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    发布时间: 2018 - 09 - 13
    基于iTRAQ的蛋白质组学和RNA序列分析揭示一个调控石榴果皮颜色的复杂网络摘要01果皮颜色是影响石榴果实商品性的重要因素。因此,阐明果皮颜色发育的遗传机制,可为提高果皮颜色的石榴品种选育提供参考。在本研究中,基于iTRAQ的蛋白质组水平分析与基于RNA序列的转录组水平分析相结合,以检测与果皮颜色发育相关的蛋白质和基因。分析了“Tunisia”(红色水果)和“White”(白色水果)石榴品种在果实发育的两个阶段。在蛋白质组学和转录组学中,共鉴定出27个差异丰富的蛋白质(增加的丰度)和54个不同表达的基因(16个上调,38个下调)。所鉴定的蛋白质和基因参与了花青素、二苯乙烯类、二芳基庚烷类、姜醇类、蚕豆类和苯丙素的生物合成,从而促进了石榴果皮颜色的形成。几种候选蛋白和基因与石榴果皮颜色有关的化合物和色素的一般反应(PAL;4CL;DFR;LDOX/ANS;CHS;and F3′5′H)和糖基化(GT1 and UGAT)相关的酶对应。互补蛋白质和转录组水平分析揭示了控制果皮颜色的复杂分子网络。本研究筛选出的候选基因可为石榴新品种的标记育种提供参考。材料与方法02材料:“Tunisia”(TP,红色果皮)和“White”(SP,白色果皮)石榴,在果实着色和成熟期收集果皮,3个生物学重复方法:SPSS分析;iTRAQ;LC-MS/MS分析;RNA-seq分析;qPCR验证测序平台:HiSeq2000,PE100生信分析:蛋白质的鉴定和量化:Mascot 2.3.02;IQuant程序识别蛋白质;Mascot软件包报告峰面积自动选择多肽;SOAPnuke筛选测序数据;HISAT比对到参考基因组序列;TEREAD用于组装成转录本;使用Cufinks的参考基因模型进行比较;用RSEM对基因表达进行定量;Cufdif确定P值的阈值;利用KOBAS2.0网站对DAP或DEGS进行了KEGG...
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    发布时间: 2018 - 09 - 07
    摘要为了确认硒-壳聚糖对大鳞副泥鳅生长和肠道健康的影响,从15个PVC贮水池中随机收集的了450条鱼(初始平均体重5.0± 0.2 g),分别喂食0(C组)、0.6(T1组)、1.2(T2组)、1.8(T3组)、2.4(T4组)mg/kg硒-壳聚糖60天。生长参数(包括最终平均体重,生长速率,增重,存活率)在对照和实验组间并未发现显著差异。当喂食超过1.2 mg/kg硒-壳聚糖,发现实验组酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(ALP)、溶解酵素(LZM)活性显著受到影响。随着硒-壳聚糖喂食量的增加免疫球蛋白M(IgM)含量也在上升,T4实验组和对照组之间差异最大。进行16S rRNA测序分析,在T3和对照组间共鉴定到296个OTUs。α多样性分析结果表明随着硒-壳聚糖喂食量的增加微生物总的丰度和种类也在增加。其中丰度增加的包含拟杆菌门、蓝藻细菌、厚壁菌门,而变形菌门、放线菌门、梭杆菌门丰度是下降的。表明硒-壳聚糖的补充可能会影响泥鳅肠道的健康,同时在泥鳅养殖中可能有增强免疫的作用。材料方法大鳞副泥鳅共450只(初始平均体重5.0± 0.2 g),平均投放到15个相同PVC贮水池饲养,每三个PVC贮水池作为一组,分别喂食0(C组)、0.6(T1组)、1.2(T2组)、1.8(T3组)、2.4(T4组)mg/kg硒-壳聚糖60天。生成参数调查:最终平均体重,生长速率,增重,存活率;免疫指标调查:幽门盲囊至肛门前1cM间的肠子,切除并去除粪便,液氮速冻;ELISA kits检测酸性磷酸酶、碱性磷酸酶、溶解酵素活性;DNA提取样品:C组,T3组每个生物学重复取5条鱼,去除肠周围的脂肪堆积物,肠道内容物挤压出来并收集,混样用来提取DNA;16S rRNA测序:Illumina HiSeq,V4-V5可变区,扩增引物515F (5′-GTGCCAGCMGCCGCGG-3...
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    发布时间: 2018 - 08 - 30
    摘要细胞分裂素活化蛋白激酶(MAPK)级联反应是通用的信号转到模块,在植物的各种生物和非生物胁迫、激素、细胞分裂和发育过程中起着至关重要的作用。MAPK作为级联反应的一部分,对进一步适当的细胞反应起着重要的作用。尽管MAPK在几种模式植物中都有相关报道,但是目前在猕猴桃中还没有系统的分析。本文在猕猴桃基因组中共鉴定到18个可能的MAPK基因,并对该基因家族在基因组上的位置,基因结构,系统发育及保守motif进行了分析。系统发育分析结果表明猕猴桃的MAPK基因家族能够分类到5个亚家族,这些基因的motif在相同的亚家族组具有很高的相似度。基因结构分析表明猕猴桃MAPK家族基因的外显子个数从2-29个不等,表明该家族的基因之间存在很大的变异。利用qRT-PCR对该家族的基因进行定量分析,证实了该基因家族响应多种生物和非生物胁迫及激素处理,对胁迫响应和激素信号转导通路都有潜在的影响作用。材料方法猕猴桃品种“jinkui”,MS培养基生长,4周后进行激素、冷胁迫、热激处理、盐处理;长势正常的植株,用丁香假单孢菌处理植物根系。定量PCR平台:ABI 7300 Real-time PCR System,每种处理的0h当作标准“1”,热图构建:MeV4.8;MAPK鉴定:拟南芥MAPK(https://www.arabidopsis.org),葡萄MAPK(http://www.genoscope.cns.fr/ externe/GenomeBrowser/Vitis/),猕猴桃基因组(http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/kiwi/download.cgi),BLASTP(阈值设置1x e -50),HMMER比对猕猴桃蛋白数据库;然后分析基因序列是否包含TDY或TEY motif以及11个保守亚结构域(符合条件的鉴定为预测MAPK基因)。蛋白分...
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    发布时间: 2018 - 08 - 22
    南京集思慧远客户发表麻栎叶绿体全基因组序列及系统发育分析IF=3.687麻栎(Quercus Acutissima)是栎属重要的特有生态植物,广泛分布于全国各地。然而,对其叶绿体基因组的研究却很少。在本研究中,对麻栎的叶绿体(Cp)全基因组进行了测序、分析,并与壳斗科家族4种植物进行了比较。麻栎叶绿体基因组的大小为161124bp,包括1个90,423 bp的大单拷贝(LSC)区和一个19,068 bp的小单拷贝(SSC)区,由51,632 bp的两个反向重复区(IR)隔开。全基因组的GC含量为36.08%,LSC、SSC和IR的GC含量分别为34.62%、30.84%和42.78%。麻栎叶绿体基因组编码136个基因,其中蛋白质编码基因88个,rRNA基因4个,tRNA基因40个。在重复结构分析中,麻栎叶绿体基因组中共检测到31个正向重复、22个反向重复序列和65个简单序列重复位点。基因组中丰富的简单序列重复位点(SSRs)的存在表明了未来群体遗传工作的潜力。基因组比较表明,LSC区比SSC区和IR区的差异更大,非编码区的差异比编码区的差异更大。25个物种的系统发育关系推断,栎属的成员不形成进化枝,而麻栎(Quercus acutissima)与栓皮栎(Q.variabilis)密切相关。本研究确定了麻栎叶绿体基因组的独特特征,为物种鉴定和生物学研究提供了理论依据。材料方法材料:在南京林业大学和南京紫金山分别种植麻栎,收集新鲜的叶子用冰冷冻,并立即储存于-80֯C,以供后期分析。方法:测序平台:Illumina Hiseq 2500;数据质控:Fastqc;组装软件:NOVOPlasty;注释:CpGAVAS;检测注释结果:Dogma和BLAST;鉴定tRNA:tRNAcanse;图谱绘制:OGDRAWv1.2;用MISA和REPuter对SSRs和long repeat进...
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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    南京集思慧远客户发表不同耕作方式下小麦豌豆轮作区细菌和真菌多样性评价Canadian Journal of Soil Science      IF=1.08土壤管理实践有可能改变农业领域微生物的多样性和功能。本研究旨在通过15年小麦-豌豆轮作试验,研究小麦-豌豆轮作试验中细菌和真菌的多样性。处理措施包括: 常规耕作,去掉残茬(T)、去掉碎秸的免耕(NT)、免耕与碎秸保留(NTS)和传统的带有残茬的耕作方式(TS)。采用高通量测序平台,对0-10 cm和10-30 cm土壤中细菌16S rRNA(V3 V4)和真菌ITS(ITS2)区基因进行了序列分析。在两个处理深度为97%的相似性发现的优势细菌和真菌门分别是蛋白细菌(Proteobacteria 26.3%),放线菌门(Actinobacteria 25.1%), 酸杆菌门(Acidobacteria 15.0%) ,芽孢杆菌门(Gemmatimonadetes 8.8%),子囊菌门(Ascomycota 85.8%) 和担子菌门(Basidiomycota 8.0%)。耕作和留茬效应与一些门有显著的相关性。免耕和留茬措施通过改善土壤化学性质影响真菌和细菌物种的多样性,而这些化学性质有可能影响土壤的生境和活性。因此,免耕和留茬可以改善黄土高原土壤质量,促进农业可持续发展。材料与方法材料:两次轮作和四次耕作处理:T、NT、NTS、TS。轮作顺序:W→P→W或P→W→P。在2016年进行W→P→W实验之前,采集土壤样品。取样期内在0~10cm和10~30cm的深度范围内随机抽取3个土心样品,将每个地块的三个土心汇集在一起,形成一个复合样品,立即储存在干冰上,一部分存入-80oC用于分子实验,一部分存入4oC进行微生物碳/氮分析,其余样品风干进行其他化学分析。方法:PH计测定PH;Walkley-...
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    发布时间: 2018 - 08 - 17
    SQANTI:广泛分析全长转录组测序数据,用于全长转录组鉴定和定量中的质控摘要      使用三代测序进行全长转录组高通量测序为发现数千种新的转录本铺平了道路,甚至在注释良好的哺乳动物物种中也是如此。测序技术已经发展成为研究的必需品及能够发现变异体的工具。本研究介绍了SQANTI,一种用于三代转录组测序分类的自动化方法,它可以使用47个唯一的描述符来评估数据和预处理方法的质量。以小鼠神经转录组((PacBio三代测序)为例来说明SQANTI是如何有效地分析全长转录组的组成。通过RT-PCR对 ToFU处理过的PacBio的转录本进行整体评估,发现许多新的转录本是测序方法的技术伪影,SQANTI质量描述符可以用来设计过滤策略删除它们。在这些精确的转录本中,大多数新的转录本都是现有剪接位点的新组合,既丰富了一般代谢功能,也丰富了神经特异性功能。本研究揭示了:这些新的转录本对正确量化转录水平(通过最先进的基于二代的量化算法)有着重要的影响。通过将SQANTI处理过的转录本和公共蛋白质组学数据库进行比较,发现在蛋白质组学检测中,很难进行可替代的异构体检测。SQANTI允许用户最大限度地利用三代测序的分析结果,通过提供质量评估来精确转录本质量。SQANTI介绍     SQANTI是用Python实现的,用R进行统计分析和生成描述性绘图。其程序有两个主要功能:sqanti_qc.py 和sqanti_filter。     sqanti_qc.py:(1)根据所提供的参考序列校正转录本,并返回校正后的转录本。(2)将测序的转录本与现有的基因组注释进行比较,生成基因模型,并根据剪接点对转录本进行分类。(3)利用GeneMarkS-T对ORFs进行了预测。(4)运行了预测RT切换的算法;(5)返回转...
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Hot News / 热点新闻
2016 - 05 - 13
查看: 185
平台概况:MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术,它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构,能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性,这让MiSeq成为快速高效的测序平台,适合广泛的应用。 MiSeq特性:·现有NGS平台中最短的实验...
2016 - 03 - 24
查看: 114
摘 要:Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因,利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列,开发了 STS 标记 Xmp931,转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936;同时,利用粗山羊草基...
2018 - 06 - 20
查看: 89
摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅...
蛋白质组学是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态,了解蛋白质之间的相互作用与联系,揭示蛋白功能与细胞生命活动规律的一个新的研究领域。Q:什么样的样本可以做蛋白定性分析?A:蛋白质溶液、SDS-PAGE条带(考染、银染条带清晰可见)、Western blot目标条带、双向凝胶电泳点等样本,符合送样要求均可进行蛋白质定性,就样本不同定性出来的蛋白质数量会有差别。Q:蛋白全谱分析能鉴定多少蛋白?A:蛋白全谱分析鉴定的蛋白数与物种、样本中蛋白质含量及复杂程度、蛋白组分分离程度、数据库的完整度都有很大的关系。一般情况下,一次全谱分析可以鉴定3000-5000种蛋白;但一般胶条可以鉴定几种到几百种蛋白质。Q:双向凝胶电泳与质谱联用鉴定蛋白的过程是什么?A:通过对蛋白质双向电泳的图谱扫描,进行谱图差异分析,找出差异点切出,进行脱色、酶解、质谱检测,得到质谱原始数据文件,通过数据库搜索可以得到差异点蛋白质的详细信息。Q:目前可进行蛋白全谱分析的物种有哪些?A:只要数据库中该物种或近缘物种的蛋白质组数据趋于完整,基因组序列或转录组数据已知,均可进行蛋白全谱分析。对于以上条件不满足的物种,可在蛋白质组全谱分析的同时,做一个基因组或转录组测序,以便为蛋白全谱分析提供支持。因此,理论上所有的物种均可进行蛋白全谱分析。Q:iTRAQ定量蛋白质组和2-DGE相比,有什么优势?确实...
发布时间: 2017 - 06 - 09
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1、长非编码RNA 建库时为什么只去除 rRNA:•  与 mRNA 相似,有一部分长非编码 RNA 具有 polyA 尾,用去除 rRNA 的方法能够最大限度地保留含有polyA 尾的长非编码RNA。而对于去除 mRNA,目前用到的方法主要为Oligo dT 磁珠调离的方法,此方法会去除包含有polyA 尾的长非编码RNA。
发布时间: 2017 - 05 - 11
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在高等生物细胞内除了细胞核遗传外,细胞质遗传也是很重要的一方面,其主要物质是——线粒体和叶绿体。然而由于受到各项技术的限制一直以来研究的甚少。随着高通量测序技术的发展和生物信息算法的改进, 越来越多的动植物线粒体和叶绿体基因组被破译组装出来。由于细胞器基因组序列也能为研究生物的分子生态及进化提供了重要的资源和信息,因此细胞器基因组测序也掀起了新的热潮。技术流程经典案例 1 莲的线粒体基因组揭示古老进化遗迹The mitochondrial genome map of Nelumbo nucifera reveals ancient evolutionary features (Scientific Reports, 2016, IF=5.2)        莲是一种白垩纪晚期的进化遗迹。 本文对莲的线粒体基因组进行 SMRT 平台测序, 并对叶绿体基因组进行 de novo组装以及注释。 结果共组装出 524,797bp 莲的线粒体基因组, 共包含 65 个基因, 其中 40 个编码蛋白的基因、 3 个 rRNA基因以及 20 个 tRNA 基因。 由 15 个共线性基因构成的基因簇在不同的植物中是保守的。 在编码蛋白的基因中鉴定到大约 700 个 RNA 编辑位点。 通过选择压力分析鉴定到来自叶绿体的...
发布时间: 2017 - 04 - 29
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1、生物学重复间相关系数低问题:•  实验技术重复高,生物学重复和处理有关,样品本身导致重复间差异因素就很不好控制,是由于样品问题导致的生物学重复相关系数较低。•  可用无生物学重复,按照之前的比较再做差异及富集分析,让老师关注感兴趣较为符合预期的基因功能(代谢过程),可以通过实验的手段q-PCR等,弥补生物学重复的不足,只要找到解释生物学现象的插入点,写文章就没有问题。 2、转录组测序后续验证实验:•  最常见的是实时荧光定量PCR,也可以通过Northern blot 技术验证。这两种技术都可以从表达趋势上验证测序结果的准确性。•  另外对转录组测序挖掘出的目标性状功能基因的功能验证则可通过转基因验证。 3、转录组测序深度的问题:•  转录组测序中没有提到测序深度,因为基因的表达有高有低。•  但涉及到测序深度问题,可用测序量除以编码区域的大小(一般在30M-60M)。比如水稻测序4G数据量,水稻编码区域(40M),则测序深度为100x。 4、原核生物转录组测序,推荐的数据量:•  原核生物一般基因组比较小,转录组测序时一般推荐测2G的数据量。
发布时间: 2017 - 04 - 22
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