PlantTFDB植物转录因子预测
发布日期：2020-07-14 浏览次数：19702
植物转录因子不仅在植物体的生长发育和形态建成等生理活动中发挥重要的调控作用，而且还与植物体的次生代谢和抗逆反应密切相关。在农作物农艺性状的改良以及新品种的培育等领域应用前景广阔。
植物转录因子数据库(Plant Transcription Factor Database，PlantTFDB)包含了从165个物种中预测的320370个转录因子，并将其分成了58个家族。PlantTFDB对每个识别的转录因子进行了全面的注释，信息非常丰富。
1.根据序列进行预测
操作步骤
i.点击上方“Prediction”；
ii. 粘贴FASTA格式的待预测蛋白或核酸序列/上传FASTA格式序列文件
iii. 点击“Prediction”提交预测；
【此时不选择Link拟南芥按钮】
点击转录因子对应的家族信息
结果页面i. 家族介绍、序列下载、多序列比对（具体信息+比对logo图）、系统发育树文件；ii. 转录因子家族在不同物种中的数量（点击对应物种查看详细信息）；
iii. 转录因子家族详细介绍（描述信息+参考文献）。
如果在最初提交序列页面中【选择Link拟南芥按钮】
此时预测结果多了模式生物拟南芥的相关信息，点击预测到的拟南 芥中的转录因子名称
这时可查看的结果信息较多，可以归纳为
i. 基本信息（ID、模型、家族等）；
ii. 标签域；
iii. 蛋白特征；iv. GO；v. PO；vi. 序列；vii. 3D结构；viii. 功能性说明；ix. 结合Motif；x. 顺式元件；xi. 注释信息；xii. 发表文章情况等
2.根据ID进行查询
可以直接在搜索框中输入转录因子ID来查看转录因子具体的信息，例如AT3G15210.1
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