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SILAC定量蛋白质组学

发布日期:2019-03-11 浏览次数:171

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  • 常见问题

  细胞培养氨基酸稳定同位素标记(Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture, SILAC),这种方法首先是由2002年丹麦Mann实验室的Ong等对AACT(氨基酸质量标签)技术作了进一步改进而获得,并首次应用于定量蛋白质组学研究,为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的解决方案。


  该技术适用于细胞和动物的体内标记,具有系统误差小,定量准确,并且可以进一步寻找具有时效性变化的差异蛋白,更精准地研究刺激的作用机理等技术特点。


  技术原理:

  分别用天然同位素(轻型)或稳定同位素(重型)标记的必需氨基酸取代细胞培养基中相应氨基酸,细胞经5-6代倍增周期后,稳定同位素标记的氨基酸完全掺入到细胞新合成的蛋白质中替代了原有氨基酸。不同标记细胞的裂解蛋白质按细胞数或蛋白量等比例混合,经分离、纯化后进行质谱鉴定。


  应用领域:

  机理和调控机制研究

  动态过程中机制研究

  疾病标志物的筛选

  用药及预后标志物筛选


  产品优势:

  •高通量:可同时鉴定并定量数百至数千种蛋白质;

  •多个样本混合后同时进行分离、酶切和鉴定,后续实验对样品的影响是一致的,减少了实验操作和仪器设备引入的定量误差;

  •体内标记技术,标记不受裂解液成分影响,效果稳定,标记效率高达99%;可以对在DMEM、DMEM-F12、1640三种培养基中培养的多种细胞进行标记

  •灵敏度高,样本量要求少。


  技术路线:

  分析内容:

  蛋白质组鉴定;

  Unique肽段数分布;

  肽段长度分布;

  肽段质量误差分布;

  蛋白覆盖度分布;

  定量信息统计;

  蛋白质丰度比(FC)分布;

  差异蛋白质的功能注释(两个或以上样品);

  差异蛋白质的GO和KEGG富集分析(两个或以上样品);

  差异蛋白质互作网络。


  样品要求:

  1.样品类型:总蛋白;

  2.样品总量:>500mg(新鲜组织样); >300ug-500ug(提取蛋白量)。

  3.样品重复:三个生物重复或技术重复

  案例分析:

  1、基于SILAC蛋白质组学的蛋白质赖氨酸甲基转移酶SMYD2活性的定量分析

  本研究通过多种癌细胞系包括KYSE-150细胞系培养在同位素培养基中,进行甲基化蛋白组分析鉴定以及轻/重同位素培养细胞后处理组与对照的差异分析 。


基于SILAC蛋白质组学和免疫亲和富集的Kme1位点的全面鉴定


  参考文献:

  1. Olsen J B, Cao X J, Han B, et al. Quantitative profiling of the activity of protein lysine methyltransferase SMYD2 using SILAC-based proteomics[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2016, 15(3): 892-905.