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    发布时间: 2018 - 12 - 10
    英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要   逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果,RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止,经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中,有13个候选参考基因(包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因,以及目前使用的β-actin基因)在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA)、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中,用GeNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2,分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后,被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外,为了验证我们的结果,我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性,并将有...
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    发布时间: 2018 - 12 - 03
    发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反,这类信息可以由功能宏组学收集,如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP),它们对微扰具有较高的敏感性,因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面,特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系,为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标,在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢,氨基酸生物合成,孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少,尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息,并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析,到目前为止,还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征,这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注:从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名,女性8名)。从每个人身上采集粪便样本,同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库,以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较,并进行分类和功...
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    发布时间: 2018 - 11 - 26
    摘要全转录组范围内鉴定能与蛋白结合的RNA(RBPs),是了解转录后基因调控网络的必要条件。然而RBPs蛋白组的研究主要局限于多聚腺苷酸的RNA与蛋白的结合,对于没有ploy-A尾的RNA(主要的是非编码RNA和RNA前体)几乎都没发现。本文介绍了一种点击化学(主旨是通过小单元的拼接,来快速可靠地完成形形色色分子的化学合成。它尤其强调开辟以碳-杂原子键(C-X-C)合成为基础的组合化学新方法,并借助这些反应(点击反应)来简单高效地获得分子多样性。)辅助的RNA互作捕获策略(CARIC),能够对RBPs进行无差别鉴定,不受RNA是否具有ploy-A尾的约束。CARIC主要是利用炔基尿苷类似物对RNA进行标记,并在活体内进行RNA-protein光照交联,然后与叠氮化物生物素进行点击化学反应,亲和富集后进行蛋白组分析。利用CARIC在人的宫颈癌细胞中鉴定到597个RBPs,包括130个之前未知的RBPs。这些新发现的RBPs可能是和非编码RNA结合的,因此发现了一些之前未知的非编码RNA参与的过程(例如蛋白酶体功能和中间代谢)。材料方法实验材料:人的宫颈癌细胞,胚肾细胞;质粒构建和细胞转染:克隆宫颈癌细胞cDNA(hnRNPC,MBNL1,VDAC1,NME2),克隆质粒:VigoFect;几种已知RPBs用来验证CARIC技术成功率CARIC分离出的RNA测序:Illumina HisEq 4000 PE150;蛋白质谱检测:LC-MS/MS,Easy nLC 1000 system +Velos Pro Orbitrap Elite mass spectrometer;质谱数据分析:MaxQuant version 1.5.5.1(原始数据分析),依靠人的蛋白数据(UniProt)Andromeda search engine进行蛋白查询;CARIC RBPs验证:CLIP...
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    发布时间: 2018 - 11 - 09
    前沿慢性阻塞性肺病(COPD)是一种炎性疾病,其特征在于进行性空气流量限制,并且被认为部分地由于响应于慢性空气污染物暴露(主要来自吸烟)而引起的夸大的肺部炎症。目前可用的治疗方法在很大程度上是无效的。因此,有效治疗COPD迫切需要新型的治疗药物。前期系统药理学鉴定了补肺益肾方(BYF)的195种潜在靶点,并被证实对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠有短期治疗作用。然而,对慢性阻塞性肺疾病(COPD)的长期疗效及机制尚不清楚。因此,本研究以慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠为研究对象,于第9~20周给药。然后通过转录组学-蛋白质组学-代谢组学分析第32周BYF对慢性阻塞性肺病大鼠的长期影响。材料与方法样本收集第0-8周构建COPD大鼠模型,将32只大鼠置于一个暴露于烟草和反复肺炎克雷伯菌感染的封闭的盒子里,第9-20周大鼠每日灌胃给予生理盐水(2mL)、BYF(4.44g/kg,0.5g/ml)和氨茶碱(2.3mg/kg)。检测方法转录组:Microarray(4×44K)大鼠全基因组表达谱芯片;蛋白组:8-plex iTRAQ,NanoLC-QTOF-MS;代谢组:Agilent-1200 LC-Agilent-6520 Q-TOF;数据分析Agilent GeneSpring GX software version 11.0Mascot:蛋白质鉴定Mass Hunter:代谢物鉴定SIMCA-P:PLS-DA基因、蛋白质和代谢物集富集、网络和通路分析Bingo(CytosCapev3.1.1插件)用于分析转录本和蛋白质的分子功能;DAVID和KEGG数据库对转录本和蛋白质进行途径富集分析。Metscape用于分析基因、蛋白质和代谢组学数据的整合途径;ClueGO(Cytoscape插件被用来探索基因和蛋白的分子功能。MetaboAnalyst 3.0被用来确定代谢物...
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    发布时间: 2018 - 11 - 08
    砷暴露对小鼠肠道宏基因组和代谢谱的响应IF=8.3091.摘要背景:人类肠道是一个极其复杂、多样和庞大的微生物群落-肠道微生物群。肠道微生物群在代谢过程、能量产生、免疫和认知发育、上皮稳态等方面发挥着重要作用。然而,肠道微生物群的组成和多样性很容易受到外界因素的影响,这就增加了接触有毒环境化学物质导致肠道微生物群改变或失调的可能性。砷的暴露影响全世界的大量人口,并且与许多疾病有关,包括癌症,糖尿病和心血管疾病。目的:研究了砷暴露对肠道微生物组成及其代谢状况的影响。方法:采用16S rRNA基因测序和质谱代谢组学分析相结合的方法,研究砷暴露对肠道微生物群的功能影响。结果:16S rRNA基因测序结果表明,10 ppm砷暴露4周后,砷对C57BL/6小鼠肠道微生物组分有明显的干扰作用。此外,代谢组学图谱显示了一种并行效应,许多肠道菌群相关的代谢物在多个生物基质中被干扰。结论:砷的暴露不仅改变肠道微生物群落的丰度水平,而且在功能水平上也严重干扰其代谢状况。这些发现可能为肠道微生物群的微扰及其作为接触砷导致或加重人类疾病的潜在新机制的作用提供新的见解。2.材料和方法动物和处理:无特定病原体的C57BL/6雌性小鼠20只(6周龄,体重20±3g)。平均分为两组。两组小鼠在同样的环境条件下饲养,供给相同的食物和水。饲养到8周龄后,处理组:饮用水中注入无机砷(亚砷酸钠,10ppm)持续四周;对照组:依旧供给清水。在整个实验过程中,每天评估小鼠腹泻,脱水和身体状况恶化的情况。用砷4周后,用二氧化碳对小鼠实施安乐死并进行尸体剖检。对肝脏(左侧,内侧,右侧和尾状叶)和结肠(远端,横向和前期结肠)的多发区域的炎症,水肿,上皮缺损,高血浆和发育异常等指标进行评估。病理评分未显示对照组和砷治疗组小鼠之间存在任何显着差异,也未观察到体重,死亡率和食物摄入量的任何显着变化。16SrRNA测序数...
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    发布时间: 2018 - 10 - 30
    文章题目:A strategy for association study on intestinal microbiomeand brain metabolome across lifespan of rats.杂志:Analytical  Chemistry 影响因子:IF=6.0421摘要   人们越来越认识到微生物群-肠-脑轴在哺乳动物一生中对哺乳动物生长和健康的不同作用。大量研究表明,肠道微生物群及其代谢物广泛参与脑与肠的沟通。脑代谢组与肠道微生物的关联研究是一个活跃的领域,它提供了大量关于微生物、脑和肠道相互作用的信息,但数据大小和复杂的层次关系是形成重要的、可重复的结论的主要障碍。本研究采用多种分析平台和生物信息学方法,对雄性Wistar大鼠在生长过程中的脑代谢和肠道微生物群关联分析进行了两级策略的研究。轨迹分析表明,与年龄相关的脑代谢组和肠道微生物在总体变化模式上具有相似性。 四个高水平分类的相关对“代谢类型—细菌门”包含“脂质-螺旋菌”、“游离脂肪酸-厚壁菌门”、“胆汁酸-厚壁菌门”、“神经递质-拟杆菌门”在单元-多元相关分析和功能分析的基础上被筛选出。进一步鉴定了上述高水平关键对中的四组特异性“代谢产物-细菌”关联对。通过一项独立的动物研究验证了关键相关对的有效性。这种两级策略有效地识别了从系统多组学研究中获得的大数据集中的主要相关性,加深我们对大脑和肠道之间终生联系的理解。材料与方法动物材料:正常生长实验取出生后第1、3、7、12、24、56、111周的雄性大鼠全脑和肠内容物,每组6只,共42只。      在限制饮食验证实验中,12只雄性大鼠(4周龄)被喂食3周,然后6只(随机选择)饲喂Libitum,其余6只饲喂60%的Libitum 5周...
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系统药理学和3-omics分析揭示了补肺益肾方BYF对COPD长期的疗效及机制

日期: 2018-11-09
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(精读)系统药理学和3-omics分析揭示了补肺益肾方BYF对COPD长期的疗效及机制

前沿

慢性阻塞性肺病(COPD)是一种炎性疾病,其特征在于进行性空气流量限制,并且被认为部分地由于响应于慢性空气污染物暴露(主要来自吸烟)而引起的夸大的肺部炎症。目前可用的治疗方法在很大程度上是无效的。因此,有效治疗COPD迫切需要新型的治疗药物。前期系统药理学鉴定了补肺益肾方(BYF)的195种潜在靶点,并被证实对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠有短期治疗作用。然而,对慢性阻塞性肺疾病(COPD)的长期疗效及机制尚不清楚。因此,本研究以慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠为研究对象,于第9~20周给药。然后通过转录组学-蛋白质组学-代谢组学分析第32周BYF对慢性阻塞性肺病大鼠的长期影响。

(精读)系统药理学和3-omics分析揭示了补肺益肾方BYF对COPD长期的疗效及机制
材料与方法
(精读)系统药理学和3-omics分析揭示了补肺益肾方BYF对COPD长期的疗效及机制


样本收集

第0-8周构建COPD大鼠模型,将32只大鼠置于一个暴露于烟草和反复肺炎克雷伯菌感染的封闭的盒子里,第9-20周大鼠每日灌胃给予生理盐水(2mL)、BYF(4.44g/kg,0.5g/ml)和氨茶碱(2.3mg/kg)。

检测方法

转录组Microarray(4×44K)大鼠全基因组表达谱芯片;

蛋白组8-plex iTRAQNanoLC-QTOF-MS

代谢组:Agilent-1200 LC-Agilent-6520 Q-TOF

数据分析

Agilent GeneSpring GX software version 11.0

Mascot:蛋白质鉴定

Mass Hunter:代谢物鉴定

SIMCA-PPLS-DA

基因、蛋白质和代谢物集富集、网络和通路分析

Bingo(CytosCapev3.1.1插件)用于分析转录本和蛋白质的分子功能;DAVID和KEGG数据库对转录本和蛋白质进行途径富集分析。Metscape用于分析基因、蛋白质和代谢组学数据的整合途径;ClueGO(Cytoscape插件被用来探索基因和蛋白的分子功能。MetaboAnalyst 3.0被用来确定代谢物最相关的途径。

(精读)系统药理学和3-omics分析揭示了补肺益肾方BYF对COPD长期的疗效及机制


(精读)系统药理学和3-omics分析揭示了补肺益肾方BYF对COPD长期的疗效及机制
结果与讨论
(精读)系统药理学和3-omics分析揭示了补肺益肾方BYF对COPD长期的疗效及机制


01

BYF对慢性阻塞性肺疾病大鼠的呼吸检测

本研究以慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠为研究对象,研究了BYF对COPD大鼠的长期影响。建立吸烟和细菌感染所致慢性阻塞性肺病(COPD)大鼠模型,并于第9~20周给予BYF治疗。于第0~32周进行肺功能评估,并于第32周进行病理组织学分析。

如图1所示,与对照组相比,模型大鼠的潮气量(TV)、最大呼气流量(PEF)和50%潮气量呼气流量(EF50)从第4周至第32周明显下降,然而,这种下降被BYF和经典的支气管扩张剂氨茶碱(APL)所抑制。

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1.BYF对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠肺功能的长期影响

注:慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠灌胃给药4.44g/kg,第9~20周,每日1次。对照组用生理盐水治疗,阳性对照组用氨茶碱治疗(APL2.3mg/kg),每一次。每4检测一次潮气量(TV)(A)、呼气峰流量(PEF)(B)50%潮气量呼气流量(EF 50)(C)。值表示平均值±SEM*P<0.05与模型。


02
BYF对慢性阻塞性肺疾病大鼠的组织病理检测

此外,模型大鼠肺损伤积分、细支气管壁厚度、小肺血管壁厚度、细支气管狭窄、肺泡内径均有明显增加,这可以通过BYF治疗得到显著的抑制作用(图2A-F)。此外,BYF治疗还显著增加了COPD大鼠的肺泡数(图2G)。这些数据表明,BYF治疗对COPD大鼠有长期治疗作用。

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2.BYF对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠肺组织组织学变化的长期影响

注:慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠灌胃给药,第9~20周每日1次,分别给予BYF(4.44g/kg)和氨茶碱(APL2.3mg/kg)。第32周收集COPD大鼠肺组织。(A)组织学改变用H&E染色(原放大率×100)(B)评估各组肺损伤评分(C)支气管壁厚度(D)细支气管狭窄(E)肺小血管壁厚度(F)肺泡数(G)肺泡直径。数值表示平均值±SEM*p<0.05*p<0.01与模型。

最近的数据显示,炎症与慢性阻塞性肺病患者的发病率和死亡率有关。先前的研究表明,在第20周,BYF治疗能有效地抑制COPD大鼠肺部的炎症反应。本研究测试了BYF对肺组织炎症介质表达的长期影响。如图3所示,COPD模型组大鼠中,IL-6、IL-1β、TNF-α和sTNFR2水平升高,并且这种增加收到BYF的显著抑制。这些结果表明,在第32周,BYF治疗能有效地抑制肺组织的炎症反应。

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3.BYFCOPD大鼠肺组织IL-1βIL-6TNF-αsTNFR2表达的长期影响

注:慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠灌胃给药,第9~20每日1次,分别给予BYF(4.44g/kg)和氨茶碱(APL2.3mg/kg)(A)于第32周采用免疫组织化学方法检测肺组织白细胞介素(IL)-1βIL-6、肿瘤坏死因子、可溶性肿瘤坏死因子受体(sTNFR)2的表达(B)慢性阻塞性肺疾病大鼠肺组织IL-6、IL-10TNF-α和sTNFR2表达的定量分析。数值表示平均值±扫描电镜。*p<0.01与模型。

先前的研究发现BYF能显著抑制20周时肺组织胶原沉积和蛋白酶-抗蛋白酶失衡。因此本文研究了BYF对肺组织MMP-2、MMP-9、TIMP-1和胶原Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ表达的长期影响。如图4所示,BYF显著降低MMP-2和MMP-9的表达水平并增加TIMP-1的表达。此外,在第32周,BYF还显著抑制胶原I、III的表达(图5)。这些结果表明,BYF在第32周可通过抑制胶原蛋白I,III,IV,MMP-2/9的表达,增加TIMP-1的表达来抑制胶原沉积和蛋白酶-抗蛋白酶失衡。

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4.BYFCOPD大鼠肺组织MMP-2、MMP-9TIMP-1表达的长期影响


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图5.BYF对COPD大鼠肺组织胶原蛋白I、III和IV表达的长期影响


03

调节肺组织中转录组、蛋白质组和代谢体水平的分子

通过大鼠全基因组表达谱芯片技术,检测到大约41000个基因。在这些数据集中,COPD模型(VS对照组)和BYF治疗(VS COPD模型)大鼠分别有1063和1106个差异调控基因。然后对这些差异基因进行了分子功能注释,发现这些基因可归因于各种分子功能,例如氧化还原酶活性、金属内肽酶活性、激素受体结合或NF-kappaB结合(图6A,B)。为了进一步分析,我们考虑了完整的数据集,以提取生物通路信息。此外,这些转录本被定位到许多不同的途径,如氧化磷酸化、粘着斑或泛素介导的蛋白水解途径。


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6.COPD大鼠(A)BYF治疗大鼠(B)肺组织调控基因的分子功能

注:用ClueGO分析慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠(A)BYF大鼠(B)调节基因的分子功能。功能分组网络,以条目作为节点连接,与功能相关的组部分重叠;节点大小表示功能条目富集的意义。每组只显示有意义条目的标签。

用基于LC-MS的蛋白质组学数据分析,发现在COPD模型(VS对照)和BYF处理的大鼠(VS COPD模型)分别筛选到191和187个差异蛋白。同样对这些差异蛋白进行分子功能注释,发现这些调节蛋白的分子功能与氧化还原酶活性、过氧化还原酶活性或NAD结合有关(图7A、B)。此外,这些调节蛋白被定位到不同的途径,如ECM受体相互作用、焦点粘连、紧密连接和白细胞通过内皮细胞的迁移。

为了进一步分析,COPD模型组(191种蛋白质)与BYF治疗组有132种共有蛋白质(187种蛋白质)。在132种蛋白中,70种蛋白在COPD模型中的表达被BYF抑制。这70个蛋白质的分子功能主要与氧化还原酶活性、抗氧化活性、细胞外基质结合和蛋白磷酸酶结合(图7C)有关,这可能是BYF的治疗机制。

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图7.慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠肺组织和BYF治疗大鼠肺组织调节蛋白的分子功能

注:用ClueGO分析慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠(A)BYF大鼠(B)调节蛋白的分子功能。功能分组网络,以条目作为节点连接,与功能相关的组部分重叠;节点大小表示功能条目富集的意义。(C)BiNGO分析了慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠与BYF大鼠重叠蛋白的主要功能

最后,对代谢组学数据分析,发现在COPD模型(VS对照)和BYF治疗(VS COPD模型)大鼠中分别有41和32种差异代谢物,经MetaboAnalyst通路分析发现,发现这些代谢物主要参与花生四烯酸、亚油酸或谷胱甘肽的代谢(图8)。后面通过网络互作分析发现这些代谢异常主要与脂质代谢有关。


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图8.COPD大鼠(A)和BYF治疗大鼠(B)肺组织代谢物的通路分析

注:用MetaboAnalyst分析最相关的途径。(A)COPD大鼠肺组织代谢物的典型途径分析。(B)BYF治疗大鼠肺组织代谢物的代表途径分析。

04

基因、蛋白质和代谢物数据联合分析

通过构建相关网络图,初步应用Metscape软件检测代谢物、基因和蛋白质的潜在关系。在图9A,B中,利用COPD和BYF治疗大鼠的转录组学和代谢组学数据构建了这两个代谢物基因网络。结果表明,这些网络主要分为脂质代谢和能量代谢两类,其中大部分代谢产物和许多基因参与了脂质代谢。在图9C,D中,根据COPD和BYF大鼠的代谢物和蛋白质数据,构建了代谢产物-蛋白质网络。这些代谢产物-蛋白质网络主要由脂质代谢或谷胱甘肽代谢组成。有趣的是,本研究还发现超过一半的蛋白质和几乎所有的代谢产物都参与了脂质代谢。


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图9.COPD大鼠与BYF治疗大鼠肺组织中代谢物、基因和蛋白的互作网络

注:利用Metscape构建了以化合物(六边形)和代谢酶(圆形)为节点,反应为边的复合反应网络。输入的基因和蛋白质用红色显示,输入的化合物用蓝色表示。(A)COPD模型组典型代谢物-基因网络。(B)BYF治疗组的典型代谢物-基因网络。(C)COPD模型组典型代谢物-蛋白质网络。(D)BYF治疗组的典型代谢物-蛋白质网络。


05

系统药理学与各组学整合分析

将转录组学,蛋白质组学和代谢组学数据流与系统药理学目标数据相结合,以全面系统地了解BYF对COPD的长期治疗机制。

分析发现,在BYF潜在靶点和BYF处理组大鼠的转录水平之间有8个重叠蛋白(katA, MAPK14, ACHE, ADRB1, CALM1, ADRA2B, ampC, gyrB),涉及分子功能主要有MAP激酶活性、肾上腺素能受体活性、乙酰胆碱酯酶活性、乙酰胆碱结合和细胞外基质结合(图10A)。在BYF潜在靶点和BYF处理组大鼠的蛋白水平之间有9个重叠蛋白(ampC, ATP5B, CALM1, COL1A2, gyrB, HSPA5, katA, SOD1 XDH),涉及的分子功能主要为氧化还原酶活性、抗氧化活性、黄嘌呤脱氢酶/氧化酶活性(图10B)。


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图10.重叠蛋白的分子功能

注:利用BiNGO分析了蛋白质的主要功能,并展示了结果直观、可定制的视觉表征。节点的面积与测试集中蛋白质的数量成正比。(A)BYF大鼠肺组织中潜在靶点与转录本之间重叠蛋白的代表分子功能。(B)BYF大鼠肺组织中潜在靶点与蛋白质组测量重叠蛋白的代表分子功能。

最后,使用Metscape软件,通过构建相关网络,分析了调节BYF治疗大鼠的代谢物和靶蛋白之间的潜在关系,发现代谢物-靶蛋白网络主要由脂质代谢组成(图11)。


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图11.BYF治疗大鼠代谢物和靶蛋白的代谢相关网络

注:利用Metscape构建了以化合物(六边形)和代谢酶(圆形)为节点,反应为边的复合反应网络。输入的化合物用蓝色表示,输入的靶蛋白用红色表示。

通过以上综合分析,则为BYF治疗COPD的长期效应机制提供了的全面系统的解释。这些结果说明BYF通过调节多种生物学途径如脂质代谢、炎症反应、氧化应激、局灶性粘连途径对慢性阻塞性肺病有长期疗效(图12)。


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图12.BYF潜在靶点和治疗大鼠肺组织的转录组学、蛋白质组学和代谢组学的综合分析

注:潜在靶标、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据显示为不同颜色的矩形。红色箭头代表上调,蓝色箭头代表下调,灰色矩形表示无差异。

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总结
(精读)系统药理学和3-omics分析揭示了补肺益肾方BYF对COPD长期的疗效及机制


COPD和BYF治疗的大鼠中受调节的转录物、蛋白质和代谢物归因于多种分子功能,例如氧化还原酶活性、抗氧化活性和脂质代谢;且BYF可能通过调节脂质代谢、炎症反应、氧化应激和系统水平的局灶性粘连途径实现其对COPD的长期治疗作用。

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点击原文链接:https://www.nature.com/articles/srep25492查看全文。


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摘要全转录组范围内鉴定能与蛋白结合的RNA(RBPs),是了解转录后基因调控网络的必要条件。然而RBPs蛋白组的研究主要局限于多聚腺苷酸的RNA与蛋白的结合,对于没有ploy-A尾的RNA(主要的是非编码RNA和RNA前体)几乎都没发现。本文介绍了一种点击化学(主旨是通过小单元的拼接,来快速可靠地完成形形色色分子的化学合成。它尤其强调开辟以碳-杂原子键(C-X-C)合成为基础的组合化学新方法,并借...
2018 - 11 - 09
前沿慢性阻塞性肺病(COPD)是一种炎性疾病,其特征在于进行性空气流量限制,并且被认为部分地由于响应于慢性空气污染物暴露(主要来自吸烟)而引起的夸大的肺部炎症。目前可用的治疗方法在很大程度上是无效的。因此,有效治疗COPD迫切需要新型的治疗药物。前期系统药理学鉴定了补肺益肾方(BYF)的195种潜在靶点,并被证实对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠有短期治疗作用。然而,对慢性阻塞性肺疾病(COPD)...
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