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南京集思慧远客户发表--宝华玉兰的完整质体基因组及其与木兰科植物的遗传比较

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发布时间： 2019 - 01 - 29

小基因组测序，等待您的加入！客户发表文章：”The Complete Plastid Genome of Magnolia zenii and Genetic Comparison to Magnoliaceae species“ 壹俺们很优秀，无奈太低调，悄悄告诉您，俺们公司客户叶绿体文章又有一篇发表啦！集思慧远带着自主研发的叶绿体组装软件为您科研道路上添砖加瓦！下面小编就带您看看，一篇叶绿体文章如何造就！贰宝华玉兰的完整质体基因组及其与木兰科植物的遗传比较 IF=3.098宝华玉兰是一种极度濒危物种，仅存于中国江苏省宝华山有18棵。关于它的分子生物学的信息很少，直到现在还没有对宝华玉兰进行质体基因组研究。本文通过对宝华玉兰(Magnolia Zenii)的完整叶绿体基因组进行测序组装，鉴定SSR，并通过对近缘物种基因组结构和序列数据的比较分析，揭示了5个突变热点，对今后木兰科的系统发育和进化研究具有重要意义。这篇文章的研究内容如下：1、叶绿体基因组组装宝华玉兰基因组长160,048 bp，GC含量为39.2%，包括一对26,596 bp的反向重复区（IRA和IRB），一个大单拷贝区（LRC）88,098 bp，一个小单拷贝区（SSC）18,757 bp.2、木兰科物种叶绿体基因组比较分析用28种木兰科物种和2种鹅掌楸的叶绿体基因组进行序列比对。宝华玉兰的叶绿体基因组放...

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全球油菜资源基因组重测序GWAS揭示不同生态型分化遗传基础

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发布时间： 2019 - 01 - 28

摘要油菜是一种重要的油料作物，为了适应不同的气候带和纬度，形成了三种主要的生态型（冬性，半冬性，春性）。这些生态型多样性背后的遗传机制目前还是未知的。本研究这对收集的世界各地的991份资源品种进行全基因组重测序并分析了这些资源的遗传多样性。测序结果分别和油菜“Darmor-bzh”，“Tapidor”基因组比对鉴定到5.56M/5.53M SNPs，1.86M/1.92M Indels。文章通过构建等位基因漂变图揭示主要群落的，利用遗传多样性和连锁不平衡参数研究了甘蓝型油菜两个亚基因组的非对称进化。选择性清除分析表明了调控各种植物发育和胁迫的直系同源基因间的遗传多样性。全基因组关联分析发现在FT和FLC同源基因的启动子区域的SNP，符合不同生态型的油菜。材料方法实验材料：来自39个国家，658种冬性、145种半冬性、188种春性油菜。测序策略：Illumina HiSeq Xten PE150，共7.9T（平均测序深度6.6X）。油菜参考基因组：‘‘Darmor-bzh’’ genome (B. napus v4.1 genome)，‘‘Tapidor’’genome。系统发育分析：MEGA5.2（NJ树，Kimura 2-parameter model）；LD分析：PLINK，群体结构：ADMIXTURE；PCA：EIGENSOFT（smartPCA）。SNP重组率计算：R package FastEPRR；等位基因漂移分析：TREEMIX，基因流画图：R package ggplot2。选择性清除：PopGenome（Fst），XP-CLR；关联分析：TASSEL（MLM）。研究结果1、991份油菜资源群体结构和遗传变异A/B.991份油菜资源全球分布情况及对应三种生态型；C.991份材料的系统进化分析（与油菜生态型大致相同）；D.群体主成分分析，PC1能够区分冬性和半...

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综合转录-代谢组学分析揭示了收获草莓果实在短期内暴露于高浓度二氧化碳后的细胞反应

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发布时间： 2018 - 12 - 13

发表期刊：Postharvest Biology and Technology影响因子：IF=3.112（SCI二区）研究背景草莓(Fragaria×ananassa Duch.)由于其独特的风味和多汁的质地，是一种在世界范围内广受欢迎的园艺作物。它是维生素C和抗氧化剂的良好来源，但由于软化快、机械损坏、真菌腐烂和采后代谢迅速，很容易腐烂。在6℃贮藏1d后，草莓果实中的蔗糖水平由于快速的采后代谢而达到无法检测的水平。虽然草莓品种的贮藏期不同，但平均贮藏期通常只有3-5d。先前研究报道了CO2诱导的生理和机械变化，收获后，草莓果实中含有较高水平的二氧化碳（CO2）以提高可储存性。暴露于20％CO2中12或48h的草莓果实比在环境空气中贮藏3d的水果更结实。高浓度的二氧化碳会影响细胞壁钙的结合，提高果实的硬度。为了深入了解高浓度CO2在分子和生化水平上的影响，多学科方法是必要的。整合基因组学、蛋白质组学和代谢组学将有助于更好地理解植物对外界刺激的全面定性和定量反应。尽管对草莓果实采后对高CO2的响应进行了研究，但对细胞反应的全面了解仍不甚清楚。本研究联合转录组学和代谢组学方法来研究分子和细胞反应，将收获的草莓果实短期暴露于30％CO2，以全面了解改善的果实耐贮性。材料与方法01植物材料与CO2处理草莓于80%红色收获，收获后，果实立即运往实验室。选择大小和颜色一致的果实作为试验材料。分组：0D：环境空气0h(收获后立即)1D：3h环境空气处理后1d1DT：3h 30%CO2处理后1d 02硬度测定随机抽取3个重复容器中的10个草莓果实进行硬度测定(n=30)，经硬度测定后丢弃。采用CT-3纹理分析仪进行硬度测量。用直径为100mm、速度为2mm、应变为5mm、直径为100 mm的平板探针，在果实赤道面测量果实硬度(N)。草莓果实表面微生物...

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集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》

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发布时间： 2018 - 12 - 13

集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》英文标题：Comparative transcriptome analysis of roots, stems and leaves Isodon amethystoides reveals candidate genes involved in Wangzaozins biosynthesis杂志：BMC PLANT BIOLOGY影响因子：IF=3.930摘要王枣子是一种重要的中药植物，具有治疗多种疾病的药理作用，包括肺结核。四环二萜类化合物王枣子素(王枣子甲素Wang zaozin A，王枣子乙素GlucocalyxB)是王枣子的主要生物活性化合物。然而，关于这些化合物生物合成的分子信息仍然不清楚。通过对王枣子中王枣子素积累水平的研究，发现该植物的根、茎和叶组织有很大的变化，表明不同组织间代谢产物生物合成和积累的可能存在差异。为了更好地阐明四环二萜生物合成途径，我们对根、茎和叶组织进行转录组测序，并进行了de novo序列组装和分析。分析了与二萜类生物合成有关的候选基因，如CPS、KSL等。用qRT-PCR方法对8种涉及四环二萜类生物合成的转录本在王枣子不同组织中的表达谱进行了验证，解构该通路的基因表达谱。ISPD、ISPF和ISPH(MEP途径)以及IaCPS和IaKSL(二萜类途径)候选基因在叶片和根中的差异表达，可能是造成王枣子叶片中王枣子素积累较高的原因之一。本文报道的基因组数据和分析为进一步研究这一重要药用植物奠定了基础。材料与方法植物材料：一年生健康王枣子个体的根、茎、叶（3个重复）王枣子素的提取与鉴定（靶标代谢）：种类：王枣子甲素、王枣子乙素和王枣子丙素 &...

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集思慧远客户发表《檀香激素诱导和不同组织中新的RT-qPCR参考基因的筛选与验证》

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发布时间： 2018 - 12 - 10

英文标题：Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志：Scientific Reports影响因子：IF=4.122摘要逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果，RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止，经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中，有13个候选参考基因（包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因，以及目前使用的β-actin基因）在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA）、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中，用GeNorm，NormFinder，BestKeeper，Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2，分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后，被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外，为了验证我们的结果，我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性，并将有...

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宏蛋白组揭秘健康人群肠道微生物的潜在及活跃功能

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发布时间： 2018 - 12 - 03

发表期刊：Microbiome影响因子：9.133(SCI一区)研究背景最近几年，对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成，通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本，更广泛地研究GM的功能潜力，这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明，尽管存在较大的个体间结构/组成变异，GMs仍有一组稳定的核心功能。然而，由于测序的基因不一定表达，MG不能提供可靠的信息，说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反，这类信息可以由功能宏组学收集，如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP)，它们对微扰具有较高的敏感性，因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面，特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系，为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标，在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢，氨基酸生物合成，孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少，尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息，并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析，到目前为止，还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征，这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注：从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名，女性8名)。从每个人身上采集粪便样本，同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库，以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较，并进行分类和功...

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Hot News / 热点新闻

Miseq测序仪

2016 - 05 - 13

查看： 198

平台概况：MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术，它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪，每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构，能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性，这让MiSeq成为快速高效的测序平台，适合广泛的应用。 MiSeq特性：·现有NGS平台中最短的实验...

与小麦抗白粉病基因 Pm48 紧密连锁分子标记的开发

2016 - 03 - 24

查看： 129

摘要：Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因，利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列，开发了 STS 标记 Xmp931，转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936；同时，利用粗山羊草基...

梅山猪重测序揭示基因组变异及受选择区域

2018 - 06 - 20

查看： 95

摘要梅山猪是中国的一种本土品种，因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性，但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域（马家浜和梁祝文化之间）的梅山猪具有独特的驯化历史，其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集，IGF1R可能与梅...

PacBio RS II测序仪

平台概况：PacBio RS测序仪是美国Pacific Biosciences 公司在2011年正式发售的第三代测序系统。并于2013年4月推出了新版本PacBio RS II。该款的单分子实时（SMRT）DNA测序系统能带来行业最高的一致准确性和最长的读长，且通量较之前的版本增加一倍。基于革命性的SMRT测序技术，PacBio RS II的平均读长达5,000 bp，最长读长超过20,000 bp。此系统提供了简单快速、端对端的SMRT测序流程，适合传染病、微生物、农业和复杂遗传病的研究。它让科学家能够快速经济地完成基因组组装、揭示并了解表观基因组，以及鉴定基因组变异。PacBio RS II，可同时观察的测序反应数量增加一倍，这有效提高了系统通量。读取数量的增加将推动新的应用，如全长cDNA分析和全长16S宏基因组学。PacBio RS II特有PacBio的C2和XL试剂，自动de novo组装的新型分析软件。一致准确性提高到99.999%（Q50），平均读长增加4倍，以及DNA起始量降低10倍。适用范围：全长转录组测序基因组Denovo测序泛基因组测序16S全长扩增等

发布时间: 2016 - 05 - 13

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NextSeq 500

平台概况：源自行业领先的Illumina新一代测序（NGS）产品线，NextSeq500系统可同时提供高通量的测序能力，以及桌面式测序系统的操作便捷性。它的快速、一体化、从样本到结果的便捷流程，可以在一次运行中实现快速的外显子组、全基因组和转录组测序，同时还可以根据需要调节到较低的测序通量。此系统无需其他特定的配套设备，即可整合入研究实验室，Illumina的科学家可在全过程的每一步提供支持，使得研究者可以专注于获得突破性的发现。NextSeq 500则旨在以MiSeq的大小提供HiSeq的性能。集高通量测序的性能和台式测序仪的简约为一体，是目前唯一一款可实现外显子组、转录组和全基因组测序的台式测序仪。它可在两种模式下开展测序实验：高产量（High Output）和中等产量（Medium Output），在单次运行中可获得20-120 Gb的数据，为您带来广泛的应用灵活性。与MiSeq一样，NextSeq 500的整个流程也非常简单。制备好的文库可直接上样到系统。整合的簇生成实现了单分子的自动化克隆扩增。产生的DNA簇在NextSeq 500系统上测序，利用Illumina边合成边测序（SBS）技术及专利的可逆终止子原理。凭借成熟的SBS技术，NextSeq 500系统带来了行业领先的测序准确性，其中75%以上的测序碱基都高于Q30。性能参数：应用高通量流动...

发布时间: 2016 - 05 - 13

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HiSeq X Ten

平台概况:HiSeq X Ten只有一个应用—人类基因组重测序。能在一天时间内产生600G数据，足以得到5个人类的基因组；或是在不到三天的时间里产出1.8T数据。 HiSeq X Ten采用了新的芯片技术，提高了cluster的密度，大大压缩了测序周期。目前HiSeq采用的flow cell上，cluster是随机产生排布的；而HiSeq X Ten的clusters在nanowells中产生，有固定的精确位置。通过这个技术改进，可以得到更多的数据，同时图像处理也更为简便。这个测序仪配备了双向扫描，能把扫描速度提升6倍，同时还采用了新的软件处理大数据量，快速的双端测序转变，以及新的聚合酶。 HiSeq X Ten优势：HiSeq X Ten是有史以来大的测序平台，专为群体规模的人类基因组测序而设计。此平台包括10台超高通量的测序仪，每年可完成18,000个基因组的测序。HiSeq X Ten能够带来1000美元的人类基因组，让人类全基因组的测序比以往任何时候都更加经济和方便。群体规模研究：HiSeq X Ten是寻求推动基因组科学向前发展的基因组中心、合作者或国家的理想选择。凭借无以伦比的速度和通量，HiSeq X Ten为群体规模的人类基...

发布时间: 2016 - 05 - 13

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HiSeq 3000HiSeq 4000测序系统

平台概况：HiSeq 3000/HiSeq 4000测序系统是illumina公司于2015年1月新推出的两款测序系统。HiSeq 3000和4000系统是基于HiSeq 2500系统，并利用了为HiSeq X Ten系统而开发的patterned流动槽技术。其中hiseq3000采用单流动槽，Hiseq4000采用双流动槽。HiSeq 4000系统提供了最高的通量和每个样品的最低价格，适合广泛的应用。而单流动槽的HiSeq 3000系统则享有同样的低价格和快速运行时间。HiSeq 4000的能够在3.5天内测序12个基因组、100个转录组或180个外显子组；同时读长更长，2×150bp的超长读长，能获得更佳的序列拼接效果； HiSeq 3000通量为HiSeq 4000的一半。性能参数：HiSeq 3000HiSeq 4000每次运行流动槽数11/2数据产出2×150bp2×75bp1×50bp 630-750 Gb315-375 Gb105-125 Gb 1300-1500 Gb650-750 Gb215-250 GbCluster Passing Filter (Single Reads)2.1-2.5 billion4.3-5billion高于Q30的碱基＞75%＞75%每日数据产出＞200 Gb＞40...

发布时间: 2016 - 05 - 13

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