并首次提供了山核桃转录本的de novo组装信息。最终利用山核桃雌性花序测序数据构建了一个包含53894条unigene的数据库,N50(1411bp),而且与雄性花序相比仅有少数unigene的差别。通过生信分析获得了11813条简单重复序列,并且在其中开发了7725对引物。在雌、雄花序间共检测到5826个差异表达基因,其中大部分是和植物激素调节相关的,特别是赤霉素生物合成(GA2OX,GA20OX)、赤霉素信号接收(GID1)、赤霉素调控(GASA,GRF,GRAS)。此外大约1/10(569)的差异表达基因是转录因子,至少有15个ARF,3个bZIP,33个bHLH,8个GH3,13个MADS-box,92个MYB,28个NAC,14个zf-Dof转录因子是和山核桃花器官性别分化相关的。山核桃转录组的组装结果能够增强对不同性别花器官的特异性基因的理解,并且对山核桃种质资源管理和育种工作也有一定的作用。材料方法生长4年的山核桃树:雄性和雌性花序(各3个生物学重复),分别混成一个样建库测序。测序平台:Illumina HiSeq 2000 PE100,雌性(60.98M reads),雄性(57.04M reads)。de novo组装:Trinity;unigene功能注释:Nr,KOG,GO,KEGG,Swiss-Prot,TrEMBL。SSR标记设计:MISA(http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/)研究结果1、转录组de novo组装Unigene长度和G...

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