细菌完成图

       如果您是研究微生物相关的，需要对细菌进行基因组测序，那么此篇由集思慧远整理的技术文档，恰逢其时!

       细菌是自然界分布最广、个体数量最多的有机体，是大自然物质循环的主要参与者。细菌基因组相对较小，通常仅有一条环状DNA和质粒，通过高通量测序，可以了解其全部遗传信息。这也已经成为微生物研究的重要手段之一，为细菌的遗传进化、疾病预防与治疗、疫苗与抗生素的开发等提供重要的信息。

       细菌完成图特性-others

       而细菌基因组拼接质量，将直接影响后续分析。将细菌基因组测序后，从头进行组装，并最终组装成为一条contig（连续序列片段），即基因组的完整序列，也就是细菌完成图。得到目标细菌的基因组序列，就相当于有一把打开该物种神秘世界的钥匙。基于序列信息，结合数据库和预测软件，即可对其基因组进行破译，涉及基础功能代谢、致病性、耐药性、次级代谢产物资源等多个方面，还可以结合其他已有菌种的基因组信息，比较基因间的位置关系分析推测基因的功能特征、基因迁移规律等。比如根据基因组上目标基因上下游的特征，推测致病性、抗药性迁移规律。

       难点

       而细菌基因组GC含量较高、重复序列也较多、并且易于突变等这些特点，使用常规测序手段得到细菌完成图也还是有一些难度。

       细菌完成图-ours

       目前集思慧远细菌完成图是基于二代+三代测序技术，对细菌基因组进行测序、组装，从而获得完整细菌基因信息。并对其进行基因组组分分析：重复序列、编码基因、非编码RNA、前噬菌体、基因岛、CRISPR等；功能注释，主要包括通用数据库，如：Nr、Uniprot、COG、KEGG等数据库，以及CAZyme、PHI、ARDB等专有数据库注释；比较基因组分析，比较测序样本与参考基因组的差异，包括：基因家族构建、共线性分析、共有/特有基因分析、物种进化分析、选择压力分析等。全面解析其微生物生物学意义。

       重点

       集思慧远细菌完成图测序承诺：0 Gap技术指标。一般细菌完成图的技术路线为：当我们分离纯化出一株细菌，都会先做一代菌种鉴定，大致了解该菌的基本信息，然后再确定是否进行基因组测序。2代Illumina测序可以对目标菌株进行污染评估验证，判定该菌是否是纯菌，还有另一点是会辅助基因组的组装。同时联合3代Pacbio/Nanopore测序平台，利用其测序超长读长以及测序的无偏向性，能够快速、准确、完整的进行基因组的组装。最后采用纠错软件利用二代数据进一步对组装基因组进行纠错，得到最终0Gap的完美基因组。分析内容流程图如下所示：

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