开学季|集思慧远简化基因组测序技术来助力！！

参考基因组没有？

研究大样本量？

经费也没那么多？

该是简化基因组测序技术上阵的时候啦！

       简化基因组测序是指选用合适的限制性内切酶消化目标基因组以降低基因组复杂度，减少测序序列，高性价比的开发高密度SNP的方法，操作简单，而且可以不依赖参考基因组，就能获得全基因组范围内的SNP，因而被广泛应用于群体遗传进化、遗传图谱构建&QTL定位、种质资源鉴定、分子标记开发、DNA指纹图谱构建等研究领域中。

喜迎新学期，集思慧远特推出开学季特惠活动

测序数据量的飞跃提升！！带来的是数据的利用率、标记完整度显著升高！假阳性结果下降！同时拥有更高的覆盖度！！

案例一

       基于ddRAD测序解析栽培异木棉属的遗传关系与重要园艺性状的相关性分析

       木棉具有很高的观赏价值，在热带地区广泛种植。然而，目前对栽培异木棉属的遗传背景以及重要观赏性状的遗传基础的深入研究仍非常缺乏，阻碍了异木棉属遗传改良和分子育种的研究。为了了解栽培木棉的遗传相关性和关键园艺性状的遗传基础，本研究基于中国南方栽培的153份木棉材料的ddRAD测序SNP数据集，探索其遗传相关性及其群体结构，并鉴定了与五个重要园艺性状相关的SNP和候选基因。

研究结果

1. 聚类分析表明，153份木棉材料由三个组组成：C.insignis组、C.speciosa组和杂交组。

2. GWAS分别鉴定了与花瓣颜色、花瓣条纹数、开花时间、主干形状以及茎干的刺有关的SNP。在与这些性状密切相关的SNP附近发现候选基因，这些基因可以作为后续分子育种的有效标记。

153份木棉材料的系统发育和聚类分析

153份木棉材料在混合线性模型下的GWAS曼哈顿图

案例二

       瓦氏黄颡鱼高密度遗传图谱的构建及经济性状位点的研究

       瓦氏黄颡鱼是亚洲非常受欢迎的商业物种，而一些特定性状阻碍了传统的基于表型的选择性育种的实现，如缺乏大规模的基因组资源，缺乏与生长、性别决定和耐缺氧相关性状紧密相关的标记。因此本文利用高密度遗传图谱对其经济性状相关位点进行研究。

研究结果

1. 本研究在瓦氏黄颡鱼中利用5059个ddRAD标记构建了一个长度为4047.01 cM、平均标记间隔为0.11 cM的高分辨率遗传连锁图。

2. 比较基因组显示，在瓦氏黄颡鱼和黄颡鱼之间观察到高比例(83.2%)的标记物具有一对一的对应关系。

3. 通过KASP分析发现，8个重要的全基因组QTLs（4个体重、1个身体比例、2个性别相关和1个耐缺氧）中的若干SNP与其他个体的这些表型性状相关。

4. 两个体重候选基因Sipa1和HSD11B2在快速、中等和缓慢生长的瓦氏黄颡鱼之间有差异表达。与缺氧耐受性相关的Sema7a在缺氧暴露和复氧后被诱导。

瓦氏黄颡鱼高分辨率遗传连锁图

重要经济性状的全基因组QTLs定位

显著性状相关SNP（KASP分型）

       集思慧远在简化基因组和遗传图谱的构建等技术方面有着丰富的项目经验，是国内为数不多的几家对简化基因组技术，特别是ddRAD技术有着独到的专长，同时对下游分析有积累的公司之一，是您进行群体遗传分析的可靠选择！