服务热线: 025-85381280
专业领域 更多
优秀案例 / Case 更多
  • 浏览次数: 131
    发布时间: 2018 - 05 - 25
    摘要碱性亮氨酸拉链(bZIP)转录因子是植物中ABA介导的胁迫响应过程中重要的调控因子。但是当前对番茄中bZIP家族中大多数成员的功能描述的不少很清楚。本研究重点分析了番茄在盐和干旱胁迫下SlbZIP1的分子功能,在SlbZIP1沉默的转基因番茄中发现多个和ABA生物合成以及信号转导相关的基因表达都显著下调。胁迫实验中通过比较转基因与野生型植株的多种生理指标(ABA、MDA(丙二醛)、叶绿素含量、CAT(过氧化氢酶)活性)发现,转基因植株对盐和干旱胁迫的耐受力显著降低。此外,转基因植株的转录组数据结果表明多种响应生物和非生物胁迫的基因都显著下调,表明SlbZIP1在调控生物和非生物胁迫相关基因过程中具有重要的作用。材料方法野生型番茄:Solanum lycopersicom Mill. cv.Ailsa Craig,SlbZIP1干扰转基因植株:T3代;盆栽生长35天,选择长势一致;处理:1 g L- 1 Murashige and Skoog营养液(每周一次),对照:不处理;叶片、根收集(1,3,6,12,24,48,72h),每个处理每个时间点各3个生物学重复,每个处理21个植株;冷、热胁迫处理:植物被挖出、清理掉土壤,4、40℃干燥滤纸上氧化胁迫:植株喷洒10 mM H2O2;激素处理:植株喷洒0.1mM ABA,ACC,GA3,IAA及2 mM SA,25±1℃,1,3,6,12,24,48,72h分别取叶片。qRT-PCR:CFX96™ Real-Time System,内参:CAC,EF1α。RNA-seq:8周的WT,转基因植株,400mM NaCl处理24h(各6植株,叶片混样),Illumina HiSeq 2500 PE150,各37M reads。ABA实验:100 μM ABA,25±1℃,2h,ABA定量:HPLC。盐胁迫、干旱...
  • 浏览次数: 78
    发布时间: 2018 - 05 - 15
    植物已经开发了多种防御机制,以保护自己免受生物和非生物胁迫。次生代谢物的积累,显示出许多生物学特性,胁迫反应的主要组成部分。其中,挥发性有机化合物(VOCs)是参与植物对病原体和植食性昆虫的保护,也是吸引授粉者和种子携带者的相关群体。不同的信号分子,如水杨酸(SA)、龙胆酸(GA)、乙烯(ET)或茉莉酸(JA),在番茄植株上积累了病原菌。SA的积累与无毒性感染有关,而在番茄的兼容互作中发现高水平的GA和ET。JA与植物对植食性昆虫或坏死病原体的反应有关。然而,这些防御分子在感染强毒或无毒的pst菌株的番茄Rio Grande中所起的作用还没有被阐明。本研究应用非靶向GC-MS代谢组学方法分析了用无毒菌株Pst DC3000或强毒菌株Pst DC3000感染的RG-Pto番茄植株中差异的VOCs,并利用用乙酸、丙酸、异丁酸或丁酸和几种羟基单酯(Z)-3-己烯醇对番茄叶片的VOC谱进行了表征。材料与方法植物材料与细菌接种将植物浸泡在含硅藻土L-77(0.05%)的10mM MgCl2溶液中,以模拟接种。从下至上,在指定的时间采集第3和第4叶,并冷冻在液氮中。第5叶放置在10mL螺旋帽瓶中,保存5h进行ET测定。设置6个生物重复分别用于每个时间段和番茄与细菌互作分析。水杨酸和龙胆酸的提取及HPLC分析1525Waters二元高效液相色谱法分离,利用2475Water多λ荧光探测器(λ激发313 nm;λ发射405nm)测定SA和GA。茉莉酸和乙烯测定     第5叶新鲜组织0.5g用于乙烯测定;利用4890A Hewlett Packard气相色谱分离;每个时间点,设置6个生物学重复,建立ET的标准曲线,并利用MassLynx Waters软件计算ET的含量。在JA定量中,将番茄第3和第4叶中的250mg冷冻组织添加到含有内标二氢茉莉酮酸酯的80%甲醇-1%乙...
  • 浏览次数: 72
    发布时间: 2018 - 05 - 03
    摘要白粉病抗病基因Pm4b来源于波斯小麦(AABB),是一种有效的抵抗小麦白粉病菌的基因。在分子辅助育种的工作中,缺少和该基因紧密连锁的分子标记。本文利用转录组测序结合集群分离分析(BSR)技术对VPM1/7(NIL) x Bainong 3217 F2:3家系(237个)进行Pm4b的定位并开发紧密连锁分子标记。抗病、感病RNA混池分别获得20.7Mb/25.8Mb高质量read pairs,其中80%都是单独比对到小麦基因组草图上的,混池间的SNP和indel共有283,866个。和白粉病相关性最高的SNPs定位在2AL,其中84个变异位点是和抗病性状相关的,46个几种在2AL染色体远端的25Mb范围内,其中有4个SNP是和Pm4b连锁的。通过这些SNP在中国春基因组上的定位结果,设计了98对SSR(Pm4b附近)。其中3对标记被添加到新的遗传图中,将Pm4b定位到3cM遗传距离(对应6.7Mb区间)。该区间和短柄草5号染色体、水稻4号染色体、高粱6号染色体间存在共线性关系。其中预测出7个和抗病相关的基因,包括C2结构域蛋白、过氧化物酶酶活性蛋白、PKc类家族蛋白激酶、Mlo家族蛋白、丝氨酸/苏氨酸催化结构域。 材料方法VPM1/7∗Bainong 3217 F4 × Bainong3217 F2:3家系(237个),各挑选50个纯合抗、感材料混池。测序方案:Illumina HiSeq 4000,抗池(22.7M raw read pairs),感池)25.8M raw read pairs),基因组:中国春组装结果(IWGSC WGS v1),比对参考基因组:STAR v2.5.1b,SNP/indel鉴定:GATK v3.6,关联分析:SNP深度≥6,AFD(等位基因频率变化)0.6,pe-8,遗传图QTL定位:Mapmaker/Exp Version ...
  • 浏览次数: 311
    发布时间: 2018 - 04 - 12
    植物的根通过根际内的化学通讯与微生物以复杂的方式沟通,从而导致有益微生物的生物膜的形成,在植物生长促进根瘤菌/-细菌(PGPR)的情况下,导致防御的启动,或在植物寄主中诱导抗性。近年来,植物-植物以及植物-微生物相互作用的有了更深入的认识;然而,引发的化学通讯远非人们所知。此外,地下和地上植物生理过程之间的联系也增加了复杂性。在代谢组学研究中,主要目的是定性和注释参与生理过程的生物系统中的所有外代谢物和内源性代谢物。这一领域的最新进展使研究人员能够在短时间内分析一个样品中的100种化合物。在这里,重点介绍了通过LC-MS代谢组学研究根际(植物根与植物有益的根际细菌和真菌相互作用)和ISR或RMPP作为对抗病原体和植食性动物的环境友好方法。预先形成的屏障和植物免疫反应植物使用预先形成的防御机制,旨在防止病原体进入和植食性动物取食(图1)。无论是在地面以上还是地面以下导致植物激活被称为微生物/病原体相关分子模式(MAMP)-触发免疫(MTI)的免疫应答,其依赖于通过细胞外跨膜受体(PRRs)检测保守的微生物标志分子(MAMPs)。一些病原体可以通过分泌效应分子来降低MTI,从而导致效应触发易感性(ETS)。为了克服这一问题,植物抗性(R)蛋白识别这些分子并激活第二道防线,这是一种称为ETI的快速而强健的反应,这与超敏反应(HR)有关。植物以类似于MAMP的方式识别由坏死、损伤或应激细胞产生的分子,并通过激活防御信号级联来响应。这些植物防御反应被严格控制,以尽量减少资源消耗和微调信号级联。这一关键作用是由植物激素如SA,JA,和ET作为必要的信号分子对局部和系统的反应。为了在植物和PGPR之间建立有效的共生关系,这些预先形成的屏障和先天免疫防御必须通过植物和微生物之间的化学交流来绕开(图1)。 FIGURE 1 | Overview of physical barrie...
  • 浏览次数: 89
    发布时间: 2018 - 04 - 11
    摘要尖孢镰刀菌能引发西瓜枯萎病并大大的降低产量。百里香酚已经被广泛的报道对病原微生物有抗菌活性。在本研究中,尖孢镰刀菌在体外的生长是显著受到百里香酚抑制的,干重显著降低。百里香酚诱导的细胞膜损伤会在侵染24h后出现。本文利用RNA-seq分析百里香酚处理后的尖孢镰刀菌基因表达水平的变化,并揭示百里香酚可能的杀菌机制。总共鉴定到5057个差异表达基因,其中2440上调,2617下调。分析结果表明大多数鞘糖脂生物合成、鞘脂类代谢相关基因都是下调表达的;而和抗氧化活性、壳多糖的生物合成途径、细胞壁修饰相关基因是上调表达的。这些结果利用qRT-PCR进行了验证。表明百里香酚能够产生活性氧积累,通过抑制与细胞壁和细胞膜生物合成相关基因的表达来破坏细胞壁和细胞膜的完整性。材料方法尖孢镰刀菌培养:土豆葡萄糖琼脂培养基(空白对照);80 µg/mL百里香酚(处理);处理72h后,取菌丝,提取总RNA建库测序(各3个生物学重复)。测序平台:Illumina HiSeq 2500;参考基因组:F. oxysporum f. sp. vasinfectum比对参考基因组:TopHat v2.0.12,比对到每个基因的reads:HTSeq v0.6.1,差异基因分析:DEGseq R package (1.20.0),|log2 (Fold change)| 1,fdr。qRT-PCR:Bio-Rad CFX96 Real-Time PCR。研究结果1、百里香酚抑制尖孢镰刀菌生长 不同浓度百里香酚处理尖孢镰刀菌干重   B-E(0、40、80、120µg/mL百里香酚)电镜下尖孢镰刀菌生长状况(百里香酚对真菌细胞壁或细胞膜产生破坏)2、处理和对照间差异基因功能注释分析 处理(80µg/mL百里香酚)和对照(0...
  • 浏览次数: 102
    发布时间: 2018 - 04 - 10
    昆虫作为传粉者与植物相互作用已有3.5亿多年,但同时也是植食性动物。在持续的进化期间,植物已经获得了复杂的防御系统,以感知由昆虫摄食引起的损害并相应地进行防御。目前人们对植食性昆虫相关的分子模式(HAMPs)或激发子仍知之甚少,例如昆虫口腔分泌物中的某些分子(OS),可以被植物识别并激活特定的防御反应。在早期反应中,植物激素,包括茉莉酸(JA)、水杨酸(SA)和乙烯(ET))的积累在调节防御中起着重要作用。玉米在世界范围内作为主要作物种植,而昆虫摄食导致大量生产损失。尽管它在农业上很重要,但对玉米对植食性昆虫的反应知之甚少。本研究基于测序和质谱技术的进步,研究了玉米对机械损伤的反应,并通过将其口腔分泌物(OS)应用于伤口来模拟植食性昆虫东方粘虫Mythimna separata摄食。与机械损伤引起的反应相比,OS引起了玉米转录组,蛋白组,代谢组和植物激素更广更长时间的变化。具体来说,许多基因,蛋白质和代谢物被OS特异性诱导或抑制。来自39个家族的近290个转录因子基因参与了OS诱导的反应,其中更多的转录因子基因被OS特异性调控而不是损伤。材料与方法实验材料玉米叶片:W+W、W+OS、Con各处理1.5h和6h检测平台转录组:Illumina HiSeq 2000蛋白组(iTRAQ):LC-ESI-MS/MS(Q Exactive-Easy nLC)植物激素定量(靶标):HPLC-MS/MS(LCMS-8040 system)非挥发代谢物(非靶标):Agilent 1200-Agilent 6510 Q-TOF叶片顶空样本(非靶标):GC-MS-QP2010Ultra主要研究成果总共检测到52012个基因。选择了与Con对照组相比转录水平上调或下调至少4倍的基因,差异有统计学意义(q;总共有4406个基因在所有样本中均有差异表达。处理后1.5h和6h的样品分别为1774(W+...
在线咨询
  • 咨询类别:
  • *
  • 联系人
  • 公司名称:
  • *
  • 公司网址:
  • MSN:
  • QQ:
  • 电话
  • 手机:
  • 传真:
  • E-mail:
  • *
  • 邮政编码:
  • 留言主题:
  • 留言内容
  • *
Hot News / 热点新闻
2016 - 05 - 13
查看: 185
平台概况:MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术,它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构,能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性,这让MiSeq成为快速高效的测序平台,适合广泛的应用。 MiSeq特性:·现有NGS平台中最短的实验...
2016 - 03 - 24
查看: 114
摘 要:Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因,利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列,开发了 STS 标记 Xmp931,转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936;同时,利用粗山羊草基...
2018 - 06 - 20
查看: 89
摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅...
平台概况:MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术,它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构,能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性,这让MiSeq成为快速高效的测序平台,适合广泛的应用。 MiSeq特性:·现有NGS平台中最短的实验周期:从样品制备开始只需要8小时即可得到超过100M的高质量测序结果。·现有NGS平台中最便捷的样品制备流程:只需50ngDNA模板,2小时的自动化操作就可以完成全部样品制备工作。·现在NGS平台中最精确的测序原理:MiSeq继续GA和HiSeq平台的边合成边测序的化学原理,数千篇高质量的国际期刊文章是对Illumina NGS平台测序结果可信度最有力的证明。·现在NGS平台中最完整的整合功能:MiSeq可以独立完成簇生成,双向测序及数据分析工作,让经费和实验室空间不再成为NGS研究的障碍。 性能参数: 读长测序时间数据量数据质量1×35bp4小时120 M90%数据高于Q302×100bp19小时680 M80%数据高于Q302×150bp27小时1 GB75%数据高于Q30
发布时间: 2016 - 05 - 13
浏览次数:185
1、 GBS的适用范围:•  GBS适用于那些拥有家系群体或自然群体的物种,有无参考基因组均可;尤其适合重复序列较多的物种,如玉米、高粱等。
发布时间: 2016 - 04 - 30
浏览次数:48
摘 要:Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因,利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列,开发了 STS 标记 Xmp931,转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936;同时,利用粗山羊草基因组序列开发了 71 个基因组 SSR 标记, 定位了其中的 Xmp1089 和 Xmp1112。 在 115 个宁糯麦 1 号´Tabasco 衍生的 F2:3 家系中, Xmp928与目的基因共分离,Xmp1112 位于近着丝粒方向处距抗病基因 3.1 cM。在 671 个纯合感病家系中,标记 Xmp928 仍与目的基因共分离。利用 3 个中国春 5DS 缺失系,最终将 Pm48 定位在小麦 5DS 上 0.63–0.67 的臂区段中。关键词:小麦;抗...
发布时间: 2016 - 03 - 24
浏览次数:114
2015年7月20日,南京集思慧远与福建省某科研单位建立战略合作关系,应项目组老师的邀请,集思慧远提供上门培训服务,让项目组老师掌握基本的生物信息分析技能。培训后老师们普遍反映效果比去各大公司参加的生物信息培训要好。集思慧远根据项目组老师们的需求,制定了有针对性的培训内容,手把手的教学实践,家门口的便利,使得老师们真正学到了需要学习的内容。 集思慧远愿与更多的科研单位建立合作关系,从项目方案设计,分析,后期培训,手把手教会大家如何真正利用生物信息学助力科学研究。
发布时间: 2015 - 07 - 25
浏览次数:26
回到顶部
Copyright © 2005 - 2013 南京集思慧远生物科技有限公司
犀牛云提供企业云服务
地址:江苏省南京市栖霞区仙林大学城纬地路9号江苏生命科技创新园F6栋522室
技术顾问:025-85381280/025-85380280行政人事:025-83361344
邮箱:tech@genepioneer.com
邮编:330520