QTL Icimapping软件之遗传连锁图谱构建
发布日期：2020-06-05 浏览次数：25150
QTL IciMapping是遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位集成软件，软件采用最新的编程技术，用户可以随时查看已经完成的各项操作，浏览已完成操作产生的各种结果，软件界面更加友好、功能更加强大。软件4.2版于2019年7月发布。是一款在windows下运行的软件。适用BC1，DH，RIL，F2等群体。标记数量一般在10000左右。作图方法可以选择IM（区间作图法），ICM（完备区间作图法），MET（多环境表型鉴定）。
下载软件QTL Icimapping，下载网址：http://www.isbreeding.net/software/?type=detail&id=28，下载完成后，点击安装。点击打开软件QTL Icimapping。
软件浏览，点击StartPage页面右边的右箭头查看分析的内容。
十大功能：
⑴AOV：多环境表型数据方差分析的AOV功能；
⑵SNP：基因型芯片检测数据转换的SNP功能（将遗传群体中个体或家系的AA、TT、CC、GG、AT、AC、AG、TC、TG、GT数据转换为软件需要的格式，用户需要提供亲本基因型才能利用此功能）；
⑶BIN：删除冗余标记的BIN功能；
⑷MAP：构建连锁图谱的MAP功能；
⑸CMP：整合连锁图谱的CMP功能；
⑹SDL：偏分离位点定位的SDL功能；
⑺BIP：双亲衍生群体QTL作图的BIP功能；
⑻MET：多环境表型鉴定数据QTL分析的MET功能；
⑼CSL：染色体片段置换系QTL作图的CSL功能；
⑽NAM：巢式关联分析群体QTL作图的NAM功能；
两个补充工具：
⑴MapShow：绘制已构建遗传连锁图谱的MapShow工具；
⑵2pointREC：两点重组率估计的2pointREC工具；
QTL IciMapping软件中可以分析的遗传研究群体信息：
双亲群体中同一位点的基因型频率：
共显性标记的编码规则：
显性标记的编码规则：
隐性标记的编码规则：
编码规则的总结：
excel中三种编码方案的标记类型，以8个标记位点和20个个体为例（使用空格分隔值）：
在excel中三种编码方案的标记类型，以8个标记位点和20个个体为例：
本次主要介绍使用此软件进行遗传连锁图谱构建的过程。输入数据介绍，以水稻F2代标记为例构建遗传连锁图谱：
展示输入文件的后面，为锚定/分组信息：
1. 新建项目，点击File菜单->点击New Project->输入项目名称和路径；
2. 点击菜单栏上的Open->点击；
3. 点击Open->然后点击*.map->打开连锁群标记文件；
然后打开连锁图文件RiceF2：
4. 软件对输入的标记信息进行统计分析，包括不同标记的数量，以及进行计算卡方检验，计算p值等；
5. 分群，点击Grouping，软件将利用默认/设定参数对标记进行分群，例如图例中，按LOD临界值3.00的标准进行分群；
6. 排序，点击Ordering，软件将利用默认/设定参数对标记进行排序，例如图例中，利用k-Optimality算法进行排序；
7. 调整，点击Rippling，此选项可以跳过，调整的目的是为了缩短图谱。单击Ripping下的箭头，软件将利用默认/设定参数对标记顺序进行调整，例如，以LOD值为标准，窗口大小5进行调整；
8. 输出，点击Outputting。输出设置参数，点击选择输出结果。输出遗传连锁图谱信息，可输出成对标记间的LOD值，重组率，图距，以及QTL分析中用到的输入文件等；
9. 可视化连锁图谱。点击->map图标，或者从Figures中选择Linkage Map等；
10. 设置参数，对图形进行调节；
Chromosome Name：是否显示染色体名称；
Marker Name：是否显示标记名称；Right表示设置到染色体的右面，Left表示设置到左面；
Marker Position：是否显示标记位置；Right表示设置到染色体的右面，Left表示设置到左面；
Zoom：放大调节；
Chrom. Width：染色体宽度；
Linkage Maps：连锁图染色体行数；
11. 也可右击。含有更多参数对遗传连锁图谱展示结果进行调整；点击Save Image As，可以保存图片为bmp,png,tiff等格式未经；点击Change Image Style对遗传连锁图进行调整，包括颜色，字体等都是可以进行调整的；
其中：
ChromosomeName：对染色体名称进行设置；
Chromosome：对染色体进行设置；
MarkerName：对标记名称进行设置；
其他可以根据名称进行设置等。
经过多个参数设置如下所示：
12. QTL IciMapping软件也可以单独对遗传图谱进行可视化。
还有些其它功能，我们后面详细介绍。
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