服务热线: 025-85381280
专业领域 更多
优秀案例 / Case 更多
  • 浏览次数: 65
    发布时间: 2018 - 07 - 31
    摘要番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)对世界各地的番茄市场都产生重大的冲击,杀虫剂和防虫网的使用并没有有效的控制病原菌的侵染。番茄品系AVTO1227是一种高抗TYLCV的材料,本文利用AVTO1227和感病株系“Money maker”构建的F2和BC1群体用来评估抗病遗传机制,并鉴定到一个和SlNACI连锁的隐性抗病基因(ty-5)。对子代的抗、感材料分别进行基因组DNA混池并测序,在4号染色体2.22-3.19Mb区间定位到TYLCV抗病基因(ty-5)。利用定位区间标记将抗病基因进行进一步定位在标记ty5-25~ ty5-29之间,且该区间只有一个pelota基因,因此将该基因作为ty-5的候选基因。在双亲材料中pelota的启动子区域存在两个颠换SNP,外显子区存在一个颠换SNP。然而在三个番茄材料中无论是否接种TYLCV,pelota均未表现出显著的差异。材料方法抗病材料:AVTO1227(ty-5),CLN2777A(Ty-2),感病材料:Money maker,9210;AVTO1227 x Money maker(F2,F2:3),BC1(分别用抗、感亲本作为轮回亲本)。发病状况评估:0-4级别,0:无明显侵染症状,1:叶片顶端轻微泛黄,无卷曲,2:叶片泛黄,顶端卷曲,3:较大面积的叶片泛黄、卷曲,叶片生长缓慢,4:严重泛黄、卷曲,停止生长。F2混池:抗池R(27株,分类为0级),感池S(27株,分类为4级)。测序平台:Illumina High-seq 2500,R池(253M clean reads),S池(239 M clean reads)。参考基因组:Heinz 1706。关联分析:Δ(SNP_index), Δ(INDEL_index), ED。区间作图:JOINMAP4.0,LOD≥3。研究结果1、接种番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)后的表型比较五...
  • 浏览次数: 51
    发布时间: 2018 - 07 - 25
    研究背景砂仁Amomum villosum,土沉香Aquilaria sinensis,巴戟天Morinda officinalis和广藿香Pogostemon cablin是我国南方著名的药用植物,具有独特的药理活性,但它们的内生真菌很少被报道。采用高通量测序技术,对4种药用植物的叶、茎、根相关内生真菌群落进行了研究。从四种药用植物中,共收集到169,149种内生真菌序列(reads),并将其分为791个可操作的分类单元(OTU)。这些OTUs分类学跨越5门,27科,75目,167科,291属。在属水平上,毛竹属、念珠菌属、黄球藻属和隐球菌属是砂仁A. villosum的优势属;土沉香A. sinensis的优势属为黑孢子菌属、Tylopilus属、线虫捕捉菌属、梨孢霉属和棒孢属;巴戟天M.officinalis的优势属为赭霉属、尾孢属、曲霉属、Cyphellophora属;广藿香P.cablin的优势属为Cladophialophora属、Meira属、Sakaguchia属、青霉属。4种药用植物中,巴戟天的内生真菌多样性最高(H’4.25),而土沉香的内生真菌多样性最低(H’2.37)。同一种植物不同器官间内生真菌群落具有显著差异。材料与方法样品采集和表面消毒不同植物:砂仁、土沉香、巴戟天和广藿香;不同器官:茎、叶、根;所有样品采集均保持无菌环境;附着在组织表面的泥浆和颗粒用蒸馏水冲走,75%乙醇浸泡1min,0.1%HgCl2浸泡1min,以清洗植物表面的微生物。测序平台真菌内转录间隔区(ITS1);Illumina MiSeq PE250生信分析FLASH用于原始数据分析;Trimmonatic为前处理工具;UCHIME删除嵌合体;QIIME用于OTU聚类等;GenBank和IndexFungorum用于数据库检索。真菌群落组成的统计分析利用Mothur对有效的O...
  • 浏览次数: 195
    发布时间: 2018 - 07 - 04
    发表期刊:International Journal of Molecular Sciences影响影子:3.687研究背景为了评价代谢物的变化与果实颜色变化之间的相互关系,本研究对两种不同猕猴桃的果肉进行了代谢物和转录本的组合分析。选取了果实发育的两个不同阶段:70d(盛开后)和100d(盛开后)以及两个品种“HB”和“YF”。采用超高效液相色谱四极串联质谱法和高通量RNA测序法分别获得代谢物和转录谱。对代谢物的鉴定和定量结果表明,共获得28,837种代谢物,其中13,715种能够匹配到物质。通过对HB100与HB70的比较,发现41个代谢产物为黄酮类化合物,其中7个为差异代谢物,分别为苯并呋喃酮、木犀草素、二氢杨梅素、矢车菊素、天竺葵色素,飞燕草色素和(−)-表没食子儿茶素。代谢物与转录本的关联分析表明,在果实发育过程中,两种代谢途径存在显著差异,其中之一是类黄酮生物合成,选择14个结构基因进行表达分析,同样转录组分析得到5个转录因子基因。RT-qPCR结果和聚类分析表明,AaF3H、AaLDOX、AaUFGT、AaMYB、AabHLH和AaHB2最有可能成为候选基因。建立了类黄酮生物合成的调节网络,以说明参与代谢物积累的差异表达的候选基因具有显著差异,在果实发育期间诱导红色着色。这种连接基因和类黄酮的调节网络揭示了一个系统参与了红果肉和绿果肉的色素沉积,表明这种结合分析方法这不仅有助于了解基因型与表型的关系,而且为育种提供更有价值的信息。材料方法材料两种不同类型的猕猴桃:“HB”(全红色果肉)和“YF”(全绿色果肉);两种不同发育阶段:开花后70d和开花后100d;每个样本设置三个生物重复,每个样本从6个猕猴桃树中随机采集30个果实,每两个作为一个生物重复。代谢组甲醇水(体积比为1:1)提取液;在提取和后续分析过程中,分别进行3次独立重复。检测平台:UPLC-Trip...
  • 浏览次数: 75
    发布时间: 2018 - 06 - 20
    摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅山猪的高繁殖力想关。NFKB1(积极参与透明质酸的合成)也检测到强烈的受选择信号,是NF-kB信号通路的关键基因(可能是梅山猪面部和皮肤褶皱的原因)。PYROXD1,MC1R,FAM83G在三个群体中具有特殊的同义突变SNP,MC1R中的一个非同义突变能够解释梅山猪黑色皮肤。此外,梅山猪和杜洛克猪之间共有的单倍型证实了之前来自亚洲猪的渐渗以及梅山猪的特殊贡献。材料方法测序材料:32头梅山猪,31头杜洛克猪(无亲缘关系);测序方案:Illumina HiSeq 2000,PE125,平均测序8X,参考基因组:Sus scrofa10.2;收集其他猪的基因组信息:总共118头(10头驯化猪、13头野猪、5头Sus品种、和其他不同地域野猪);NJ树构建:MEGA v6,展示:FigTree (v1.4.0);PCA:GCTA software (v1.24.2);群体结构:ADMIXTURE v1.3,LD衰减:PLINK,人口统计学:MSMC (v0.1.0)。选择性清除分析:Fst(in-house PERL script),CLR(复合似然比)(SweepFinder2 (v1.0)),ΔAF(等位基因频率);IBD(同源遗传关系):IBDLD (v3.37);研究结果1、梅山猪遗传变异位点识别A.梅山猪群体鉴定到9,789,671 SNV,其中18,366 SNVs是数据库中没有...
  • 浏览次数: 86
    发布时间: 2018 - 06 - 01
    香蕉由于其更年期特性,是世界范围内重要的水果之一,保质期短。低温贮藏被认为是延长收获作物贮藏寿命的有效策略。然而,当贮藏温度低于13℃时,香蕉果实易受冷害(CI)的影响。香蕉果实的CI症状包括延缓黄色发育、皮肤斑点和和果实软化失败,这导致严重的质量恶化和巨大的经济损失。先前研究发现一些缓解香蕉果实CI的策略,其中包括乙烯、一氧化氮、硫化氢、苹果酸和热处理证明是有效的。植物激素被认为参与调节植物的反应、防御和适应环境。最近的研究表明,一些植物激素,包括乙烯、水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、油菜甾醇(BRs)和赤霉素(GAs)与果实冷应激响应有关。在这些植物激素中,BRs是一种综合性的功能性类固醇激素,参与了许多生理过程,特别是在提高植物对非生物和生物胁迫的耐受性方面。在收获作物中,施用外源BRs可显著提高芒果、青椒、油菜、番茄和葡萄藤对低温胁迫的耐受性。然而,BRs对香蕉果实CI的影响及其可能的作用机制还未见报道。材料与方法植物材料与处理植物材料:开花后约110天绿色成熟香蕉;处理组:40μM EBR水溶液中浸泡;对照组:水中浸泡;低温处理:置于8℃和85~90%RH条件下贮藏12天;生理学参数测定:CI指数、叶绿素荧光参数、相对电解质渗漏量、丙二醛(MDA)含量、总可溶性固形物(TSS)、总可溶性固形物(TSS)和可滴定酸度(TA)比值;蛋白质组学分析:果皮组织(中部),设置6个重复。注:设置3个重复对CI指数进行测定,每重复30个果实,并设置6个重复测定其它生理参数。蛋白质组学分析检测平台:2-D凝胶电泳、MALDI-TOF/TOF MS、LC-ESI-MS/MS;分析软件:MagicScan V6.0和PDQuestTM Basic 2-D凝胶分析软件8.0.1(Bio-Rad)用于电泳;Mascot 2.3.02软件用于搜库;Blast2Go软件(4.0版)用...
  • 浏览次数: 82
    发布时间: 2018 - 05 - 31
    摘要赖氨酸乙酰化是一系列生物过程中多种蛋白的一种重要翻译后修饰。组蛋白乙酰化在植物防御机制中的作用已经有了很好的研究基础,病原菌效应蛋白编码的乙酰转移酶能够直接使宿主蛋白发生乙酰化进而改变免疫力。但是针对植物内源酶是否能够调节免疫反应中的蛋白乙酰化并不清楚。本文探究了炭色孢腔菌产生的一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂(HCT)如何通过改变蛋白乙酰化来提高毒力。利用质谱分析技术对3636种蛋白进行了定量,并对HCT处理/HCT不足或能产生HCT的炭色孢腔菌处理的玉米的2791个位点的乙酰化水平进行鉴定。分析结果表明乙酰化是一种广泛存在的翻译后修饰,并且影响玉米蛋白的编码。此外,外源HCT的使用结果表明植物编码的蛋白(组蛋白去乙酰化酶)能够调控免疫反应过程中非组蛋白的乙酰化。材料方法玉米近等基因系:B73-NIL(hm1A),mock HCT solution (0.1% Tween-20), 100 μM HCT (Sigma), HCT-deficient (Tox-) or HCT-producing (Tox+) strain of C. carbonum。每种处理:多个植株的叶片混合,4个生物学重复。蛋白组检测:非修饰蛋白mock、100 μM HCT、Tox-、Tox+分别用itraq报告基团(114,115,116,117)标记;乙酰化蛋白富集(2mg乙酰化抗体+10mg玉米多肽),检测label-free(mock、100 μM HCT、Tox-、Tox+);检测平台:Agilent 1200 HPLC system+ LTQ Velos linear ion traptandem;原始数据查找比对:Spectrum Mill v3.03 (Agilent),B73 RefGen_v2 5b。MapMan bin enrichment:R(dhyper command),...
在线咨询
  • 咨询类别:
  • *
  • 联系人
  • 公司名称:
  • *
  • 公司网址:
  • MSN:
  • QQ:
  • 电话
  • 手机:
  • 传真:
  • E-mail:
  • *
  • 邮政编码:
  • 留言主题:
  • 留言内容
  • *
浏览次数: 84
发布时间: 2018 - 08 - 22
南京集思慧远客户发表麻栎叶绿体全基因组序列及系统发育分析IF=3.687麻栎(Quercus Acutissima)是栎属重要的特有生态植物,广泛分布于全国各地。然而,对其叶绿体基因组的研究却很少。在本研究中,对麻栎的叶绿体(Cp)全基因组进行了测序、分析,并与壳斗科家族4种植物进行了比较。麻栎叶绿体基因组的大小为161124bp,包括1个90,423 bp的大单拷贝(LSC)区和一个19,068 bp的小单拷贝(SSC)区,由51,632 bp的两个反向重复区(IR)隔开。全基因组的GC含量为36.08%,LSC、SSC和IR的GC含量分别为34.62%、30.84%和42.78%。麻栎叶绿体基因组编码136个基因,其中蛋白质编码基因88个,rRNA基因4个,tRNA基因40个。在重复结构分析中,麻栎叶绿体基因组中共检测到31个正向重复、22个反向重复序列和65个简单序列重复位点。基因组中丰富的简单序列重复位点(SSRs)的存在表明了未来群体遗传工作的潜力。基因组比较表明,LSC区比SSC区和IR区的差异更大,非编码区的差异比编码区的差异更大。25个物种的系统发育关系推断,栎属的成员不形成进化枝,而麻栎(Quercus acutissima)与栓皮栎(Q.variabilis)密切相关。本研究确定了麻栎叶绿体基因组的独特特征,为物种鉴定和生物学研究提供了理论依据。材料方法材料:在南京林业大学和南京紫金山分别种植麻栎,收集新鲜的叶子用冰冷冻,并立即储存于-80֯C,以供后期分析。方法:测序平台:Illumina Hiseq 2500;数据质控:Fastqc;组装软件:NOVOPlasty;注释:CpGAVAS;检测注释结果:Dogma和BLAST;鉴定tRNA:tRNAcanse;图谱绘制:OGDRAWv1.2;用MISA和REPuter对SSRs和long repeat进...
浏览次数: 56
发布时间: 2018 - 08 - 17
南京集思慧远客户发表不同耕作方式下小麦豌豆轮作区细菌和真菌多样性评价Canadian Journal of Soil Science      IF=1.08土壤管理实践有可能改变农业领域微生物的多样性和功能。本研究旨在通过15年小麦-豌豆轮作试验,研究小麦-豌豆轮作试验中细菌和真菌的多样性。处理措施包括: 常规耕作,去掉残茬(T)、去掉碎秸的免耕(NT)、免耕与碎秸保留(NTS)和传统的带有残茬的耕作方式(TS)。采用高通量测序平台,对0-10 cm和10-30 cm土壤中细菌16S rRNA(V3 V4)和真菌ITS(ITS2)区基因进行了序列分析。在两个处理深度为97%的相似性发现的优势细菌和真菌门分别是蛋白细菌(Proteobacteria 26.3%),放线菌门(Actinobacteria 25.1%), 酸杆菌门(Acidobacteria 15.0%) ,芽孢杆菌门(Gemmatimonadetes 8.8%),子囊菌门(Ascomycota 85.8%) 和担子菌门(Basidiomycota 8.0%)。耕作和留茬效应与一些门有显著的相关性。免耕和留茬措施通过改善土壤化学性质影响真菌和细菌物种的多样性,而这些化学性质有可能影响土壤的生境和活性。因此,免耕和留茬可以改善黄土高原土壤质量,促进农业可持续发展。材料与方法材料:两次轮作和四次耕作处理:T、NT、NTS、TS。轮作顺序:W→P→W或P→W→P。在2016年进行W→P→W实验之前,采集土壤样品。取样期内在0~10cm和10~30cm的深度范围内随机抽取3个土心样品,将每个地块的三个土心汇集在一起,形成一个复合样品,立即储存在干冰上,一部分存入-80oC用于分子实验,一部分存入4oC进行微生物碳/氮分析,其余样品风干进行其他化学分析。方法:PH计测定PH;Walkley-...
浏览次数: 188
发布时间: 2018 - 08 - 17
SQANTI:广泛分析全长转录组测序数据,用于全长转录组鉴定和定量中的质控摘要      使用三代测序进行全长转录组高通量测序为发现数千种新的转录本铺平了道路,甚至在注释良好的哺乳动物物种中也是如此。测序技术已经发展成为研究的必需品及能够发现变异体的工具。本研究介绍了SQANTI,一种用于三代转录组测序分类的自动化方法,它可以使用47个唯一的描述符来评估数据和预处理方法的质量。以小鼠神经转录组((PacBio三代测序)为例来说明SQANTI是如何有效地分析全长转录组的组成。通过RT-PCR对 ToFU处理过的PacBio的转录本进行整体评估,发现许多新的转录本是测序方法的技术伪影,SQANTI质量描述符可以用来设计过滤策略删除它们。在这些精确的转录本中,大多数新的转录本都是现有剪接位点的新组合,既丰富了一般代谢功能,也丰富了神经特异性功能。本研究揭示了:这些新的转录本对正确量化转录水平(通过最先进的基于二代的量化算法)有着重要的影响。通过将SQANTI处理过的转录本和公共蛋白质组学数据库进行比较,发现在蛋白质组学检测中,很难进行可替代的异构体检测。SQANTI允许用户最大限度地利用三代测序的分析结果,通过提供质量评估来精确转录本质量。SQANTI介绍     SQANTI是用Python实现的,用R进行统计分析和生成描述性绘图。其程序有两个主要功能:sqanti_qc.py 和sqanti_filter。     sqanti_qc.py:(1)根据所提供的参考序列校正转录本,并返回校正后的转录本。(2)将测序的转录本与现有的基因组注释进行比较,生成基因模型,并根据剪接点对转录本进行分类。(3)利用GeneMarkS-T对ORFs进行了预测。(4)运行了预测RT切换的算法;(5)返回转...
浏览次数: 43
发布时间: 2018 - 08 - 17
摘要微型裸腹蚤(Moina Micrura)是幼鱼的理想饵料和经济上重要的甲壳类动物,在水生生态系统可以作为评价水质的指标。与水蚤(Daphnia)相似,为了适应外部环境它的繁殖模式可以从孤雌生殖(PF)转变为有性生殖(SF)。为了揭示微型裸腹蚤的生殖转换机制,我们利用RNA-Seq和iTRAQ分析方法,研究了SF和PF在微型裸腹蚤中的差异表达基因(DEGs)及其蛋白产物。在SF中共检测到1665个DEGs(702个上调,963个下调)和600个差异表达蛋白(DEPs)(102个上调,498个下调)。相关分析表明,31个基因在转录和蛋白质组水平上均有显著差异,包括15个上调基因和16个下调基因。同时,   528个DEPs在转录水平上有不一致的表达,这意味着转录后(包括翻译)调节。这些高度上调的基因及其蛋白产物主要属于与珠蛋白(globin-related)有关的家族、卵黄蛋白相关( vitellogenin-related)家族、角质层(cuticle-related)相关家族、热休克(hsp)相关家族和甲基转移酶相关家族,它们都参与了水蚤的生殖转换。相反,PF中上调的基因及其蛋白产物与代谢过程密切相关,这可能是造成微型裸腹蚤种群快速繁殖的原因之一。材料与方法材料:微型裸腹蚤(中国,武汉南湖)方法:在25°C条件下,在12 h光/12 h黑暗光周期中培养健康的孤雌个体,根据微型裸腹蚤的生物学特性喂养小球藻1年。当种群密度达到一定水平时,就会发生生殖转换。采集健康SF和PF,并确认其生殖状态。转录组测序平台:Illumina HiSeqTM 2000 蛋白分析平台:LC/LC–MS/MS、 iTRAQ研究结果1.转录组的鉴定与分析图2 SF和PF中DEGs和DEPs的火山图      FPKM分...

优秀案例

回到顶部
Copyright © 2005 - 2013 南京集思慧远生物科技有限公司
犀牛云提供企业云服务
地址:江苏省南京市栖霞区仙林大学城纬地路9号江苏生命科技创新园F6栋522室
技术顾问:025-85381280/025-85380280行政人事:025-83361344
邮箱:tech@genepioneer.com
邮编:330520