服务热线: 025-85381280
专业领域 更多
优秀案例 / Case 更多
  • 浏览次数: 61
    发布时间: 2018 - 12 - 13
    发表期刊:Postharvest Biology and Technology影响因子:IF=3.112(SCI二区)研究背景草莓(Fragaria×ananassa Duch.)由于其独特的风味和多汁的质地,是一种在世界范围内广受欢迎的园艺作物。它是维生素C和抗氧化剂的良好来源,但由于软化快、机械损坏、真菌腐烂和采后代谢迅速,很容易腐烂。在6℃贮藏1d后,草莓果实中的蔗糖水平由于快速的采后代谢而达到无法检测的水平。虽然草莓品种的贮藏期不同,但平均贮藏期通常只有3-5d。先前研究报道了CO2诱导的生理和机械变化,收获后,草莓果实中含有较高水平的二氧化碳(CO2)以提高可储存性。暴露于20%CO2中12或48h的草莓果实比在环境空气中贮藏3d的水果更结实。高浓度的二氧化碳会影响细胞壁钙的结合,提高果实的硬度。为了深入了解高浓度CO2在分子和生化水平上的影响,多学科方法是必要的。整合基因组学、蛋白质组学和代谢组学将有助于更好地理解植物对外界刺激的全面定性和定量反应。尽管对草莓果实采后对高CO2的响应进行了研究,但对细胞反应的全面了解仍不甚清楚。本研究联合转录组学和代谢组学方法来研究分子和细胞反应,将收获的草莓果实短期暴露于30%CO2,以全面了解改善的果实耐贮性。材料与方法01植物材料与CO2处理草莓于80%红色收获,收获后,果实立即运往实验室。选择大小和颜色一致的果实作为试验材料。分组:0D:环境空气0h(收获后立即)1D:3h环境空气处理后1d1DT:3h 30%CO2处理后1d 02硬度测定随机抽取3个重复容器中的10个草莓果实进行硬度测定(n=30),经硬度测定后丢弃。采用CT-3纹理分析仪进行硬度测量。用直径为100mm、速度为2mm、应变为5mm、直径为100 mm的平板探针,在果实赤道面测量果实硬度(N)。草莓果实表面微生物...
  • 浏览次数: 48
    发布时间: 2018 - 12 - 13
    集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》英文标题:Comparative transcriptome analysis of roots, stems and leaves Isodon amethystoides reveals candidate genes involved in Wangzaozins biosynthesis杂志:BMC PLANT BIOLOGY影响因子:IF=3.930摘要    王枣子是一种重要的中药植物,具有治疗多种疾病的药理作用,包括肺结核。四环二萜类化合物王枣子素(王枣子甲素Wang zaozin A,王枣子乙素GlucocalyxB)是王枣子的主要生物活性化合物。然而,关于这些化合物生物合成的分子信息仍然不清楚。通过对王枣子中王枣子素积累水平的研究,发现该植物的根、茎和叶组织有很大的变化,表明不同组织间代谢产物生物合成和积累的可能存在差异。为了更好地阐明四环二萜生物合成途径,我们对根、茎和叶组织进行转录组测序,并进行了de novo序列组装和分析。分析了与二萜类生物合成有关的候选基因,如CPS、KSL等。用qRT-PCR方法对8种涉及四环二萜类生物合成的转录本在王枣子不同组织中的表达谱进行了验证,解构该通路的基因表达谱。ISPD、ISPF和ISPH(MEP途径)以及IaCPS和IaKSL(二萜类途径)候选基因在叶片和根中的差异表达,可能是造成王枣子叶片中王枣子素积累较高的原因之一。本文报道的基因组数据和分析为进一步研究这一重要药用植物奠定了基础。材料与方法植物材料:一年生健康王枣子个体的根、茎、叶(3个重复)王枣子素的提取与鉴定(靶标代谢):种类:王枣子甲素、王枣子乙素和王枣子丙素        &...
  • 浏览次数: 21
    发布时间: 2018 - 12 - 10
    英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要   逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果,RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止,经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中,有13个候选参考基因(包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因,以及目前使用的β-actin基因)在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA)、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中,用GeNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2,分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后,被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外,为了验证我们的结果,我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性,并将有...
  • 浏览次数: 36
    发布时间: 2018 - 12 - 03
    发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反,这类信息可以由功能宏组学收集,如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP),它们对微扰具有较高的敏感性,因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面,特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系,为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标,在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢,氨基酸生物合成,孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少,尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息,并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析,到目前为止,还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征,这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注:从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名,女性8名)。从每个人身上采集粪便样本,同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库,以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较,并进行分类和功...
  • 浏览次数: 37
    发布时间: 2018 - 11 - 26
    摘要全转录组范围内鉴定能与蛋白结合的RNA(RBPs),是了解转录后基因调控网络的必要条件。然而RBPs蛋白组的研究主要局限于多聚腺苷酸的RNA与蛋白的结合,对于没有ploy-A尾的RNA(主要的是非编码RNA和RNA前体)几乎都没发现。本文介绍了一种点击化学(主旨是通过小单元的拼接,来快速可靠地完成形形色色分子的化学合成。它尤其强调开辟以碳-杂原子键(C-X-C)合成为基础的组合化学新方法,并借助这些反应(点击反应)来简单高效地获得分子多样性。)辅助的RNA互作捕获策略(CARIC),能够对RBPs进行无差别鉴定,不受RNA是否具有ploy-A尾的约束。CARIC主要是利用炔基尿苷类似物对RNA进行标记,并在活体内进行RNA-protein光照交联,然后与叠氮化物生物素进行点击化学反应,亲和富集后进行蛋白组分析。利用CARIC在人的宫颈癌细胞中鉴定到597个RBPs,包括130个之前未知的RBPs。这些新发现的RBPs可能是和非编码RNA结合的,因此发现了一些之前未知的非编码RNA参与的过程(例如蛋白酶体功能和中间代谢)。材料方法实验材料:人的宫颈癌细胞,胚肾细胞;质粒构建和细胞转染:克隆宫颈癌细胞cDNA(hnRNPC,MBNL1,VDAC1,NME2),克隆质粒:VigoFect;几种已知RPBs用来验证CARIC技术成功率CARIC分离出的RNA测序:Illumina HisEq 4000 PE150;蛋白质谱检测:LC-MS/MS,Easy nLC 1000 system +Velos Pro Orbitrap Elite mass spectrometer;质谱数据分析:MaxQuant version 1.5.5.1(原始数据分析),依靠人的蛋白数据(UniProt)Andromeda search engine进行蛋白查询;CARIC RBPs验证:CLIP...
  • 浏览次数: 27
    发布时间: 2018 - 11 - 09
    前沿慢性阻塞性肺病(COPD)是一种炎性疾病,其特征在于进行性空气流量限制,并且被认为部分地由于响应于慢性空气污染物暴露(主要来自吸烟)而引起的夸大的肺部炎症。目前可用的治疗方法在很大程度上是无效的。因此,有效治疗COPD迫切需要新型的治疗药物。前期系统药理学鉴定了补肺益肾方(BYF)的195种潜在靶点,并被证实对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠有短期治疗作用。然而,对慢性阻塞性肺疾病(COPD)的长期疗效及机制尚不清楚。因此,本研究以慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠为研究对象,于第9~20周给药。然后通过转录组学-蛋白质组学-代谢组学分析第32周BYF对慢性阻塞性肺病大鼠的长期影响。材料与方法样本收集第0-8周构建COPD大鼠模型,将32只大鼠置于一个暴露于烟草和反复肺炎克雷伯菌感染的封闭的盒子里,第9-20周大鼠每日灌胃给予生理盐水(2mL)、BYF(4.44g/kg,0.5g/ml)和氨茶碱(2.3mg/kg)。检测方法转录组:Microarray(4×44K)大鼠全基因组表达谱芯片;蛋白组:8-plex iTRAQ,NanoLC-QTOF-MS;代谢组:Agilent-1200 LC-Agilent-6520 Q-TOF;数据分析Agilent GeneSpring GX software version 11.0Mascot:蛋白质鉴定Mass Hunter:代谢物鉴定SIMCA-P:PLS-DA基因、蛋白质和代谢物集富集、网络和通路分析Bingo(CytosCapev3.1.1插件)用于分析转录本和蛋白质的分子功能;DAVID和KEGG数据库对转录本和蛋白质进行途径富集分析。Metscape用于分析基因、蛋白质和代谢组学数据的整合途径;ClueGO(Cytoscape插件被用来探索基因和蛋白的分子功能。MetaboAnalyst 3.0被用来确定代谢物...
在线咨询
  • 咨询类别:
  • *
  • 联系人
  • 公司名称:
  • *
  • 公司网址:
  • MSN:
  • QQ:
  • 电话
  • 手机:
  • 传真:
  • E-mail:
  • *
  • 邮政编码:
  • 留言主题:
  • 留言内容
  • *

集思慧远客户发表文章《亚洲梨在收获和储藏时表皮蜡质的化学成分、晶体形态和关键基因表达的研究》

日期: 2017-08-17
浏览次数: 200

 

 

集思慧远客户发表文章《亚洲梨在收获和储藏时表皮蜡质的化学成分、晶体形态和关键基因表达的研究》

 

 

学名: Pyrus spp

分类地位:被子植物亚门,双子叶纲,蔷薇目,蔷薇科,梨属

 

 

摘要

 

3种亚洲梨:库尔勒,雪花和玉露香在收获和贮藏7个月后表皮蜡质的化学成分,晶体结构和相关基因的表达水平进行分析、测定。其中,蜡质含量最高的是库尔勒,最低的是雪花。表皮蜡质的主要成分是烷烃,脂肪醇,萜烯类化合物,脂肪酸和醛类化合物。储藏后,所有品种的蜡质含量都出现减少,蜡质的晶体结构变得光滑。玉露香水果对黑斑病的抗性最强。基因表达分析显示:在贮藏后涉及蜡质合成的4个结构基因(CER6, KCS9, KCS20 and FDH1)的表达水平较高,另外3个(CER60, DGAT1 and MAH1)的表达水平较低,2个转录基因(LTPG1 and LTP4)和1个转录激活因子(MYB96)的表达水平与蜡质含量一致。总的来说,了解水果在收获和贮藏后表皮蜡质的差异能够更好地理解它们对抗病性的贡献和收获后的储藏性能。

 

 

 

 

材料与方法

 

1.  植物材料

 

 

从用于商品的梨中挑选没有疾病感染、物理损伤的3种不同品种的梨作为实验材料。库尔勒(Pyrus sinkiangensis Yü)收获于2015.9.9,雪花(Pyrus bretschneideri Rehd.)收获于2015.9.4,玉露香(‘Kuerle’ × ‘Xuehua’)收获于2015.9.7.收获后每个品种取100 个立即用来测定相关数据,另外每个品种再取100 个贮藏在3℃(相对湿度60~~80%7个月,然后取出,在室温下进行相关实验。

 

2.表皮蜡质的提取

 

将果实洗干净后,于通风厨内把果实放在600mL氯仿内浸泡并搅拌1min,然后脱去其它物质,称量并记录蜡质的重量

 

3.表皮蜡质含量的测定

 

提取5个梨的表皮蜡质,计算5个梨的表面积,蜡质含量(g/m2)的计算方法为(W1-W0/Sa, W1=容器和蜡质的总重量,W0=容器的重量,Sa=5个梨的表面积。

 

4. 通过气相色谱-质谱联用仪分析化合物

 

1mg的蜡质溶解在1.2mL的氯仿中制成样品。用450-GC,连接320-MSBR-5 ms毛细管色谱柱,(FS 30 m0.25um ID0.25 um df.用氦气作为流动相,流动速率为1.2mL/min。参数设置如下:入口温度280℃,MS离子束280℃,离子源250℃,四级杆温度150℃,电子电压70eV,质荷比的范围:50~~650

气相色谱以下列温度设置进行:首先,温度在50℃维持2min,接下来以每分钟上升40℃增加到200℃, 200℃维持2min,最后,以3/min的速度增加到320℃,维持这个温度30分钟,每个单独蜡质的样品与标准品进行比较。

 

5.电子显微镜观察

 

从每种梨的中部用刀片取一块(3 x 3 x 1 mm)的果皮切片,用2.5%的戊二醛固定1小时。然后用磷酸盐缓冲液(PBS0.1mol/L, ph=7.4)冲洗3次,每次10分钟。接着切片用2%的锇酸(脂肪染料)处理1小时,用与上步相同的方式用PBS缓冲液冲洗。用不同浓度的乙醇30%50%70%80%90%进行脱水,依次处理10分钟,然后用100%乙醇进行两次脱水,每次10min。接着将样品放在乙醇/叔丁醇=1:1的溶液中浸泡10分钟。最后,产物放在叔丁醇中用Hitachi ES-2030 freezing drier冷冻干燥6小时。固定到样品架上制成能够观察的标本,用电子显微镜进行观察。

 

6.通过qRT-PCR进行基因表达分析

 

RNA的提取用Column Plant RNA Out kit (Fuji, China),cDNA的合成用RevertAid 1ST cDNA Synth Kit (Thermo, USA).Primer Premier 5软件设计特异性引物。qRT-PCR反应使用Light Cycler 480 (Roche, USA)定量仪。

 

7.无损伤接种

 

7.1悬浮孢子的制备

 

黑斑病(Alternaria alternata)的致病孢子由南农植保学院提供。其孢子是从培养7天菌丝的PDA培养基上分离出来,悬浮在无菌蒸馏水中,悬浮液用3层灭菌擦镜纸过滤,除去所有菌丝。为了让孢子均匀分散,可将悬浮液放在振荡器上震荡15s。用血球计数板和无菌蒸馏水将孢子悬浮液的浓度调整为1*106/mL

 

7.2侵染

 

将梨用水洗干净,风干,然后完全浸泡在孢子悬浮液中,使其表面形成一层菌膜。每个水果单独放置在自封袋中在25℃条件下保温7天。每个品种取60个随机分成3组,每组20个,从第7天到第22天,每3天统计一下发病率,发病率以百分比的形式表示。

 

8.统计分析

 

表皮蜡质的化学成分用NIST 2013文库进行分析。为了检测聚类和建立关系,蜡质成分的数据集的主成分分析(PCA)和热图分析使用R 软件进行。偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)用SIMCA-P software (V11.0, Umetrics, Umea, Sweden)操作。

 

 

结果

 

1.  三个品种梨的表皮蜡质在收获和贮藏时的化学成分的对比

 

1.1蜡质总量

 

三种梨在收获后的蜡质总量通过氯仿萃取获得。蜡质含量:库尔勒>玉露香>雪花。GC-MS结果显示:三种梨的蜡质成分在收获时很相似,主要包括:烷烃,脂肪醇,脂类,脂肪酸,萜烯类化合物,醛类和其它未归类的化合物。

库尔勒品种的蜡质主要是:烷烃,脂肪醇

雪花品种的蜡质主要是:脂肪醇,萜烯类化合物

玉露香品种的蜡质主要是: 脂肪醇,烷烃

 

 

集思慧远客户发表文章《亚洲梨在收获和储藏时表皮蜡质的化学成分、晶体形态和关键基因表达的研究》

 

我们也分析了三种梨贮藏7个月后的蜡质含量,与收获时相比,贮藏水果的蜡质含量有明显的减少。为了进一步说明蜡质成分受贮藏的影响,我们对数据做了偏最小二乘判别分析(PLS-DA),结果显示:每种水果的蜡质在收获和贮藏后都有明显差异。

 

集思慧远客户发表文章《亚洲梨在收获和储藏时表皮蜡质的化学成分、晶体形态和关键基因表达的研究》

 

 

1.2 超长链(VLC)脂肪族化合物

 

所有品种梨蜡质的主要成分是超长链脂肪族化合物,包括烷烃(C16~C43,17.36%~~54.60%),脂肪醇(C17–C41, 11.49%–38.67%),脂肪酸(C16–C24,3.51%–11.97%),醛类(C16–C18, 0–5.29%),酮类,烯烃和酯类(2.43%–8.62%)。

 

集思慧远客户发表文章《亚洲梨在收获和储藏时表皮蜡质的化学成分、晶体形态和关键基因表达的研究》

 

1.3萜烯类化合物的比较分析

 

除了脂肪族化合物之外,用GC-MS分析在表皮蜡质中发现了18种萜烯类化合物。贮藏7个月后,库尔勒的萜烯类化合物明显增加,雪花的明显减少,玉露香的无明显变化。

 

2.在收获和贮藏时的脂质结构

 

用扫描隧道电子显微镜(FESEM)鉴定三种梨在收获和贮藏时的蜡质结构。(FESEM)观测结果显示:三种梨的蜡质晶体结构各不相同,库尔勒品种的蜡质晶体最厚,雪花品种的最薄。玉露香品种的介于两者之间。

 

集思慧远客户发表文章《亚洲梨在收获和储藏时表皮蜡质的化学成分、晶体形态和关键基因表达的研究》

 

 

 

3.表皮蜡质对黑斑病菌侵染的影响

 

水果的表面覆盖着蜡质能够阻挡孢子萌发和菌丝生长。我们发现用黑斑病菌侵染三种梨在收获和贮藏后的果实,表皮蜡质对病菌有抵抗功能。结果显示三种梨在侵染后从第7天到第22天,黑斑病的发病率逐渐增加

 

集思慧远客户发表文章《亚洲梨在收获和储藏时表皮蜡质的化学成分、晶体形态和关键基因表达的研究》

 

 

 

4.涉及蜡质合成,转运和调节基因的表达模式

 

为了探究三种梨的表皮蜡质不同的分子基础,用qRT-PCR检测了17个涉及蜡质合成,转运和调节基因的表达水平。四个基因(KCS9,LTP3,CER2MYB96)在贮藏后的表达水平比收获后的高,另外7个基因(KCS20, CER6, FDH1, LACS2, GL8, LTPG1LTP4)在贮藏后的表达水平比收获后的低。

 

集思慧远客户发表文章《亚洲梨在收获和储藏时表皮蜡质的化学成分、晶体形态和关键基因表达的研究》

 

 

 

结论

 

总的来说,烷烃和脂肪醇是三种梨表皮蜡质的主要成分。与收获时相比,贮藏7个月后,表皮蜡质含量减少。三种梨表皮蜡质的晶体形态不同,可能是因为蜡质成分的比例不同。此外,研究显示表皮蜡质对抵抗黑斑病具有贡献。KCS20, CER6, KCS9, LTPG1 and MYB96的表达水平显示这些基因在蜡质合成中发挥重要作用。

 

 

 

文章点评

 

1.果实表皮蜡质是有机物,用丙酮将其溶解萃取、分离、纯化后研究,是一个很好、很精细的研究方法

2.本文运用电子显微镜,以肉眼可见的微观角度观察表皮蜡质,有图有真相,很有说服力。

3.本文先研究生理生化的变化,然后研究引起变化的基因,用qRT-PCR结果做证据,由现象找原因是正向遗传学的经典方法。

 

 

参考文献

 

Chemical composition, crystal morphology and key gene expression of cuticular waxes of Asian pears at harvest and after storage[J] Postharvest Biology and Technology. 2017. IF=3.248

 

 

分享到:
回到顶部
相关内容
2018 - 12 - 13
发表期刊:Postharvest Biology and Technology影响因子:IF=3.112(SCI二区)研究背景草莓(Fragaria×ananassa Duch.)由于其独特的风味和多汁的质地,是一种在世界范围内广受欢迎的园艺作物。它是维生素C和抗氧化剂的良好来源,但由于软化快、机械损坏、真菌腐烂和采后代谢迅速,很容易腐烂。在6℃贮藏1d后,草莓果实中的蔗糖水平...
2018 - 12 - 13
集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》英文标题:Comparative transcriptome analysis of roots, stems and leaves Isodon amethystoides reveals candidate genes involved in Wangzaozins biosy...
2018 - 12 - 10
英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要  ...
2018 - 12 - 03
发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明...
Copyright © 2005 - 2013 南京集思慧远生物科技有限公司
犀牛云提供企业云服务
地址:江苏省南京市栖霞区仙林大学城纬地路9号江苏生命科技创新园F6栋522室
技术顾问:025-85381280/025-85380280行政人事:025-83361344
邮箱:tech@genepioneer.com
邮编:330520