CUT&Tag (Cleavage Under Targets and Tagmentation)技术是一种新型的DNA-蛋白互作研究技术，主要用于研究转录因子或组蛋白修饰在全基因组上的结合位点。

技术原理：

在抗体引导下，cut-tag利用Tn5转座酶复合物靶向切割目的蛋白附近的DNA序列，再通过测序分析，最终鉴定转录因子的结合位点或分析组蛋白修饰的富集区域和水平差异。

应用领域：

• 转录因子结合位点研究：通过识别转录因子与DNA的结合位点，有助于深入了解基因转录起始和调控机制；
• 组蛋白修饰图谱绘制：研究特定的染色质修饰情况和丰度变化（如H3K27me3、H3K4me1等），帮助理解基因调控的表观遗传机制；
• 疾病机制研究：在肿瘤、神经退行性疾病等研究中，分析疾病相关蛋白在染色质上的异常结合，为疾病诊断和治疗提供潜在靶点；
• 类器官表观调控：可以揭示类器官发育过程中的表观遗传调控，更有助于理解疾病发生发展并开发更精准的疾病模型，有望开发药物筛选和治疗策略；
• 单细胞染色质分析：由于对样本量的需求极低，单细胞CUT&Tag能够揭示细胞群体中个体细胞的异质性及染色质状态的差异。

产品优势：

• 高信噪比，背景噪音极低，对低丰度蛋白友好；
• 高灵敏度，样本量需求低，对稀有样本友好；
• 高分辨率，能更精确定位目的蛋白结合位点；
• 实验流程短，实验可在1-2天内完成，节省时间；
• 兼容性高，可用于多种样本类型，并且抗体种类多；
• 细胞损伤程度低，能更好地保留染色质的原始状态。

CUT&Tag技术与其他技术对比：

技术路线：

分析内容：

样品要求： 

新鲜细胞：≥1*10^5个

冻存细胞：≥5*10^5个

动物组织：≥0.1g

植物组织：≥1g

真菌：≥0.3g

以上样本，最好能提供新鲜样本。无法满足的需液氮速冻，干冰寄送。

需提供ChIP级别的一抗，提供未稀释的一抗原液及说明书，以方便后续项目进行。

1. CUT&Tag、ATAC-seq、RNA-seq联合解析小麦再生的转录调控网络

研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。鉴定出转录因子TaDOF5.6和TaDOF3.4作为提高不同小麦品种转化效率的新靶点，为小麦遗传改良提供了理论基础和实用工具。

小麦再生过程中，基因表达动态与染色质开放性和组蛋白修饰关联

构建小麦再生的转录调控网络

2. RNA聚合酶I是小鼠早期胚胎发育中驱动3D基因组形成所必需的，但人类不是

该研究聚焦于RNA聚合酶I（Pol I）在小鼠和人类早期胚胎发育中对3D基因组形成的作用，通过跨物种比较揭示了染色质结构调控的物种特异性差异。通过整合RNA-seq、CUT&Tag的数据，分析Pol I的结合区域是否与染色质结构特征（如TAD边界、高频相互作用区域）存在关联，进而阐明Pol I对3D基因组结构（如TAD形成与维持）的调控机制。

结合CUT&Tag技术分析Pol I结合模式

参考文献：

1. Uncovering the transcriptional regulatory network involved in boosting wheat regeneration and transformation (Nature Plants, 2023, IF = 15.8)

2. RNA polymerase I is essential for driving the formation of 3D genome in early embryonic development in mouse, but not in human (Genome Medicine , 2025, IF =13.8)