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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    摘要微型裸腹蚤(Moina Micrura)是幼鱼的理想饵料和经济上重要的甲壳类动物,在水生生态系统可以作为评价水质的指标。与水蚤(Daphnia)相似,为了适应外部环境它的繁殖模式可以从孤雌生殖(PF)转变为有性生殖(SF)。为了揭示微型裸腹蚤的生殖转换机制,我们利用RNA-Seq和iTRAQ分析方法,研究了SF和PF在微型裸腹蚤中的差异表达基因(DEGs)及其蛋白产物。在SF中共检测到1665个DEGs(702个上调,963个下调)和600个差异表达蛋白(DEPs)(102个上调,498个下调)。相关分析表明,31个基因在转录和蛋白质组水平上均有显著差异,包括15个上调基因和16个下调基因。同时,   528个DEPs在转录水平上有不一致的表达,这意味着转录后(包括翻译)调节。这些高度上调的基因及其蛋白产物主要属于与珠蛋白(globin-related)有关的家族、卵黄蛋白相关( vitellogenin-related)家族、角质层(cuticle-related)相关家族、热休克(hsp)相关家族和甲基转移酶相关家族,它们都参与了水蚤的生殖转换。相反,PF中上调的基因及其蛋白产物与代谢过程密切相关,这可能是造成微型裸腹蚤种群快速繁殖的原因之一。材料与方法材料:微型裸腹蚤(中国,武汉南湖)方法:在25°C条件下,在12 h光/12 h黑暗光周期中培养健康的孤雌个体,根据微型裸腹蚤的生物学特性喂养小球藻1年。当种群密度达到一定水平时,就会发生生殖转换。采集健康SF和PF,并确认其生殖状态。转录组测序平台:Illumina HiSeqTM 2000 蛋白分析平台:LC/LC–MS/MS、 iTRAQ研究结果1.转录组的鉴定与分析图2 SF和PF中DEGs和DEPs的火山图      FPKM分...
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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    甘薯二倍体野生近缘种盐胁迫转录组分析 摘要Ipomoea imperati是甘薯的野生二倍体近缘亲属,具有高盐度耐受能力,有巨大的作物改良潜力。我们比较了盐胁迫下的I. imperati转录组与对照,以确定候选基因和盐响应中涉及的途径。De novo组装产生67,911个转录本,且覆盖度较高。共有39,902个推定的基因被注释到,936和220个基因分别参与根和叶中的盐反应。功能分析表明在I. imperati在整个的盐胁迫期间系统响应,其中包括四个代谢过程:感觉起始,转录重编程,细胞蛋白质组分变化和细胞稳态调节。我们鉴定了许多参与ABA信号传导途径的候选基因,以及转录因子,转运蛋白,抗氧化酶和与合成、催化代谢相关的酶。此外,两种膜转运蛋白基因,包括液泡阳离子/质子交换蛋白和肌醇转运蛋白,被认为在耐盐性中起重要作用。该研究在生态适应上提供基础,也为将来在甘薯和其他作物改良中的应用提供有价值的信息。 材料与方法前期处理:所有种子在发芽前都被划伤。生长条件:长日照条件下16小时光照/ 8小时黑暗。湿度:50%。 两周龄幼苗用100mM-500mM的NaCl溶液浇水5天以适应盐土壤。处理组:在第6天,每天施用600mM NaCl,持续7天。对照组:用淡水浇灌的幼苗。 在处理后0小时,3小时,24小时,3天和7天分别收获来自处理的(600mM NaCl)和对照(淡水)植物的根和叶的三个生物学重复。所有样品快速放在液氮中冷冻并储存在-80℃下用于RNA提取。 结果1.   I. imperati对盐胁迫的表型和生理反应。图1. 在0小时,24小时,72小时(3d)和168小时(7d)比较I. imperati的对照(淡水)和盐处理的(600mM NaCl)植物。在用100mM-500mM的连续NaCl预处理5天后,每天用60...
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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    客户发表文章RNA-seq分析揭示穿心莲种子萌发过程中激素代谢和信号转导的关键作用穿心莲是东南亚广泛应用的一种传统药用植物,其提取物通常用于治疗肝炎和糖尿病以及炎症,认知和精神疾病。一般来说,这种植物是由种子繁殖的,但是种子的萌发是高度可变的。不可靠的发芽使种植变得更困难、效率更低、生产力更低。了解控制发芽的因素将使种植者能够设计提高种植效率的方法。本研究采用高通量测序法(RNA-seq)分析了穿心莲种子萌发过程中三个时间点即播种后0、28和48h的转录组变化。转录组比较分析表明,大多数变化发生在萌发的早期阶段。GO和KEGG通路分析表明,差异表达基因主要涉及丁酸盐、半乳糖、甘油磷脂和碳代谢,以及植物激素信号转导。在萌发过程中,赤霉素、脱落酸、乙烯代谢和信号转导相关基因的表达水平发生显著变化。qRT-PCR分析证实了相关基因的转录表达水平,这意味着激素代谢和信号转导在穿心莲种子萌发中的重要作用。本研究首次全面概述了与穿心莲种子萌发相关的基因表达,为进一步研究种子萌发的分子调控机制提供了转录组数据。材料与方法材料广西省贵港市地区的成熟植物中获得了健康的穿心莲。选择成熟的(黄褐色)种子,使其大小一致。种子初始含水量为11.6%,千粒重为1.1080 g。种子发芽测定:在37°C条件下,用恒温培养箱将种子浸泡于蒸馏水中,打破休眠。用75%(v/v)乙醇洗涤45s左右,再用0.1%(w/v) HgCl2浸泡5min。然后,用蒸馏水洗三次后,将种子撒在培养皿中的滤纸上。每盘播种100粒种子,每组4粒。所有样品均在实验室的培养箱中以光/暗循环(12h/12h)条件下(27.5±1°C)进行培养。当胚根长到1mm时,就算萌发出完整的种子。取3组种子进行RNA提取:播种后0h,28h,48h,每组3个重复。方法测序平台:Illumina HiSeq 2500,...
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    发布时间: 2018 - 08 - 10
    研究背景代谢调控在癌症,代谢疾病,病原体感染,微生物群落,热量限制以及推进老化过程中起关键作用。因此,保守的代谢调节器和传感器,包括雷帕霉素(TOR)途径的靶标,已经重新聚焦在医学和生物技术领域。但是,基因组规模的生物合成调控以及基因组和代谢之间的相互作用尚不明确。氨基酸可以作为蛋白质合成的前体,也可以作为核苷酸,辅因子和脂质合成,碳氮传感和内稳态以及氧化还原缓冲的中间体。为了能够使功能性基因组学方法研究代谢,利用酿酒酵母基因组规模的基因敲除集合中的氨基酸营养缺陷型,通过靶标代谢组学来记录所有菌株的精确氨基酸浓度分布,并将获得的信息组装在基因组规模的基因-代谢相互作用中。通过描述在染色质水平上运作的转录和信号转导的代谢影响,或者通过代谢依赖系统,核糖体或蛋白质转运,通过稳态反馈,实现对细胞生长代谢的调节和稳态的全局洞察。sdfd材料与方法1.高通量氨基酸定量分析代谢物提取:351个基因缺失的酵母菌株,在同一天对同一批次的菌株进行代谢物提取。检测平台:Agilent 1290 Infinity-Agilent 6460;利用Masshunter软件以动态SRM模式获得游离氨基酸的信号。2.雷帕霉素敏感性分析在SM培养基中的384多孔板(70ml/孔)中,0.1 OD600条件下接种11个浓度为7-1000nM(n=4)的雷帕霉素菌株,监测生长48h。测定最大比生长速率并用于确定剂量反应曲线中的EC50值。3.蛋白质印迹的可视化将表达GFP-Atg8的营养缺陷型菌株在指数生长期间收集在SM培养基中,并在30℃接种于氮-星型浮选培养基SD(-N)中6h。收集OD600等分试样提取蛋白质,使用兔多克隆抗GFP和山羊抗兔的硝化纤维膜上的化学发光使GFP和GFP-Atg8显现Ig-HRP抗体。4.荧光显微镜在SM培养基中指数生长期间收集细胞,在SD(-N)培养基中饥饿6h。图像在Oly...
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    发布时间: 2018 - 08 - 03
    1摘要在春季短时期内,绿茶质量的感官品质发生了很大变化,但其机理尚未明确阐明。使用气相色谱飞行时间质谱联用(GC-TOF-MS)和超高效液相色谱四极杆质谱连用(UPLC-Q-TOF-MS)对早春,中春和晚春的茶树幼芽进行代谢物分析。多变量分析显示出在不同的时期幼芽的代谢物表型差异很大。在晚春季节,氨基酸含量下降,而碳水化合物,黄酮及其糖苷,三羧酸循环和光呼吸途径强烈增强,这些都很好地反映在茶的感官品质上。代谢组学分析进一步证明了成熟叶片中代谢物表型的明显变化。结果表明,早春绿茶品质的波动是由幼芽代谢产物表型的变化引起的,这可能与成熟叶片中的碳和氮储量的再活化有关。2材料与方法——植物材料:嫩芽和成熟的叶子。选取的茶植株用N、P、K 施肥(285、60、90千克/公顷/年)。在4月1日(T1)、15日(T2)、28日(T3)三个时期随机采摘了10个重复。在样本收集的2周之前内,计算平均日气温,保持环境干扰的一致性。(茶的化学成分与气候因子显著相关)——平台:①UPLC-Q-TOF/MS(超高效液相色谱四级杆飞行时间质谱);  色谱柱:HSS T3。       ②GC×GC-TOF/MS(二维气相色谱飞行时间质谱);内标:10μl的L-2-氯苯丙氨酸;色谱柱:一维度 DB-5ms(30 m × 250 µm i.d. × 0.25 µm);二维度 DB-17H  (2.5m×0.1 mm i.d.×0.1 µm)。      质谱:Pegasus HT, Leco Co., CA, USA        模式:不分流模式。——数据处理和多变量数据分析:Transomic...
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    发布时间: 2018 - 08 - 03
    四倍体玫瑰形态特征的QTL分析摘要玫瑰,属于蔷薇科蔷薇属一系列花大艳丽的栽培种,有二倍体和四倍体,目前是世界上最受欢迎的,以及商业上重要的观赏植物之一。玫瑰长久以来就象征着美丽和爱情,有多种浪漫的花语:爱情、美丽、勇敢,不同花的颜色代表不同的意义或爱情的语言。本研究利用最近开发的新的方法,基于已发布的玫瑰的高密度SNP连锁图谱,对分离的四倍体玫瑰进行数量性状QTL的检测,以揭示许多关键形态特征的遗传调控,同时有助于推进多倍体物种中的标记-性状探索的方法。材料与方法材料:四倍体'K5'玫瑰群体,由对比品系P540和P867杂交获得。P540:母本,深红色花,茎和叶柄有刺,易患白粉病;P867:父本,浅橙色花,茎和叶柄上少或无刺,对白粉病抗性强表型测量:3个地点进行表型的测量:荷兰的Wageningen(WAG),肯尼亚的两个生产地点:Nairobi(NAI)和Njoro(NJO)。方法:TetraOrigin;one-stage versus two-stage analysis;single- versus multi-environm-ent analyses;single-marker ANOVA;Co-fact-or analysis;Genotypic information coefficier(GIC)。结果分析1. 一阶段线性混合模型与两阶段QTL分析一阶段分析用蓝色表示,两阶段分析用红色表示。一阶段方法较为强大,检测到更多的QTL位点,但总的来说,两种方法结果相似。2. 单环境与多环境QTL分析单环境分析结果为彩色虚线,多环境分析结果为实心黑线。在单环境分析中发现一些在多环境分析中不存在的QTL。但总体来说,两种分析结果较为相似。3. QTL等位基因组成确定对等位基因构型分析表明,至少有一个QTL峰可能被多个等位基因所影响。4. 单标记方差分析单标记方差分析...
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发布时间: 2018 - 08 - 10
研究背景代谢调控在癌症,代谢疾病,病原体感染,微生物群落,热量限制以及推进老化过程中起关键作用。因此,保守的代谢调节器和传感器,包括雷帕霉素(TOR)途径的靶标,已经重新聚焦在医学和生物技术领域。但是,基因组规模的生物合成调控以及基因组和代谢之间的相互作用尚不明确。氨基酸可以作为蛋白质合成的前体,也可以作为核苷酸,辅因子和脂质合成,碳氮传感和内稳态以及氧化还原缓冲的中间体。为了能够使功能性基因组学方法研究代谢,利用酿酒酵母基因组规模的基因敲除集合中的氨基酸营养缺陷型,通过靶标代谢组学来记录所有菌株的精确氨基酸浓度分布,并将获得的信息组装在基因组规模的基因-代谢相互作用中。通过描述在染色质水平上运作的转录和信号转导的代谢影响,或者通过代谢依赖系统,核糖体或蛋白质转运,通过稳态反馈,实现对细胞生长代谢的调节和稳态的全局洞察。sdfd材料与方法1.高通量氨基酸定量分析代谢物提取:351个基因缺失的酵母菌株,在同一天对同一批次的菌株进行代谢物提取。检测平台:Agilent 1290 Infinity-Agilent 6460;利用Masshunter软件以动态SRM模式获得游离氨基酸的信号。2.雷帕霉素敏感性分析在SM培养基中的384多孔板(70ml/孔)中,0.1 OD600条件下接种11个浓度为7-1000nM(n=4)的雷帕霉素菌株,监测生长48h。测定最大比生长速率并用于确定剂量反应曲线中的EC50值。3.蛋白质印迹的可视化将表达GFP-Atg8的营养缺陷型菌株在指数生长期间收集在SM培养基中,并在30℃接种于氮-星型浮选培养基SD(-N)中6h。收集OD600等分试样提取蛋白质,使用兔多克隆抗GFP和山羊抗兔的硝化纤维膜上的化学发光使GFP和GFP-Atg8显现Ig-HRP抗体。4.荧光显微镜在SM培养基中指数生长期间收集细胞,在SD(-N)培养基中饥饿6h。图像在Oly...
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发布时间: 2018 - 08 - 03
1摘要在春季短时期内,绿茶质量的感官品质发生了很大变化,但其机理尚未明确阐明。使用气相色谱飞行时间质谱联用(GC-TOF-MS)和超高效液相色谱四极杆质谱连用(UPLC-Q-TOF-MS)对早春,中春和晚春的茶树幼芽进行代谢物分析。多变量分析显示出在不同的时期幼芽的代谢物表型差异很大。在晚春季节,氨基酸含量下降,而碳水化合物,黄酮及其糖苷,三羧酸循环和光呼吸途径强烈增强,这些都很好地反映在茶的感官品质上。代谢组学分析进一步证明了成熟叶片中代谢物表型的明显变化。结果表明,早春绿茶品质的波动是由幼芽代谢产物表型的变化引起的,这可能与成熟叶片中的碳和氮储量的再活化有关。2材料与方法——植物材料:嫩芽和成熟的叶子。选取的茶植株用N、P、K 施肥(285、60、90千克/公顷/年)。在4月1日(T1)、15日(T2)、28日(T3)三个时期随机采摘了10个重复。在样本收集的2周之前内,计算平均日气温,保持环境干扰的一致性。(茶的化学成分与气候因子显著相关)——平台:①UPLC-Q-TOF/MS(超高效液相色谱四级杆飞行时间质谱);  色谱柱:HSS T3。       ②GC×GC-TOF/MS(二维气相色谱飞行时间质谱);内标:10μl的L-2-氯苯丙氨酸;色谱柱:一维度 DB-5ms(30 m × 250 µm i.d. × 0.25 µm);二维度 DB-17H  (2.5m×0.1 mm i.d.×0.1 µm)。      质谱:Pegasus HT, Leco Co., CA, USA        模式:不分流模式。——数据处理和多变量数据分析:Transomic...
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发布时间: 2018 - 08 - 03
四倍体玫瑰形态特征的QTL分析摘要玫瑰,属于蔷薇科蔷薇属一系列花大艳丽的栽培种,有二倍体和四倍体,目前是世界上最受欢迎的,以及商业上重要的观赏植物之一。玫瑰长久以来就象征着美丽和爱情,有多种浪漫的花语:爱情、美丽、勇敢,不同花的颜色代表不同的意义或爱情的语言。本研究利用最近开发的新的方法,基于已发布的玫瑰的高密度SNP连锁图谱,对分离的四倍体玫瑰进行数量性状QTL的检测,以揭示许多关键形态特征的遗传调控,同时有助于推进多倍体物种中的标记-性状探索的方法。材料与方法材料:四倍体'K5'玫瑰群体,由对比品系P540和P867杂交获得。P540:母本,深红色花,茎和叶柄有刺,易患白粉病;P867:父本,浅橙色花,茎和叶柄上少或无刺,对白粉病抗性强表型测量:3个地点进行表型的测量:荷兰的Wageningen(WAG),肯尼亚的两个生产地点:Nairobi(NAI)和Njoro(NJO)。方法:TetraOrigin;one-stage versus two-stage analysis;single- versus multi-environm-ent analyses;single-marker ANOVA;Co-fact-or analysis;Genotypic information coefficier(GIC)。结果分析1. 一阶段线性混合模型与两阶段QTL分析一阶段分析用蓝色表示,两阶段分析用红色表示。一阶段方法较为强大,检测到更多的QTL位点,但总的来说,两种方法结果相似。2. 单环境与多环境QTL分析单环境分析结果为彩色虚线,多环境分析结果为实心黑线。在单环境分析中发现一些在多环境分析中不存在的QTL。但总体来说,两种分析结果较为相似。3. QTL等位基因组成确定对等位基因构型分析表明,至少有一个QTL峰可能被多个等位基因所影响。4. 单标记方差分析单标记方差分析...
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发布时间: 2018 - 07 - 04
发表期刊:International Journal of Molecular Sciences影响影子:3.687研究背景为了评价代谢物的变化与果实颜色变化之间的相互关系,本研究对两种不同猕猴桃的果肉进行了代谢物和转录本的组合分析。选取了果实发育的两个不同阶段:70d(盛开后)和100d(盛开后)以及两个品种“HB”和“YF”。采用超高效液相色谱四极串联质谱法和高通量RNA测序法分别获得代谢物和转录谱。对代谢物的鉴定和定量结果表明,共获得28,837种代谢物,其中13,715种能够匹配到物质。通过对HB100与HB70的比较,发现41个代谢产物为黄酮类化合物,其中7个为差异代谢物,分别为苯并呋喃酮、木犀草素、二氢杨梅素、矢车菊素、天竺葵色素,飞燕草色素和(−)-表没食子儿茶素。代谢物与转录本的关联分析表明,在果实发育过程中,两种代谢途径存在显著差异,其中之一是类黄酮生物合成,选择14个结构基因进行表达分析,同样转录组分析得到5个转录因子基因。RT-qPCR结果和聚类分析表明,AaF3H、AaLDOX、AaUFGT、AaMYB、AabHLH和AaHB2最有可能成为候选基因。建立了类黄酮生物合成的调节网络,以说明参与代谢物积累的差异表达的候选基因具有显著差异,在果实发育期间诱导红色着色。这种连接基因和类黄酮的调节网络揭示了一个系统参与了红果肉和绿果肉的色素沉积,表明这种结合分析方法这不仅有助于了解基因型与表型的关系,而且为育种提供更有价值的信息。材料方法材料两种不同类型的猕猴桃:“HB”(全红色果肉)和“YF”(全绿色果肉);两种不同发育阶段:开花后70d和开花后100d;每个样本设置三个生物重复,每个样本从6个猕猴桃树中随机采集30个果实,每两个作为一个生物重复。代谢组甲醇水(体积比为1:1)提取液;在提取和后续分析过程中,分别进行3次独立重复。检测平台:UPLC-Trip...

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