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    发布时间: 2019 - 01 - 29
    小基因组测序,等待您的加入!客户发表文章:”The Complete Plastid Genome of Magnolia zenii and Genetic Comparison to Magnoliaceae species“        壹俺们很优秀,无奈太低调,悄悄告诉您,俺们公司客户叶绿体文章又有一篇发表啦!集思慧远带着自主研发的叶绿体组装软件为您科研道路上添砖加瓦!下面小编就带您看看,一篇叶绿体文章如何造就!贰                      宝华玉兰的完整质体基因组及其与木兰科植物的遗传比较                           IF=3.098宝华玉兰是一种极度濒危物种,仅存于中国江苏省宝华山有18棵。关于它的分子生物学的信息很少,直到现在还没有对宝华玉兰进行质体基因组研究。本文通过对宝华玉兰(Magnolia Zenii)的完整叶绿体基因组进行测序组装,鉴定SSR,并通过对近缘物种基因组结构和序列数据的比较分析,揭示了5个突变热点,对今后木兰科的系统发育和进化研究具有重要意义。这篇文章的研究内容如下:1、叶绿体基因组组装宝华玉兰基因组长160,048 bp,GC含量为39.2%,包括一对26,596 bp的反向重复区(IRA和IRB),一个大单拷贝区(LRC)88,098 bp,一个小单拷贝区(SSC)18,757 bp.2、木兰科物种叶绿体基因组比较分析用28种木兰科物种和2种鹅掌楸的叶绿体基因组进行序列比对。宝华玉兰的叶绿体基因组放...
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    发布时间: 2019 - 01 - 28
    摘要油菜是一种重要的油料作物,为了适应不同的气候带和纬度,形成了三种主要的生态型(冬性,半冬性,春性)。这些生态型多样性背后的遗传机制目前还是未知的。本研究这对收集的世界各地的991份资源品种进行全基因组重测序并分析了这些资源的遗传多样性。测序结果分别和油菜“Darmor-bzh”,“Tapidor”基因组比对鉴定到5.56M/5.53M SNPs,1.86M/1.92M Indels。文章通过构建等位基因漂变图揭示主要群落的,利用遗传多样性和连锁不平衡参数研究了甘蓝型油菜两个亚基因组的非对称进化。选择性清除分析表明了调控各种植物发育和胁迫的直系同源基因间的遗传多样性。全基因组关联分析发现在FT和FLC同源基因的启动子区域的SNP,符合不同生态型的油菜。材料方法实验材料:来自39个国家,658种冬性、145种半冬性、188种春性油菜。测序策略:Illumina HiSeq Xten PE150,共7.9T(平均测序深度6.6X)。油菜参考基因组:‘‘Darmor-bzh’’ genome (B. napus v4.1 genome),‘‘Tapidor’’genome。系统发育分析:MEGA5.2(NJ树,Kimura 2-parameter model);LD分析:PLINK,群体结构:ADMIXTURE;PCA:EIGENSOFT(smartPCA)。SNP重组率计算:R package FastEPRR;等位基因漂移分析:TREEMIX,基因流画图:R package ggplot2。选择性清除:PopGenome(Fst),XP-CLR;关联分析:TASSEL(MLM)。研究结果1、991份油菜资源群体结构和遗传变异A/B.991份油菜资源全球分布情况及对应三种生态型;C.991份材料的系统进化分析(与油菜生态型大致相同);D.群体主成分分析,PC1能够区分冬性和半...
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    发布时间: 2018 - 12 - 13
    发表期刊:Postharvest Biology and Technology影响因子:IF=3.112(SCI二区)研究背景草莓(Fragaria×ananassa Duch.)由于其独特的风味和多汁的质地,是一种在世界范围内广受欢迎的园艺作物。它是维生素C和抗氧化剂的良好来源,但由于软化快、机械损坏、真菌腐烂和采后代谢迅速,很容易腐烂。在6℃贮藏1d后,草莓果实中的蔗糖水平由于快速的采后代谢而达到无法检测的水平。虽然草莓品种的贮藏期不同,但平均贮藏期通常只有3-5d。先前研究报道了CO2诱导的生理和机械变化,收获后,草莓果实中含有较高水平的二氧化碳(CO2)以提高可储存性。暴露于20%CO2中12或48h的草莓果实比在环境空气中贮藏3d的水果更结实。高浓度的二氧化碳会影响细胞壁钙的结合,提高果实的硬度。为了深入了解高浓度CO2在分子和生化水平上的影响,多学科方法是必要的。整合基因组学、蛋白质组学和代谢组学将有助于更好地理解植物对外界刺激的全面定性和定量反应。尽管对草莓果实采后对高CO2的响应进行了研究,但对细胞反应的全面了解仍不甚清楚。本研究联合转录组学和代谢组学方法来研究分子和细胞反应,将收获的草莓果实短期暴露于30%CO2,以全面了解改善的果实耐贮性。材料与方法01植物材料与CO2处理草莓于80%红色收获,收获后,果实立即运往实验室。选择大小和颜色一致的果实作为试验材料。分组:0D:环境空气0h(收获后立即)1D:3h环境空气处理后1d1DT:3h 30%CO2处理后1d 02硬度测定随机抽取3个重复容器中的10个草莓果实进行硬度测定(n=30),经硬度测定后丢弃。采用CT-3纹理分析仪进行硬度测量。用直径为100mm、速度为2mm、应变为5mm、直径为100 mm的平板探针,在果实赤道面测量果实硬度(N)。草莓果实表面微生物...
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    发布时间: 2018 - 12 - 13
    集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》英文标题:Comparative transcriptome analysis of roots, stems and leaves Isodon amethystoides reveals candidate genes involved in Wangzaozins biosynthesis杂志:BMC PLANT BIOLOGY影响因子:IF=3.930摘要    王枣子是一种重要的中药植物,具有治疗多种疾病的药理作用,包括肺结核。四环二萜类化合物王枣子素(王枣子甲素Wang zaozin A,王枣子乙素GlucocalyxB)是王枣子的主要生物活性化合物。然而,关于这些化合物生物合成的分子信息仍然不清楚。通过对王枣子中王枣子素积累水平的研究,发现该植物的根、茎和叶组织有很大的变化,表明不同组织间代谢产物生物合成和积累的可能存在差异。为了更好地阐明四环二萜生物合成途径,我们对根、茎和叶组织进行转录组测序,并进行了de novo序列组装和分析。分析了与二萜类生物合成有关的候选基因,如CPS、KSL等。用qRT-PCR方法对8种涉及四环二萜类生物合成的转录本在王枣子不同组织中的表达谱进行了验证,解构该通路的基因表达谱。ISPD、ISPF和ISPH(MEP途径)以及IaCPS和IaKSL(二萜类途径)候选基因在叶片和根中的差异表达,可能是造成王枣子叶片中王枣子素积累较高的原因之一。本文报道的基因组数据和分析为进一步研究这一重要药用植物奠定了基础。材料与方法植物材料:一年生健康王枣子个体的根、茎、叶(3个重复)王枣子素的提取与鉴定(靶标代谢):种类:王枣子甲素、王枣子乙素和王枣子丙素        &...
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    发布时间: 2018 - 12 - 10
    英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要   逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果,RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止,经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中,有13个候选参考基因(包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因,以及目前使用的β-actin基因)在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA)、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中,用GeNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2,分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后,被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外,为了验证我们的结果,我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性,并将有...
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    发布时间: 2018 - 12 - 03
    发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反,这类信息可以由功能宏组学收集,如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP),它们对微扰具有较高的敏感性,因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面,特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系,为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标,在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢,氨基酸生物合成,孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少,尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息,并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析,到目前为止,还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征,这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注:从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名,女性8名)。从每个人身上采集粪便样本,同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库,以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较,并进行分类和功...
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Lnc-mg是促进肌发生的lncRNA

日期: 2017-03-24
浏览次数: 189

 

摘要:

最近的研究表明lncRNAs作为肌发生和成人骨骼肌再生的必要调节器起重要作用。然而,lncRNAs在成人骨骼肌干细胞(MuSCs)的肌分化和肌发生中的特定作用仍然未知。本文鉴定了在骨骼肌特异性富集lncRNAmyogenesis相关lncRNA,简称lnc-mg)。小鼠骨骼肌中,lnc-mg敲除导致肌肉萎缩,运动期间肌肉耐力丧失。此外,lnc-mg的骨骼肌特异性过表达促进骨骼肌增生。原代骨骼肌细胞的体外分析显示lnc-mg在肌分化期间逐渐增加,并且过表达lnc-mg后促进细胞分化。推测lnc-mg作为小RNA-125b的竞争内源性RNAceRNA),控制胰岛素样生长因子2的蛋白质丰度,促进肌发生。本文研究将lnc-mg鉴定为肌肉细胞分化和骨骼肌发育的新型非编码调节剂。

 

材料:

8周龄的C57B / 6J小鼠,每组33雌。

方法:

体外细胞培养和分化。

从小鼠中分离骨骼肌干细胞。

实时PCR分析。

细胞转染

lnc-mg表达质粒、空质粒、shRNA(短发卡RNA对照。

免疫荧光染色。

小鼠模型骨骼肌lnc-mg基因敲除。

微阵列分析过表达或敲除后的lnc-mg

双荧光素酶测定。

生物素标记的miR-125b捕获。

Western免疫印迹。

ELISA分析。

 

结果:

1、 肌发生期间诱导骨骼肌富集的lnc-mg

a)未分化的MuSCsGM)和分化5天的MuSCsDM)中注释的lncRNA的微阵列热图。在分化的过程中,共有70个上调和12个下调lncRNA

b)小鼠组织中lnc-mg表达的实时PCR分析。在骨骼肌细胞中表达丰富。

c)小鼠骨骼肌不同的肌组织其他主要器官中的lnc-mg表达量分析。在各器官中都有表达,但不同的肌组织中表达量较高。

d骨骼肌干细胞分化5天期间,lnc-mg表达的实时PCR分析。在肌分化期间逐渐增加。

e)通过对lnc-mg相关的mRNA进行GO功能富集也发现,主要是肌肉收缩和肌肉系统过程相关。

Lnc-mg是促进肌发生的lncRNA 

 

2、 lnc-mg在体外促进MuSC分化。

a)对照shRNAlnc-mg shRNA转染的MuSCs中的lnc-mg表达量。(敲除lnc-mg

b)免疫荧光染色。

cMyHC(肌球蛋白重链)阳性细胞的比较。

dMyogMyod(肌原性标记基因)表达量。

e-h)对照载体或lnc-mg载体转染的MuSCs中的lnc-mg表达量、免疫荧光染色、MyHC阳性细胞的比较MyogMyod表达量。(lnc-mg过表达

lnc-mg后,MuSCs的分化受到抑制,MyHC表达降低,肌小管数量减少;过表达后,MuSCs分化加强,肌小管数目增加。

 Lnc-mg是促进肌发生的lncRNA

 

3、  lnc-mg敲除小鼠模型的形态和功能变化。

(a)对照和lnc-mg敲除小鼠的腓肠肌(GAS比目鱼肌(SOL伸缩肌(EDL、胫骨前肌。敲除后重量变轻、体积变小。

(b)腓肠肌切片和平均肌纤维横截面积。敲除后面积变小。

(c)抗肌萎缩蛋白抗体处理后,腓肠肌切片和平均肌纤维横截面积。

(d)腓肠肌中测量肌肉纤维的尺寸分布。

(e)测量小鼠肌肉的僵直机能。敲除后下降。

(f)测量运动能力。敲除后下降。

 Lnc-mg是促进肌发生的lncRNA

此外,构建了lnc-mg转基因TG小鼠模型,各种肌组织重量变多体积变大,肌肉的僵直机能和运动能力提高

 

4、 lnc-mg在体外作为miR-125bceRNA起作用。

研究人员对lnc-mg进行了细胞定位,发现胞质和核内都有,但是在分化的成肌细胞中主要在细胞质中。推测lnc-mg作为ceRNA调控相应的miRNA靶向转录物。

a)通过芯片检测了过表达和敲除细胞的miRNA表达变化,发现miR-125b在过表达细胞中下调,在敲除细胞中上调。

bmiR-125b表达量分析。

c)预测lnc-mgmiR-125b结合位点,是其靶标。

d)荧光素酶报告基因构建体:将具有miR-125b结合位点的lnc-mg和两个突变lnc-mglnc-mg-mut1lnc-mg-mut2)插入psiCHECK-2载体中。

e-h)通过荧光素酶检测,发现lnc-mg确实能结合miR-125b,影响其表达。只有miR-125b显著降低了lnc-mg报告物的荧光素酶活性(e),并且只有lnc-mg靶向位点被miR-125b识别(f)。用Antagomir-125b降低内源性miR-125b水平时,lnc-mg报告物的荧光素酶活性特异性增加(gh)。

有研究显示,miR-125b通过调控靶基因Igf2影响成肌细胞分化。因此,研究人员检测了过表达和敲降lnc-mg细胞中Igf2的表达,western blottingELISA结果表明Igf2蛋白表达分别增大和减少。

 Lnc-mg是促进肌发生的lncRNA

 

5、 lnc-mg在体内作为miR-125bceRNA起作用。

小鼠转基因模型表明,lnc-mg通过竞争性地结合miR-125b,影响了Igf2的表达,而影响肌生成。因此,lnc-mg是通过典型的ceRNA机制影响肌生成。

a对照和lnc-mg敲除小鼠肌细胞中miR-125b表达量。

b)肌细胞中Igf2蛋白水平的Western印迹分析。

c)血清中Igf2蛋白水平的ELISA分析。

dWTTG小鼠GASmiR-125b表达量。

eWTTG小鼠GASIgf2蛋白的蛋白印迹分析。

fWTTG小鼠的血清Igf2蛋白水平的ELISA分析。

 Lnc-mg是促进肌发生的lncRNA

 

亮点分析:

1、对于筛选到的lncRNA,从体内体外实验,过表达和敲除实验都进行了详细的验证;

2、lncRNA功能研究时,通过miRNA芯片筛选,从ceRNA角度进行详细的验证。

 

Lnc-mg是促进肌发生的lncRNA

 

参考文献:

Lnc-mg is a long non-coding RNA that promotes myogenesis.

2017-nature communication-11.329

Lnc-mg是促进肌发生的lncRNA

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