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科技服务 / Technology service

全基因组survey

发布日期:2019-03-11 浏览次数:175

  • 产品简介
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  • 常见问题

  基因组调研图研究是对于没有基因组参考序列的物种,基于小片段文库的低深度测序数据,快速获得基因组基本信息。进而为制定该物种的全基因组组装测序策略提供有效依据。


  应用领域

  •物种基因组大小评估;  

  •物种基因组GC含量评估;  

  •物种基因组杂合度评估; 

  •物种基因组初步组装。


  产品优势

  •利用K-mer分析快速评估出物种基因组基本信息;  

  •通过基因组的初步组装进行SSR标记开发。


  技术路线




  分析内容

  标准信息分析

  1.数据基本处理,去低质量和接头序列;

  2.K-mer 分析以及基因组大小估计;

  3.杂合率估计;

  4.精细图建库方案评估;

  高级信息分析(只针对纯调研图项目,不计入总时间)

  初步组装;

  重复序列预测;

  初步基因预测和注释,NT、GO、KEGG比对;

  GC-Depth 分布分析,判断 测序偏好性;

  SSR标记鉴定。



  样品要求

  1.样品类型:基因组DNA;

  2.样品浓度:≥100 ng/ul;

  3.样品总量:≥30 ug;单次文库制备用量分别为10ug,为保证实验的顺利进行,因此需保证样品总量大于3次以上的建库用量(不包括样品检测损耗);

  4.样品纯度:OD260/280为1.8-2.0;

  5.电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解。(距送样日最近的电泳结果)


  1.凡纳滨对虾基因组调研图

  本研究利用170bp,300bp,500bp的三个双端测序文库对凡纳滨对虾基因组进行的初步的分析和组装。去除低质量测序数据后,共得到90.69G高质量数据,大约为凡纳滨对虾基因组的37X。凡纳滨对虾基因组的GC含量为38.16%,K-mer分析的结果表明凡纳滨对虾基因组大小约为2.64Gb,与之前报道的利用流式细胞仪估计的2.45Gb基因组大小颇为接近,说明了结果的准确性。进而结合大片段文库的测序,对凡纳滨对虾基因组进行的初步的组装(结果如下表)。




凡纳滨对虾基因组测序与组装


  2.野生甘薯的基因组调研图

  本研究针对两个二倍体甘薯Mx23Hm和0431-1的基因组de novo测序,进行两个甘薯的基因组调研图的研究。同时对两个甘薯基因组分别进行组装,并且分析了全基因组范围内的SNP及CNV,以及基因的预测和注释。Mx23Hm和0431-1的GC含量分别为35.6%和36%,K-mer分析的结果表明Mx23Hm基因组大小约515.8 Mb,0431-1的基因组大小约539.9 Mb。


两个甘薯基因组杂合度的评估

拟南芥、甘薯、木薯中共有的基因GO注释

影响基因功能的SNP分布情况


CNV的分布情况



  参考文献

  1. Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for the Pacifc White Shrimp Litopenaeus vannamei(Scientific reports, 2015, IF=5.228)

  2. Survey of genome sequences in a wild sweet potato, Ipomoea trifida (H. B. K.) G. Don(DNA research, 2015, IF=5.267)