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    发布时间: 2018 - 09 - 13
    基于iTRAQ的蛋白质组学和RNA序列分析揭示一个调控石榴果皮颜色的复杂网络摘要01果皮颜色是影响石榴果实商品性的重要因素。因此,阐明果皮颜色发育的遗传机制,可为提高果皮颜色的石榴品种选育提供参考。在本研究中,基于iTRAQ的蛋白质组水平分析与基于RNA序列的转录组水平分析相结合,以检测与果皮颜色发育相关的蛋白质和基因。分析了“Tunisia”(红色水果)和“White”(白色水果)石榴品种在果实发育的两个阶段。在蛋白质组学和转录组学中,共鉴定出27个差异丰富的蛋白质(增加的丰度)和54个不同表达的基因(16个上调,38个下调)。所鉴定的蛋白质和基因参与了花青素、二苯乙烯类、二芳基庚烷类、姜醇类、蚕豆类和苯丙素的生物合成,从而促进了石榴果皮颜色的形成。几种候选蛋白和基因与石榴果皮颜色有关的化合物和色素的一般反应(PAL;4CL;DFR;LDOX/ANS;CHS;and F3′5′H)和糖基化(GT1 and UGAT)相关的酶对应。互补蛋白质和转录组水平分析揭示了控制果皮颜色的复杂分子网络。本研究筛选出的候选基因可为石榴新品种的标记育种提供参考。材料与方法02材料:“Tunisia”(TP,红色果皮)和“White”(SP,白色果皮)石榴,在果实着色和成熟期收集果皮,3个生物学重复方法:SPSS分析;iTRAQ;LC-MS/MS分析;RNA-seq分析;qPCR验证测序平台:HiSeq2000,PE100生信分析:蛋白质的鉴定和量化:Mascot 2.3.02;IQuant程序识别蛋白质;Mascot软件包报告峰面积自动选择多肽;SOAPnuke筛选测序数据;HISAT比对到参考基因组序列;TEREAD用于组装成转录本;使用Cufinks的参考基因模型进行比较;用RSEM对基因表达进行定量;Cufdif确定P值的阈值;利用KOBAS2.0网站对DAP或DEGS进行了KEGG...
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    发布时间: 2018 - 09 - 07
    摘要为了确认硒-壳聚糖对大鳞副泥鳅生长和肠道健康的影响,从15个PVC贮水池中随机收集的了450条鱼(初始平均体重5.0± 0.2 g),分别喂食0(C组)、0.6(T1组)、1.2(T2组)、1.8(T3组)、2.4(T4组)mg/kg硒-壳聚糖60天。生长参数(包括最终平均体重,生长速率,增重,存活率)在对照和实验组间并未发现显著差异。当喂食超过1.2 mg/kg硒-壳聚糖,发现实验组酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(ALP)、溶解酵素(LZM)活性显著受到影响。随着硒-壳聚糖喂食量的增加免疫球蛋白M(IgM)含量也在上升,T4实验组和对照组之间差异最大。进行16S rRNA测序分析,在T3和对照组间共鉴定到296个OTUs。α多样性分析结果表明随着硒-壳聚糖喂食量的增加微生物总的丰度和种类也在增加。其中丰度增加的包含拟杆菌门、蓝藻细菌、厚壁菌门,而变形菌门、放线菌门、梭杆菌门丰度是下降的。表明硒-壳聚糖的补充可能会影响泥鳅肠道的健康,同时在泥鳅养殖中可能有增强免疫的作用。材料方法大鳞副泥鳅共450只(初始平均体重5.0± 0.2 g),平均投放到15个相同PVC贮水池饲养,每三个PVC贮水池作为一组,分别喂食0(C组)、0.6(T1组)、1.2(T2组)、1.8(T3组)、2.4(T4组)mg/kg硒-壳聚糖60天。生成参数调查:最终平均体重,生长速率,增重,存活率;免疫指标调查:幽门盲囊至肛门前1cM间的肠子,切除并去除粪便,液氮速冻;ELISA kits检测酸性磷酸酶、碱性磷酸酶、溶解酵素活性;DNA提取样品:C组,T3组每个生物学重复取5条鱼,去除肠周围的脂肪堆积物,肠道内容物挤压出来并收集,混样用来提取DNA;16S rRNA测序:Illumina HiSeq,V4-V5可变区,扩增引物515F (5′-GTGCCAGCMGCCGCGG-3...
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    发布时间: 2018 - 08 - 30
    摘要细胞分裂素活化蛋白激酶(MAPK)级联反应是通用的信号转到模块,在植物的各种生物和非生物胁迫、激素、细胞分裂和发育过程中起着至关重要的作用。MAPK作为级联反应的一部分,对进一步适当的细胞反应起着重要的作用。尽管MAPK在几种模式植物中都有相关报道,但是目前在猕猴桃中还没有系统的分析。本文在猕猴桃基因组中共鉴定到18个可能的MAPK基因,并对该基因家族在基因组上的位置,基因结构,系统发育及保守motif进行了分析。系统发育分析结果表明猕猴桃的MAPK基因家族能够分类到5个亚家族,这些基因的motif在相同的亚家族组具有很高的相似度。基因结构分析表明猕猴桃MAPK家族基因的外显子个数从2-29个不等,表明该家族的基因之间存在很大的变异。利用qRT-PCR对该家族的基因进行定量分析,证实了该基因家族响应多种生物和非生物胁迫及激素处理,对胁迫响应和激素信号转导通路都有潜在的影响作用。材料方法猕猴桃品种“jinkui”,MS培养基生长,4周后进行激素、冷胁迫、热激处理、盐处理;长势正常的植株,用丁香假单孢菌处理植物根系。定量PCR平台:ABI 7300 Real-time PCR System,每种处理的0h当作标准“1”,热图构建:MeV4.8;MAPK鉴定:拟南芥MAPK(https://www.arabidopsis.org),葡萄MAPK(http://www.genoscope.cns.fr/ externe/GenomeBrowser/Vitis/),猕猴桃基因组(http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/kiwi/download.cgi),BLASTP(阈值设置1x e -50),HMMER比对猕猴桃蛋白数据库;然后分析基因序列是否包含TDY或TEY motif以及11个保守亚结构域(符合条件的鉴定为预测MAPK基因)。蛋白分...
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    发布时间: 2018 - 08 - 22
    南京集思慧远客户发表麻栎叶绿体全基因组序列及系统发育分析IF=3.687麻栎(Quercus Acutissima)是栎属重要的特有生态植物,广泛分布于全国各地。然而,对其叶绿体基因组的研究却很少。在本研究中,对麻栎的叶绿体(Cp)全基因组进行了测序、分析,并与壳斗科家族4种植物进行了比较。麻栎叶绿体基因组的大小为161124bp,包括1个90,423 bp的大单拷贝(LSC)区和一个19,068 bp的小单拷贝(SSC)区,由51,632 bp的两个反向重复区(IR)隔开。全基因组的GC含量为36.08%,LSC、SSC和IR的GC含量分别为34.62%、30.84%和42.78%。麻栎叶绿体基因组编码136个基因,其中蛋白质编码基因88个,rRNA基因4个,tRNA基因40个。在重复结构分析中,麻栎叶绿体基因组中共检测到31个正向重复、22个反向重复序列和65个简单序列重复位点。基因组中丰富的简单序列重复位点(SSRs)的存在表明了未来群体遗传工作的潜力。基因组比较表明,LSC区比SSC区和IR区的差异更大,非编码区的差异比编码区的差异更大。25个物种的系统发育关系推断,栎属的成员不形成进化枝,而麻栎(Quercus acutissima)与栓皮栎(Q.variabilis)密切相关。本研究确定了麻栎叶绿体基因组的独特特征,为物种鉴定和生物学研究提供了理论依据。材料方法材料:在南京林业大学和南京紫金山分别种植麻栎,收集新鲜的叶子用冰冷冻,并立即储存于-80֯C,以供后期分析。方法:测序平台:Illumina Hiseq 2500;数据质控:Fastqc;组装软件:NOVOPlasty;注释:CpGAVAS;检测注释结果:Dogma和BLAST;鉴定tRNA:tRNAcanse;图谱绘制:OGDRAWv1.2;用MISA和REPuter对SSRs和long repeat进...
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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    南京集思慧远客户发表不同耕作方式下小麦豌豆轮作区细菌和真菌多样性评价Canadian Journal of Soil Science      IF=1.08土壤管理实践有可能改变农业领域微生物的多样性和功能。本研究旨在通过15年小麦-豌豆轮作试验,研究小麦-豌豆轮作试验中细菌和真菌的多样性。处理措施包括: 常规耕作,去掉残茬(T)、去掉碎秸的免耕(NT)、免耕与碎秸保留(NTS)和传统的带有残茬的耕作方式(TS)。采用高通量测序平台,对0-10 cm和10-30 cm土壤中细菌16S rRNA(V3 V4)和真菌ITS(ITS2)区基因进行了序列分析。在两个处理深度为97%的相似性发现的优势细菌和真菌门分别是蛋白细菌(Proteobacteria 26.3%),放线菌门(Actinobacteria 25.1%), 酸杆菌门(Acidobacteria 15.0%) ,芽孢杆菌门(Gemmatimonadetes 8.8%),子囊菌门(Ascomycota 85.8%) 和担子菌门(Basidiomycota 8.0%)。耕作和留茬效应与一些门有显著的相关性。免耕和留茬措施通过改善土壤化学性质影响真菌和细菌物种的多样性,而这些化学性质有可能影响土壤的生境和活性。因此,免耕和留茬可以改善黄土高原土壤质量,促进农业可持续发展。材料与方法材料:两次轮作和四次耕作处理:T、NT、NTS、TS。轮作顺序:W→P→W或P→W→P。在2016年进行W→P→W实验之前,采集土壤样品。取样期内在0~10cm和10~30cm的深度范围内随机抽取3个土心样品,将每个地块的三个土心汇集在一起,形成一个复合样品,立即储存在干冰上,一部分存入-80oC用于分子实验,一部分存入4oC进行微生物碳/氮分析,其余样品风干进行其他化学分析。方法:PH计测定PH;Walkley-...
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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    SQANTI:广泛分析全长转录组测序数据,用于全长转录组鉴定和定量中的质控摘要      使用三代测序进行全长转录组高通量测序为发现数千种新的转录本铺平了道路,甚至在注释良好的哺乳动物物种中也是如此。测序技术已经发展成为研究的必需品及能够发现变异体的工具。本研究介绍了SQANTI,一种用于三代转录组测序分类的自动化方法,它可以使用47个唯一的描述符来评估数据和预处理方法的质量。以小鼠神经转录组((PacBio三代测序)为例来说明SQANTI是如何有效地分析全长转录组的组成。通过RT-PCR对 ToFU处理过的PacBio的转录本进行整体评估,发现许多新的转录本是测序方法的技术伪影,SQANTI质量描述符可以用来设计过滤策略删除它们。在这些精确的转录本中,大多数新的转录本都是现有剪接位点的新组合,既丰富了一般代谢功能,也丰富了神经特异性功能。本研究揭示了:这些新的转录本对正确量化转录水平(通过最先进的基于二代的量化算法)有着重要的影响。通过将SQANTI处理过的转录本和公共蛋白质组学数据库进行比较,发现在蛋白质组学检测中,很难进行可替代的异构体检测。SQANTI允许用户最大限度地利用三代测序的分析结果,通过提供质量评估来精确转录本质量。SQANTI介绍     SQANTI是用Python实现的,用R进行统计分析和生成描述性绘图。其程序有两个主要功能:sqanti_qc.py 和sqanti_filter。     sqanti_qc.py:(1)根据所提供的参考序列校正转录本,并返回校正后的转录本。(2)将测序的转录本与现有的基因组注释进行比较,生成基因模型,并根据剪接点对转录本进行分类。(3)利用GeneMarkS-T对ORFs进行了预测。(4)运行了预测RT切换的算法;(5)返回转...
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发布时间: 2018 - 11 - 08
砷暴露对小鼠肠道宏基因组和代谢谱的响应IF=8.3091.摘要背景:人类肠道是一个极其复杂、多样和庞大的微生物群落-肠道微生物群。肠道微生物群在代谢过程、能量产生、免疫和认知发育、上皮稳态等方面发挥着重要作用。然而,肠道微生物群的组成和多样性很容易受到外界因素的影响,这就增加了接触有毒环境化学物质导致肠道微生物群改变或失调的可能性。砷的暴露影响全世界的大量人口,并且与许多疾病有关,包括癌症,糖尿病和心血管疾病。目的:研究了砷暴露对肠道微生物组成及其代谢状况的影响。方法:采用16S rRNA基因测序和质谱代谢组学分析相结合的方法,研究砷暴露对肠道微生物群的功能影响。结果:16S rRNA基因测序结果表明,10 ppm砷暴露4周后,砷对C57BL/6小鼠肠道微生物组分有明显的干扰作用。此外,代谢组学图谱显示了一种并行效应,许多肠道菌群相关的代谢物在多个生物基质中被干扰。结论:砷的暴露不仅改变肠道微生物群落的丰度水平,而且在功能水平上也严重干扰其代谢状况。这些发现可能为肠道微生物群的微扰及其作为接触砷导致或加重人类疾病的潜在新机制的作用提供新的见解。2.材料和方法动物和处理:无特定病原体的C57BL/6雌性小鼠20只(6周龄,体重20±3g)。平均分为两组。两组小鼠在同样的环境条件下饲养,供给相同的食物和水。饲养到8周龄后,处理组:饮用水中注入无机砷(亚砷酸钠,10ppm)持续四周;对照组:依旧供给清水。在整个实验过程中,每天评估小鼠腹泻,脱水和身体状况恶化的情况。用砷4周后,用二氧化碳对小鼠实施安乐死并进行尸体剖检。对肝脏(左侧,内侧,右侧和尾状叶)和结肠(远端,横向和前期结肠)的多发区域的炎症,水肿,上皮缺损,高血浆和发育异常等指标进行评估。病理评分未显示对照组和砷治疗组小鼠之间存在任何显着差异,也未观察到体重,死亡率和食物摄入量的任何显着变化。16SrRNA测序数...
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发布时间: 2018 - 11 - 02
水稻对基腐病响应的长链非编码RNA的全基因组鉴定和鉴定RSC Advances  IF=1.9361摘要植物长非编码RNA(IncRNA)是一种新兴的表观遗传调控因子,在植物生长发育和生物胁迫反应中发挥着重要作用。然而,lncrna是否参与了水稻与Dickeya zeae之间的抗性反应尚不清楚,Dickeya zeae是一种引起水稻基腐病的细菌性病害。在本研究中,rna-seq被用来揭示由D.zeae反应性LncRNAs及其候选靶基因介导的共表达调控网络。在鉴定的4709个LncRNAs中,对D.zeae感染分别有2518个上调和2191个下调LncRNAs。采用qPCR方法研究了17个lncRNA及其在防御反应中潜在作用的预测靶点的表达变化。在D.zeae感染时,5个INcRNAs的表达水平上调,而同源候选靶基因的表达水平下降。此外,此外,一些lncrna被预测为osas - mir396和osas - mir156的靶基因模拟物。这些结果表明,IncRNAs可能通过调节水稻靶基因和miRNAs的转录水平,对D.zeae感染起反应作用。2病原体接种材料:4个品种:Nanjing 40,Nanjing 45,Kasalath,Nipponbare采用茎基接种法和根接种法测定水稻植株对水稻基腐病病菌D.zeae的抗性。通过测定接种后10天内患病面积的百分比,将耐药率分为5组。茎、根部无明显疾病症状,表明免疫。疾病指数小于或等于5,表明抗病性很强。疾病指数从5.1到12.4表示中度抗药性。从12.5到19.9的疾病指数表示中度易感性。表示高度易感性的疾病指数等于或大于20。测序平台:Illumina Hiseq 2500,PE=100 bp分析软件:TopHat2;Cufflinks;Cuffcompare;与miRBase排除miRNA前体;CPC;Hmmer;Pf...
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发布时间: 2018 - 10 - 30
文章题目:A strategy for association study on intestinal microbiomeand brain metabolome across lifespan of rats.杂志:Analytical  Chemistry 影响因子:IF=6.0421摘要   人们越来越认识到微生物群-肠-脑轴在哺乳动物一生中对哺乳动物生长和健康的不同作用。大量研究表明,肠道微生物群及其代谢物广泛参与脑与肠的沟通。脑代谢组与肠道微生物的关联研究是一个活跃的领域,它提供了大量关于微生物、脑和肠道相互作用的信息,但数据大小和复杂的层次关系是形成重要的、可重复的结论的主要障碍。本研究采用多种分析平台和生物信息学方法,对雄性Wistar大鼠在生长过程中的脑代谢和肠道微生物群关联分析进行了两级策略的研究。轨迹分析表明,与年龄相关的脑代谢组和肠道微生物在总体变化模式上具有相似性。 四个高水平分类的相关对“代谢类型—细菌门”包含“脂质-螺旋菌”、“游离脂肪酸-厚壁菌门”、“胆汁酸-厚壁菌门”、“神经递质-拟杆菌门”在单元-多元相关分析和功能分析的基础上被筛选出。进一步鉴定了上述高水平关键对中的四组特异性“代谢产物-细菌”关联对。通过一项独立的动物研究验证了关键相关对的有效性。这种两级策略有效地识别了从系统多组学研究中获得的大数据集中的主要相关性,加深我们对大脑和肠道之间终生联系的理解。材料与方法动物材料:正常生长实验取出生后第1、3、7、12、24、56、111周的雄性大鼠全脑和肠内容物,每组6只,共42只。      在限制饮食验证实验中,12只雄性大鼠(4周龄)被喂食3周,然后6只(随机选择)饲喂Libitum,其余6只饲喂60%的Libitum 5周...
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发布时间: 2018 - 10 - 26
水稻白叶枯病(Xoo)引起水稻细菌性疫病(BB),是世界各地水稻生长最广泛、危害最严重的病害之一。褪黑素通过诱导植物天然免疫增强病原菌抗性,但褪黑素对植物致病菌的直接作用尚不清楚。本论文研究了褪黑素对Xoo的直接作用,结果表明外源性褪黑素200μg/mL可明显抑制Xoo的增殖,降低5个细胞分裂相关基因的mRNA表达。这种浓度的褪黑素也抑制了Xoo的运动和生物膜的形成。值得注意的是,褪黑素可以改变Xoo细胞的长度。为了更深入地了解这种抗菌作用的机制,本研究采用RNA-Seq检测了200μg/mL褪黑素对Xoo菌株PXO99全局基因表达的影响。褪黑素处理后,Xoo细胞中与催化活性和金属结合活性相关的差异表达基因(DEGS)被下调。此外,对碳水化合物和氨基酸代谢的DEGs也受到下调。这些结果提示褪黑素抑制Xoo增殖的机制可能涉及调节细胞分裂,同时降低参与新陈代谢的酶的浓度或活性。材料与方法细菌菌株与植物采用剪叶法对水稻叶片接种Xoo菌株PXO99进行致病性试验。用无针注射器法对烟叶接种PXO99进行过敏反应(HR)监测。褪黑素对细菌生长影响的测定对不同浓度(0、200、400或1000μg/mL)褪黑素及无褪黑素(0μg/mL)的甲醇(MeOH)溶剂处理的细菌菌株每3h测定一次OD600,直至细菌生长达到静止阶段。每个实验进行三次,每个实验重复三次。透射电镜观察对不同浓度(0、200或400μg/mL)褪黑素及无褪黑素(0μg/mL)的甲醇(MeOH)溶剂处理的细菌标本做阴性染色,然后用相机拍摄。细胞运动和生物膜形成的测定对不同浓度(0、10、40或250μg/mL)褪黑素及无褪黑素(0μg/mL)的甲醇(MeOH)溶剂处理的Xoo菌株PXO99进行细胞运动和生物膜测定,每个实验进行三次,每次实验分别重复五次和六次。内源性褪黑素的测定利用LC-MS对不同浓度褪黑素(0或200μg...

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