​五个骨条藻种的全长线粒体基因组比较分析揭示了基因组结构和最近的物种形成

五个骨条藻种的全长线粒体基因组比较分析揭示了基因组结构和最近的物种形成

本文是中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室、青岛海洋科学技术国家实验室海洋生态与环境科学实验室等实验室发表的，研究内容是利用线粒体基因组研究五个骨条藻种线粒体基因组之间的异同点及最近的物种形成机制。文章发表时间2021年10月15日，杂志《BMC Genomics》，影响因子3.969（Q2）。

原文链接：10.1186/S12864-021-07999-Z

研究内容

背景

骨条藻是主要的初级生产者，其中一些在特定的环境条件下也会在沿海水域造成大规模的有害藻类水华。然而，目前骨条藻属物种的基因组信息有限，阻碍了对其作为初级生产者和HAB物种作用的进一步研究。线粒体基因组( mtDNA )作为"超级条形码"被广泛应用于系统发育分析和比较基因组学研究。然而，在21个被接受的骨条藻物种中，目前仅有一个物种S . marinoi具有全长mt DNA。

结果

在本研究中对分的中国近海5种骨条藻S . marinoi、S . tropum、S . grevillei、S . pseudo围隔实验和中肋骨条藻共6株( 2株)的线粒体DNA全长进行了构建。这些骨条藻的mt DNA都很紧凑，基因间区很短，没有内含子，也没有重复区域。对这些骨条藻mt DNA的比较分析显示出高度的保守性，有一些高度变异的离散区域，其中一些可以用作区分骨条藻物种的分子标记，并以高分辨率和特异性跟踪这些物种的生物地理分布。利用34个mt DNAs基因，以化石数据作为PAML中的校准点，估算了这些骨条藻种间的分歧时间，发现这些骨条藻种形成了与海链藻种约48.30 Mya分化的独立分支。

结论

5种骨条藻mtDNA的存在为进一步的进化研究提供了有价值的参考序列，包括物种形成时间估计和硅藻物种间的比较基因组分析。差异区域可作为分子标记用于跟踪沿海地区野外不同骨条藻种类。

扫码关注我们

我们创建细胞器研究联盟公众号，对涉及细胞器研究的最新科学进展、研究成果进行报道。目的是希望通过我们的努力，来推动本学科的发展，为细胞器领域的研究提供一个信息共享的渠道。欢迎从事细胞器相关研究的同学和老师加入我们，一起讨论学术和梦想。