宏基因组kegg在线注释

       

       宏基因组kegg在线注释Kegg官网（网址https://www.kegg.jp/）自带一些分析工具，今天我们介绍一下KEGG注释工具。

       KOALA（KEGG Orthology And Links Annotation）是KEGG的内部注释工具。

BlastKOALA网址： https://www.kegg.jp/blastkoala/
GhostKOALA网址：https://www.kegg.jp/ghostkoala/

KofamKOALA网址：https://www.genome.jp/tools/kofamkoala/ 

       KEGG用于基因组和元基因组序列的功能表征在线比对工具，2016年发表在jmb杂志。

       Reference: Kanehisa, M., Sato, Y., and Morishima, K. (2016) BlastKOALA and GhostKOALA: KEGG tools for functional characterization of genome and metagenome sequences. J. Mol. Biol. 428, 726-731. [pubmed] [pdf]

       BlastKOALA和GhostKOALA是基因组和元基因组序列的自动注释服务器，它们执行KO分配以表征单个基因功能并重建KEGG途径，BRITE层次结构和KEGG模块，以推断生物体或生态系统的高级功能。可以在KEGG网站上免费获得这两种服务器。

       在BlastKOALA中，在对物种，属或科级别的全基因组序列的非冗余数据集进行BLAST搜索后，由内部使用的KOALA算法的修改版本执行KO分配，该数据集是从KEGG GENES数据库中保留的每个分类类别的KO含量。

       在利用更快的GHOSTX进行数据库搜索并适合于元基因组注释的GhostKOALA中，全基因组数据集补充了Cd-hit簇，包括用于病毒基因的簇。可以下载结果文件并进行操作，以进行进一步的KEGG Mapper分析，例如使用多个BlastKOALA结果的比较途径分析。

接下来我们就具体介绍一下如何在线注释。

       1. 首先我们准备好宏基因组氨基酸序列文件，注意：最多可以上传300 MB的文件大小（平均长度为300的一百万个序列或平均长度为100的三百万个序列）。

       格式可为：

       2.打开kegg在线注释网址https://www.kegg.jp/ghostkoala/

3.邮箱确认信息

       上一步填写的邮箱会收到kegg发的确认或者取消的邮件，点击链接

显示下图，则为确认成功。

4. 等待邮件会收到注释结果。

打开此链接即可看到结果。

下图为生成的详细的结果，直接在网页可预览，结果在网站上可保存7天，最好及时下载。

5. 结果解读：

结果包括以下三大部分:

  Annotation data：kegg注释分类结果。

  KEGG Mapper：kegg比对通路，层次结构，模块结果。

  Taxonomy data：物种分类结果。

详细信息可对应以下图。

       结果1：第一列：输入序列的名称；第二列：比对到的KO号；第三列：得分值；第四列：比对到的第二个KO号；第五列：比对结果较好的KO数量。

       结果2：输入的序列注释到的通路、层次结构、模块信息等。

每个通路下比对到的基因的具体结果展示：

此部分分析的其他结果类似，不再赘述。

       结果3：第一列：输入序列基因名；第二列：KO号；第三列：KEGG有机体等级的第二级；第四列：KEGG有机体等级的第三级；第五列：NCBI上属水平名称；第六列：比对到KEGG上的基因id号；第七列：GHOSTX比对得分值。

可查看详细的物种注释以及注释到的基因数量：

详细的物种分类水平展示见下图：

关注物种的通路信息结果展示：

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