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基因定位

高通量分子标记分型-KASP

发布日期:2020-07-08 浏览次数:1536

       当前第三代分子标记—SNP已经被科研工作者广泛应用到各个领域,其优势不言而喻(稳定、多态性高、数量庞大且分布均匀广泛)。经典的利用SNP标记的方式包括:设计限制性内切酶标记(CAPS、dCAPS),一代测序;但无一例外的缺陷都是:周期长,费用高。


       这里给您介绍一种在定量PCR仪器上即可完成SNP直接分型的技术—KASP。该技术完美的解决了利用SNP标记周期长、费用高的缺陷。同时与SSR、indel等需要借助PCR扩增及凝胶电泳进行多态分选鉴定的标记而言,标记数量、多态性、周期和准确度依然是KASP标记的绝对优势。


技术原理


       KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR),即竞争性等位基因特异性PCR,它基于TOUCH-DOWN PCR技术,利用通用荧光探针,可针对广泛基因组DNA样品,包括复杂基因组DNA样品,对目标SNPs和InDels进行精准的双等位基因分型。它是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels。


应用范围


       可应用于QTL精细定位、种子质量控制、大样本量的分子标记验证、分子辅助育种、种子资源鉴定等工作,可以在短时间内准确判断分子标记类型。




文章案例


Identification and Molecular Mapping of a Gummy Stem Blight Resistance Gene in Wild Watermelon (Citrullus amarus) Germplasm PI 189225.(2019).

杂志:Plant Disease.

IF=3.583


       野生西瓜种质PI 189225是一种已知的抗蔓枯病的资源,文章利用该资源与另一种感病材料K3杂交获得F2分离群体,利用F2分离出的F3家系接种单一S. cucurbitacearum菌株(JS002)进行抗病基因定位分析。遗传分析结果表明PI 189225的抗性是由一个主效QTL控制,命名为Qgsb8.1。利用BSA-seq策略将该QTL锁定在8号染色体的5.7Mb区间,进一步通过开发区间的KASP标记结合QTL遗传连锁分析将Qgsb8.1精细定位到标记KASP_JS9383-KASP_JS9168(571.27kb)之间。


QTL锁定在8号染色体的5.7Mb区间


开发区间KASP标记精细定位候选基因


Deployment of SNP (CAPS and KASP) markers for allelic discrimination and easy access to functional variants for brown midrib genes bmr6 and bmr12 in Sorghum bicolor.(2019)

杂志:Molecular Breeding.

IF=1.862

       褐色也中脉与提高反刍动物的消化率和提高原料转化乙醇的效率有关,高粱中有8个Bmr位点,广为人知的是bmr6和bmr12。许多高粱品种中都含有bmr,但是对具体的bmr分类信息了解有限。本文利用bmr6和bmr12的序列信息,开发了两类SNP标记(CAPS、KASP)。利用这两类标记对苗期高粱的bmr6和bmr12进行了快速准确的鉴定。其中有15对KASP标记能够准确鉴定个体的等位基因型。



KASP标记对20种高粱资源进行基因分型


KASP标记对高粱F2单株进行基因分型


       如果您涉及到用SSR标记开展品种鉴定、指纹图谱构建、遗传图谱构建,基因定位研究,那我们就可以用KASP标记来替代传统的SSR标记。

       从标记数量和密度上来说KASP标记绝对远远高于SSR。从成本来说,KASP标记检测一个样本仅需2.5元,并且是代由我们服务完成,省钱省力,还不来电咨询我们:025-85381280。


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