可视化blast比对结果的在线网站—Circolett

       在日常工作学习中，我们经常会使用blast进行序列比对，对着一行行的比对结果去分析费时费力。如果可以用图片表示这些结果那该有多好？Circoletto软件就是为解决这一问题研发的。Circoletto: visualizing sequence similarity with Circos是2010年发表在Bioinformatics上的，作为老牌的可视化blast工具，至今仍然很多人在使用。

       Circoletto有两个版本：网页版（http://tools.bat.infspire.org/circoletto/）和本地版（https://github.com/infspiredBAT/Circoletto）供用户选择。网页版界面友好，操作简单，无需安装下载即可使用，但上传的文件大小不能超过20MB，且最多支持上传200条序列。本地版需要自行下载安装软件，且依赖于Bioperl，Blast，Circos。实际上网页版即可满足大部分用户需求，下面介绍怎么使用网页版的Circoletto进行blast可视化。

       目前网页版Circoletto更新到07.09.16版本，界面如下图所示：

输入方式有两种：（1）最简单的方式是直接输入blast的比对   结果（默认格式）；

                          （2）在前两个空白框内，可以输入fasta序列或者序列文件：query fasta和database fasta

       该种方式用户可以设置E-value值（默认是1e-10），针对DNA比对DNA的序列可以勾选tblastx。

       输出结果以及图片的展示形式也很灵活多变，下图选取了部分参数进行了说明。

       根据序列情况进行上述参数选择后，点击后即可运行

       本次实例小编输入两个蛋白序列文件进行自身比对，参数使用默认参数，运行后页面的上半部分blast比对输出的日志文件，包括序列的数量，花费时间，参数设置，决定颜色范围的参数，产生了多少条比对连接等等：

       下半部分显示了该网页版相对应的本地版的命令详情，如果用户需在本地版重现网页版的结果，可复制该命令运行程序；最后输出的是blast比对得到的circos图。

       该工具简单小巧实用，初次使用建议选择默认参数，不进行修改，后期根据图片的显示结果再进行微调。