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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    客户发表文章RNA-seq分析揭示穿心莲种子萌发过程中激素代谢和信号转导的关键作用穿心莲是东南亚广泛应用的一种传统药用植物,其提取物通常用于治疗肝炎和糖尿病以及炎症,认知和精神疾病。一般来说,这种植物是由种子繁殖的,但是种子的萌发是高度可变的。不可靠的发芽使种植变得更困难、效率更低、生产力更低。了解控制发芽的因素将使种植者能够设计提高种植效率的方法。本研究采用高通量测序法(RNA-seq)分析了穿心莲种子萌发过程中三个时间点即播种后0、28和48h的转录组变化。转录组比较分析表明,大多数变化发生在萌发的早期阶段。GO和KEGG通路分析表明,差异表达基因主要涉及丁酸盐、半乳糖、甘油磷脂和碳代谢,以及植物激素信号转导。在萌发过程中,赤霉素、脱落酸、乙烯代谢和信号转导相关基因的表达水平发生显著变化。qRT-PCR分析证实了相关基因的转录表达水平,这意味着激素代谢和信号转导在穿心莲种子萌发中的重要作用。本研究首次全面概述了与穿心莲种子萌发相关的基因表达,为进一步研究种子萌发的分子调控机制提供了转录组数据。材料与方法材料广西省贵港市地区的成熟植物中获得了健康的穿心莲。选择成熟的(黄褐色)种子,使其大小一致。种子初始含水量为11.6%,千粒重为1.1080 g。种子发芽测定:在37°C条件下,用恒温培养箱将种子浸泡于蒸馏水中,打破休眠。用75%(v/v)乙醇洗涤45s左右,再用0.1%(w/v) HgCl2浸泡5min。然后,用蒸馏水洗三次后,将种子撒在培养皿中的滤纸上。每盘播种100粒种子,每组4粒。所有样品均在实验室的培养箱中以光/暗循环(12h/12h)条件下(27.5±1°C)进行培养。当胚根长到1mm时,就算萌发出完整的种子。取3组种子进行RNA提取:播种后0h,28h,48h,每组3个重复。方法测序平台:Illumina HiSeq 2500,...
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    发布时间: 2018 - 08 - 10
    研究背景代谢调控在癌症,代谢疾病,病原体感染,微生物群落,热量限制以及推进老化过程中起关键作用。因此,保守的代谢调节器和传感器,包括雷帕霉素(TOR)途径的靶标,已经重新聚焦在医学和生物技术领域。但是,基因组规模的生物合成调控以及基因组和代谢之间的相互作用尚不明确。氨基酸可以作为蛋白质合成的前体,也可以作为核苷酸,辅因子和脂质合成,碳氮传感和内稳态以及氧化还原缓冲的中间体。为了能够使功能性基因组学方法研究代谢,利用酿酒酵母基因组规模的基因敲除集合中的氨基酸营养缺陷型,通过靶标代谢组学来记录所有菌株的精确氨基酸浓度分布,并将获得的信息组装在基因组规模的基因-代谢相互作用中。通过描述在染色质水平上运作的转录和信号转导的代谢影响,或者通过代谢依赖系统,核糖体或蛋白质转运,通过稳态反馈,实现对细胞生长代谢的调节和稳态的全局洞察。sdfd材料与方法1.高通量氨基酸定量分析代谢物提取:351个基因缺失的酵母菌株,在同一天对同一批次的菌株进行代谢物提取。检测平台:Agilent 1290 Infinity-Agilent 6460;利用Masshunter软件以动态SRM模式获得游离氨基酸的信号。2.雷帕霉素敏感性分析在SM培养基中的384多孔板(70ml/孔)中,0.1 OD600条件下接种11个浓度为7-1000nM(n=4)的雷帕霉素菌株,监测生长48h。测定最大比生长速率并用于确定剂量反应曲线中的EC50值。3.蛋白质印迹的可视化将表达GFP-Atg8的营养缺陷型菌株在指数生长期间收集在SM培养基中,并在30℃接种于氮-星型浮选培养基SD(-N)中6h。收集OD600等分试样提取蛋白质,使用兔多克隆抗GFP和山羊抗兔的硝化纤维膜上的化学发光使GFP和GFP-Atg8显现Ig-HRP抗体。4.荧光显微镜在SM培养基中指数生长期间收集细胞,在SD(-N)培养基中饥饿6h。图像在Oly...
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    发布时间: 2018 - 08 - 03
    1摘要在春季短时期内,绿茶质量的感官品质发生了很大变化,但其机理尚未明确阐明。使用气相色谱飞行时间质谱联用(GC-TOF-MS)和超高效液相色谱四极杆质谱连用(UPLC-Q-TOF-MS)对早春,中春和晚春的茶树幼芽进行代谢物分析。多变量分析显示出在不同的时期幼芽的代谢物表型差异很大。在晚春季节,氨基酸含量下降,而碳水化合物,黄酮及其糖苷,三羧酸循环和光呼吸途径强烈增强,这些都很好地反映在茶的感官品质上。代谢组学分析进一步证明了成熟叶片中代谢物表型的明显变化。结果表明,早春绿茶品质的波动是由幼芽代谢产物表型的变化引起的,这可能与成熟叶片中的碳和氮储量的再活化有关。2材料与方法——植物材料:嫩芽和成熟的叶子。选取的茶植株用N、P、K 施肥(285、60、90千克/公顷/年)。在4月1日(T1)、15日(T2)、28日(T3)三个时期随机采摘了10个重复。在样本收集的2周之前内,计算平均日气温,保持环境干扰的一致性。(茶的化学成分与气候因子显著相关)——平台:①UPLC-Q-TOF/MS(超高效液相色谱四级杆飞行时间质谱);  色谱柱:HSS T3。       ②GC×GC-TOF/MS(二维气相色谱飞行时间质谱);内标:10μl的L-2-氯苯丙氨酸;色谱柱:一维度 DB-5ms(30 m × 250 µm i.d. × 0.25 µm);二维度 DB-17H  (2.5m×0.1 mm i.d.×0.1 µm)。      质谱:Pegasus HT, Leco Co., CA, USA        模式:不分流模式。——数据处理和多变量数据分析:Transomic...
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    发布时间: 2018 - 08 - 03
    四倍体玫瑰形态特征的QTL分析摘要玫瑰,属于蔷薇科蔷薇属一系列花大艳丽的栽培种,有二倍体和四倍体,目前是世界上最受欢迎的,以及商业上重要的观赏植物之一。玫瑰长久以来就象征着美丽和爱情,有多种浪漫的花语:爱情、美丽、勇敢,不同花的颜色代表不同的意义或爱情的语言。本研究利用最近开发的新的方法,基于已发布的玫瑰的高密度SNP连锁图谱,对分离的四倍体玫瑰进行数量性状QTL的检测,以揭示许多关键形态特征的遗传调控,同时有助于推进多倍体物种中的标记-性状探索的方法。材料与方法材料:四倍体'K5'玫瑰群体,由对比品系P540和P867杂交获得。P540:母本,深红色花,茎和叶柄有刺,易患白粉病;P867:父本,浅橙色花,茎和叶柄上少或无刺,对白粉病抗性强表型测量:3个地点进行表型的测量:荷兰的Wageningen(WAG),肯尼亚的两个生产地点:Nairobi(NAI)和Njoro(NJO)。方法:TetraOrigin;one-stage versus two-stage analysis;single- versus multi-environm-ent analyses;single-marker ANOVA;Co-fact-or analysis;Genotypic information coefficier(GIC)。结果分析1. 一阶段线性混合模型与两阶段QTL分析一阶段分析用蓝色表示,两阶段分析用红色表示。一阶段方法较为强大,检测到更多的QTL位点,但总的来说,两种方法结果相似。2. 单环境与多环境QTL分析单环境分析结果为彩色虚线,多环境分析结果为实心黑线。在单环境分析中发现一些在多环境分析中不存在的QTL。但总体来说,两种分析结果较为相似。3. QTL等位基因组成确定对等位基因构型分析表明,至少有一个QTL峰可能被多个等位基因所影响。4. 单标记方差分析单标记方差分析...
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    发布时间: 2018 - 07 - 31
    摘要番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)对世界各地的番茄市场都产生重大的冲击,杀虫剂和防虫网的使用并没有有效的控制病原菌的侵染。番茄品系AVTO1227是一种高抗TYLCV的材料,本文利用AVTO1227和感病株系“Money maker”构建的F2和BC1群体用来评估抗病遗传机制,并鉴定到一个和SlNACI连锁的隐性抗病基因(ty-5)。对子代的抗、感材料分别进行基因组DNA混池并测序,在4号染色体2.22-3.19Mb区间定位到TYLCV抗病基因(ty-5)。利用定位区间标记将抗病基因进行进一步定位在标记ty5-25~ ty5-29之间,且该区间只有一个pelota基因,因此将该基因作为ty-5的候选基因。在双亲材料中pelota的启动子区域存在两个颠换SNP,外显子区存在一个颠换SNP。然而在三个番茄材料中无论是否接种TYLCV,pelota均未表现出显著的差异。材料方法抗病材料:AVTO1227(ty-5),CLN2777A(Ty-2),感病材料:Money maker,9210;AVTO1227 x Money maker(F2,F2:3),BC1(分别用抗、感亲本作为轮回亲本)。发病状况评估:0-4级别,0:无明显侵染症状,1:叶片顶端轻微泛黄,无卷曲,2:叶片泛黄,顶端卷曲,3:较大面积的叶片泛黄、卷曲,叶片生长缓慢,4:严重泛黄、卷曲,停止生长。F2混池:抗池R(27株,分类为0级),感池S(27株,分类为4级)。测序平台:Illumina High-seq 2500,R池(253M clean reads),S池(239 M clean reads)。参考基因组:Heinz 1706。关联分析:Δ(SNP_index), Δ(INDEL_index), ED。区间作图:JOINMAP4.0,LOD≥3。研究结果1、接种番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)后的表型比较五...
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    发布时间: 2018 - 07 - 25
    研究背景砂仁Amomum villosum,土沉香Aquilaria sinensis,巴戟天Morinda officinalis和广藿香Pogostemon cablin是我国南方著名的药用植物,具有独特的药理活性,但它们的内生真菌很少被报道。采用高通量测序技术,对4种药用植物的叶、茎、根相关内生真菌群落进行了研究。从四种药用植物中,共收集到169,149种内生真菌序列(reads),并将其分为791个可操作的分类单元(OTU)。这些OTUs分类学跨越5门,27科,75目,167科,291属。在属水平上,毛竹属、念珠菌属、黄球藻属和隐球菌属是砂仁A. villosum的优势属;土沉香A. sinensis的优势属为黑孢子菌属、Tylopilus属、线虫捕捉菌属、梨孢霉属和棒孢属;巴戟天M.officinalis的优势属为赭霉属、尾孢属、曲霉属、Cyphellophora属;广藿香P.cablin的优势属为Cladophialophora属、Meira属、Sakaguchia属、青霉属。4种药用植物中,巴戟天的内生真菌多样性最高(H’4.25),而土沉香的内生真菌多样性最低(H’2.37)。同一种植物不同器官间内生真菌群落具有显著差异。材料与方法样品采集和表面消毒不同植物:砂仁、土沉香、巴戟天和广藿香;不同器官:茎、叶、根;所有样品采集均保持无菌环境;附着在组织表面的泥浆和颗粒用蒸馏水冲走,75%乙醇浸泡1min,0.1%HgCl2浸泡1min,以清洗植物表面的微生物。测序平台真菌内转录间隔区(ITS1);Illumina MiSeq PE250生信分析FLASH用于原始数据分析;Trimmonatic为前处理工具;UCHIME删除嵌合体;QIIME用于OTU聚类等;GenBank和IndexFungorum用于数据库检索。真菌群落组成的统计分析利用Mothur对有效的O...
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Hot News / 热点新闻
2016 - 05 - 13
查看: 215
平台概况:MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术,它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构,能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性,这让MiSeq成为快速高效的测序平台,适合广泛的应用。 MiSeq特性:·现有NGS平台中最短的实验...
2016 - 03 - 24
查看: 148
摘 要:Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因,利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列,开发了 STS 标记 Xmp931,转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936;同时,利用粗山羊草基...
2018 - 06 - 20
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摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅...
摘要:花生是世界上最重要的油料作物之一,为许多人提供了大量的脂质和蛋白质。雌激素在花生胚珠受精后的雌蕊发育中起重要作用。小RNA(miRNA)在植物的许多发育和生理过程中发挥重要作用。因此,分析不同雌激素阶段的miRNA序列,可以探索和验证基因功能。从雌激素阶段A1、A2、A3(分别为5,10和20天的发育期)收集提取小RNA,进行测序。从三个不同阶段获得了266个已知的和357个新的miRNA。A3阶段reads数最多。在木质素分解代谢过程中涉及的基因仅在A1阶段被鉴定。铜离子结合过程也特异性地出现在A1阶段,而生物过程的负调节仅出现在A2和A3阶段。与生长相关的基因仅在A3阶段发现,表明该生长因子可能有助于落花生在这一阶段的快速生长。不同雌蕊阶段的miRNAs的鉴定和评估可以作为进一步研究雌蕊miRNA调节机制的基础。一些生物过程在不同的雌蕊阶段特异性调节,表明miRNA在雌蕊发育中起重要作用。 材料与方法:材料:落花生(A. duranensis)。取材方法:收集三个不同阶段的雌蕊(A1:5天,A2:10天,和A3:20天),并在RNA提取之前在液氮中速冻。 测序策略和分析流程:测序:Illumina HiSeq2000。分析:预测花生潜在的miRNAs:psRNATarget program;  分析潜在靶目标的功能:BLASTx;&...
发布时间: 2016 - 07 - 30
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测序发现控制袖蝶翅膀花纹的基因开关2016-2-1 测序中国摘要:研究进化的一个重要目标是,当生物中出现一种新的形态结构,找到其背后的基因变化。据英国剑桥大学官网近日消息,该校科学家通过对多种亚马孙袖蝶做基因测序分析发现,控制它们翅膀上不同条纹和斑点的基因开关。研究进化的一个重要目标是,当生物中出现一种新的形态结构,找到其背后的基因变化。据英国剑桥大学官网近日消息,该校科学家通过对多种亚马孙袖蝶做基因测序分析发现,控制它们翅膀上不同条纹和斑点的基因开关各自独立,而且不同袖蝶都有这些基因开关,就像一种基因“画笔盒”,能通过异种交配来产生新花纹。  对于进化而言,种间基因交换非常重要,人类也曾发生过这类交换,可能正是这些交换帮我们在高纬度地区生存下来。在蝴蝶中,交换翅膀花纹模式能让不同蝴蝶拥有相同的示警信号,抵御它们的天敌,这种现象也叫拟态。袖蝶翅膀的花纹常见为两种模式结合,前翅为一对丹尼斯红斑,后翅为像扇子似的放射形红纹。 研究人员对17种142只袖蝶做了测序,对比了它们的DNA数据,一直追溯到近200万年前,研究它们前后翅的两个花纹区域是怎样结合的。他们发现,虽然这些花纹的基因开关彼此相邻,却可以独立操作。从近200万年前那次偶然杂交的位点开始,每种花纹开关只进化过一次,且所有袖蝶都有这些开关。  参与该研究的剑桥大学动物学系教授克里斯·吉金...
发布时间: 2016 - 06 - 25
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文章标题:De novo transcriptome sequencing of pakchoi (Brassica rapa L. chinensis) reveals the key genes related to the response of heat stress.期刊:Acta Physiol Plant.影响因子:IF=1.563.发表时间:2016年9月.作者单位:State Key Laboratory of Crop Genetics & Germplasm Enhancement, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China;Institute of Vegetable Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014, China. 摘要:小白菜是一种生长在世界各地的重要植物,喜欢凉爽的气候,其生长会被夏季高温严重影响。对小白菜高温胁迫的分子调控机制知之甚少。基因序列有限的可用性极大地影响了分子育种和功能基因组分析。在这项研究中,我们对高温胁迫下的小白菜进行了RNA-seq。最后,得到64.29M的clean reads,包括32666条unigene,N50长度为1405 bp,总长度为33.3...
发布时间: 2016 - 06 - 10
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科学家通过多种方法探究长链非编码RNA2016-2-3测序中国摘要:直到今天,针对lncRNA的简洁且合理的分类系统仍遥不可及。 2013年,一群研究人员决定更加深入地挖掘一种名为H1的人类胚胎干细胞系,并且获得了一些惊喜。H1是最著名的干细胞系之一,但该团队还是成功发现了2000多个。直到今天,针对lncRNA的简洁且合理的分类系统仍遥不可及。 2013年,一群研究人员决定更加深入地挖掘一种名为H1的人类胚胎干细胞系,并且获得了一些惊喜。H1是最著名的干细胞系之一,但该团队还是成功发现了2000多个此前未被阐明的RNA片段。更重要的是,其中有146个为人类胚胎干细胞所独有,从而为研究多能性——变成体内任何细胞类型的能力——提供了诱人线索。然而,这些转录并未受到关注,因为它们含有往往会被序列分析器过滤掉的重复性编码片段。这是一个巨大的盲点。其他实验室曾发现了富含重复性编码并且在人类干细胞中非常重要的RNA存在的初步证据。在主要来自美国加州斯坦福大学的研究人员分析结果时,他们意识到,自己正好找到了此类RNA。团队成员Vittorio Sebastiano介绍说,在一份包含146个RNA序列的清单中,最丰富的3个——被命名为HPAT2、HPAT3和HPAT5——似乎对于建立可发育成人类胚胎的多能细胞是必需的。 这些RNA片段是长链非编码RNA(lncRNA)(至少有200个碱...
发布时间: 2016 - 05 - 30
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