集思慧远客户发表文章《睡莲GRAS转录因子家族的全基因组鉴定和特性描述》-2016-peerJ-2.183

  Yu Wang, Shenglu Shi, Ying Zhou, Yu Zhou, Jie Yang and Xiaoqing Tang.  

  Genome-wide identification and characterization of GRAS transcription factors in sacred lotus (Nelumbo nucifera).  

  Peer J. 2016, IF= 2.183  

  College of Horticulture, Nanjing Agricultural University, Nanjing, Jiangsu, China  

  Institute of Food Crops, Jiangsu Academy Agricultural Sciences, Nanjing, Jiangsu, China

  摘要：  

  GRAS是一类重要的植物特定的基因家族，可编码转录因子，在植物发育和生理过程中起重要作用。GRAS基因家族已在许多高等植物如拟南芥、水稻、白菜、番茄和烟草中鉴定并研究。在这项研究中，我们确定了睡莲中的38个GRAS基因，分析其物理、化学特性，并用八个有代表性植物的GRAS基因进行了系统进化分析。此外，还描述了GRAS的基因结构和motifs。对比分析鉴定得到睡莲和拟南芥之间有42个直系同源基因和9个共生直系同源基因，睡莲和水稻之间有35个直系同源基因和22个共生直系同源基因。基于已公开的睡莲的叶片、叶柄、根茎、根的RNA-Seq数据，发现大多数的睡莲GRAS基因具有组织特异性的表达模式。NnuGRAS-05，NnuGRAS-10和NnuGRAS-25在根茎和根中特异表达。总之，本研究首次对睡莲的GRAS基因家族进行生物信息学分析，这将对进一步分析这一重要基因家族的分子生物学提供有价值的信息。

  研究结果：

  1、鉴定睡莲中的GRAS基因

  2、7个代表植物的GRAS基因系统发育树

  3、基因结构分析

  4、保守motif

  5、直系同源基因分析

  6、时空特异性表达分析

  亮点分析：

  本研究几乎没有花费实验费用，完全利用数据库公开的睡莲基因组和转录组数据，结合生物信息学分析手段，对睡莲GRAS家族进行了鉴定、分析了理化性质、构建了系统发育树、描述了基因结构和motif、鉴定了与模式物种中的直系同源基因和共生直向同源基因、基于公开数据库分析了GRAS 转录组因子家族的时空特异性表达模式。