科研工具篇 | gephi可视化网络图

    Gephi是各种图形和网络的可视化软件。 Gephi是开源的，免费的。支持Windows，Mac OS X和Linux。

    官网网址https://gephi.org/

    目前最新版本为Gephi0.9.2版本。Windows下软件大小为71.78M。

1.下载

    点击Download进行下载。

2. 安装

    点击下载好的软件进行安装。

3. 准备测试数据

    测试数据已上传至云盘

    链接：https://pan.baidu.com/s/1_iWVfuQXH2d02y6Wxjl_lA 提取码：yh24

4. 实战演练

    打开软件，点击文件—>打开—>选择输入的文件—>打开。

    分隔符选择：表格，导入数据选择：矩阵；点击“下一步”。

    点击“完成”。

    图的类型选择：无向的，点击“确定”。

    生成如下图形：

    点击“数据资料”

    出现节点和边的数据，分别点击|“节点”和“边”，分别点击“输出表格”。

    点击“保存”。

    节点文件和边文件添加信息

    A:节点文件中加入属所属的门：

    B:边文件中加入正负属性：

    点击“文件” —> “导入电子表格”—>选择输入的文件—>“打开”—>点击“下一步”—>点击“完成”。

    图的类型选择：无向的，点击“确定”。

    相同的方法输出边文件。

5．图形美化

    点击概览—>布局选择Fruchterman Reingold选项，点击“运行”，待图形稳定后，点击“停止”。

    生成的图如下：

    选择“外观”—>“节点”—> “Partition” —> 选择phylum—>点击“应用”。

    生成的图形如下：

    还可以根据图形界面的一些选项进行调整。

    调整后的图如下：

    添加标题，最终展示图形如下：

6. 参数生成

    除此之外，还可以根据右侧的“统计”选项，计算一些关键参数，如下：

    最后可对生成的网络图进行输出，点击 “文件”—> “输出”，选择需要输出的类型，svg，png，pdf格式均可。