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    发布时间: 2018 - 08 - 03
    1摘要在春季短时期内,绿茶质量的感官品质发生了很大变化,但其机理尚未明确阐明。使用气相色谱飞行时间质谱联用(GC-TOF-MS)和超高效液相色谱四极杆质谱连用(UPLC-Q-TOF-MS)对早春,中春和晚春的茶树幼芽进行代谢物分析。多变量分析显示出在不同的时期幼芽的代谢物表型差异很大。在晚春季节,氨基酸含量下降,而碳水化合物,黄酮及其糖苷,三羧酸循环和光呼吸途径强烈增强,这些都很好地反映在茶的感官品质上。代谢组学分析进一步证明了成熟叶片中代谢物表型的明显变化。结果表明,早春绿茶品质的波动是由幼芽代谢产物表型的变化引起的,这可能与成熟叶片中的碳和氮储量的再活化有关。2材料与方法——植物材料:嫩芽和成熟的叶子。选取的茶植株用N、P、K 施肥(285、60、90千克/公顷/年)。在4月1日(T1)、15日(T2)、28日(T3)三个时期随机采摘了10个重复。在样本收集的2周之前内,计算平均日气温,保持环境干扰的一致性。(茶的化学成分与气候因子显著相关)——平台:①UPLC-Q-TOF/MS(超高效液相色谱四级杆飞行时间质谱);  色谱柱:HSS T3。       ②GC×GC-TOF/MS(二维气相色谱飞行时间质谱);内标:10μl的L-2-氯苯丙氨酸;色谱柱:一维度 DB-5ms(30 m × 250 µm i.d. × 0.25 µm);二维度 DB-17H  (2.5m×0.1 mm i.d.×0.1 µm)。      质谱:Pegasus HT, Leco Co., CA, USA        模式:不分流模式。——数据处理和多变量数据分析:Transomic...
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    发布时间: 2018 - 08 - 03
    四倍体玫瑰形态特征的QTL分析摘要玫瑰,属于蔷薇科蔷薇属一系列花大艳丽的栽培种,有二倍体和四倍体,目前是世界上最受欢迎的,以及商业上重要的观赏植物之一。玫瑰长久以来就象征着美丽和爱情,有多种浪漫的花语:爱情、美丽、勇敢,不同花的颜色代表不同的意义或爱情的语言。本研究利用最近开发的新的方法,基于已发布的玫瑰的高密度SNP连锁图谱,对分离的四倍体玫瑰进行数量性状QTL的检测,以揭示许多关键形态特征的遗传调控,同时有助于推进多倍体物种中的标记-性状探索的方法。材料与方法材料:四倍体'K5'玫瑰群体,由对比品系P540和P867杂交获得。P540:母本,深红色花,茎和叶柄有刺,易患白粉病;P867:父本,浅橙色花,茎和叶柄上少或无刺,对白粉病抗性强表型测量:3个地点进行表型的测量:荷兰的Wageningen(WAG),肯尼亚的两个生产地点:Nairobi(NAI)和Njoro(NJO)。方法:TetraOrigin;one-stage versus two-stage analysis;single- versus multi-environm-ent analyses;single-marker ANOVA;Co-fact-or analysis;Genotypic information coefficier(GIC)。结果分析1. 一阶段线性混合模型与两阶段QTL分析一阶段分析用蓝色表示,两阶段分析用红色表示。一阶段方法较为强大,检测到更多的QTL位点,但总的来说,两种方法结果相似。2. 单环境与多环境QTL分析单环境分析结果为彩色虚线,多环境分析结果为实心黑线。在单环境分析中发现一些在多环境分析中不存在的QTL。但总体来说,两种分析结果较为相似。3. QTL等位基因组成确定对等位基因构型分析表明,至少有一个QTL峰可能被多个等位基因所影响。4. 单标记方差分析单标记方差分析...
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    发布时间: 2018 - 07 - 31
    摘要番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)对世界各地的番茄市场都产生重大的冲击,杀虫剂和防虫网的使用并没有有效的控制病原菌的侵染。番茄品系AVTO1227是一种高抗TYLCV的材料,本文利用AVTO1227和感病株系“Money maker”构建的F2和BC1群体用来评估抗病遗传机制,并鉴定到一个和SlNACI连锁的隐性抗病基因(ty-5)。对子代的抗、感材料分别进行基因组DNA混池并测序,在4号染色体2.22-3.19Mb区间定位到TYLCV抗病基因(ty-5)。利用定位区间标记将抗病基因进行进一步定位在标记ty5-25~ ty5-29之间,且该区间只有一个pelota基因,因此将该基因作为ty-5的候选基因。在双亲材料中pelota的启动子区域存在两个颠换SNP,外显子区存在一个颠换SNP。然而在三个番茄材料中无论是否接种TYLCV,pelota均未表现出显著的差异。材料方法抗病材料:AVTO1227(ty-5),CLN2777A(Ty-2),感病材料:Money maker,9210;AVTO1227 x Money maker(F2,F2:3),BC1(分别用抗、感亲本作为轮回亲本)。发病状况评估:0-4级别,0:无明显侵染症状,1:叶片顶端轻微泛黄,无卷曲,2:叶片泛黄,顶端卷曲,3:较大面积的叶片泛黄、卷曲,叶片生长缓慢,4:严重泛黄、卷曲,停止生长。F2混池:抗池R(27株,分类为0级),感池S(27株,分类为4级)。测序平台:Illumina High-seq 2500,R池(253M clean reads),S池(239 M clean reads)。参考基因组:Heinz 1706。关联分析:Δ(SNP_index), Δ(INDEL_index), ED。区间作图:JOINMAP4.0,LOD≥3。研究结果1、接种番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)后的表型比较五...
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    发布时间: 2018 - 07 - 25
    研究背景砂仁Amomum villosum,土沉香Aquilaria sinensis,巴戟天Morinda officinalis和广藿香Pogostemon cablin是我国南方著名的药用植物,具有独特的药理活性,但它们的内生真菌很少被报道。采用高通量测序技术,对4种药用植物的叶、茎、根相关内生真菌群落进行了研究。从四种药用植物中,共收集到169,149种内生真菌序列(reads),并将其分为791个可操作的分类单元(OTU)。这些OTUs分类学跨越5门,27科,75目,167科,291属。在属水平上,毛竹属、念珠菌属、黄球藻属和隐球菌属是砂仁A. villosum的优势属;土沉香A. sinensis的优势属为黑孢子菌属、Tylopilus属、线虫捕捉菌属、梨孢霉属和棒孢属;巴戟天M.officinalis的优势属为赭霉属、尾孢属、曲霉属、Cyphellophora属;广藿香P.cablin的优势属为Cladophialophora属、Meira属、Sakaguchia属、青霉属。4种药用植物中,巴戟天的内生真菌多样性最高(H’4.25),而土沉香的内生真菌多样性最低(H’2.37)。同一种植物不同器官间内生真菌群落具有显著差异。材料与方法样品采集和表面消毒不同植物:砂仁、土沉香、巴戟天和广藿香;不同器官:茎、叶、根;所有样品采集均保持无菌环境;附着在组织表面的泥浆和颗粒用蒸馏水冲走,75%乙醇浸泡1min,0.1%HgCl2浸泡1min,以清洗植物表面的微生物。测序平台真菌内转录间隔区(ITS1);Illumina MiSeq PE250生信分析FLASH用于原始数据分析;Trimmonatic为前处理工具;UCHIME删除嵌合体;QIIME用于OTU聚类等;GenBank和IndexFungorum用于数据库检索。真菌群落组成的统计分析利用Mothur对有效的O...
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    发布时间: 2018 - 07 - 04
    发表期刊:International Journal of Molecular Sciences影响影子:3.687研究背景为了评价代谢物的变化与果实颜色变化之间的相互关系,本研究对两种不同猕猴桃的果肉进行了代谢物和转录本的组合分析。选取了果实发育的两个不同阶段:70d(盛开后)和100d(盛开后)以及两个品种“HB”和“YF”。采用超高效液相色谱四极串联质谱法和高通量RNA测序法分别获得代谢物和转录谱。对代谢物的鉴定和定量结果表明,共获得28,837种代谢物,其中13,715种能够匹配到物质。通过对HB100与HB70的比较,发现41个代谢产物为黄酮类化合物,其中7个为差异代谢物,分别为苯并呋喃酮、木犀草素、二氢杨梅素、矢车菊素、天竺葵色素,飞燕草色素和(−)-表没食子儿茶素。代谢物与转录本的关联分析表明,在果实发育过程中,两种代谢途径存在显著差异,其中之一是类黄酮生物合成,选择14个结构基因进行表达分析,同样转录组分析得到5个转录因子基因。RT-qPCR结果和聚类分析表明,AaF3H、AaLDOX、AaUFGT、AaMYB、AabHLH和AaHB2最有可能成为候选基因。建立了类黄酮生物合成的调节网络,以说明参与代谢物积累的差异表达的候选基因具有显著差异,在果实发育期间诱导红色着色。这种连接基因和类黄酮的调节网络揭示了一个系统参与了红果肉和绿果肉的色素沉积,表明这种结合分析方法这不仅有助于了解基因型与表型的关系,而且为育种提供更有价值的信息。材料方法材料两种不同类型的猕猴桃:“HB”(全红色果肉)和“YF”(全绿色果肉);两种不同发育阶段:开花后70d和开花后100d;每个样本设置三个生物重复,每个样本从6个猕猴桃树中随机采集30个果实,每两个作为一个生物重复。代谢组甲醇水(体积比为1:1)提取液;在提取和后续分析过程中,分别进行3次独立重复。检测平台:UPLC-Trip...
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    发布时间: 2018 - 06 - 20
    摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅山猪的高繁殖力想关。NFKB1(积极参与透明质酸的合成)也检测到强烈的受选择信号,是NF-kB信号通路的关键基因(可能是梅山猪面部和皮肤褶皱的原因)。PYROXD1,MC1R,FAM83G在三个群体中具有特殊的同义突变SNP,MC1R中的一个非同义突变能够解释梅山猪黑色皮肤。此外,梅山猪和杜洛克猪之间共有的单倍型证实了之前来自亚洲猪的渐渗以及梅山猪的特殊贡献。材料方法测序材料:32头梅山猪,31头杜洛克猪(无亲缘关系);测序方案:Illumina HiSeq 2000,PE125,平均测序8X,参考基因组:Sus scrofa10.2;收集其他猪的基因组信息:总共118头(10头驯化猪、13头野猪、5头Sus品种、和其他不同地域野猪);NJ树构建:MEGA v6,展示:FigTree (v1.4.0);PCA:GCTA software (v1.24.2);群体结构:ADMIXTURE v1.3,LD衰减:PLINK,人口统计学:MSMC (v0.1.0)。选择性清除分析:Fst(in-house PERL script),CLR(复合似然比)(SweepFinder2 (v1.0)),ΔAF(等位基因频率);IBD(同源遗传关系):IBDLD (v3.37);研究结果1、梅山猪遗传变异位点识别A.梅山猪群体鉴定到9,789,671 SNV,其中18,366 SNVs是数据库中没有...
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发布时间: 2018 - 08 - 03
四倍体玫瑰形态特征的QTL分析摘要玫瑰,属于蔷薇科蔷薇属一系列花大艳丽的栽培种,有二倍体和四倍体,目前是世界上最受欢迎的,以及商业上重要的观赏植物之一。玫瑰长久以来就象征着美丽和爱情,有多种浪漫的花语:爱情、美丽、勇敢,不同花的颜色代表不同的意义或爱情的语言。本研究利用最近开发的新的方法,基于已发布的玫瑰的高密度SNP连锁图谱,对分离的四倍体玫瑰进行数量性状QTL的检测,以揭示许多关键形态特征的遗传调控,同时有助于推进多倍体物种中的标记-性状探索的方法。材料与方法材料:四倍体'K5'玫瑰群体,由对比品系P540和P867杂交获得。P540:母本,深红色花,茎和叶柄有刺,易患白粉病;P867:父本,浅橙色花,茎和叶柄上少或无刺,对白粉病抗性强表型测量:3个地点进行表型的测量:荷兰的Wageningen(WAG),肯尼亚的两个生产地点:Nairobi(NAI)和Njoro(NJO)。方法:TetraOrigin;one-stage versus two-stage analysis;single- versus multi-environm-ent analyses;single-marker ANOVA;Co-fact-or analysis;Genotypic information coefficier(GIC)。结果分析1. 一阶段线性混合模型与两阶段QTL分析一阶段分析用蓝色表示,两阶段分析用红色表示。一阶段方法较为强大,检测到更多的QTL位点,但总的来说,两种方法结果相似。2. 单环境与多环境QTL分析单环境分析结果为彩色虚线,多环境分析结果为实心黑线。在单环境分析中发现一些在多环境分析中不存在的QTL。但总体来说,两种分析结果较为相似。3. QTL等位基因组成确定对等位基因构型分析表明,至少有一个QTL峰可能被多个等位基因所影响。4. 单标记方差分析单标记方差分析...
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发布时间: 2018 - 07 - 04
发表期刊:International Journal of Molecular Sciences影响影子:3.687研究背景为了评价代谢物的变化与果实颜色变化之间的相互关系,本研究对两种不同猕猴桃的果肉进行了代谢物和转录本的组合分析。选取了果实发育的两个不同阶段:70d(盛开后)和100d(盛开后)以及两个品种“HB”和“YF”。采用超高效液相色谱四极串联质谱法和高通量RNA测序法分别获得代谢物和转录谱。对代谢物的鉴定和定量结果表明,共获得28,837种代谢物,其中13,715种能够匹配到物质。通过对HB100与HB70的比较,发现41个代谢产物为黄酮类化合物,其中7个为差异代谢物,分别为苯并呋喃酮、木犀草素、二氢杨梅素、矢车菊素、天竺葵色素,飞燕草色素和(−)-表没食子儿茶素。代谢物与转录本的关联分析表明,在果实发育过程中,两种代谢途径存在显著差异,其中之一是类黄酮生物合成,选择14个结构基因进行表达分析,同样转录组分析得到5个转录因子基因。RT-qPCR结果和聚类分析表明,AaF3H、AaLDOX、AaUFGT、AaMYB、AabHLH和AaHB2最有可能成为候选基因。建立了类黄酮生物合成的调节网络,以说明参与代谢物积累的差异表达的候选基因具有显著差异,在果实发育期间诱导红色着色。这种连接基因和类黄酮的调节网络揭示了一个系统参与了红果肉和绿果肉的色素沉积,表明这种结合分析方法这不仅有助于了解基因型与表型的关系,而且为育种提供更有价值的信息。材料方法材料两种不同类型的猕猴桃:“HB”(全红色果肉)和“YF”(全绿色果肉);两种不同发育阶段:开花后70d和开花后100d;每个样本设置三个生物重复,每个样本从6个猕猴桃树中随机采集30个果实,每两个作为一个生物重复。代谢组甲醇水(体积比为1:1)提取液;在提取和后续分析过程中,分别进行3次独立重复。检测平台:UPLC-Trip...
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摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅山猪的高繁殖力想关。NFKB1(积极参与透明质酸的合成)也检测到强烈的受选择信号,是NF-kB信号通路的关键基因(可能是梅山猪面部和皮肤褶皱的原因)。PYROXD1,MC1R,FAM83G在三个群体中具有特殊的同义突变SNP,MC1R中的一个非同义突变能够解释梅山猪黑色皮肤。此外,梅山猪和杜洛克猪之间共有的单倍型证实了之前来自亚洲猪的渐渗以及梅山猪的特殊贡献。材料方法测序材料:32头梅山猪,31头杜洛克猪(无亲缘关系);测序方案:Illumina HiSeq 2000,PE125,平均测序8X,参考基因组:Sus scrofa10.2;收集其他猪的基因组信息:总共118头(10头驯化猪、13头野猪、5头Sus品种、和其他不同地域野猪);NJ树构建:MEGA v6,展示:FigTree (v1.4.0);PCA:GCTA software (v1.24.2);群体结构:ADMIXTURE v1.3,LD衰减:PLINK,人口统计学:MSMC (v0.1.0)。选择性清除分析:Fst(in-house PERL script),CLR(复合似然比)(SweepFinder2 (v1.0)),ΔAF(等位基因频率);IBD(同源遗传关系):IBDLD (v3.37);研究结果1、梅山猪遗传变异位点识别A.梅山猪群体鉴定到9,789,671 SNV,其中18,366 SNVs是数据库中没有...
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发布时间: 2018 - 05 - 31
摘要赖氨酸乙酰化是一系列生物过程中多种蛋白的一种重要翻译后修饰。组蛋白乙酰化在植物防御机制中的作用已经有了很好的研究基础,病原菌效应蛋白编码的乙酰转移酶能够直接使宿主蛋白发生乙酰化进而改变免疫力。但是针对植物内源酶是否能够调节免疫反应中的蛋白乙酰化并不清楚。本文探究了炭色孢腔菌产生的一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂(HCT)如何通过改变蛋白乙酰化来提高毒力。利用质谱分析技术对3636种蛋白进行了定量,并对HCT处理/HCT不足或能产生HCT的炭色孢腔菌处理的玉米的2791个位点的乙酰化水平进行鉴定。分析结果表明乙酰化是一种广泛存在的翻译后修饰,并且影响玉米蛋白的编码。此外,外源HCT的使用结果表明植物编码的蛋白(组蛋白去乙酰化酶)能够调控免疫反应过程中非组蛋白的乙酰化。材料方法玉米近等基因系:B73-NIL(hm1A),mock HCT solution (0.1% Tween-20), 100 μM HCT (Sigma), HCT-deficient (Tox-) or HCT-producing (Tox+) strain of C. carbonum。每种处理:多个植株的叶片混合,4个生物学重复。蛋白组检测:非修饰蛋白mock、100 μM HCT、Tox-、Tox+分别用itraq报告基团(114,115,116,117)标记;乙酰化蛋白富集(2mg乙酰化抗体+10mg玉米多肽),检测label-free(mock、100 μM HCT、Tox-、Tox+);检测平台:Agilent 1200 HPLC system+ LTQ Velos linear ion traptandem;原始数据查找比对:Spectrum Mill v3.03 (Agilent),B73 RefGen_v2 5b。MapMan bin enrichment:R(dhyper command),...

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