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    发布时间: 2017 - 12 - 21
    摘要低剂量的、不会杀死细胞的辐射处理会对病理学的临床表现造成强烈的影响,包括微生物和宿主基因表达的变化。尽管肠道微生物对维持人类身体健康的必要性已经广为人知,但是辐射对微生物群落的改变机理仍然了解的很少。本研究将小鼠暴露在高LET(线性能量传输)辐射下,观察肠道微生物组分和功能的潜在变化。同时发现多种与酶的活性相关的代谢物丰度也发生了显著的变化。分析结果表明在不同剂量的辐射下微生物和代谢物的组分会发生动态变化,这可能是由于不同辐射剂量对微生物生态与宿主细胞损伤修护过程中的信号互作的影响产生的结果。除了微生物的群落结构发生变化外,一系列和微生物特异酶促反应相关的通路活性也发生了变化,包括碳水化合物的消化和吸收以及脂多糖的生物合成等,而响应辐射剂量变化的如磷脂酰肌醇信号通路会影响特定生物学分类微生物的丰度。材料方法6个月大的雄性小鼠,16O (600 MeV/n)四种辐射剂量(空白对照、0.1、0.25、1Gy)处理(每种处理各10只小鼠);测序平台:Illumina HiSeq 2500,16S rRNA V4(F515/R806);微生物种类丰度、多样性分析:QIIME;α多样性分析:Faith’s phylogenetic diversity metric (PD);β多样性分析:PCoA(非加权UniFrac距离);16S rRNA测序样品的KO功能注释:PICRUSt;小鼠粪便代谢组:UPLC-ESI-QTOF-MS;代谢物鉴定数据库:Metlin,HMDB(一级质谱);mass tolerance thresholds:1-7.5ppm。(质荷比误差范围);代谢网络互作图:内部脚本(通过计算所有微生物可能的得分);代谢物网络模型:依靠KEGG数据库中的不可逆酶活反应(KEGG REST API);研究结果1、小鼠在不同剂量LET辐射下粪便中微生物的变化a.不同剂量辐...
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    发布时间: 2017 - 12 - 18
    东方粘虫中甲壳素合酶A的鉴定和功能分析几丁质是最常见的氨基多糖,广泛分布于真菌,线虫和节肢动物。在昆虫和其他节肢动物中,几丁质是表皮外骨骼和一些内部结构的重要组成部分。通过控制几丁质的合成和降解,可以控制这些生物体的生长,发育和生命。甲壳素生物合成途径涉及8个关键调控酶,最后一步是甲壳素合成酶(CHS),其他包括海藻糖和己糖激酶。Mythimna separata(Walker)属于鳞翅目,夜蛾科,寄主于麦,稻,栗,玉米等禾谷类植物,以幼虫食叶,大发生是可将作物叶片全部食光,造成严重损失。因其群聚性、迁飞性、杂食性、暴食性,成为重要的农业害虫。利用RNAi技术结合转录组测序和蛋白组学技术阐述甲壳素合酶A对东方粘虫生长发育的调控。                                                                                                01  材料与方法转录组学测序平台:Hiseq 2500蛋白质组学检测平台:HPLC分级分离和LC-MS/MS  02  结果与分析2.1 MysCHSA cDNA的分离和鉴定MysCHSA全长序列为4,759bp(GenBank登录号:KT...
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    发布时间: 2017 - 12 - 11
    目前,在非靶向代谢组学中往往检测到许多未知峰,这在很大程度上是由于可获得的公共质谱库与6800多万种已知化合物的化学领域相比仍然非常小。虽然NIST和Wiley数据库已经以标准化的方式系统地收集了GC-MS谱图,30多年的时间已经超过了267,000种独特的化合物,只有约40%的可检测峰能够在典型的代谢组学中被识别。这类代谢组学的暗物质可以解释为:(a)缺乏酶转化的知识,包括底物混杂;(b)由于自发反应或酶错误引起的代谢损伤;(c)外部化合物的明显特征,例如来自环境来源;(d)物种共同体的代谢影响,如肠道微生物群;(e)在分析方案中形成化学伪像。最近,新型术语“epimetabolite”认为包括通过在生物系统中获得生理功能的酶转化而修饰的代谢物,类似于受翻译后修饰影响的蛋白质。识别代谢物的策略旨在同时研究多个研究以减少重要(功能)未知物的数量,包括跨物种分析。一旦确定了这些未知物的来源,相关性和特异性,就可以使用精确的质谱和化学信息学工具来注释和验证化学结构。Figure 1 A workflow for the functional and structural identification of unknown metabolites.图1 功能和结构鉴定未知代谢物的工作流程在这里提出了一个统一的功能和结构注释未知的代谢产物的方法流程(如图1)。BinBase是基于GC-MS的大型非靶向代谢组学数据库,涵盖了1,561项研究,包括114,795个样品。迄今为止已经发现了9,563种独特的代谢物;通过与标准质谱库比较,已经鉴定了其中的1,020个,并且256个已知的化学物质。为了查询每个代谢物的生物元数据,开发了BinVestigate (http://binvestigate.fiehnlab.ucdavis.edu/),该工具...
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    发布时间: 2017 - 12 - 01
    通过拟南芥myb28/29和cyp79B2/B3硫代葡萄糖苷突变体的蛋白质组学和代谢组学揭示硫代葡萄糖苷分子网络中的新节点和边缘芥菜中的硫代葡萄糖苷是植物次级代谢产物,以其在动物和人类中具有强烈的抗致癌活性而闻名。在植物防御和与环境的相互作用中发挥着重要的作用。利用在硫代葡萄糖苷生物合成中重要基因的拟南芥突变体基于定量蛋白质组学和代谢组学研究鉴定出许多与硫代葡萄糖苷代谢有关的蛋白质和代谢物。这项研究为硫代葡萄糖苷代谢分子网络提供了一个全面的见解,并将有助于提高作物防御和营养价值而进行的硫代葡萄糖苷分布的工程和育种。1材料与方法1. 样品采集收集5周龄的WT,myb28/29和cyp79B2/B3双重突变体的叶片用液氮速冻并置于-80℃下保存。2. 硫代葡萄糖苷的含量分析从20mg种子或200mg新鲜叶子中提取硫代葡萄糖苷,并脱磺酸化。将其冻干分别置于100μl和60μl水中重新溶解种子和叶样品。利用HPLC系统分离在229nm处监测峰。3. iTRAQ标记定量蛋白组学从500mg WT,myb28/29和cyp79B2/B3的叶中提取蛋白质。检测平台:Q-Exactive Plus MS;使用Proteome Discoverer 1.4进行蛋白质鉴定并进行生物信息学分析。4. 代谢组学分析每个生物重复35 mg干重。检测平台:GC-MS, UPLC-MS/MS。2结果与分析2.1myb28/29和cyp79B2/B3突变体的分子特性,形态和化学表型myb28/29中的T-DNA插入位点在MYB28的启动子区域的起始密码子之前182bp处和在MYB29的5'非翻译区启动密码子之前10bp处(图1A)。在cyp79B2/B3中,T-DNA插入位点在CYP79B2第二外显子起始密码子后1509bp和CYP79B3内含子起始密码子后1365(图1A)。来自突变体扩增的D...
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    发布时间: 2017 - 11 - 21
    11月16-19日,中国植物病理学会第十三届青年学术研讨会在扬州会议中心成功举行。研讨会由中国植物病理学会青年委员会主办,扬州大学、江苏省植物病理学会及江苏省农业科学院植物保护研究所联合承办。来自中国科学院、中国农科院、西北农林科技大学、中国农业大学、南京农业大学、华中农业大学及我校等50个单位的270余位代表参加会议。  国家自然科学基金委生命科学部处长罗晶全程参与研讨会,并在开幕式上对青年人才如何开好题、做好科研提出了指导性意见。西北农林科技大学、南京农业大和华中农业大学等科研院所的5名教育部长江学者特聘教授、国家杰出青年基金获得者和近20位全国“青年千人计划”获得者、全国“优秀青年基金”获得者分别作了学术报告。与会代表就卵菌、真菌、病毒、细菌、线虫及其所致病害和防控等领域最新进展进行了深入研讨。集思慧远作为本次会议的主要赞助商之一,全程参与了学习,并且同各高校老师及学生代表就高通量测序技术及组学技术的迅速发展及其对植物病理的影响进行了深入的交流和探讨,并加大对公司的宣传力度。     集思慧远是一家专业致力于将高通量测序技术与农、林、牧、渔及医药行业等结合,通过分子生物学和生物信息学的手段,为各行业的科研、育种、生产实践及医疗诊断提供技术服务。
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    发布时间: 2017 - 11 - 10
    水稻水稻是禾本科,稻属植物,所结子实即稻谷,去壳后称大米。作为一种重要的粮食作物,世界上有将近一半人口,包括几乎整个东亚和东南亚的人口,都以稻米为食。本研究以不耐盐的栽培稻和耐盐野生稻为亲本,培育出耐盐子代。运用RNA-seq和QTL定位联合分析,寻找耐盐基因。摘要土壤含盐量是一个影响作物产量的常见非生物因素。为了从野生稻中找到增强水稻耐盐的基因,用来自湖南茶陵的野生稻作为供体,用栽培种93-11作为受体培育了一系列渐渗系(ILs)。通过评估285个ILs在幼苗阶段的耐盐性,发现了一个耐盐IL:9L136。在染色体1,5,7和9~12号上发现了10个与耐盐相关的QTL,每个QTL能引起2~8%的表型变化。来自野生稻等位基因的4个QTL改善了93-11栽培种的耐盐性。材料与方法1、研究材料的培育2、表型评估选取回交亲本93-11和285个 IL的种子消毒后在30度条件下萌发2天,选取萌发后大小相同的幼苗转移到培养液中,生长14天后,每个株系选取10棵幼苗转移到含有125 mM NaCl的培养液中,盐处理9天后,取出恢复7天,统计存活率和耐盐等级(STS)。耐盐等级(STS)如下:等级0:幼苗死亡或接近死亡;等级1:幼苗生长显著抑制,存活率低于20%;等级2:幼苗生长受到抑制,存活率在 20~~40%;等级3:幼苗正常生长,存活率在40~~60%;等级4:幼苗正常生长,存活率在60~~80%;等级5:幼苗正常生长,存活率在80~~100%3、生理指标的测定测定6个与非生物胁迫相关的生理学指标:脯氨酸、可溶性和丙二醛糖含量,SOD,CAT和POD酶的活性。将回交亲本93-11和较强耐盐性的9L136株系放入125 mM NaCl 培养液中,在以下时间点迅速取样(0,1,2,3,4天),然后测定生理指标,每个实验重复3次。4、RNA-seq分析回交亲本93-11和渐渗株系9L136...
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Hot News / 热点新闻
2016 - 05 - 13
查看: 215
平台概况:MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术,它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构,能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性,这让MiSeq成为快速高效的测序平台,适合广泛的应用。 MiSeq特性:·现有NGS平台中最短的实验...
2016 - 03 - 24
查看: 148
摘 要:Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因,利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列,开发了 STS 标记 Xmp931,转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936;同时,利用粗山羊草基...
2018 - 06 - 20
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摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅...
平台概况:HiSeq 3000/HiSeq 4000测序系统是illumina公司于2015年1月新推出的两款测序系统。HiSeq 3000和4000系统是基于HiSeq 2500系统,并利用了为HiSeq X Ten系统而开发的patterned流动槽技术。其中hiseq3000采用单流动槽,Hiseq4000采用双流动槽。HiSeq 4000系统提供了最高的通量和每个样品的最低价格,适合广泛的应用。而单流动槽的HiSeq 3000系统则享有同样的低价格和快速运行时间。HiSeq 4000的能够在3.5天内测序12个基因组、100个转录组或180个外显子组;同时读长更长,2×150bp的超长读长,能获得更佳的序列拼接效果; HiSeq 3000通量为HiSeq 4000的一半。 性能参数:HiSeq 3000HiSeq 4000每次运行流动槽数11/2数据产出2×150bp2×75bp1×50bp 630-750 Gb315-375 Gb105-125 Gb 1300-1500 Gb650-750 Gb215-250 GbCluster Passing Filter (Single Reads)2.1-2.5 billion4.3-5billion高于Q30的碱基>75%>75%每日数据产出>200 Gb>40...
发布时间: 2016 - 05 - 13
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平台概况:HiSeq 2500系统是Illumina第一台特有两种运行模式的测序系统,包括快速和高通量两种模式,可使用一个或两个flowcells,具有很强的灵活和可扩展性。使用HiSeq v2试剂进行快速运行模式,可将读长提高到2x250 bp,快速模式提供更加快速的结果、数量有限样品的高效处理,以及更长的末端配对读取,这带来了更深度的覆盖,并改善de novo应用的组装。 性能参数:性能参数高产量模式快速运行模式读长(bp)2×1002×1002×150产量(Gb)~600~120~180运行时间~11天~27小时~39小时高于Q30的碱基>80%>90%>75%通过过滤的读取>90%>90%>90%流动槽数量222通过/流动槽822簇生成cBot一体化一体化适用范围: 1. 基因组de novo测序2. 基因组重测序3. 转录组测序4. 小RNA测序5. ChIP-Seq测序6. 甲基化测序
发布时间: 2016 - 05 - 13
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产品概况:NanoDrop 2000 超微量紫外 /可见分光光度计 是NanoDrop的最新产品,应用液体的表面张力特性,样品体积只需要0.5~2ul,在检测台上,经上下臂的接触拉出固定的光径达到快速、微量、高浓度、免石英管、免毛细管等耗材检测吸收值的优点。NanoDrop 2000使用高能量氙灯(pulsed xenon flash lamp)可提供190~840nm的全光谱检测,且不需要暖机,开机后立即使用。搭配高感度CCD array检测器,检测吸收值可高达300Abs(dsDNA浓度2~15000ng/ul),大部分纯化后的核酸几乎都不需要稀释即可检测。
发布时间: 2016 - 05 - 13
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