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    发布时间: 2018 - 02 - 28
    今年2月,与集思慧远合作的客户在Scientific Reports杂志上发表了一篇题为"Comparative transcriptome analysis reveals molecular response to salinity stress of salt-tolerant and sensitive genotypes of indica rice at seedling stage"的文章,通过转录组测序及基因结构分析,为基因型间耐盐机制提供了基础。低温、干旱和盐碱化等非生物胁迫对植物的生长和生产力构成了极大的威胁。随着现代农业的发展,土壤盐分已成为一种环境。许多研究表明,土壤中过高的盐分会抑制植物根系的整体营养供应和元素吸收。水稻是起源于亚洲的禾本科植物,是世界上最重要的粮食作物之一。由于它的基因组相对较小,其也被认为是单子叶植物基因组研究的模型,并且水稻是一种无法摆脱环境压力的植物。因此,盐分胁迫是对水稻生产力的全球性威胁。全球变暖导致盐的持续入侵,势必会阻碍沿海地区和其他盐碱地区的水稻种植。在本研究中,为了全面了解盐胁迫对水稻的分子响应,对水稻幼苗叶片进行了转录组分析。本研究使用两个水稻亚种籼稻品种,包括耐盐基因型Xian156和盐敏感基因型IR28。在施盐后0h、48h和72h,从这两种基因型中获得了18个RNA文库,共鉴定了1,375个新基因和148,286个新基因结构的SNPs。栽培水稻有许多野生亲缘关系,其中一些亲缘关系已经利用基因组和转录组的高通量测序进行了研究,其中包括Oryza rufpogon Griff。本论文是第一个使用水稻亚种籼稻作为实验材料的转录组报告,这也是一种有价值且广泛分布的水稻亚种。此外还进行了GO分类和功能分析,以更好地理解盐胁迫响应DEGs的功能。这些基因主要参与激素和钙信号传导...
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    发布时间: 2018 - 01 - 24
    黄芪蒙古黄芪是一种在干旱,半干旱地区成功发展起来的中草药。目前,由于野生资源的短缺,了解药草对干旱胁迫的抗性有助于指导种植和优化产量,对生态环境恢复和地方经济发展具有重要作用。本研究结合转录组学和代谢组学分析黄芪对不同干旱水平的特定基因型的响应。1材料与方法1.1植物材料和实验设计选择平均高度为15.0±0.4cm的健康苗,每盆5株幼苗,随机分成两组:一组正常浇水(上午8点每两天浇水),第二组不浇水模拟干旱胁迫14d。在第0,2,4,6,8,10,12和14天,随机挑选6个盆采集样品:3个根样品迅速在液氮中冷冻清洗,置于-80℃保存;8个根样品用于代谢物分析,置于-20℃保存。另外,叶片样品用于生理指标(RWC(%))测定。1.2转录组学分析测序平台:Illumina HiSeq 2000分析软件:Cluster 3.0和JavaTreeview软件1.3代谢组学分析检测平台:1H-NMR光谱法配备有反相冷冻探针的600MHz Bruker光谱仪分析软件:Chenomx NMR Suite 7.7软件用于物质的定性和定量2结果与分析2.1干旱驯化过程中的生理变化Fig. 1 Physiological changes of A. mongolicus during progressive drought stress.图1 蒙古黄芪对渐进干旱胁迫产生的生理变化注:a. 干旱胁迫对土壤含水量(SWC)的影响。b. 干旱胁迫对叶片相对含水量(RWC)的影响。c. 干旱胁迫对根干重的影响(n=8)。根据干旱胁迫下的生理变化,选择了四个关键时点:0d(A),6d(B),10d(C)和14d(D)。2.2渐进干旱胁迫蒙古黄芪的转录组学分析Table 1 Summary statistics of sequencing results.表1 序列统计分析结...
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    发布时间: 2018 - 01 - 18
    枇杷分类地位:蔷薇科,苹果亚科,枇杷属枇杷原产中国东南部,因叶子形状似琵琶乐器而名。摘要植物SWEET家族是一个糖转运家族,在植物发育中扮演重要角色。本研究中,通过RNA-seq鉴定了7个枇杷的SWEET家族成员。分别命名为EjSWEET1,EjSWEET2a, EjSWEET2b, EjSWEET2c,  EjSWEET4,  EjSWEET15,  and  EjSWEET17。系统进化树和功能注释预测分析显示:枇杷SWEET家族有蔗糖、葡萄糖和果糖转运功能。通过对7月龄的枇杷幼苗施加高浓度的糖或盐,研究枇杷SWEET家族对外源糖或NaCl的响应。结果显示:大多数枇杷SWEET家族基因能够响应外源施加的蔗糖、葡萄糖、果糖和盐。材料与方法1、植物材料本研究采用“Zaozhong6”栽培种作为研究材料,将种子播种在土壤,待其长到10~~15cm时,选取90棵相同大小的植株随机分成15组,每组6棵,分别施加500mL的1M 蔗糖,葡萄糖和果糖,以及0.4M的盐溶液,对植株进行处理,施加等体积的水作为对照。在处理后的0, 4和8小时,收集嫩叶。2、RNA的提取和测序提取RNA,构建文库,用Illumina  HiSeq2000进行高通量测序。3、测序数据的分析转录组数据组装、拼接,获得Unigene ,然后对其进行GO,COG,KOG,KEGG注释。,找到了差异表达基因SWEET基因家族,对其进一步分析,运用在线数据库预测其可能的蛋白功能。4、SWEET家族系统发育进化树分析从数据库中下载已鉴定的植物SWEET序列,然后对其进行多重比对,系统发育进化树用MEGA6.0分析和作图。5、qRT-PCR表达分析用荧光定量方法对枇杷的SWEET家族成员在各种外源胁迫下的表达模式进行分析。结果1、SWEET家族基因的鉴定利用在线数据库:M...
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    发布时间: 2018 - 01 - 16
    摘要长苞铁杉是中国特有的濒临灭绝的针叶林种。本文利用高通量测序完成了一个长苞铁杉品种的叶绿体基因组的组装。组装出完整的叶绿体基因组大小为120,900bp,其中包含一段34,239bp的反向重复区域。基因组共包含127个基因(88个编码蛋白的基因、34个tRNA以及5个rRNA),这些基因组大多数都是单拷贝,然而其中29个编码蛋白基因、11个tRNA和1个rRNA是多拷贝。AT碱基含量占叶绿体基因组的60.6%,通过对20种裸子植物的叶绿体基因组构建进化树结果表明所有松科植物聚类到一个单支,而长苞铁杉和铁杉的亲缘关系最近。这项研究为未来濒临灭绝的地方性植物的基因组信息的获取提供研究方向。材料方法Tsuga longibracteata W. C. Cheng单株的新鲜叶片;测序平台:Illumina Hiseq4000 PE150,15.3M PE reads(平均覆盖深度185X);参考叶绿体基因组:铁杉(GenBank: LC095866);组装:NOVOPlasty;基因组注释:CpGAVAS;物理图:OGDRAW;20种叶绿体基因组alignment:MAFFT;NJ树:MEGA6.0;研究结果1、叶绿体基因组组装及注释结果长苞铁杉叶绿体基因组(120,900bp),大单拷贝区域(LSC)49,136bp,小单拷贝区域(SSC)10,426bp,88个编码蛋白的基因、34个tRNA以及5个rRNA2、裸子植物基因组系统发育树构建长苞铁杉属于松科-冷山亚科,与铁杉的亲缘关系最近文章总结对在中国濒临灭绝的长苞铁杉进行叶绿体基因组测序,组装出完整的叶绿体基因组并完成注释,保留了该物种的叶绿体基因组资源。通过与其他多种裸子植物的叶绿体基因组比较,构建系统发育树,结果表明长苞铁杉和铁杉的亲缘关系最近,符合生物学分类。为今后铁杉属其它物种叶绿体基因组研究提供方法和基础。参考文献...
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    发布时间: 2018 - 01 - 16
    摘要在农业系统中土壤中的古细菌对氮、碳、硫等营养元素的循环是有重要作用的。本研究的目的是对古细菌16S rRNA基因进行高通量测序,评估进行了15年谷类-豆类作物轮作的耕作制度对土壤古细菌群落结构的影响。耕作处理包含:去除残茬的常规耕作(T)、免耕去除残茬(NT)、不去残茬的常规耕作(TS)、免耕不去除残茬(NTS);结果表明丰度最高的为泉古菌门(96%),其次分别是广古菌门(Parvarchaeota和其他门水平古菌()。OTU的统计结果表明物种丰度:NT NTS TS T(取样深度为0-10cm),影响微生物群落的因素分析结果表明主要是耕作制度,而非留茬或留茬-耕作之间互作。非多维尺度分析(NMDS)通过取样深度,清楚的将微生物分为不同的组别。线性判别分析(LEfSe)结果表明,泉古菌门和奇古菌门在去除残茬的常规耕作条件下的0-10cm样品中显著富集的,而广古菌门和热源体纲是在不去残茬的常规耕作条件下的样品中显著富集的。保护性的耕作制度(NT、NTS)提升古菌的平均分布,而常规的耕作制度(T、TS)对某些古细菌会产生富集影响。材料方法取样:四种耕作条件(0-10cm、10-30cm)各随机取3个点的样品,然后每个点的3个生物学重复混样,再平均分成3个次级样品(共24);测序方案:Illumina Hiseq,16S rRNA (V3-V4);clean tag:11,093-20,601;测序reads组装:PANDAseq,嵌合体去除:USEARCH v7.1,OTU聚类:UPARSE(97%相似度),OTU注释分类:UCLUST,Alpha /Beta多样性分析:QIIME。研究结果1、微生物群落结构统计分析四种处理下0-10cm土壤中古细菌的OTU个数之间都差异显著,耕作的影响差异显著,残茬或残茬和耕作互作影响差异不显著。10-30cm土壤中古细菌的OTU个...
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    发布时间: 2018 - 01 - 09
    点带石斑鱼是一种原生雌雄同体海水鱼,由于其良好的肉质性质,在中国大受欢迎,具有很高的商业价值。最近,由于纳米技术的快速发展,铜纳米粒子(Cu-NPs)在日用消费品以及电子,医疗,生物科学等行业的应用日益增多。尽管纳米技术产品的广泛应用会带来明显的好处,但是对海洋环境的影响以及与水生生物群可能的相互作用的知识却很少见。铜纳米粒子可以积累在水生生物体中,并转移到更高的营养级别,对动物和人类构成健康危害。应用于纳米毒理学的转录组学和蛋白质组学可能有助于了解不同类型Cu污染物在水生生物体中的主要毒性机制和作用模式,并有助于识别纳米粒子暴露和影响的新颖和无偏见的生物标志物。表征转录组和蛋白质组可能提供了深入了解铜诱导鱼肝反应的分子机制,可能是一种有效的方法来识别新蛋白质,以及评估生态风险。在本研究中,使用暴露于Cu-NPs或CuSO4 24h的E. coioides幼鱼的肝脏来表征差异表达的基因和蛋白质,并鉴定对Cu-NPs或CuSO4毒性具有特异性的新的分子生物标志物。4的点带石斑鱼的转录组学,蛋白组学和生理学分析" title="暴露于Cu-NPs或CuSO4的点带石斑鱼的转录组学,蛋白组学和生理学分析"/01材料与方法1.1粒子特性通过电感耦合等离子体发射光谱(ICP-OES)确定两个组分中Cu的浓度。每个样品6个重复。通过X射线粉末衍射研究在海水中发生的Cu-NP的组成变化。离心后收集样品,经过夜真空干燥。将干燥的样品立即置于气密的小瓶中,并使用X射线粉末衍射进行分析。1.2鱼的饲养和24h LC50计算适应后,将6组鱼(每组10只,平均体重3.1±0.2g)随机放入装有50L过滤海水的容器中,然后暴露于不同浓(0,1.6,2.4,3.7,5.8或9.0mg Cu L-1)Cu-NPs。在接触期间,鱼不喂食,死鱼也被...
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Hot News / 热点新闻
2016 - 05 - 13
查看: 215
平台概况:MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术,它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构,能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性,这让MiSeq成为快速高效的测序平台,适合广泛的应用。 MiSeq特性:·现有NGS平台中最短的实验...
2016 - 03 - 24
查看: 148
摘 要:Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因,利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列,开发了 STS 标记 Xmp931,转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936;同时,利用粗山羊草基...
2018 - 06 - 20
查看: 107
摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅...
产品概况:Agilent 2100 生物分析仪在RNA样品质量控制(QC),DNA片段和蛋白样品SDS-PAGE分析中迅速取代凝胶电泳技术,它既可用于电泳分离,又能进行细胞荧光参数的流式分析,使之成为了分子生物学家和生物化学家们不可或缺的工具。
发布时间: 2016 - 05 - 13
浏览次数:280
产品概况:利用超声波在液体中产生空化效应的多功能、多应用仪器,用于动植物、病毒、细胞、细菌及组织的破碎。
发布时间: 2016 - 05 - 13
浏览次数:294
平台概况:源自行业领先的Illumina新一代测序(NGS)产品线,NextSeq500系统可同时提供高通量的测序能力,以及桌面式测序系统的操作便捷性。它的快速、一体化、从样本到结果的便捷流程,可以在一次运行中实现快速的外显子组、全基因组和转录组测序,同时还可以根据需要调节到较低的测序通量。此系统无需其他特定的配套设备,即可整合入研究实验室,Illumina的科学家可在全过程的每一步提供支持,使得研究者可以专注于获得突破性的发现。NextSeq 500则旨在以MiSeq的大小提供HiSeq的性能。集高通量测序的性能和台式测序仪的简约为一体,是目前唯一一款可实现外显子组、转录组和全基因组测序的台式测序仪。它可在两种模式下开展测序实验:高产量(High Output)和中等产量(Medium Output),在单次运行中可获得20-120 Gb的数据,为您带来广泛的应用灵活性。与MiSeq一样,NextSeq 500的整个流程也非常简单。制备好的文库可直接上样到系统。整合的簇生成实现了单分子的自动化克隆扩增。产生的DNA簇在NextSeq 500系统上测序,利用Illumina边合成边测序(SBS)技术及专利的可逆终止子原理。凭借成熟的SBS技术,NextSeq 500系统带来了行业领先的测序准确性,其中75%以上的测序碱基都高于Q30。 性能参数: 应用高通量流动...
发布时间: 2016 - 05 - 13
浏览次数:173
平台概况:HiSeq  X Ten只有一个应用—人类基因组重测序。能在一天时间内产生600G数据,足以得到5个人类的基因组;或是在不到三天的时间里产出1.8T数据。 HiSeq X Ten采用了新的芯片技术,提高了cluster的密度,大大压缩了测序周期。目前HiSeq采用的flow cell上,cluster是随机产生排布的;而HiSeq X Ten的clusters在nanowells中产生,有固定的精确位置。通过这个技术改进,可以得到更多的数据,同时图像处理也更为简便。这个测序仪配备了双向扫描,能把扫描速度提升6倍,同时还采用了新的软件处理大数据量,快速的双端测序转变,以及新的聚合酶。 HiSeq  X Ten优势:HiSeq  X Ten是有史以来大的测序平台,专为群体规模的人类基因组测序而设计。此平台包括10台超高通量的测序仪,每年可完成18,000个基因组的测序。HiSeq  X Ten能够带来1000美元的人类基因组,让人类全基因组的测序比以往任何时候都更加经济和方便。 群体规模研究:HiSeq  X Ten是寻求推动基因组科学向前发展的基因组中心、合作者或国家的理想选择。凭借无以伦比的速度和通量,HiSeq  X Ten为群体规模的人类基...
发布时间: 2016 - 05 - 13
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