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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    客户发表文章RNA-seq分析揭示穿心莲种子萌发过程中激素代谢和信号转导的关键作用穿心莲是东南亚广泛应用的一种传统药用植物,其提取物通常用于治疗肝炎和糖尿病以及炎症,认知和精神疾病。一般来说,这种植物是由种子繁殖的,但是种子的萌发是高度可变的。不可靠的发芽使种植变得更困难、效率更低、生产力更低。了解控制发芽的因素将使种植者能够设计提高种植效率的方法。本研究采用高通量测序法(RNA-seq)分析了穿心莲种子萌发过程中三个时间点即播种后0、28和48h的转录组变化。转录组比较分析表明,大多数变化发生在萌发的早期阶段。GO和KEGG通路分析表明,差异表达基因主要涉及丁酸盐、半乳糖、甘油磷脂和碳代谢,以及植物激素信号转导。在萌发过程中,赤霉素、脱落酸、乙烯代谢和信号转导相关基因的表达水平发生显著变化。qRT-PCR分析证实了相关基因的转录表达水平,这意味着激素代谢和信号转导在穿心莲种子萌发中的重要作用。本研究首次全面概述了与穿心莲种子萌发相关的基因表达,为进一步研究种子萌发的分子调控机制提供了转录组数据。材料与方法材料广西省贵港市地区的成熟植物中获得了健康的穿心莲。选择成熟的(黄褐色)种子,使其大小一致。种子初始含水量为11.6%,千粒重为1.1080 g。种子发芽测定:在37°C条件下,用恒温培养箱将种子浸泡于蒸馏水中,打破休眠。用75%(v/v)乙醇洗涤45s左右,再用0.1%(w/v) HgCl2浸泡5min。然后,用蒸馏水洗三次后,将种子撒在培养皿中的滤纸上。每盘播种100粒种子,每组4粒。所有样品均在实验室的培养箱中以光/暗循环(12h/12h)条件下(27.5±1°C)进行培养。当胚根长到1mm时,就算萌发出完整的种子。取3组种子进行RNA提取:播种后0h,28h,48h,每组3个重复。方法测序平台:Illumina HiSeq 2500,...
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    发布时间: 2018 - 08 - 10
    研究背景代谢调控在癌症,代谢疾病,病原体感染,微生物群落,热量限制以及推进老化过程中起关键作用。因此,保守的代谢调节器和传感器,包括雷帕霉素(TOR)途径的靶标,已经重新聚焦在医学和生物技术领域。但是,基因组规模的生物合成调控以及基因组和代谢之间的相互作用尚不明确。氨基酸可以作为蛋白质合成的前体,也可以作为核苷酸,辅因子和脂质合成,碳氮传感和内稳态以及氧化还原缓冲的中间体。为了能够使功能性基因组学方法研究代谢,利用酿酒酵母基因组规模的基因敲除集合中的氨基酸营养缺陷型,通过靶标代谢组学来记录所有菌株的精确氨基酸浓度分布,并将获得的信息组装在基因组规模的基因-代谢相互作用中。通过描述在染色质水平上运作的转录和信号转导的代谢影响,或者通过代谢依赖系统,核糖体或蛋白质转运,通过稳态反馈,实现对细胞生长代谢的调节和稳态的全局洞察。sdfd材料与方法1.高通量氨基酸定量分析代谢物提取:351个基因缺失的酵母菌株,在同一天对同一批次的菌株进行代谢物提取。检测平台:Agilent 1290 Infinity-Agilent 6460;利用Masshunter软件以动态SRM模式获得游离氨基酸的信号。2.雷帕霉素敏感性分析在SM培养基中的384多孔板(70ml/孔)中,0.1 OD600条件下接种11个浓度为7-1000nM(n=4)的雷帕霉素菌株,监测生长48h。测定最大比生长速率并用于确定剂量反应曲线中的EC50值。3.蛋白质印迹的可视化将表达GFP-Atg8的营养缺陷型菌株在指数生长期间收集在SM培养基中,并在30℃接种于氮-星型浮选培养基SD(-N)中6h。收集OD600等分试样提取蛋白质,使用兔多克隆抗GFP和山羊抗兔的硝化纤维膜上的化学发光使GFP和GFP-Atg8显现Ig-HRP抗体。4.荧光显微镜在SM培养基中指数生长期间收集细胞,在SD(-N)培养基中饥饿6h。图像在Oly...
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    发布时间: 2018 - 08 - 03
    1摘要在春季短时期内,绿茶质量的感官品质发生了很大变化,但其机理尚未明确阐明。使用气相色谱飞行时间质谱联用(GC-TOF-MS)和超高效液相色谱四极杆质谱连用(UPLC-Q-TOF-MS)对早春,中春和晚春的茶树幼芽进行代谢物分析。多变量分析显示出在不同的时期幼芽的代谢物表型差异很大。在晚春季节,氨基酸含量下降,而碳水化合物,黄酮及其糖苷,三羧酸循环和光呼吸途径强烈增强,这些都很好地反映在茶的感官品质上。代谢组学分析进一步证明了成熟叶片中代谢物表型的明显变化。结果表明,早春绿茶品质的波动是由幼芽代谢产物表型的变化引起的,这可能与成熟叶片中的碳和氮储量的再活化有关。2材料与方法——植物材料:嫩芽和成熟的叶子。选取的茶植株用N、P、K 施肥(285、60、90千克/公顷/年)。在4月1日(T1)、15日(T2)、28日(T3)三个时期随机采摘了10个重复。在样本收集的2周之前内,计算平均日气温,保持环境干扰的一致性。(茶的化学成分与气候因子显著相关)——平台:①UPLC-Q-TOF/MS(超高效液相色谱四级杆飞行时间质谱);  色谱柱:HSS T3。       ②GC×GC-TOF/MS(二维气相色谱飞行时间质谱);内标:10μl的L-2-氯苯丙氨酸;色谱柱:一维度 DB-5ms(30 m × 250 µm i.d. × 0.25 µm);二维度 DB-17H  (2.5m×0.1 mm i.d.×0.1 µm)。      质谱:Pegasus HT, Leco Co., CA, USA        模式:不分流模式。——数据处理和多变量数据分析:Transomic...
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    发布时间: 2018 - 08 - 03
    四倍体玫瑰形态特征的QTL分析摘要玫瑰,属于蔷薇科蔷薇属一系列花大艳丽的栽培种,有二倍体和四倍体,目前是世界上最受欢迎的,以及商业上重要的观赏植物之一。玫瑰长久以来就象征着美丽和爱情,有多种浪漫的花语:爱情、美丽、勇敢,不同花的颜色代表不同的意义或爱情的语言。本研究利用最近开发的新的方法,基于已发布的玫瑰的高密度SNP连锁图谱,对分离的四倍体玫瑰进行数量性状QTL的检测,以揭示许多关键形态特征的遗传调控,同时有助于推进多倍体物种中的标记-性状探索的方法。材料与方法材料:四倍体'K5'玫瑰群体,由对比品系P540和P867杂交获得。P540:母本,深红色花,茎和叶柄有刺,易患白粉病;P867:父本,浅橙色花,茎和叶柄上少或无刺,对白粉病抗性强表型测量:3个地点进行表型的测量:荷兰的Wageningen(WAG),肯尼亚的两个生产地点:Nairobi(NAI)和Njoro(NJO)。方法:TetraOrigin;one-stage versus two-stage analysis;single- versus multi-environm-ent analyses;single-marker ANOVA;Co-fact-or analysis;Genotypic information coefficier(GIC)。结果分析1. 一阶段线性混合模型与两阶段QTL分析一阶段分析用蓝色表示,两阶段分析用红色表示。一阶段方法较为强大,检测到更多的QTL位点,但总的来说,两种方法结果相似。2. 单环境与多环境QTL分析单环境分析结果为彩色虚线,多环境分析结果为实心黑线。在单环境分析中发现一些在多环境分析中不存在的QTL。但总体来说,两种分析结果较为相似。3. QTL等位基因组成确定对等位基因构型分析表明,至少有一个QTL峰可能被多个等位基因所影响。4. 单标记方差分析单标记方差分析...
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    发布时间: 2018 - 07 - 31
    摘要番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)对世界各地的番茄市场都产生重大的冲击,杀虫剂和防虫网的使用并没有有效的控制病原菌的侵染。番茄品系AVTO1227是一种高抗TYLCV的材料,本文利用AVTO1227和感病株系“Money maker”构建的F2和BC1群体用来评估抗病遗传机制,并鉴定到一个和SlNACI连锁的隐性抗病基因(ty-5)。对子代的抗、感材料分别进行基因组DNA混池并测序,在4号染色体2.22-3.19Mb区间定位到TYLCV抗病基因(ty-5)。利用定位区间标记将抗病基因进行进一步定位在标记ty5-25~ ty5-29之间,且该区间只有一个pelota基因,因此将该基因作为ty-5的候选基因。在双亲材料中pelota的启动子区域存在两个颠换SNP,外显子区存在一个颠换SNP。然而在三个番茄材料中无论是否接种TYLCV,pelota均未表现出显著的差异。材料方法抗病材料:AVTO1227(ty-5),CLN2777A(Ty-2),感病材料:Money maker,9210;AVTO1227 x Money maker(F2,F2:3),BC1(分别用抗、感亲本作为轮回亲本)。发病状况评估:0-4级别,0:无明显侵染症状,1:叶片顶端轻微泛黄,无卷曲,2:叶片泛黄,顶端卷曲,3:较大面积的叶片泛黄、卷曲,叶片生长缓慢,4:严重泛黄、卷曲,停止生长。F2混池:抗池R(27株,分类为0级),感池S(27株,分类为4级)。测序平台:Illumina High-seq 2500,R池(253M clean reads),S池(239 M clean reads)。参考基因组:Heinz 1706。关联分析:Δ(SNP_index), Δ(INDEL_index), ED。区间作图:JOINMAP4.0,LOD≥3。研究结果1、接种番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)后的表型比较五...
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    发布时间: 2018 - 07 - 25
    研究背景砂仁Amomum villosum,土沉香Aquilaria sinensis,巴戟天Morinda officinalis和广藿香Pogostemon cablin是我国南方著名的药用植物,具有独特的药理活性,但它们的内生真菌很少被报道。采用高通量测序技术,对4种药用植物的叶、茎、根相关内生真菌群落进行了研究。从四种药用植物中,共收集到169,149种内生真菌序列(reads),并将其分为791个可操作的分类单元(OTU)。这些OTUs分类学跨越5门,27科,75目,167科,291属。在属水平上,毛竹属、念珠菌属、黄球藻属和隐球菌属是砂仁A. villosum的优势属;土沉香A. sinensis的优势属为黑孢子菌属、Tylopilus属、线虫捕捉菌属、梨孢霉属和棒孢属;巴戟天M.officinalis的优势属为赭霉属、尾孢属、曲霉属、Cyphellophora属;广藿香P.cablin的优势属为Cladophialophora属、Meira属、Sakaguchia属、青霉属。4种药用植物中,巴戟天的内生真菌多样性最高(H’4.25),而土沉香的内生真菌多样性最低(H’2.37)。同一种植物不同器官间内生真菌群落具有显著差异。材料与方法样品采集和表面消毒不同植物:砂仁、土沉香、巴戟天和广藿香;不同器官:茎、叶、根;所有样品采集均保持无菌环境;附着在组织表面的泥浆和颗粒用蒸馏水冲走,75%乙醇浸泡1min,0.1%HgCl2浸泡1min,以清洗植物表面的微生物。测序平台真菌内转录间隔区(ITS1);Illumina MiSeq PE250生信分析FLASH用于原始数据分析;Trimmonatic为前处理工具;UCHIME删除嵌合体;QIIME用于OTU聚类等;GenBank和IndexFungorum用于数据库检索。真菌群落组成的统计分析利用Mothur对有效的O...
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发布时间: 2018 - 09 - 17
马铃薯CircRNA响应胡萝卜软腐果胶杆菌侵染的转录组鉴定和表征摘要目前关于circRNAs在马铃薯胡萝卜软腐果胶杆菌(Pectobacterium carotovorum subsp. Brasiliense,pcb)中交互作用的研究资料较少。本研究对马铃薯品种Valor(感病)和BP1(抗病)受Pcb感染的时间序列样品进行了circRNA的系统鉴定。共检测到2098个circRNA,约有一半(931,44.38%)是基因间区circRNA。差异表达分析检测到429个明显调控的circRNA,circRNA通过调节亲本基因和对miRNA的海绵作用来参与调节。亲本基因和miRNA靶向mRNA的GO富集揭示这些差异表达的circRNA参与了防御反应(GO:0006952)、细胞壁(GO:0005199)、ADP结合(GO:0043531)、磷酸化(GO:0016310)和激酶活性(GO:0016301),揭示了circRNA在调节马铃薯免疫应答中的作用。此外,加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现,circRNA与编码基因和lncRNA密切相关。它们共同被专一调控,以增强马铃薯对pcb感染的免疫反应,这意味着circRNA在重编程疾病应答转录组中的作用。文章的研究结果将为马铃薯--pcb相互作用提供新的见解,并可能引领未来新的疾病控制策略。前言先前的研究已经表明,lncRNA在响应Pcb感染马铃薯基因表达中起关键作用。然而,据我们所知,circRNA在马铃薯-Pcb相互作用中的作用目前尚不明确。在本研究中关注:(1)马铃薯感染Pcb后circRNA的鉴定和特性描述;(2)通过亲本基因和miRNA靶向mRNA的GO富集分析,差异表达circRNA参与了哪些通路,以揭示其在调节马铃薯免疫应答中的可能作用;(3)通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)推断编码基因,circRNA...
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发布时间: 2018 - 09 - 13
基于iTRAQ的蛋白质组学和RNA序列分析揭示一个调控石榴果皮颜色的复杂网络摘要01果皮颜色是影响石榴果实商品性的重要因素。因此,阐明果皮颜色发育的遗传机制,可为提高果皮颜色的石榴品种选育提供参考。在本研究中,基于iTRAQ的蛋白质组水平分析与基于RNA序列的转录组水平分析相结合,以检测与果皮颜色发育相关的蛋白质和基因。分析了“Tunisia”(红色水果)和“White”(白色水果)石榴品种在果实发育的两个阶段。在蛋白质组学和转录组学中,共鉴定出27个差异丰富的蛋白质(增加的丰度)和54个不同表达的基因(16个上调,38个下调)。所鉴定的蛋白质和基因参与了花青素、二苯乙烯类、二芳基庚烷类、姜醇类、蚕豆类和苯丙素的生物合成,从而促进了石榴果皮颜色的形成。几种候选蛋白和基因与石榴果皮颜色有关的化合物和色素的一般反应(PAL;4CL;DFR;LDOX/ANS;CHS;and F3′5′H)和糖基化(GT1 and UGAT)相关的酶对应。互补蛋白质和转录组水平分析揭示了控制果皮颜色的复杂分子网络。本研究筛选出的候选基因可为石榴新品种的标记育种提供参考。材料与方法02材料:“Tunisia”(TP,红色果皮)和“White”(SP,白色果皮)石榴,在果实着色和成熟期收集果皮,3个生物学重复方法:SPSS分析;iTRAQ;LC-MS/MS分析;RNA-seq分析;qPCR验证测序平台:HiSeq2000,PE100生信分析:蛋白质的鉴定和量化:Mascot 2.3.02;IQuant程序识别蛋白质;Mascot软件包报告峰面积自动选择多肽;SOAPnuke筛选测序数据;HISAT比对到参考基因组序列;TEREAD用于组装成转录本;使用Cufinks的参考基因模型进行比较;用RSEM对基因表达进行定量;Cufdif确定P值的阈值;利用KOBAS2.0网站对DAP或DEGS进行了KEGG...
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发布时间: 2018 - 09 - 07
摘要为了确认硒-壳聚糖对大鳞副泥鳅生长和肠道健康的影响,从15个PVC贮水池中随机收集的了450条鱼(初始平均体重5.0± 0.2 g),分别喂食0(C组)、0.6(T1组)、1.2(T2组)、1.8(T3组)、2.4(T4组)mg/kg硒-壳聚糖60天。生长参数(包括最终平均体重,生长速率,增重,存活率)在对照和实验组间并未发现显著差异。当喂食超过1.2 mg/kg硒-壳聚糖,发现实验组酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(ALP)、溶解酵素(LZM)活性显著受到影响。随着硒-壳聚糖喂食量的增加免疫球蛋白M(IgM)含量也在上升,T4实验组和对照组之间差异最大。进行16S rRNA测序分析,在T3和对照组间共鉴定到296个OTUs。α多样性分析结果表明随着硒-壳聚糖喂食量的增加微生物总的丰度和种类也在增加。其中丰度增加的包含拟杆菌门、蓝藻细菌、厚壁菌门,而变形菌门、放线菌门、梭杆菌门丰度是下降的。表明硒-壳聚糖的补充可能会影响泥鳅肠道的健康,同时在泥鳅养殖中可能有增强免疫的作用。材料方法大鳞副泥鳅共450只(初始平均体重5.0± 0.2 g),平均投放到15个相同PVC贮水池饲养,每三个PVC贮水池作为一组,分别喂食0(C组)、0.6(T1组)、1.2(T2组)、1.8(T3组)、2.4(T4组)mg/kg硒-壳聚糖60天。生成参数调查:最终平均体重,生长速率,增重,存活率;免疫指标调查:幽门盲囊至肛门前1cM间的肠子,切除并去除粪便,液氮速冻;ELISA kits检测酸性磷酸酶、碱性磷酸酶、溶解酵素活性;DNA提取样品:C组,T3组每个生物学重复取5条鱼,去除肠周围的脂肪堆积物,肠道内容物挤压出来并收集,混样用来提取DNA;16S rRNA测序:Illumina HiSeq,V4-V5可变区,扩增引物515F (5′-GTGCCAGCMGCCGCGG-3...
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发布时间: 2018 - 08 - 30
摘要细胞分裂素活化蛋白激酶(MAPK)级联反应是通用的信号转到模块,在植物的各种生物和非生物胁迫、激素、细胞分裂和发育过程中起着至关重要的作用。MAPK作为级联反应的一部分,对进一步适当的细胞反应起着重要的作用。尽管MAPK在几种模式植物中都有相关报道,但是目前在猕猴桃中还没有系统的分析。本文在猕猴桃基因组中共鉴定到18个可能的MAPK基因,并对该基因家族在基因组上的位置,基因结构,系统发育及保守motif进行了分析。系统发育分析结果表明猕猴桃的MAPK基因家族能够分类到5个亚家族,这些基因的motif在相同的亚家族组具有很高的相似度。基因结构分析表明猕猴桃MAPK家族基因的外显子个数从2-29个不等,表明该家族的基因之间存在很大的变异。利用qRT-PCR对该家族的基因进行定量分析,证实了该基因家族响应多种生物和非生物胁迫及激素处理,对胁迫响应和激素信号转导通路都有潜在的影响作用。材料方法猕猴桃品种“jinkui”,MS培养基生长,4周后进行激素、冷胁迫、热激处理、盐处理;长势正常的植株,用丁香假单孢菌处理植物根系。定量PCR平台:ABI 7300 Real-time PCR System,每种处理的0h当作标准“1”,热图构建:MeV4.8;MAPK鉴定:拟南芥MAPK(https://www.arabidopsis.org),葡萄MAPK(http://www.genoscope.cns.fr/ externe/GenomeBrowser/Vitis/),猕猴桃基因组(http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/kiwi/download.cgi),BLASTP(阈值设置1x e -50),HMMER比对猕猴桃蛋白数据库;然后分析基因序列是否包含TDY或TEY motif以及11个保守亚结构域(符合条件的鉴定为预测MAPK基因)。蛋白分...

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