服务热线: 025-85381280
专业领域 更多
优秀案例 / Case 更多
  • 浏览次数: 79
    发布时间: 2018 - 07 - 31
    摘要番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)对世界各地的番茄市场都产生重大的冲击,杀虫剂和防虫网的使用并没有有效的控制病原菌的侵染。番茄品系AVTO1227是一种高抗TYLCV的材料,本文利用AVTO1227和感病株系“Money maker”构建的F2和BC1群体用来评估抗病遗传机制,并鉴定到一个和SlNACI连锁的隐性抗病基因(ty-5)。对子代的抗、感材料分别进行基因组DNA混池并测序,在4号染色体2.22-3.19Mb区间定位到TYLCV抗病基因(ty-5)。利用定位区间标记将抗病基因进行进一步定位在标记ty5-25~ ty5-29之间,且该区间只有一个pelota基因,因此将该基因作为ty-5的候选基因。在双亲材料中pelota的启动子区域存在两个颠换SNP,外显子区存在一个颠换SNP。然而在三个番茄材料中无论是否接种TYLCV,pelota均未表现出显著的差异。材料方法抗病材料:AVTO1227(ty-5),CLN2777A(Ty-2),感病材料:Money maker,9210;AVTO1227 x Money maker(F2,F2:3),BC1(分别用抗、感亲本作为轮回亲本)。发病状况评估:0-4级别,0:无明显侵染症状,1:叶片顶端轻微泛黄,无卷曲,2:叶片泛黄,顶端卷曲,3:较大面积的叶片泛黄、卷曲,叶片生长缓慢,4:严重泛黄、卷曲,停止生长。F2混池:抗池R(27株,分类为0级),感池S(27株,分类为4级)。测序平台:Illumina High-seq 2500,R池(253M clean reads),S池(239 M clean reads)。参考基因组:Heinz 1706。关联分析:Δ(SNP_index), Δ(INDEL_index), ED。区间作图:JOINMAP4.0,LOD≥3。研究结果1、接种番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)后的表型比较五...
  • 浏览次数: 73
    发布时间: 2018 - 07 - 25
    研究背景砂仁Amomum villosum,土沉香Aquilaria sinensis,巴戟天Morinda officinalis和广藿香Pogostemon cablin是我国南方著名的药用植物,具有独特的药理活性,但它们的内生真菌很少被报道。采用高通量测序技术,对4种药用植物的叶、茎、根相关内生真菌群落进行了研究。从四种药用植物中,共收集到169,149种内生真菌序列(reads),并将其分为791个可操作的分类单元(OTU)。这些OTUs分类学跨越5门,27科,75目,167科,291属。在属水平上,毛竹属、念珠菌属、黄球藻属和隐球菌属是砂仁A. villosum的优势属;土沉香A. sinensis的优势属为黑孢子菌属、Tylopilus属、线虫捕捉菌属、梨孢霉属和棒孢属;巴戟天M.officinalis的优势属为赭霉属、尾孢属、曲霉属、Cyphellophora属;广藿香P.cablin的优势属为Cladophialophora属、Meira属、Sakaguchia属、青霉属。4种药用植物中,巴戟天的内生真菌多样性最高(H’4.25),而土沉香的内生真菌多样性最低(H’2.37)。同一种植物不同器官间内生真菌群落具有显著差异。材料与方法样品采集和表面消毒不同植物:砂仁、土沉香、巴戟天和广藿香;不同器官:茎、叶、根;所有样品采集均保持无菌环境;附着在组织表面的泥浆和颗粒用蒸馏水冲走,75%乙醇浸泡1min,0.1%HgCl2浸泡1min,以清洗植物表面的微生物。测序平台真菌内转录间隔区(ITS1);Illumina MiSeq PE250生信分析FLASH用于原始数据分析;Trimmonatic为前处理工具;UCHIME删除嵌合体;QIIME用于OTU聚类等;GenBank和IndexFungorum用于数据库检索。真菌群落组成的统计分析利用Mothur对有效的O...
  • 浏览次数: 226
    发布时间: 2018 - 07 - 04
    发表期刊:International Journal of Molecular Sciences影响影子:3.687研究背景为了评价代谢物的变化与果实颜色变化之间的相互关系,本研究对两种不同猕猴桃的果肉进行了代谢物和转录本的组合分析。选取了果实发育的两个不同阶段:70d(盛开后)和100d(盛开后)以及两个品种“HB”和“YF”。采用超高效液相色谱四极串联质谱法和高通量RNA测序法分别获得代谢物和转录谱。对代谢物的鉴定和定量结果表明,共获得28,837种代谢物,其中13,715种能够匹配到物质。通过对HB100与HB70的比较,发现41个代谢产物为黄酮类化合物,其中7个为差异代谢物,分别为苯并呋喃酮、木犀草素、二氢杨梅素、矢车菊素、天竺葵色素,飞燕草色素和(−)-表没食子儿茶素。代谢物与转录本的关联分析表明,在果实发育过程中,两种代谢途径存在显著差异,其中之一是类黄酮生物合成,选择14个结构基因进行表达分析,同样转录组分析得到5个转录因子基因。RT-qPCR结果和聚类分析表明,AaF3H、AaLDOX、AaUFGT、AaMYB、AabHLH和AaHB2最有可能成为候选基因。建立了类黄酮生物合成的调节网络,以说明参与代谢物积累的差异表达的候选基因具有显著差异,在果实发育期间诱导红色着色。这种连接基因和类黄酮的调节网络揭示了一个系统参与了红果肉和绿果肉的色素沉积,表明这种结合分析方法这不仅有助于了解基因型与表型的关系,而且为育种提供更有价值的信息。材料方法材料两种不同类型的猕猴桃:“HB”(全红色果肉)和“YF”(全绿色果肉);两种不同发育阶段:开花后70d和开花后100d;每个样本设置三个生物重复,每个样本从6个猕猴桃树中随机采集30个果实,每两个作为一个生物重复。代谢组甲醇水(体积比为1:1)提取液;在提取和后续分析过程中,分别进行3次独立重复。检测平台:UPLC-Trip...
  • 浏览次数: 110
    发布时间: 2018 - 06 - 20
    摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅山猪的高繁殖力想关。NFKB1(积极参与透明质酸的合成)也检测到强烈的受选择信号,是NF-kB信号通路的关键基因(可能是梅山猪面部和皮肤褶皱的原因)。PYROXD1,MC1R,FAM83G在三个群体中具有特殊的同义突变SNP,MC1R中的一个非同义突变能够解释梅山猪黑色皮肤。此外,梅山猪和杜洛克猪之间共有的单倍型证实了之前来自亚洲猪的渐渗以及梅山猪的特殊贡献。材料方法测序材料:32头梅山猪,31头杜洛克猪(无亲缘关系);测序方案:Illumina HiSeq 2000,PE125,平均测序8X,参考基因组:Sus scrofa10.2;收集其他猪的基因组信息:总共118头(10头驯化猪、13头野猪、5头Sus品种、和其他不同地域野猪);NJ树构建:MEGA v6,展示:FigTree (v1.4.0);PCA:GCTA software (v1.24.2);群体结构:ADMIXTURE v1.3,LD衰减:PLINK,人口统计学:MSMC (v0.1.0)。选择性清除分析:Fst(in-house PERL script),CLR(复合似然比)(SweepFinder2 (v1.0)),ΔAF(等位基因频率);IBD(同源遗传关系):IBDLD (v3.37);研究结果1、梅山猪遗传变异位点识别A.梅山猪群体鉴定到9,789,671 SNV,其中18,366 SNVs是数据库中没有...
  • 浏览次数: 98
    发布时间: 2018 - 06 - 01
    香蕉由于其更年期特性,是世界范围内重要的水果之一,保质期短。低温贮藏被认为是延长收获作物贮藏寿命的有效策略。然而,当贮藏温度低于13℃时,香蕉果实易受冷害(CI)的影响。香蕉果实的CI症状包括延缓黄色发育、皮肤斑点和和果实软化失败,这导致严重的质量恶化和巨大的经济损失。先前研究发现一些缓解香蕉果实CI的策略,其中包括乙烯、一氧化氮、硫化氢、苹果酸和热处理证明是有效的。植物激素被认为参与调节植物的反应、防御和适应环境。最近的研究表明,一些植物激素,包括乙烯、水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、油菜甾醇(BRs)和赤霉素(GAs)与果实冷应激响应有关。在这些植物激素中,BRs是一种综合性的功能性类固醇激素,参与了许多生理过程,特别是在提高植物对非生物和生物胁迫的耐受性方面。在收获作物中,施用外源BRs可显著提高芒果、青椒、油菜、番茄和葡萄藤对低温胁迫的耐受性。然而,BRs对香蕉果实CI的影响及其可能的作用机制还未见报道。材料与方法植物材料与处理植物材料:开花后约110天绿色成熟香蕉;处理组:40μM EBR水溶液中浸泡;对照组:水中浸泡;低温处理:置于8℃和85~90%RH条件下贮藏12天;生理学参数测定:CI指数、叶绿素荧光参数、相对电解质渗漏量、丙二醛(MDA)含量、总可溶性固形物(TSS)、总可溶性固形物(TSS)和可滴定酸度(TA)比值;蛋白质组学分析:果皮组织(中部),设置6个重复。注:设置3个重复对CI指数进行测定,每重复30个果实,并设置6个重复测定其它生理参数。蛋白质组学分析检测平台:2-D凝胶电泳、MALDI-TOF/TOF MS、LC-ESI-MS/MS;分析软件:MagicScan V6.0和PDQuestTM Basic 2-D凝胶分析软件8.0.1(Bio-Rad)用于电泳;Mascot 2.3.02软件用于搜库;Blast2Go软件(4.0版)用...
  • 浏览次数: 90
    发布时间: 2018 - 05 - 31
    摘要赖氨酸乙酰化是一系列生物过程中多种蛋白的一种重要翻译后修饰。组蛋白乙酰化在植物防御机制中的作用已经有了很好的研究基础,病原菌效应蛋白编码的乙酰转移酶能够直接使宿主蛋白发生乙酰化进而改变免疫力。但是针对植物内源酶是否能够调节免疫反应中的蛋白乙酰化并不清楚。本文探究了炭色孢腔菌产生的一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂(HCT)如何通过改变蛋白乙酰化来提高毒力。利用质谱分析技术对3636种蛋白进行了定量,并对HCT处理/HCT不足或能产生HCT的炭色孢腔菌处理的玉米的2791个位点的乙酰化水平进行鉴定。分析结果表明乙酰化是一种广泛存在的翻译后修饰,并且影响玉米蛋白的编码。此外,外源HCT的使用结果表明植物编码的蛋白(组蛋白去乙酰化酶)能够调控免疫反应过程中非组蛋白的乙酰化。材料方法玉米近等基因系:B73-NIL(hm1A),mock HCT solution (0.1% Tween-20), 100 μM HCT (Sigma), HCT-deficient (Tox-) or HCT-producing (Tox+) strain of C. carbonum。每种处理:多个植株的叶片混合,4个生物学重复。蛋白组检测:非修饰蛋白mock、100 μM HCT、Tox-、Tox+分别用itraq报告基团(114,115,116,117)标记;乙酰化蛋白富集(2mg乙酰化抗体+10mg玉米多肽),检测label-free(mock、100 μM HCT、Tox-、Tox+);检测平台:Agilent 1200 HPLC system+ LTQ Velos linear ion traptandem;原始数据查找比对:Spectrum Mill v3.03 (Agilent),B73 RefGen_v2 5b。MapMan bin enrichment:R(dhyper command),...
在线咨询
  • 咨询类别:
  • *
  • 联系人
  • 公司名称:
  • *
  • 公司网址:
  • MSN:
  • QQ:
  • 电话
  • 手机:
  • 传真:
  • E-mail:
  • *
  • 邮政编码:
  • 留言主题:
  • 留言内容
  • *
Hot News / 热点新闻
2016 - 05 - 13
查看: 215
平台概况:MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术,它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构,能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性,这让MiSeq成为快速高效的测序平台,适合广泛的应用。 MiSeq特性:·现有NGS平台中最短的实验...
2016 - 03 - 24
查看: 149
摘 要:Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因,利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列,开发了 STS 标记 Xmp931,转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936;同时,利用粗山羊草基...
2018 - 06 - 20
查看: 108
摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅...
文章标题:De novo transcriptome sequencing of pakchoi (Brassica rapa L. chinensis) reveals the key genes related to the response of heat stress.期刊:Acta Physiol Plant.影响因子:IF=1.563.发表时间:2016年9月.作者单位:State Key Laboratory of Crop Genetics & Germplasm Enhancement, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China;Institute of Vegetable Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014, China. 摘要:小白菜是一种生长在世界各地的重要植物,喜欢凉爽的气候,其生长会被夏季高温严重影响。对小白菜高温胁迫的分子调控机制知之甚少。基因序列有限的可用性极大地影响了分子育种和功能基因组分析。在这项研究中,我们对高温胁迫下的小白菜进行了RNA-seq。最后,得到64.29M的clean reads,包括32666条unigene,N50长度为1405 bp,总长度为33.3...
发布时间: 2016 - 06 - 10
浏览次数:161
科学家通过多种方法探究长链非编码RNA2016-2-3测序中国摘要:直到今天,针对lncRNA的简洁且合理的分类系统仍遥不可及。 2013年,一群研究人员决定更加深入地挖掘一种名为H1的人类胚胎干细胞系,并且获得了一些惊喜。H1是最著名的干细胞系之一,但该团队还是成功发现了2000多个。直到今天,针对lncRNA的简洁且合理的分类系统仍遥不可及。 2013年,一群研究人员决定更加深入地挖掘一种名为H1的人类胚胎干细胞系,并且获得了一些惊喜。H1是最著名的干细胞系之一,但该团队还是成功发现了2000多个此前未被阐明的RNA片段。更重要的是,其中有146个为人类胚胎干细胞所独有,从而为研究多能性——变成体内任何细胞类型的能力——提供了诱人线索。然而,这些转录并未受到关注,因为它们含有往往会被序列分析器过滤掉的重复性编码片段。这是一个巨大的盲点。其他实验室曾发现了富含重复性编码并且在人类干细胞中非常重要的RNA存在的初步证据。在主要来自美国加州斯坦福大学的研究人员分析结果时,他们意识到,自己正好找到了此类RNA。团队成员Vittorio Sebastiano介绍说,在一份包含146个RNA序列的清单中,最丰富的3个——被命名为HPAT2、HPAT3和HPAT5——似乎对于建立可发育成人类胚胎的多能细胞是必需的。 这些RNA片段是长链非编码RNA(lncRNA)(至少有200个碱...
发布时间: 2016 - 05 - 30
浏览次数:24
2016-7-7 生物帮 2016年7月6日,国际著名学术期刊《美国国家科学院院刊》杂志在线发表了中科院上海植物逆境生物学研究中心朱健康研究组题为" Methylation interactions in Arabidopsis hybrids require RNA-directed DNA methylation and are influenced by GENEtic variation”的研究论文。研究以模式植物拟南芥为研究材料,发现了RdDM 路径在F1杂交一代的DNA 甲基化相互作用中起到关键作用,并首次明晰该途径所产生的DNA甲基化并不是调控杂种优势形成的主要表观遗传因子。朱健康课题组张青竹、王栋和梁兆波为论文共同第一作者,朱健康教授为论文通讯作者。 杂种优势是一种普遍而重要的生物学现象,指遗传结构不同的两个群体杂交所产生的子代在生长势、生活力、繁殖力、适应性以及产量、品质等性状方面超过双亲的现象,已被广泛应用到作物育种中。植物杂种优势机制解析一直是国内外植物科学研究的重点和热点,但迄今为止,未能全面解析其复杂的分子作用机制。近年来,鉴于DNA甲基化对基因表达调控的重要作用,DNA甲基化状态在杂种与亲本的变化和杂种表现的关系受到越来越多的关注。目前的研究表明杂种中DNA甲基化水平明显高于亲本,同时也发现F1代的中RNA介导的D...
发布时间: 2016 - 05 - 28
浏览次数:27
新研究披露与脑部功能障碍相关的241个基因2016-1-29  测序中国摘要:美国宾夕法尼亚州格伊辛格卫生系统的研究人员汇总了241个与大脑功能障碍有关的基因,同时发现了17个新基因突变与大脑发育障碍有关,包括自闭症、癫痫、精神分裂症和双相感情障碍,相关研究成于2016年1月28日发表。美国宾夕法尼亚州格伊辛格卫生系统的研究人员汇总了241个与大脑功能障碍有关的基因,同时发现了17个新基因突变与大脑发育障碍有关,包括自闭症、癫痫、精神分裂症和双相感情障碍,相关研究成果于2016年1月28日发表在《JAMA Psychiatry》杂志上。研究人员从PubMed数据库中调查了2003年 3月28日至2015年5月7日期间的近400项研究,这些研究中包含了大量的大脑发育障碍患者。研究人员所关注的数据包括以下几个方面:全基因组中的致病功能丧失(pathogenic loss-of-function )序列及结构变异数据、六种不同的脑部疾病(包括智力障碍、自闭症、多动症、精神分裂症、双相感情障碍、癫痫)的表型数据、大规模研究或案例报告中关注的候选基因,研究人员针对这些数据进行分层、多层次数据集成研究。研究人员将所发现的基因排为4个级别:一级为包含三个或三个以上新生致病性功能丧失突变体(de novo pathogenic loss-of-function variants)的基因,...
发布时间: 2016 - 05 - 15
浏览次数:18
回到顶部
Copyright © 2005 - 2013 南京集思慧远生物科技有限公司
犀牛云提供企业云服务
地址:江苏省南京市栖霞区仙林大学城纬地路9号江苏生命科技创新园F6栋522室
技术顾问:025-85381280/025-85380280行政人事:025-83361344
邮箱:tech@genepioneer.com
邮编:330520