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    发布时间: 2018 - 10 - 26
    水稻白叶枯病(Xoo)引起水稻细菌性疫病(BB),是世界各地水稻生长最广泛、危害最严重的病害之一。褪黑素通过诱导植物天然免疫增强病原菌抗性,但褪黑素对植物致病菌的直接作用尚不清楚。本论文研究了褪黑素对Xoo的直接作用,结果表明外源性褪黑素200μg/mL可明显抑制Xoo的增殖,降低5个细胞分裂相关基因的mRNA表达。这种浓度的褪黑素也抑制了Xoo的运动和生物膜的形成。值得注意的是,褪黑素可以改变Xoo细胞的长度。为了更深入地了解这种抗菌作用的机制,本研究采用RNA-Seq检测了200μg/mL褪黑素对Xoo菌株PXO99全局基因表达的影响。褪黑素处理后,Xoo细胞中与催化活性和金属结合活性相关的差异表达基因(DEGS)被下调。此外,对碳水化合物和氨基酸代谢的DEGs也受到下调。这些结果提示褪黑素抑制Xoo增殖的机制可能涉及调节细胞分裂,同时降低参与新陈代谢的酶的浓度或活性。材料与方法细菌菌株与植物采用剪叶法对水稻叶片接种Xoo菌株PXO99进行致病性试验。用无针注射器法对烟叶接种PXO99进行过敏反应(HR)监测。褪黑素对细菌生长影响的测定对不同浓度(0、200、400或1000μg/mL)褪黑素及无褪黑素(0μg/mL)的甲醇(MeOH)溶剂处理的细菌菌株每3h测定一次OD600,直至细菌生长达到静止阶段。每个实验进行三次,每个实验重复三次。透射电镜观察对不同浓度(0、200或400μg/mL)褪黑素及无褪黑素(0μg/mL)的甲醇(MeOH)溶剂处理的细菌标本做阴性染色,然后用相机拍摄。细胞运动和生物膜形成的测定对不同浓度(0、10、40或250μg/mL)褪黑素及无褪黑素(0μg/mL)的甲醇(MeOH)溶剂处理的Xoo菌株PXO99进行细胞运动和生物膜测定,每个实验进行三次,每次实验分别重复五次和六次。内源性褪黑素的测定利用LC-MS对不同浓度褪黑素(0或200μg...
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    发布时间: 2018 - 09 - 27
    发表期刊:BMC Plant Biology影响因子:3.930(SCI二区)研究背景红豆杉属植物由于其天然产物紫杉醇是一种成功的抗癌药物而备受关注。密叶红豆杉T. fuana和云南红豆杉T. yunnanensis是分布在喜马拉雅山上两种濒危红豆杉品种。近年来,紫杉醇的市场需求超过供应,受到几个限制条件的限制,如红豆杉生长缓慢、紫杉醇含量低和合成路线复杂。目前紫杉醇的生物合成途径已经被揭示,产生了大量的紫杉醇前体、中间体和衍生物。到目前为止,已鉴定出红豆杉属14种植物,但不同品种和品种间积累的紫杉醇含量差异很大。对这两种形态相似的红豆杉种类之间的紫杉醇类化合物以及其他次级代谢产物的种间差异性积累的代谢特征的研究将促进高产品种的繁育,并揭示物种和环境依赖的代谢变化的机制。本研究可为这两种濒危红豆杉种质资源的保存提供有价值的信息。材料与方法1.植物材料分别采自西藏吉隆和西藏墨脱15株独立的10年生密叶红豆杉T. fuana和云南红豆杉T. yunnanensis的新鲜小枝(图1a),吉隆平均海拔4000米,莫陀岛平均海拔1200米。2.非靶标代谢组学样品:两种红豆杉新鲜枝条样本25mg,设置15个生物重复(15株)。检测平台:UPLC-Triple-TOF-5600+(AB SCIEX)Q,采用DIA数据采集模式。此外,每10个样品分析一次QC样品。3.生物信息学分析数据预处理:XCMS软件;代谢物匹配:KEGG、HMDB数据库(10ppm);数据过滤:在不到50%的QC样品或80%的生物样品中检测到的特征被去除,并利用k近邻算法对缺失值的剩余峰值进行估计,进一步提高数据质量。此外,计算所有QC样品中代谢特征的相对标准偏差,然后去除那些30%的相对标准偏差。4.紫杉醇类化合物和黄酮类化合物靶标测定样品:分别从两种红豆杉的6棵树采集新鲜枝条,样品在40℃下完全干燥,然后研磨成粉...
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    发布时间: 2018 - 09 - 20
    摘要本文首次给出了荷包牡丹亚科完整的质体基因组。与已经报道的两个罂粟科质体基因组相比,荷包牡丹质体基因组的大小、结构、基因数量及替换速率都有较大的不同。本研究团队打算构建一个模型解释新发现的重排现象,其中包括至少6个反向重复边界的位移和5个倒位,大量的基因复制和重新定位,反向重复区和小单拷贝区2倍的扩张。从单拷贝区转移至反向重复区基因的替换速率降低,accD和clpP替换速率提高。accD替换速率的升高和一个大的氨基酸重复(AAR)Motif插入有关,但clpP替换速率的升高原因不明。分析发现荷包牡丹个体间accD和clpP有可变的AAR,此外比较三个罂粟科质体基因组发现:罂粟rps15失去了编码功能,但是发现了其功能转移到细胞核中。材料方法新鲜植物叶片(单株荷包牡丹),200mg用于总DNA提取。测序方案:Illumina HiSeq 2000,71.2 million 100 bp PE reads,文库550bp。质体基因组组装:Velvet v1.2.10(k-mer),组装成包含一个拷贝IR的最大contig当作是一个完整质体,Geneious R7 v7.1.8(手动检查),基因组覆盖深度:Bowtie v2.2.9,注释:DOGMA,tRNA预测:tRNAscan-SE v1.3.1,ARAGORN v1.2.38,环状及线性质体基因组作图:OGDRAW v1.2,二级结构:tRNAscan-SE 2.0 web server。散布重复序列鉴定:blastn(11bp,e值1× 10-10,90%序列相似性),串联重复序列:Tandem Repeats Finder v4.09(默认参数)。组装结果验证:设计引物(Primer3),扩增产物用1.5%琼脂糖胶电泳评估。罂粟科三个物种+外群(领春木)质体基因组多比对:Mauve v2.3.1。基因排序和...
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    发布时间: 2018 - 09 - 17
    马铃薯CircRNA响应胡萝卜软腐果胶杆菌侵染的转录组鉴定和表征摘要目前关于circRNAs在马铃薯胡萝卜软腐果胶杆菌(Pectobacterium carotovorum subsp. Brasiliense,pcb)中交互作用的研究资料较少。本研究对马铃薯品种Valor(感病)和BP1(抗病)受Pcb感染的时间序列样品进行了circRNA的系统鉴定。共检测到2098个circRNA,约有一半(931,44.38%)是基因间区circRNA。差异表达分析检测到429个明显调控的circRNA,circRNA通过调节亲本基因和对miRNA的海绵作用来参与调节。亲本基因和miRNA靶向mRNA的GO富集揭示这些差异表达的circRNA参与了防御反应(GO:0006952)、细胞壁(GO:0005199)、ADP结合(GO:0043531)、磷酸化(GO:0016310)和激酶活性(GO:0016301),揭示了circRNA在调节马铃薯免疫应答中的作用。此外,加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现,circRNA与编码基因和lncRNA密切相关。它们共同被专一调控,以增强马铃薯对pcb感染的免疫反应,这意味着circRNA在重编程疾病应答转录组中的作用。文章的研究结果将为马铃薯--pcb相互作用提供新的见解,并可能引领未来新的疾病控制策略。前言先前的研究已经表明,lncRNA在响应Pcb感染马铃薯基因表达中起关键作用。然而,据我们所知,circRNA在马铃薯-Pcb相互作用中的作用目前尚不明确。在本研究中关注:(1)马铃薯感染Pcb后circRNA的鉴定和特性描述;(2)通过亲本基因和miRNA靶向mRNA的GO富集分析,差异表达circRNA参与了哪些通路,以揭示其在调节马铃薯免疫应答中的可能作用;(3)通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)推断编码基因,circRNA...
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    发布时间: 2018 - 09 - 13
    基于iTRAQ的蛋白质组学和RNA序列分析揭示一个调控石榴果皮颜色的复杂网络摘要01果皮颜色是影响石榴果实商品性的重要因素。因此,阐明果皮颜色发育的遗传机制,可为提高果皮颜色的石榴品种选育提供参考。在本研究中,基于iTRAQ的蛋白质组水平分析与基于RNA序列的转录组水平分析相结合,以检测与果皮颜色发育相关的蛋白质和基因。分析了“Tunisia”(红色水果)和“White”(白色水果)石榴品种在果实发育的两个阶段。在蛋白质组学和转录组学中,共鉴定出27个差异丰富的蛋白质(增加的丰度)和54个不同表达的基因(16个上调,38个下调)。所鉴定的蛋白质和基因参与了花青素、二苯乙烯类、二芳基庚烷类、姜醇类、蚕豆类和苯丙素的生物合成,从而促进了石榴果皮颜色的形成。几种候选蛋白和基因与石榴果皮颜色有关的化合物和色素的一般反应(PAL;4CL;DFR;LDOX/ANS;CHS;and F3′5′H)和糖基化(GT1 and UGAT)相关的酶对应。互补蛋白质和转录组水平分析揭示了控制果皮颜色的复杂分子网络。本研究筛选出的候选基因可为石榴新品种的标记育种提供参考。材料与方法02材料:“Tunisia”(TP,红色果皮)和“White”(SP,白色果皮)石榴,在果实着色和成熟期收集果皮,3个生物学重复方法:SPSS分析;iTRAQ;LC-MS/MS分析;RNA-seq分析;qPCR验证测序平台:HiSeq2000,PE100生信分析:蛋白质的鉴定和量化:Mascot 2.3.02;IQuant程序识别蛋白质;Mascot软件包报告峰面积自动选择多肽;SOAPnuke筛选测序数据;HISAT比对到参考基因组序列;TEREAD用于组装成转录本;使用Cufinks的参考基因模型进行比较;用RSEM对基因表达进行定量;Cufdif确定P值的阈值;利用KOBAS2.0网站对DAP或DEGS进行了KEGG...
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    发布时间: 2018 - 09 - 07
    摘要为了确认硒-壳聚糖对大鳞副泥鳅生长和肠道健康的影响,从15个PVC贮水池中随机收集的了450条鱼(初始平均体重5.0± 0.2 g),分别喂食0(C组)、0.6(T1组)、1.2(T2组)、1.8(T3组)、2.4(T4组)mg/kg硒-壳聚糖60天。生长参数(包括最终平均体重,生长速率,增重,存活率)在对照和实验组间并未发现显著差异。当喂食超过1.2 mg/kg硒-壳聚糖,发现实验组酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(ALP)、溶解酵素(LZM)活性显著受到影响。随着硒-壳聚糖喂食量的增加免疫球蛋白M(IgM)含量也在上升,T4实验组和对照组之间差异最大。进行16S rRNA测序分析,在T3和对照组间共鉴定到296个OTUs。α多样性分析结果表明随着硒-壳聚糖喂食量的增加微生物总的丰度和种类也在增加。其中丰度增加的包含拟杆菌门、蓝藻细菌、厚壁菌门,而变形菌门、放线菌门、梭杆菌门丰度是下降的。表明硒-壳聚糖的补充可能会影响泥鳅肠道的健康,同时在泥鳅养殖中可能有增强免疫的作用。材料方法大鳞副泥鳅共450只(初始平均体重5.0± 0.2 g),平均投放到15个相同PVC贮水池饲养,每三个PVC贮水池作为一组,分别喂食0(C组)、0.6(T1组)、1.2(T2组)、1.8(T3组)、2.4(T4组)mg/kg硒-壳聚糖60天。生成参数调查:最终平均体重,生长速率,增重,存活率;免疫指标调查:幽门盲囊至肛门前1cM间的肠子,切除并去除粪便,液氮速冻;ELISA kits检测酸性磷酸酶、碱性磷酸酶、溶解酵素活性;DNA提取样品:C组,T3组每个生物学重复取5条鱼,去除肠周围的脂肪堆积物,肠道内容物挤压出来并收集,混样用来提取DNA;16S rRNA测序:Illumina HiSeq,V4-V5可变区,扩增引物515F (5′-GTGCCAGCMGCCGCGG-3...
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Hot News / 热点新闻
2016 - 05 - 13
查看: 215
平台概况:MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术,它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构,能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性,这让MiSeq成为快速高效的测序平台,适合广泛的应用。 MiSeq特性:·现有NGS平台中最短的实验...
2016 - 03 - 24
查看: 148
摘 要:Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因,利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列,开发了 STS 标记 Xmp931,转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936;同时,利用粗山羊草基...
2018 - 06 - 20
查看: 107
摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅...
集思慧远于2017年7月11日正式取得两例计算机软件著作权登记证书。这两例计算机软件著作分别是集思慧远连锁不平衡衰减分析软件【简称:LDd‍ecay】和集思慧远基因表达模式层次聚类软件【简称ClusterGene】。随着公司的不断发展,公司整体研发实力也在公司不断上升,将会持续推出更多的计算机软件著作权。 备注:计算机软件著作权登记是我国著作权法规所规定的对计算机软件著作权保护的一项行政辅助管理措施,《计算机软件著作权登记办法》第二条和国务院18号文件均有规定,国家著作权行政管理部门鼓励著作权人进行计算机软件著作权登记,并对已登记的软件给予重点保护。 软件著作权登记文件是对登记事项的初步证明,对确定软件著作权的归属、理顺著作权关系、减少著作权纠纷以及打击非法盗版等有着积极的作用。
发布时间: 2017 - 07 - 20
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摘要低剂量的、不会杀死细胞的辐射处理会对病理学的临床表现造成强烈的影响,包括微生物和宿主基因表达的变化。尽管肠道微生物对维持人类身体健康的必要性已经广为人知,但是辐射对微生物群落的改变机理仍然了解的很少。本研究将小鼠暴露在高LET(线性能量传输)辐射下,观察肠道微生物组分和功能的潜在变化。同时发现多种与酶的活性相关的代谢物丰度也发生了显著的变化。分析结果表明在不同剂量的辐射下微生物和代谢物的组分会发生动态变化,这可能是由于不同辐射剂量对微生物生态与宿主细胞损伤修护过程中的信号互作的影响产生的结果。除了微生物的群落结构发生变化外,一系列和微生物特异酶促反应相关的通路活性也发生了变化,包括碳水化合物的消化和吸收以及脂多糖的生物合成等,而响应辐射剂量变化的如磷脂酰肌醇信号通路会影响特定生物学分类微生物的丰度。材料方法6个月大的雄性小鼠,16O (600 MeV/n)四种辐射剂量(空白对照、0.1、0.25、1Gy)处理(每种处理各10只小鼠);测序平台:Illumina HiSeq 2500,16S rRNA V4(F515/R806);微生物种类丰度、多样性分析:QIIME;α多样性分析:Faith’s phylogenetic diversity metric (PD);β多样性分析:PCoA(非加权UniFrac距离);16S rRNA测序样品的KO功能注释:PICRUS...
发布时间: 2017 - 06 - 17
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蛋白质组学是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态,了解蛋白质之间的相互作用与联系,揭示蛋白功能与细胞生命活动规律的一个新的研究领域。Q:什么样的样本可以做蛋白定性分析?A:蛋白质溶液、SDS-PAGE条带(考染、银染条带清晰可见)、Western blot目标条带、双向凝胶电泳点等样本,符合送样要求均可进行蛋白质定性,就样本不同定性出来的蛋白质数量会有差别。Q:蛋白全谱分析能鉴定多少蛋白?A:蛋白全谱分析鉴定的蛋白数与物种、样本中蛋白质含量及复杂程度、蛋白组分分离程度、数据库的完整度都有很大的关系。一般情况下,一次全谱分析可以鉴定3000-5000种蛋白;但一般胶条可以鉴定几种到几百种蛋白质。Q:双向凝胶电泳与质谱联用鉴定蛋白的过程是什么?A:通过对蛋白质双向电泳的图谱扫描,进行谱图差异分析,找出差异点切出,进行脱色、酶解、质谱检测,得到质谱原始数据文件,通过数据库搜索可以得到差异点蛋白质的详细信息。Q:目前可进行蛋白全谱分析的物种有哪些?A:只要数据库中该物种或近缘物种的蛋白质组数据趋于完整,基因组序列或转录组数据已知,均可进行蛋白全谱分析。对于以上条件不满足的物种,可在蛋白质组全谱分析的同时,做一个基因组或转录组测序,以便为蛋白全谱分析提供支持。因此,理论上所有的物种均可进行蛋白全谱分析。Q:iTRAQ定量蛋白质组和2-DGE相比,有什么优势?确实...
发布时间: 2017 - 06 - 09
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1、长非编码RNA 建库时为什么只去除 rRNA:•  与 mRNA 相似,有一部分长非编码 RNA 具有 polyA 尾,用去除 rRNA 的方法能够最大限度地保留含有polyA 尾的长非编码RNA。而对于去除 mRNA,目前用到的方法主要为Oligo dT 磁珠调离的方法,此方法会去除包含有polyA 尾的长非编码RNA。
发布时间: 2017 - 05 - 11
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