宏基因组测序相关问题

  1、生物学重复间相关系数低问题：

  •  实验技术重复高，生物学重复和处理有关，样品本身导致重复间差异因素就很不好控制，是由于样品问题导致的生物学重复相关系数较低。

  •  可用无生物学重复，按照之前的比较再做差异及富集分析，让老师关注感兴趣较为符合预期的基因功能（代谢过程），可以通过实验的手段q-PCR等，弥补生物学重复的不足，只要找到解释生物学现象的插入点，写文章就没有问题。

  2、转录组测序后续验证实验：

  •  最常见的是实时荧光定量PCR，也可以通过Northern blot 技术验证。这两种技术都可以从表达趋势上验证测序结果的准确性。

  •  另外对转录组测序挖掘出的目标性状功能基因的功能验证则可通过转基因验证。

  3、转录组测序深度的问题：

  •  转录组测序中没有提到测序深度，因为基因的表达有高有低。

  •  但涉及到测序深度问题，可用测序量除以编码区域的大小（一般在30M-60M）。比如水稻测序4G数据量，水稻编码区域（40M），则测序深度为100x。

  4、原核生物转录组测序，推荐的数据量：

  •  原核生物一般基因组比较小，转录组测序时一般推荐测2G的数据量。