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超级重磅|万种植物线粒体基因组计划启动!

发布日期:2020-05-08 浏览次数:1394

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植物线粒体基因组测序


线粒体是真核生物细胞内的重要细胞器,是生物体在完成生命活动的过程中,进行能量合成和转换的重要场所,为细胞各种生理活动提供了能量保障。线粒体基因组的大小在动植物不同的门类中差异较大,一般来说动物的线粒体基因组较小,通常在10-39kb之间,而植物的线粒体基因组大小在200-750kb之间。植物线粒体基因组的主要特点是:基因组大小和结构变异巨大;基因却极度保守;基因分布非常稀疏;含有大量非编码序列;存在大量的RNA编辑。

集思慧远重磅推出万种植物线粒体基因组计划,采用二代+三代进行植物线粒体基因组测序分析,缩短了项目周期,提高组装准确度。通过基因组注释进行基因序列组成分析来研究物种的功能特征,通过比较基因组学研究物种间基因组结构变化探讨物种的环境适应性特征,通过群体基因组研究的内容就更加宽广:物种起源、亲缘分类、系统发育、谱系地理等。对于发文章来讲线粒体基因组分析可描述的点很多,但同时又非常套路,所以发起文章来就轻轻松松。线粒体基因组信息分析技术流程如下所示:


案例一、紫衫线粒体基因组:8个蛋白基因已转移到核基因组中IF=3.045

对紫衫线粒体基因组进行测序分析,得到全长468924bp的线粒体基因组序列与其它4个裸子植物谱系的线粒体基因组进行了比较。结果表明,裸子植物线粒体基因组在大小、结构、基因和内含子含量、外源序列、突变率等方面与被子植物线粒体基因组存在差异。

【参考文献】Kan SL, Shen TT,  Gong P et al.The complete mitochondrial genome of Taxus cuspidata (Taxaceae) eight proteincoding genes have transferred to the nuclear genome[J]. BMC Evolution Biology, 2020.doi.org/10.1186/s12862-020-1582-1


案例二、红柳线粒体全基因组序列的组装与比较分析IF=2.353

组装得到全长644437bp完整的红柳线粒体 (mt) 基因序列。基因组的碱基组成为A(27.43%)、T(27.59%)、C(22.34%)和G(22.64%)。基因组编码58个独特的基因(32个蛋白编码基因、23个tRNA基因和3个rRNA基因),其中9个蛋白编码基因包含17个内含子。通过对35种杨树的23个蛋白编码基因的系统发育分析,证明红柳是杨树的姊妹。

【参考文献】Ye N, Wang X, Li J, et al.Assembly and comparative analysis of complete mitochondrial genome sequence of an economic plant Salix suchowensis[J]. PeerJ, 2017, 5(1): e3148.DOI:10.7717/peerj.3148


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