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    发布时间: 2018 - 01 - 18
    枇杷分类地位:蔷薇科,苹果亚科,枇杷属枇杷原产中国东南部,因叶子形状似琵琶乐器而名。摘要植物SWEET家族是一个糖转运家族,在植物发育中扮演重要角色。本研究中,通过RNA-seq鉴定了7个枇杷的SWEET家族成员。分别命名为EjSWEET1,EjSWEET2a, EjSWEET2b, EjSWEET2c,  EjSWEET4,  EjSWEET15,  and  EjSWEET17。系统进化树和功能注释预测分析显示:枇杷SWEET家族有蔗糖、葡萄糖和果糖转运功能。通过对7月龄的枇杷幼苗施加高浓度的糖或盐,研究枇杷SWEET家族对外源糖或NaCl的响应。结果显示:大多数枇杷SWEET家族基因能够响应外源施加的蔗糖、葡萄糖、果糖和盐。材料与方法1、植物材料本研究采用“Zaozhong6”栽培种作为研究材料,将种子播种在土壤,待其长到10~~15cm时,选取90棵相同大小的植株随机分成15组,每组6棵,分别施加500mL的1M 蔗糖,葡萄糖和果糖,以及0.4M的盐溶液,对植株进行处理,施加等体积的水作为对照。在处理后的0, 4和8小时,收集嫩叶。2、RNA的提取和测序提取RNA,构建文库,用Illumina  HiSeq2000进行高通量测序。3、测序数据的分析转录组数据组装、拼接,获得Unigene ,然后对其进行GO,COG,KOG,KEGG注释。,找到了差异表达基因SWEET基因家族,对其进一步分析,运用在线数据库预测其可能的蛋白功能。4、SWEET家族系统发育进化树分析从数据库中下载已鉴定的植物SWEET序列,然后对其进行多重比对,系统发育进化树用MEGA6.0分析和作图。5、qRT-PCR表达分析用荧光定量方法对枇杷的SWEET家族成员在各种外源胁迫下的表达模式进行分析。结果1、SWEET家族基因的鉴定利用在线数据库:M...
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    发布时间: 2018 - 01 - 16
    摘要长苞铁杉是中国特有的濒临灭绝的针叶林种。本文利用高通量测序完成了一个长苞铁杉品种的叶绿体基因组的组装。组装出完整的叶绿体基因组大小为120,900bp,其中包含一段34,239bp的反向重复区域。基因组共包含127个基因(88个编码蛋白的基因、34个tRNA以及5个rRNA),这些基因组大多数都是单拷贝,然而其中29个编码蛋白基因、11个tRNA和1个rRNA是多拷贝。AT碱基含量占叶绿体基因组的60.6%,通过对20种裸子植物的叶绿体基因组构建进化树结果表明所有松科植物聚类到一个单支,而长苞铁杉和铁杉的亲缘关系最近。这项研究为未来濒临灭绝的地方性植物的基因组信息的获取提供研究方向。材料方法Tsuga longibracteata W. C. Cheng单株的新鲜叶片;测序平台:Illumina Hiseq4000 PE150,15.3M PE reads(平均覆盖深度185X);参考叶绿体基因组:铁杉(GenBank: LC095866);组装:NOVOPlasty;基因组注释:CpGAVAS;物理图:OGDRAW;20种叶绿体基因组alignment:MAFFT;NJ树:MEGA6.0;研究结果1、叶绿体基因组组装及注释结果长苞铁杉叶绿体基因组(120,900bp),大单拷贝区域(LSC)49,136bp,小单拷贝区域(SSC)10,426bp,88个编码蛋白的基因、34个tRNA以及5个rRNA2、裸子植物基因组系统发育树构建长苞铁杉属于松科-冷山亚科,与铁杉的亲缘关系最近文章总结对在中国濒临灭绝的长苞铁杉进行叶绿体基因组测序,组装出完整的叶绿体基因组并完成注释,保留了该物种的叶绿体基因组资源。通过与其他多种裸子植物的叶绿体基因组比较,构建系统发育树,结果表明长苞铁杉和铁杉的亲缘关系最近,符合生物学分类。为今后铁杉属其它物种叶绿体基因组研究提供方法和基础。参考文献...
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    发布时间: 2018 - 01 - 16
    摘要在农业系统中土壤中的古细菌对氮、碳、硫等营养元素的循环是有重要作用的。本研究的目的是对古细菌16S rRNA基因进行高通量测序,评估进行了15年谷类-豆类作物轮作的耕作制度对土壤古细菌群落结构的影响。耕作处理包含:去除残茬的常规耕作(T)、免耕去除残茬(NT)、不去残茬的常规耕作(TS)、免耕不去除残茬(NTS);结果表明丰度最高的为泉古菌门(96%),其次分别是广古菌门(Parvarchaeota和其他门水平古菌()。OTU的统计结果表明物种丰度:NT NTS TS T(取样深度为0-10cm),影响微生物群落的因素分析结果表明主要是耕作制度,而非留茬或留茬-耕作之间互作。非多维尺度分析(NMDS)通过取样深度,清楚的将微生物分为不同的组别。线性判别分析(LEfSe)结果表明,泉古菌门和奇古菌门在去除残茬的常规耕作条件下的0-10cm样品中显著富集的,而广古菌门和热源体纲是在不去残茬的常规耕作条件下的样品中显著富集的。保护性的耕作制度(NT、NTS)提升古菌的平均分布,而常规的耕作制度(T、TS)对某些古细菌会产生富集影响。材料方法取样:四种耕作条件(0-10cm、10-30cm)各随机取3个点的样品,然后每个点的3个生物学重复混样,再平均分成3个次级样品(共24);测序方案:Illumina Hiseq,16S rRNA (V3-V4);clean tag:11,093-20,601;测序reads组装:PANDAseq,嵌合体去除:USEARCH v7.1,OTU聚类:UPARSE(97%相似度),OTU注释分类:UCLUST,Alpha /Beta多样性分析:QIIME。研究结果1、微生物群落结构统计分析四种处理下0-10cm土壤中古细菌的OTU个数之间都差异显著,耕作的影响差异显著,残茬或残茬和耕作互作影响差异不显著。10-30cm土壤中古细菌的OTU个...
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    发布时间: 2018 - 01 - 09
    点带石斑鱼是一种原生雌雄同体海水鱼,由于其良好的肉质性质,在中国大受欢迎,具有很高的商业价值。最近,由于纳米技术的快速发展,铜纳米粒子(Cu-NPs)在日用消费品以及电子,医疗,生物科学等行业的应用日益增多。尽管纳米技术产品的广泛应用会带来明显的好处,但是对海洋环境的影响以及与水生生物群可能的相互作用的知识却很少见。铜纳米粒子可以积累在水生生物体中,并转移到更高的营养级别,对动物和人类构成健康危害。应用于纳米毒理学的转录组学和蛋白质组学可能有助于了解不同类型Cu污染物在水生生物体中的主要毒性机制和作用模式,并有助于识别纳米粒子暴露和影响的新颖和无偏见的生物标志物。表征转录组和蛋白质组可能提供了深入了解铜诱导鱼肝反应的分子机制,可能是一种有效的方法来识别新蛋白质,以及评估生态风险。在本研究中,使用暴露于Cu-NPs或CuSO4 24h的E. coioides幼鱼的肝脏来表征差异表达的基因和蛋白质,并鉴定对Cu-NPs或CuSO4毒性具有特异性的新的分子生物标志物。4的点带石斑鱼的转录组学,蛋白组学和生理学分析" title="暴露于Cu-NPs或CuSO4的点带石斑鱼的转录组学,蛋白组学和生理学分析"/01材料与方法1.1粒子特性通过电感耦合等离子体发射光谱(ICP-OES)确定两个组分中Cu的浓度。每个样品6个重复。通过X射线粉末衍射研究在海水中发生的Cu-NP的组成变化。离心后收集样品,经过夜真空干燥。将干燥的样品立即置于气密的小瓶中,并使用X射线粉末衍射进行分析。1.2鱼的饲养和24h LC50计算适应后,将6组鱼(每组10只,平均体重3.1±0.2g)随机放入装有50L过滤海水的容器中,然后暴露于不同浓(0,1.6,2.4,3.7,5.8或9.0mg Cu L-1)Cu-NPs。在接触期间,鱼不喂食,死鱼也被...
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    发布时间: 2017 - 12 - 21
    摘要低剂量的、不会杀死细胞的辐射处理会对病理学的临床表现造成强烈的影响,包括微生物和宿主基因表达的变化。尽管肠道微生物对维持人类身体健康的必要性已经广为人知,但是辐射对微生物群落的改变机理仍然了解的很少。本研究将小鼠暴露在高LET(线性能量传输)辐射下,观察肠道微生物组分和功能的潜在变化。同时发现多种与酶的活性相关的代谢物丰度也发生了显著的变化。分析结果表明在不同剂量的辐射下微生物和代谢物的组分会发生动态变化,这可能是由于不同辐射剂量对微生物生态与宿主细胞损伤修护过程中的信号互作的影响产生的结果。除了微生物的群落结构发生变化外,一系列和微生物特异酶促反应相关的通路活性也发生了变化,包括碳水化合物的消化和吸收以及脂多糖的生物合成等,而响应辐射剂量变化的如磷脂酰肌醇信号通路会影响特定生物学分类微生物的丰度。材料方法6个月大的雄性小鼠,16O (600 MeV/n)四种辐射剂量(空白对照、0.1、0.25、1Gy)处理(每种处理各10只小鼠);测序平台:Illumina HiSeq 2500,16S rRNA V4(F515/R806);微生物种类丰度、多样性分析:QIIME;α多样性分析:Faith’s phylogenetic diversity metric (PD);β多样性分析:PCoA(非加权UniFrac距离);16S rRNA测序样品的KO功能注释:PICRUSt;小鼠粪便代谢组:UPLC-ESI-QTOF-MS;代谢物鉴定数据库:Metlin,HMDB(一级质谱);mass tolerance thresholds:1-7.5ppm。(质荷比误差范围);代谢网络互作图:内部脚本(通过计算所有微生物可能的得分);代谢物网络模型:依靠KEGG数据库中的不可逆酶活反应(KEGG REST API);研究结果1、小鼠在不同剂量LET辐射下粪便中微生物的变化a.不同剂量辐...
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    发布时间: 2017 - 12 - 18
    东方粘虫中甲壳素合酶A的鉴定和功能分析几丁质是最常见的氨基多糖,广泛分布于真菌,线虫和节肢动物。在昆虫和其他节肢动物中,几丁质是表皮外骨骼和一些内部结构的重要组成部分。通过控制几丁质的合成和降解,可以控制这些生物体的生长,发育和生命。甲壳素生物合成途径涉及8个关键调控酶,最后一步是甲壳素合成酶(CHS),其他包括海藻糖和己糖激酶。Mythimna separata(Walker)属于鳞翅目,夜蛾科,寄主于麦,稻,栗,玉米等禾谷类植物,以幼虫食叶,大发生是可将作物叶片全部食光,造成严重损失。因其群聚性、迁飞性、杂食性、暴食性,成为重要的农业害虫。利用RNAi技术结合转录组测序和蛋白组学技术阐述甲壳素合酶A对东方粘虫生长发育的调控。                                                                                                01  材料与方法转录组学测序平台:Hiseq 2500蛋白质组学检测平台:HPLC分级分离和LC-MS/MS  02  结果与分析2.1 MysCHSA cDNA的分离和鉴定MysCHSA全长序列为4,759bp(GenBank登录号:KT...
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Hot News / 热点新闻
2016 - 05 - 13
查看: 198
平台概况:MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术,它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构,能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性,这让MiSeq成为快速高效的测序平台,适合广泛的应用。 MiSeq特性:·现有NGS平台中最短的实验...
2016 - 03 - 24
查看: 129
摘 要:Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因,利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列,开发了 STS 标记 Xmp931,转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936;同时,利用粗山羊草基...
2018 - 06 - 20
查看: 95
摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅...
平台概况:源自行业领先的Illumina新一代测序(NGS)产品线,NextSeq500系统可同时提供高通量的测序能力,以及桌面式测序系统的操作便捷性。它的快速、一体化、从样本到结果的便捷流程,可以在一次运行中实现快速的外显子组、全基因组和转录组测序,同时还可以根据需要调节到较低的测序通量。此系统无需其他特定的配套设备,即可整合入研究实验室,Illumina的科学家可在全过程的每一步提供支持,使得研究者可以专注于获得突破性的发现。NextSeq 500则旨在以MiSeq的大小提供HiSeq的性能。集高通量测序的性能和台式测序仪的简约为一体,是目前唯一一款可实现外显子组、转录组和全基因组测序的台式测序仪。它可在两种模式下开展测序实验:高产量(High Output)和中等产量(Medium Output),在单次运行中可获得20-120 Gb的数据,为您带来广泛的应用灵活性。与MiSeq一样,NextSeq 500的整个流程也非常简单。制备好的文库可直接上样到系统。整合的簇生成实现了单分子的自动化克隆扩增。产生的DNA簇在NextSeq 500系统上测序,利用Illumina边合成边测序(SBS)技术及专利的可逆终止子原理。凭借成熟的SBS技术,NextSeq 500系统带来了行业领先的测序准确性,其中75%以上的测序碱基都高于Q30。 性能参数: 应用高通量流动...
发布时间: 2016 - 05 - 13
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平台概况:HiSeq  X Ten只有一个应用—人类基因组重测序。能在一天时间内产生600G数据,足以得到5个人类的基因组;或是在不到三天的时间里产出1.8T数据。 HiSeq X Ten采用了新的芯片技术,提高了cluster的密度,大大压缩了测序周期。目前HiSeq采用的flow cell上,cluster是随机产生排布的;而HiSeq X Ten的clusters在nanowells中产生,有固定的精确位置。通过这个技术改进,可以得到更多的数据,同时图像处理也更为简便。这个测序仪配备了双向扫描,能把扫描速度提升6倍,同时还采用了新的软件处理大数据量,快速的双端测序转变,以及新的聚合酶。 HiSeq  X Ten优势:HiSeq  X Ten是有史以来大的测序平台,专为群体规模的人类基因组测序而设计。此平台包括10台超高通量的测序仪,每年可完成18,000个基因组的测序。HiSeq  X Ten能够带来1000美元的人类基因组,让人类全基因组的测序比以往任何时候都更加经济和方便。 群体规模研究:HiSeq  X Ten是寻求推动基因组科学向前发展的基因组中心、合作者或国家的理想选择。凭借无以伦比的速度和通量,HiSeq  X Ten为群体规模的人类基...
发布时间: 2016 - 05 - 13
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平台概况:HiSeq 3000/HiSeq 4000测序系统是illumina公司于2015年1月新推出的两款测序系统。HiSeq 3000和4000系统是基于HiSeq 2500系统,并利用了为HiSeq X Ten系统而开发的patterned流动槽技术。其中hiseq3000采用单流动槽,Hiseq4000采用双流动槽。HiSeq 4000系统提供了最高的通量和每个样品的最低价格,适合广泛的应用。而单流动槽的HiSeq 3000系统则享有同样的低价格和快速运行时间。HiSeq 4000的能够在3.5天内测序12个基因组、100个转录组或180个外显子组;同时读长更长,2×150bp的超长读长,能获得更佳的序列拼接效果; HiSeq 3000通量为HiSeq 4000的一半。 性能参数:HiSeq 3000HiSeq 4000每次运行流动槽数11/2数据产出2×150bp2×75bp1×50bp 630-750 Gb315-375 Gb105-125 Gb 1300-1500 Gb650-750 Gb215-250 GbCluster Passing Filter (Single Reads)2.1-2.5 billion4.3-5billion高于Q30的碱基>75%>75%每日数据产出>200 Gb>40...
发布时间: 2016 - 05 - 13
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平台概况:HiSeq 2500系统是Illumina第一台特有两种运行模式的测序系统,包括快速和高通量两种模式,可使用一个或两个flowcells,具有很强的灵活和可扩展性。使用HiSeq v2试剂进行快速运行模式,可将读长提高到2x250 bp,快速模式提供更加快速的结果、数量有限样品的高效处理,以及更长的末端配对读取,这带来了更深度的覆盖,并改善de novo应用的组装。 性能参数:性能参数高产量模式快速运行模式读长(bp)2×1002×1002×150产量(Gb)~600~120~180运行时间~11天~27小时~39小时高于Q30的碱基>80%>90%>75%通过过滤的读取>90%>90%>90%流动槽数量222通过/流动槽822簇生成cBot一体化一体化适用范围: 1. 基因组de novo测序2. 基因组重测序3. 转录组测序4. 小RNA测序5. ChIP-Seq测序6. 甲基化测序
发布时间: 2016 - 05 - 13
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