群体进化是通过对种内不同生存条件下的不同亚群的代表性个体进行全基因组重测序，基于群体遗传差异，分析导致不同亚群适应性进化的基因组层面的特异变化。亚群之间的遗传差异变化也能反映出各自的动态变化及相互之间的影响。对于筛选到的受选择压力作用的基因组区域，通常是重要的功能区域，对于理解功能对环境的适应有重要指导意义。

  应用领域

  人工驯化机制研究；

  自然选择机制研究；

  种群历史的研究。

  产品优势

  90个工作日即可获得全部信息分析结果；

  多种序列多样性参数（π、ZHp、ZFst、qw）分析，结果更准确；

  丰富的物种经验：鸡、油茶、含笑、鸭儿芹等。

  技术路线

  分析内容

  标准信息分析

  测序数据质量评估；

  与参考基因组比对；

  SNP、CNV检测及注释SNP检测及注释；

  高级信息分析

  构建系统进化树；

  全基因组变异图谱绘制；

  群体主成分分析；

  连锁不平衡分析；

  block分析；

  选择性清除分析；

  基因功能注释。

  样品要求

  1.样品类型：基因组DNA；

  2.样品需求量：单次2 ug；

  3.样品浓度：文库≥30 ng/μl；

  4.样品纯度：OD260/280为1.8-2.0；

  5.电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解。（距送样日最近的电泳结果）

  1.非洲稻的驯化和SNP图谱构建

  非洲稻是一种和亚洲栽培稻（水稻）亲缘关系很近的谷类作物，大约在3000年前在西非被单独驯化了。非洲稻很少生长在撒哈拉以南的非洲之外的地方，但是它对非生物胁迫的耐受性具有全球的应用价值。本文针对93个非洲稻的地方品种进行全基因组重测序，构建了一个包含2.32Mb个SNP的非洲稻变异图谱。群体遗传分析揭示了这个群体的瓶口效应现象大约出现在13000~15000年之前，而在3500年前有效群体的数量达到最低值。这表明群体数量下降时间的延长，可能是和已经出现了对非洲稻的驯化和栽培管理有关。6个耐盐指标的全基因组关联分析共发现11个显着关联的位点，其中4个的关联区间被锁定在300kb以内，被当做是适应地理环境变化的结果。

群体结构和进化分析

耐盐表型指标的GWAS及选择性清除分析

  2.家鸡不同驯化位点的野化

  野化是一种由驯化的品种再度返回到野生状态的现象，远离之前受到的限制环境因素，被认为是一种和物种驯化截然相反的进化现象。之前研究发现考艾岛的野鸡是一类高变异、高混杂的群体，本文利用全基因组测序对考艾岛野鸡的全基因组选择性清除位点进行了定位分析。检测到的选择清除位点绝大多数对于野化来说都是独特的，且不同于受驯化的位点。为了解释一些功能基因对应的表型性状，本研究在实验控制条件下，利用考艾岛野鸡群体和（红原鸡x驯化蛋鸡）杂交群体针对之前已经报道的QTL进行研究。结果表明这些受选择的基因表现出和鸡冠的大小、孵化行为及繁殖力显着相关。本研究还发现一些分别适应野生和驯化环境下的差异遗传区间，以及野鸡中一些和性别选择及繁殖相关适应性基因的证据。

考艾岛野鸡与驯化鸡/红原鸡之间的选择清除分析

受清除的功能基因对应的表型预测

  参考文献

  1. Domestication history and geographical adaptation inferred from a SNP map of African rice（Nature Genetics, 2016, IF=31.616）

  2. Feralisation targets different genomic loci to domestication in the chicken（Nature Communications, 2016, IF=11.329）