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集思慧远客户发表《檀香激素诱导和不同组织中新的RT-qPCR参考基因的筛选与验证》

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发布时间： 2018 - 12 - 10

英文标题：Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志：Scientific Reports影响因子：IF=4.122摘要逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果，RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止，经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中，有13个候选参考基因（包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因，以及目前使用的β-actin基因）在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA）、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中，用GeNorm，NormFinder，BestKeeper，Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2，分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后，被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外，为了验证我们的结果，我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性，并将有...

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宏蛋白组揭秘健康人群肠道微生物的潜在及活跃功能

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发布时间： 2018 - 12 - 03

发表期刊：Microbiome影响因子：9.133(SCI一区)研究背景最近几年，对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成，通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本，更广泛地研究GM的功能潜力，这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明，尽管存在较大的个体间结构/组成变异，GMs仍有一组稳定的核心功能。然而，由于测序的基因不一定表达，MG不能提供可靠的信息，说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反，这类信息可以由功能宏组学收集，如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP)，它们对微扰具有较高的敏感性，因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面，特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系，为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标，在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢，氨基酸生物合成，孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少，尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息，并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析，到目前为止，还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征，这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注：从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名，女性8名)。从每个人身上采集粪便样本，同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库，以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较，并进行分类和功...

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编码和非编码RNA与蛋白结合鉴定

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发布时间： 2018 - 11 - 26

摘要全转录组范围内鉴定能与蛋白结合的RNA（RBPs），是了解转录后基因调控网络的必要条件。然而RBPs蛋白组的研究主要局限于多聚腺苷酸的RNA与蛋白的结合，对于没有ploy-A尾的RNA（主要的是非编码RNA和RNA前体）几乎都没发现。本文介绍了一种点击化学（主旨是通过小单元的拼接，来快速可靠地完成形形色色分子的化学合成。它尤其强调开辟以碳-杂原子键（C-X-C）合成为基础的组合化学新方法，并借助这些反应（点击反应）来简单高效地获得分子多样性。）辅助的RNA互作捕获策略（CARIC），能够对RBPs进行无差别鉴定，不受RNA是否具有ploy-A尾的约束。CARIC主要是利用炔基尿苷类似物对RNA进行标记，并在活体内进行RNA-protein光照交联，然后与叠氮化物生物素进行点击化学反应，亲和富集后进行蛋白组分析。利用CARIC在人的宫颈癌细胞中鉴定到597个RBPs，包括130个之前未知的RBPs。这些新发现的RBPs可能是和非编码RNA结合的，因此发现了一些之前未知的非编码RNA参与的过程（例如蛋白酶体功能和中间代谢）。材料方法实验材料：人的宫颈癌细胞，胚肾细胞；质粒构建和细胞转染：克隆宫颈癌细胞cDNA（hnRNPC，MBNL1，VDAC1，NME2），克隆质粒：VigoFect；几种已知RPBs用来验证CARIC技术成功率CARIC分离出的RNA测序：Illumina HisEq 4000 PE150；蛋白质谱检测：LC-MS/MS，Easy nLC 1000 system +Velos Pro Orbitrap Elite mass spectrometer；质谱数据分析：MaxQuant version 1.5.5.1（原始数据分析），依靠人的蛋白数据（UniProt）Andromeda search engine进行蛋白查询；CARIC RBPs验证：CLIP...

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系统药理学和3-omics分析揭示了补肺益肾方BYF对COPD长期的疗效及机制

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发布时间： 2018 - 11 - 09

前沿慢性阻塞性肺病(COPD)是一种炎性疾病，其特征在于进行性空气流量限制，并且被认为部分地由于响应于慢性空气污染物暴露(主要来自吸烟)而引起的夸大的肺部炎症。目前可用的治疗方法在很大程度上是无效的。因此，有效治疗COPD迫切需要新型的治疗药物。前期系统药理学鉴定了补肺益肾方(BYF)的195种潜在靶点，并被证实对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠有短期治疗作用。然而，对慢性阻塞性肺疾病(COPD)的长期疗效及机制尚不清楚。因此，本研究以慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠为研究对象，于第9~20周给药。然后通过转录组学-蛋白质组学-代谢组学分析第32周BYF对慢性阻塞性肺病大鼠的长期影响。材料与方法样本收集第0-8周构建COPD大鼠模型，将32只大鼠置于一个暴露于烟草和反复肺炎克雷伯菌感染的封闭的盒子里，第9-20周大鼠每日灌胃给予生理盐水(2mL)、BYF(4.44g/kg，0.5g/ml)和氨茶碱(2.3mg/kg)。检测方法转录组：Microarray(4×44K)大鼠全基因组表达谱芯片；蛋白组：8-plex iTRAQ，NanoLC-QTOF-MS；代谢组：Agilent-1200 LC-Agilent-6520 Q-TOF；数据分析Agilent GeneSpring GX software version 11.0Mascot：蛋白质鉴定Mass Hunter：代谢物鉴定SIMCA-P：PLS-DA基因、蛋白质和代谢物集富集、网络和通路分析Bingo(CytosCapev3.1.1插件)用于分析转录本和蛋白质的分子功能；DAVID和KEGG数据库对转录本和蛋白质进行途径富集分析。Metscape用于分析基因、蛋白质和代谢组学数据的整合途径；ClueGO(Cytoscape插件被用来探索基因和蛋白的分子功能。MetaboAnalyst 3.0被用来确定代谢物...

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砷暴露对小鼠肠道宏基因组和代谢谱的响应

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发布时间： 2018 - 11 - 08

砷暴露对小鼠肠道宏基因组和代谢谱的响应IF=8.3091.摘要背景：人类肠道是一个极其复杂、多样和庞大的微生物群落-肠道微生物群。肠道微生物群在代谢过程、能量产生、免疫和认知发育、上皮稳态等方面发挥着重要作用。然而，肠道微生物群的组成和多样性很容易受到外界因素的影响，这就增加了接触有毒环境化学物质导致肠道微生物群改变或失调的可能性。砷的暴露影响全世界的大量人口，并且与许多疾病有关，包括癌症，糖尿病和心血管疾病。目的：研究了砷暴露对肠道微生物组成及其代谢状况的影响。方法：采用16S rRNA基因测序和质谱代谢组学分析相结合的方法，研究砷暴露对肠道微生物群的功能影响。结果：16S rRNA基因测序结果表明，10 ppm砷暴露4周后，砷对C57BL/6小鼠肠道微生物组分有明显的干扰作用。此外，代谢组学图谱显示了一种并行效应，许多肠道菌群相关的代谢物在多个生物基质中被干扰。结论：砷的暴露不仅改变肠道微生物群落的丰度水平，而且在功能水平上也严重干扰其代谢状况。这些发现可能为肠道微生物群的微扰及其作为接触砷导致或加重人类疾病的潜在新机制的作用提供新的见解。2.材料和方法动物和处理：无特定病原体的C57BL/6雌性小鼠20只（6周龄，体重20±3g）。平均分为两组。两组小鼠在同样的环境条件下饲养，供给相同的食物和水。饲养到8周龄后，处理组：饮用水中注入无机砷（亚砷酸钠，10ppm）持续四周；对照组：依旧供给清水。在整个实验过程中，每天评估小鼠腹泻，脱水和身体状况恶化的情况。用砷4周后，用二氧化碳对小鼠实施安乐死并进行尸体剖检。对肝脏（左侧，内侧，右侧和尾状叶）和结肠（远端，横向和前期结肠）的多发区域的炎症，水肿，上皮缺损，高血浆和发育异常等指标进行评估。病理评分未显示对照组和砷治疗组小鼠之间存在任何显着差异，也未观察到体重，死亡率和食物摄入量的任何显着变化。16SrRNA测序数...

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大鼠生命历程中肠道微生物群与脑代谢组的关联研究策略

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发布时间： 2018 - 10 - 30

文章题目：A strategy for association study on intestinal microbiomeand brain metabolome across lifespan of rats.杂志：Analytical Chemistry 影响因子：IF=6.0421摘要人们越来越认识到微生物群-肠-脑轴在哺乳动物一生中对哺乳动物生长和健康的不同作用。大量研究表明，肠道微生物群及其代谢物广泛参与脑与肠的沟通。脑代谢组与肠道微生物的关联研究是一个活跃的领域，它提供了大量关于微生物、脑和肠道相互作用的信息，但数据大小和复杂的层次关系是形成重要的、可重复的结论的主要障碍。本研究采用多种分析平台和生物信息学方法，对雄性Wistar大鼠在生长过程中的脑代谢和肠道微生物群关联分析进行了两级策略的研究。轨迹分析表明，与年龄相关的脑代谢组和肠道微生物在总体变化模式上具有相似性。四个高水平分类的相关对“代谢类型—细菌门”包含“脂质-螺旋菌”、“游离脂肪酸-厚壁菌门”、“胆汁酸-厚壁菌门”、“神经递质-拟杆菌门”在单元-多元相关分析和功能分析的基础上被筛选出。进一步鉴定了上述高水平关键对中的四组特异性“代谢产物-细菌”关联对。通过一项独立的动物研究验证了关键相关对的有效性。这种两级策略有效地识别了从系统多组学研究中获得的大数据集中的主要相关性，加深我们对大脑和肠道之间终生联系的理解。材料与方法动物材料：正常生长实验取出生后第1、3、7、12、24、56、111周的雄性大鼠全脑和肠内容物，每组6只，共42只。在限制饮食验证实验中，12只雄性大鼠(4周龄)被喂食3周，然后6只(随机选择)饲喂Libitum，其余6只饲喂60%的Libitum 5周...

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Hot News / 热点新闻

梅山猪重测序揭示基因组变异及受选择区域

2018 - 06 - 20

查看： 70

摘要梅山猪是中国的一种本土品种，因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性，但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域（马家浜和梁祝文化之间）的梅山猪具有独特的驯化历史，其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集，IGF1R可能与梅...

Miseq测序仪

2016 - 05 - 13

查看： 170

平台概况：MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术，它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪，每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构，能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性，这让MiSeq成为快速高效的测序平台，适合广泛的应用。 MiSeq特性：·现有NGS平台中最短的实验...

与小麦抗白粉病基因 Pm48 紧密连锁分子标记的开发

2016 - 03 - 24

查看： 96

摘要：Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因，利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列，开发了 STS 标记 Xmp931，转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936；同时，利用粗山羊草基...

PacBio RS II测序仪

平台概况：PacBio RS测序仪是美国Pacific Biosciences 公司在2011年正式发售的第三代测序系统。并于2013年4月推出了新版本PacBio RS II。该款的单分子实时（SMRT）DNA测序系统能带来行业最高的一致准确性和最长的读长，且通量较之前的版本增加一倍。基于革命性的SMRT测序技术，PacBio RS II的平均读长达5,000 bp，最长读长超过20,000 bp。此系统提供了简单快速、端对端的SMRT测序流程，适合传染病、微生物、农业和复杂遗传病的研究。它让科学家能够快速经济地完成基因组组装、揭示并了解表观基因组，以及鉴定基因组变异。PacBio RS II，可同时观察的测序反应数量增加一倍，这有效提高了系统通量。读取数量的增加将推动新的应用，如全长cDNA分析和全长16S宏基因组学。PacBio RS II特有PacBio的C2和XL试剂，自动de novo组装的新型分析软件。一致准确性提高到99.999%（Q50），平均读长增加4倍，以及DNA起始量降低10倍。适用范围：全长转录组测序基因组Denovo测序泛基因组测序16S全长扩增等

发布时间: 2016 - 05 - 13

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NextSeq 500

平台概况：源自行业领先的Illumina新一代测序（NGS）产品线，NextSeq500系统可同时提供高通量的测序能力，以及桌面式测序系统的操作便捷性。它的快速、一体化、从样本到结果的便捷流程，可以在一次运行中实现快速的外显子组、全基因组和转录组测序，同时还可以根据需要调节到较低的测序通量。此系统无需其他特定的配套设备，即可整合入研究实验室，Illumina的科学家可在全过程的每一步提供支持，使得研究者可以专注于获得突破性的发现。NextSeq 500则旨在以MiSeq的大小提供HiSeq的性能。集高通量测序的性能和台式测序仪的简约为一体，是目前唯一一款可实现外显子组、转录组和全基因组测序的台式测序仪。它可在两种模式下开展测序实验：高产量（High Output）和中等产量（Medium Output），在单次运行中可获得20-120 Gb的数据，为您带来广泛的应用灵活性。与MiSeq一样，NextSeq 500的整个流程也非常简单。制备好的文库可直接上样到系统。整合的簇生成实现了单分子的自动化克隆扩增。产生的DNA簇在NextSeq 500系统上测序，利用Illumina边合成边测序（SBS）技术及专利的可逆终止子原理。凭借成熟的SBS技术，NextSeq 500系统带来了行业领先的测序准确性，其中75%以上的测序碱基都高于Q30。性能参数：应用高通量流动...

发布时间: 2016 - 05 - 13

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HiSeq X Ten

平台概况:HiSeq X Ten只有一个应用—人类基因组重测序。能在一天时间内产生600G数据，足以得到5个人类的基因组；或是在不到三天的时间里产出1.8T数据。 HiSeq X Ten采用了新的芯片技术，提高了cluster的密度，大大压缩了测序周期。目前HiSeq采用的flow cell上，cluster是随机产生排布的；而HiSeq X Ten的clusters在nanowells中产生，有固定的精确位置。通过这个技术改进，可以得到更多的数据，同时图像处理也更为简便。这个测序仪配备了双向扫描，能把扫描速度提升6倍，同时还采用了新的软件处理大数据量，快速的双端测序转变，以及新的聚合酶。 HiSeq X Ten优势：HiSeq X Ten是有史以来大的测序平台，专为群体规模的人类基因组测序而设计。此平台包括10台超高通量的测序仪，每年可完成18,000个基因组的测序。HiSeq X Ten能够带来1000美元的人类基因组，让人类全基因组的测序比以往任何时候都更加经济和方便。群体规模研究：HiSeq X Ten是寻求推动基因组科学向前发展的基因组中心、合作者或国家的理想选择。凭借无以伦比的速度和通量，HiSeq X Ten为群体规模的人类基...

发布时间: 2016 - 05 - 13

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HiSeq 3000HiSeq 4000测序系统

平台概况：HiSeq 3000/HiSeq 4000测序系统是illumina公司于2015年1月新推出的两款测序系统。HiSeq 3000和4000系统是基于HiSeq 2500系统，并利用了为HiSeq X Ten系统而开发的patterned流动槽技术。其中hiseq3000采用单流动槽，Hiseq4000采用双流动槽。HiSeq 4000系统提供了最高的通量和每个样品的最低价格，适合广泛的应用。而单流动槽的HiSeq 3000系统则享有同样的低价格和快速运行时间。HiSeq 4000的能够在3.5天内测序12个基因组、100个转录组或180个外显子组；同时读长更长，2×150bp的超长读长，能获得更佳的序列拼接效果； HiSeq 3000通量为HiSeq 4000的一半。性能参数：HiSeq 3000HiSeq 4000每次运行流动槽数11/2数据产出2×150bp2×75bp1×50bp 630-750 Gb315-375 Gb105-125 Gb 1300-1500 Gb650-750 Gb215-250 GbCluster Passing Filter (Single Reads)2.1-2.5 billion4.3-5billion高于Q30的碱基＞75%＞75%每日数据产出＞200 Gb＞40...

发布时间: 2016 - 05 - 13

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