有效的生物监测工具环境DNA（eDNA）测序是一种迅速兴起的方法，可研究生物多样性并监测生态系统的改变。生物会将DNA释放到其周围环境中，eDNA分析可在不破坏生态系统的情况下检测物种是否存在。eDNA潜在的应用有港口监测、生物多样性调查、压载水检测、土壤检测等。

现代的环境DNA测序方法可鉴定水、土壤和其他样本中的细菌和真核物种。将来，eDNA测序有望成为生物监测和保护的重要工具。每种生物都具有独特的DNA序列，或其相关的条形码。这种DNA条形码是保守基因组区域之间的高度可变区域。eDNA宏条形码涉及这些条形码的靶点特异性扩增和测序，通常是线粒体细胞色素氧化酶1（CO1）或18S核糖体亚基。这是区分高等真核生物的有效方法。

技术流程

测序策略：

平台：Illumina Novaseq 6000 PE250

数据量：20-50W  raw reads

周期：45个工作日左右

送样要求：

1. 水体样本采集：带手套后，将2L的消毒采样瓶浸没于水中，装满后取出封口，并在12h内取1-2L水，使用0.22μm滤膜进行过滤（有大颗粒杂质是可先过 0.45μm滤膜），过滤后滤膜置于冻存管中，液氮速冻，运回实验室后于-80℃保存。每片水域重复采样3-10次，尽量覆盖采集区域以增加检测到目标物种的概率。

2. 活性污泥样本采集：从活性污泥装置中取大于 10 ml 的悬浮污泥样本（约 5-10 g 沉降物），保存无菌 EP 管中，放入液氮或置于冰上，立即运至实验室进行核酸提取，或-80℃保存备用。注：若液态污泥样本沉降物较少，可适当增加取样量。

3. 水体/地表沉积物样本采集：取距离水底/地表 0-10 cm（具体按实验需要而定）的沉积物 5~10 g，保存无菌取样袋或EP 管中，置于冰上运送至实验室进行核酸提取，或-80℃保存备用。若不能自行提取，可置于干冰寄送至公司提取。

生信分析：

结果展示：

图1 . 样品不同分类水平中物种profiling柱状图

图2 . 多样性指数热图

图3 . LEfSe进化分支图