基因家族分析-SCI发文利器！

近年来，随着越来越多的基因组完成了测序，在数据库中形成了大量的可用资源。如何有效利用这些资源呢?

今天小编带你认识一下不测序也能发文的利器--全基因组基因家族成员鉴定与分析，该领域由于低成本、低要求、产出快的特点，发文数量逐年递增，在刚过去的2021年度就有1754篇（在NCBI的pubmed中使用genome wide of gene family关键词检索），基因家族分析正迅速成为近年来SCI的发文热点。

基因家族能发哪些期刊呢？

小编整理了近年来收录基因家族分析文章的期刊，发现大多影响因子在2-6分之间，如：Int J Mol Sci，BMC Plant Biology，BMC Genomics，PLoS ONE等期刊收录频次靠前，这些期刊多为中科院分区2区或者3区，可以满足绝大多数科研人员学科评定的发文要求。

小编挑选了一篇2021年发表在BMC Plant Biology（IF：4.215）上的杨树bZIP基因家族文章为大家做一个解读，该文章是基因家族分析的经典文章，非常具有借鉴性。

基因家族的选择

bZIP基因家族广泛存在于植物中，在调节植物生长发育和盐胁迫反应等各种生物过程中发挥着重要作用。而杨树作为干旱及半干旱地区大规模栽植的品种，对抗旱性要求极高，因此文章选择bZIP基因家族作为杨树抗旱性研究的对象。

文章主要分析内容

1、bZIP基因家族的鉴定

文章通过HMMER分析从bZIP家族中鉴定了86种蛋白质，并使用Pfam和SMART数据库来验证结果。在杨树中鉴定了86个bZIP基因家族成员，从每个成员中提取了bZIP保守结构域的氨基酸序列，并进行了多序列比对。

2、系统进化树分析

作者使用杨树和拟南芥bZIP家族成员构建物种间系统进化树，将杨树bZIP蛋白分为12个亚群。

3、基因结构分析

使用MEME分析了每个成员的内含子/外显子结构和基序组成，根据系统发育分析的结果进行聚类，从中可以观察出不同分类的基因在基因结构层面的异同点。

4、染色体定位及共线性分析

利用杨树基因组注释信息和TBtools绘制了bZIP基因家族的染色体分布图。

此外文章还探讨了杨树bZIP基因与6个代表性物种的相关基因之间的共线性关系，包括3种真双子叶植物（拟南芥、大豆和番茄）和3种单子叶植物（水稻、玉米和凤梨），探索直系同源物。

5、杨树bZIP基因的组织差异基因表达

作者使用之前已发表的转录组表达量数据，分析杨树根、茎和叶中的bZIP基因表达。为了探索bZIP基因家族响应盐胁迫的表达模式，作者基于RNA-Seq数据分析了盐胁迫前后响应基因的表达变化。发现对盐胁迫有反应的大多数基因对根有特异性，其次是叶。最后通过通过qRT-PCR验证了RNA-Seq的结果。

6、基因共表达分析

使用加权相关网络分析（WGCNA）方法和RNA-Seq数据，选取了7个代表性基因（5个组织差异表达基因和2个盐响应基因）进行了共表达分析。

为了探索这些基因可能参与的生物学过程，对上述7组共表达基因进行了基因组富集分析。结果表明，组织差异表达基因，尤其是共表达基因，主要参与次生代谢和次生代谢产物的生物合成过程。盐胁迫响应基因及其共表达基因主要参与金属离子转运和蛋氨酸生物合成的调控。

基因家族文章套路解析

这篇基因家族文章非常典型，不仅有进化树分析、基因结构分析、染色体定位及共线性分析、转录组表达模式热图等常规分析外，还进行了qPCR表达验证和基因共表达分析。如仅发一些1-2分的文章，仅需做基础的常规分析足以；如果想发3-6分的文章，则需增加如qPCR验证、基因共表达分析、蛋白互作网络分析等分析内容，或是再增加一些分子蛋白类实验验证等。

总之目前来讲基因家族发文章还是比较容易的，其分析内容大体类似，基本换一个物种或是换一个基因家族就可以“套”出一篇文章，且无需测序，用之前发表的数据就可以进行分析，成本低、产出快，是真香了！

文章链接：https://doi.org/10.1186/s12870-021-02879-w

很多想做基因家族分析的人在犹豫不决间，错过了研究物种第一次发表某个基因家族文章的机会。殊不知基因家族也是一种“稀缺资源”，一个物种上就那么多，发表一个就少一个，这种类型的文章引用率又很高，所以想做就要抓紧时间啦，集思慧远专业技术团队等您来询！