服务热线: 025-85381280
专业领域 更多
优秀案例 / Case 更多
  • 浏览次数: 64
    发布时间: 2018 - 08 - 17
    南京集思慧远客户发表不同耕作方式下小麦豌豆轮作区细菌和真菌多样性评价Canadian Journal of Soil Science      IF=1.08土壤管理实践有可能改变农业领域微生物的多样性和功能。本研究旨在通过15年小麦-豌豆轮作试验,研究小麦-豌豆轮作试验中细菌和真菌的多样性。处理措施包括: 常规耕作,去掉残茬(T)、去掉碎秸的免耕(NT)、免耕与碎秸保留(NTS)和传统的带有残茬的耕作方式(TS)。采用高通量测序平台,对0-10 cm和10-30 cm土壤中细菌16S rRNA(V3 V4)和真菌ITS(ITS2)区基因进行了序列分析。在两个处理深度为97%的相似性发现的优势细菌和真菌门分别是蛋白细菌(Proteobacteria 26.3%),放线菌门(Actinobacteria 25.1%), 酸杆菌门(Acidobacteria 15.0%) ,芽孢杆菌门(Gemmatimonadetes 8.8%),子囊菌门(Ascomycota 85.8%) 和担子菌门(Basidiomycota 8.0%)。耕作和留茬效应与一些门有显著的相关性。免耕和留茬措施通过改善土壤化学性质影响真菌和细菌物种的多样性,而这些化学性质有可能影响土壤的生境和活性。因此,免耕和留茬可以改善黄土高原土壤质量,促进农业可持续发展。材料与方法材料:两次轮作和四次耕作处理:T、NT、NTS、TS。轮作顺序:W→P→W或P→W→P。在2016年进行W→P→W实验之前,采集土壤样品。取样期内在0~10cm和10~30cm的深度范围内随机抽取3个土心样品,将每个地块的三个土心汇集在一起,形成一个复合样品,立即储存在干冰上,一部分存入-80oC用于分子实验,一部分存入4oC进行微生物碳/氮分析,其余样品风干进行其他化学分析。方法:PH计测定PH;Walkley-...
  • 浏览次数: 220
    发布时间: 2018 - 08 - 17
    SQANTI:广泛分析全长转录组测序数据,用于全长转录组鉴定和定量中的质控摘要      使用三代测序进行全长转录组高通量测序为发现数千种新的转录本铺平了道路,甚至在注释良好的哺乳动物物种中也是如此。测序技术已经发展成为研究的必需品及能够发现变异体的工具。本研究介绍了SQANTI,一种用于三代转录组测序分类的自动化方法,它可以使用47个唯一的描述符来评估数据和预处理方法的质量。以小鼠神经转录组((PacBio三代测序)为例来说明SQANTI是如何有效地分析全长转录组的组成。通过RT-PCR对 ToFU处理过的PacBio的转录本进行整体评估,发现许多新的转录本是测序方法的技术伪影,SQANTI质量描述符可以用来设计过滤策略删除它们。在这些精确的转录本中,大多数新的转录本都是现有剪接位点的新组合,既丰富了一般代谢功能,也丰富了神经特异性功能。本研究揭示了:这些新的转录本对正确量化转录水平(通过最先进的基于二代的量化算法)有着重要的影响。通过将SQANTI处理过的转录本和公共蛋白质组学数据库进行比较,发现在蛋白质组学检测中,很难进行可替代的异构体检测。SQANTI允许用户最大限度地利用三代测序的分析结果,通过提供质量评估来精确转录本质量。SQANTI介绍     SQANTI是用Python实现的,用R进行统计分析和生成描述性绘图。其程序有两个主要功能:sqanti_qc.py 和sqanti_filter。     sqanti_qc.py:(1)根据所提供的参考序列校正转录本,并返回校正后的转录本。(2)将测序的转录本与现有的基因组注释进行比较,生成基因模型,并根据剪接点对转录本进行分类。(3)利用GeneMarkS-T对ORFs进行了预测。(4)运行了预测RT切换的算法;(5)返回转...
  • 浏览次数: 49
    发布时间: 2018 - 08 - 17
    摘要微型裸腹蚤(Moina Micrura)是幼鱼的理想饵料和经济上重要的甲壳类动物,在水生生态系统可以作为评价水质的指标。与水蚤(Daphnia)相似,为了适应外部环境它的繁殖模式可以从孤雌生殖(PF)转变为有性生殖(SF)。为了揭示微型裸腹蚤的生殖转换机制,我们利用RNA-Seq和iTRAQ分析方法,研究了SF和PF在微型裸腹蚤中的差异表达基因(DEGs)及其蛋白产物。在SF中共检测到1665个DEGs(702个上调,963个下调)和600个差异表达蛋白(DEPs)(102个上调,498个下调)。相关分析表明,31个基因在转录和蛋白质组水平上均有显著差异,包括15个上调基因和16个下调基因。同时,   528个DEPs在转录水平上有不一致的表达,这意味着转录后(包括翻译)调节。这些高度上调的基因及其蛋白产物主要属于与珠蛋白(globin-related)有关的家族、卵黄蛋白相关( vitellogenin-related)家族、角质层(cuticle-related)相关家族、热休克(hsp)相关家族和甲基转移酶相关家族,它们都参与了水蚤的生殖转换。相反,PF中上调的基因及其蛋白产物与代谢过程密切相关,这可能是造成微型裸腹蚤种群快速繁殖的原因之一。材料与方法材料:微型裸腹蚤(中国,武汉南湖)方法:在25°C条件下,在12 h光/12 h黑暗光周期中培养健康的孤雌个体,根据微型裸腹蚤的生物学特性喂养小球藻1年。当种群密度达到一定水平时,就会发生生殖转换。采集健康SF和PF,并确认其生殖状态。转录组测序平台:Illumina HiSeqTM 2000 蛋白分析平台:LC/LC–MS/MS、 iTRAQ研究结果1.转录组的鉴定与分析图2 SF和PF中DEGs和DEPs的火山图      FPKM分...
  • 浏览次数: 39
    发布时间: 2018 - 08 - 17
    甘薯二倍体野生近缘种盐胁迫转录组分析 摘要Ipomoea imperati是甘薯的野生二倍体近缘亲属,具有高盐度耐受能力,有巨大的作物改良潜力。我们比较了盐胁迫下的I. imperati转录组与对照,以确定候选基因和盐响应中涉及的途径。De novo组装产生67,911个转录本,且覆盖度较高。共有39,902个推定的基因被注释到,936和220个基因分别参与根和叶中的盐反应。功能分析表明在I. imperati在整个的盐胁迫期间系统响应,其中包括四个代谢过程:感觉起始,转录重编程,细胞蛋白质组分变化和细胞稳态调节。我们鉴定了许多参与ABA信号传导途径的候选基因,以及转录因子,转运蛋白,抗氧化酶和与合成、催化代谢相关的酶。此外,两种膜转运蛋白基因,包括液泡阳离子/质子交换蛋白和肌醇转运蛋白,被认为在耐盐性中起重要作用。该研究在生态适应上提供基础,也为将来在甘薯和其他作物改良中的应用提供有价值的信息。 材料与方法前期处理:所有种子在发芽前都被划伤。生长条件:长日照条件下16小时光照/ 8小时黑暗。湿度:50%。 两周龄幼苗用100mM-500mM的NaCl溶液浇水5天以适应盐土壤。处理组:在第6天,每天施用600mM NaCl,持续7天。对照组:用淡水浇灌的幼苗。 在处理后0小时,3小时,24小时,3天和7天分别收获来自处理的(600mM NaCl)和对照(淡水)植物的根和叶的三个生物学重复。所有样品快速放在液氮中冷冻并储存在-80℃下用于RNA提取。 结果1.   I. imperati对盐胁迫的表型和生理反应。图1. 在0小时,24小时,72小时(3d)和168小时(7d)比较I. imperati的对照(淡水)和盐处理的(600mM NaCl)植物。在用100mM-500mM的连续NaCl预处理5天后,每天用60...
  • 浏览次数: 52
    发布时间: 2018 - 08 - 17
    客户发表文章RNA-seq分析揭示穿心莲种子萌发过程中激素代谢和信号转导的关键作用穿心莲是东南亚广泛应用的一种传统药用植物,其提取物通常用于治疗肝炎和糖尿病以及炎症,认知和精神疾病。一般来说,这种植物是由种子繁殖的,但是种子的萌发是高度可变的。不可靠的发芽使种植变得更困难、效率更低、生产力更低。了解控制发芽的因素将使种植者能够设计提高种植效率的方法。本研究采用高通量测序法(RNA-seq)分析了穿心莲种子萌发过程中三个时间点即播种后0、28和48h的转录组变化。转录组比较分析表明,大多数变化发生在萌发的早期阶段。GO和KEGG通路分析表明,差异表达基因主要涉及丁酸盐、半乳糖、甘油磷脂和碳代谢,以及植物激素信号转导。在萌发过程中,赤霉素、脱落酸、乙烯代谢和信号转导相关基因的表达水平发生显著变化。qRT-PCR分析证实了相关基因的转录表达水平,这意味着激素代谢和信号转导在穿心莲种子萌发中的重要作用。本研究首次全面概述了与穿心莲种子萌发相关的基因表达,为进一步研究种子萌发的分子调控机制提供了转录组数据。材料与方法材料广西省贵港市地区的成熟植物中获得了健康的穿心莲。选择成熟的(黄褐色)种子,使其大小一致。种子初始含水量为11.6%,千粒重为1.1080 g。种子发芽测定:在37°C条件下,用恒温培养箱将种子浸泡于蒸馏水中,打破休眠。用75%(v/v)乙醇洗涤45s左右,再用0.1%(w/v) HgCl2浸泡5min。然后,用蒸馏水洗三次后,将种子撒在培养皿中的滤纸上。每盘播种100粒种子,每组4粒。所有样品均在实验室的培养箱中以光/暗循环(12h/12h)条件下(27.5±1°C)进行培养。当胚根长到1mm时,就算萌发出完整的种子。取3组种子进行RNA提取:播种后0h,28h,48h,每组3个重复。方法测序平台:Illumina HiSeq 2500,...
  • 浏览次数: 41
    发布时间: 2018 - 08 - 10
    研究背景代谢调控在癌症,代谢疾病,病原体感染,微生物群落,热量限制以及推进老化过程中起关键作用。因此,保守的代谢调节器和传感器,包括雷帕霉素(TOR)途径的靶标,已经重新聚焦在医学和生物技术领域。但是,基因组规模的生物合成调控以及基因组和代谢之间的相互作用尚不明确。氨基酸可以作为蛋白质合成的前体,也可以作为核苷酸,辅因子和脂质合成,碳氮传感和内稳态以及氧化还原缓冲的中间体。为了能够使功能性基因组学方法研究代谢,利用酿酒酵母基因组规模的基因敲除集合中的氨基酸营养缺陷型,通过靶标代谢组学来记录所有菌株的精确氨基酸浓度分布,并将获得的信息组装在基因组规模的基因-代谢相互作用中。通过描述在染色质水平上运作的转录和信号转导的代谢影响,或者通过代谢依赖系统,核糖体或蛋白质转运,通过稳态反馈,实现对细胞生长代谢的调节和稳态的全局洞察。sdfd材料与方法1.高通量氨基酸定量分析代谢物提取:351个基因缺失的酵母菌株,在同一天对同一批次的菌株进行代谢物提取。检测平台:Agilent 1290 Infinity-Agilent 6460;利用Masshunter软件以动态SRM模式获得游离氨基酸的信号。2.雷帕霉素敏感性分析在SM培养基中的384多孔板(70ml/孔)中,0.1 OD600条件下接种11个浓度为7-1000nM(n=4)的雷帕霉素菌株,监测生长48h。测定最大比生长速率并用于确定剂量反应曲线中的EC50值。3.蛋白质印迹的可视化将表达GFP-Atg8的营养缺陷型菌株在指数生长期间收集在SM培养基中,并在30℃接种于氮-星型浮选培养基SD(-N)中6h。收集OD600等分试样提取蛋白质,使用兔多克隆抗GFP和山羊抗兔的硝化纤维膜上的化学发光使GFP和GFP-Atg8显现Ig-HRP抗体。4.荧光显微镜在SM培养基中指数生长期间收集细胞,在SD(-N)培养基中饥饿6h。图像在Oly...
在线咨询
  • 咨询类别:
  • *
  • 联系人
  • 公司名称:
  • *
  • 公司网址:
  • MSN:
  • QQ:
  • 电话
  • 手机:
  • 传真:
  • E-mail:
  • *
  • 邮政编码:
  • 留言主题:
  • 留言内容
  • *
浏览次数: 49
发布时间: 2018 - 08 - 17
摘要微型裸腹蚤(Moina Micrura)是幼鱼的理想饵料和经济上重要的甲壳类动物,在水生生态系统可以作为评价水质的指标。与水蚤(Daphnia)相似,为了适应外部环境它的繁殖模式可以从孤雌生殖(PF)转变为有性生殖(SF)。为了揭示微型裸腹蚤的生殖转换机制,我们利用RNA-Seq和iTRAQ分析方法,研究了SF和PF在微型裸腹蚤中的差异表达基因(DEGs)及其蛋白产物。在SF中共检测到1665个DEGs(702个上调,963个下调)和600个差异表达蛋白(DEPs)(102个上调,498个下调)。相关分析表明,31个基因在转录和蛋白质组水平上均有显著差异,包括15个上调基因和16个下调基因。同时,   528个DEPs在转录水平上有不一致的表达,这意味着转录后(包括翻译)调节。这些高度上调的基因及其蛋白产物主要属于与珠蛋白(globin-related)有关的家族、卵黄蛋白相关( vitellogenin-related)家族、角质层(cuticle-related)相关家族、热休克(hsp)相关家族和甲基转移酶相关家族,它们都参与了水蚤的生殖转换。相反,PF中上调的基因及其蛋白产物与代谢过程密切相关,这可能是造成微型裸腹蚤种群快速繁殖的原因之一。材料与方法材料:微型裸腹蚤(中国,武汉南湖)方法:在25°C条件下,在12 h光/12 h黑暗光周期中培养健康的孤雌个体,根据微型裸腹蚤的生物学特性喂养小球藻1年。当种群密度达到一定水平时,就会发生生殖转换。采集健康SF和PF,并确认其生殖状态。转录组测序平台:Illumina HiSeqTM 2000 蛋白分析平台:LC/LC–MS/MS、 iTRAQ研究结果1.转录组的鉴定与分析图2 SF和PF中DEGs和DEPs的火山图      FPKM分...
浏览次数: 39
发布时间: 2018 - 08 - 17
甘薯二倍体野生近缘种盐胁迫转录组分析 摘要Ipomoea imperati是甘薯的野生二倍体近缘亲属,具有高盐度耐受能力,有巨大的作物改良潜力。我们比较了盐胁迫下的I. imperati转录组与对照,以确定候选基因和盐响应中涉及的途径。De novo组装产生67,911个转录本,且覆盖度较高。共有39,902个推定的基因被注释到,936和220个基因分别参与根和叶中的盐反应。功能分析表明在I. imperati在整个的盐胁迫期间系统响应,其中包括四个代谢过程:感觉起始,转录重编程,细胞蛋白质组分变化和细胞稳态调节。我们鉴定了许多参与ABA信号传导途径的候选基因,以及转录因子,转运蛋白,抗氧化酶和与合成、催化代谢相关的酶。此外,两种膜转运蛋白基因,包括液泡阳离子/质子交换蛋白和肌醇转运蛋白,被认为在耐盐性中起重要作用。该研究在生态适应上提供基础,也为将来在甘薯和其他作物改良中的应用提供有价值的信息。 材料与方法前期处理:所有种子在发芽前都被划伤。生长条件:长日照条件下16小时光照/ 8小时黑暗。湿度:50%。 两周龄幼苗用100mM-500mM的NaCl溶液浇水5天以适应盐土壤。处理组:在第6天,每天施用600mM NaCl,持续7天。对照组:用淡水浇灌的幼苗。 在处理后0小时,3小时,24小时,3天和7天分别收获来自处理的(600mM NaCl)和对照(淡水)植物的根和叶的三个生物学重复。所有样品快速放在液氮中冷冻并储存在-80℃下用于RNA提取。 结果1.   I. imperati对盐胁迫的表型和生理反应。图1. 在0小时,24小时,72小时(3d)和168小时(7d)比较I. imperati的对照(淡水)和盐处理的(600mM NaCl)植物。在用100mM-500mM的连续NaCl预处理5天后,每天用60...
浏览次数: 41
发布时间: 2018 - 08 - 10
研究背景代谢调控在癌症,代谢疾病,病原体感染,微生物群落,热量限制以及推进老化过程中起关键作用。因此,保守的代谢调节器和传感器,包括雷帕霉素(TOR)途径的靶标,已经重新聚焦在医学和生物技术领域。但是,基因组规模的生物合成调控以及基因组和代谢之间的相互作用尚不明确。氨基酸可以作为蛋白质合成的前体,也可以作为核苷酸,辅因子和脂质合成,碳氮传感和内稳态以及氧化还原缓冲的中间体。为了能够使功能性基因组学方法研究代谢,利用酿酒酵母基因组规模的基因敲除集合中的氨基酸营养缺陷型,通过靶标代谢组学来记录所有菌株的精确氨基酸浓度分布,并将获得的信息组装在基因组规模的基因-代谢相互作用中。通过描述在染色质水平上运作的转录和信号转导的代谢影响,或者通过代谢依赖系统,核糖体或蛋白质转运,通过稳态反馈,实现对细胞生长代谢的调节和稳态的全局洞察。sdfd材料与方法1.高通量氨基酸定量分析代谢物提取:351个基因缺失的酵母菌株,在同一天对同一批次的菌株进行代谢物提取。检测平台:Agilent 1290 Infinity-Agilent 6460;利用Masshunter软件以动态SRM模式获得游离氨基酸的信号。2.雷帕霉素敏感性分析在SM培养基中的384多孔板(70ml/孔)中,0.1 OD600条件下接种11个浓度为7-1000nM(n=4)的雷帕霉素菌株,监测生长48h。测定最大比生长速率并用于确定剂量反应曲线中的EC50值。3.蛋白质印迹的可视化将表达GFP-Atg8的营养缺陷型菌株在指数生长期间收集在SM培养基中,并在30℃接种于氮-星型浮选培养基SD(-N)中6h。收集OD600等分试样提取蛋白质,使用兔多克隆抗GFP和山羊抗兔的硝化纤维膜上的化学发光使GFP和GFP-Atg8显现Ig-HRP抗体。4.荧光显微镜在SM培养基中指数生长期间收集细胞,在SD(-N)培养基中饥饿6h。图像在Oly...
浏览次数: 73
发布时间: 2018 - 08 - 03
1摘要在春季短时期内,绿茶质量的感官品质发生了很大变化,但其机理尚未明确阐明。使用气相色谱飞行时间质谱联用(GC-TOF-MS)和超高效液相色谱四极杆质谱连用(UPLC-Q-TOF-MS)对早春,中春和晚春的茶树幼芽进行代谢物分析。多变量分析显示出在不同的时期幼芽的代谢物表型差异很大。在晚春季节,氨基酸含量下降,而碳水化合物,黄酮及其糖苷,三羧酸循环和光呼吸途径强烈增强,这些都很好地反映在茶的感官品质上。代谢组学分析进一步证明了成熟叶片中代谢物表型的明显变化。结果表明,早春绿茶品质的波动是由幼芽代谢产物表型的变化引起的,这可能与成熟叶片中的碳和氮储量的再活化有关。2材料与方法——植物材料:嫩芽和成熟的叶子。选取的茶植株用N、P、K 施肥(285、60、90千克/公顷/年)。在4月1日(T1)、15日(T2)、28日(T3)三个时期随机采摘了10个重复。在样本收集的2周之前内,计算平均日气温,保持环境干扰的一致性。(茶的化学成分与气候因子显著相关)——平台:①UPLC-Q-TOF/MS(超高效液相色谱四级杆飞行时间质谱);  色谱柱:HSS T3。       ②GC×GC-TOF/MS(二维气相色谱飞行时间质谱);内标:10μl的L-2-氯苯丙氨酸;色谱柱:一维度 DB-5ms(30 m × 250 µm i.d. × 0.25 µm);二维度 DB-17H  (2.5m×0.1 mm i.d.×0.1 µm)。      质谱:Pegasus HT, Leco Co., CA, USA        模式:不分流模式。——数据处理和多变量数据分析:Transomic...

优秀案例

回到顶部
Copyright © 2005 - 2013 南京集思慧远生物科技有限公司
犀牛云提供企业云服务
地址:江苏省南京市栖霞区仙林大学城纬地路9号江苏生命科技创新园F6栋522室
技术顾问:025-85381280/025-85380280行政人事:025-83361344
邮箱:tech@genepioneer.com
邮编:330520