服务热线: 025-85381280
专业领域 更多
优秀案例 / Case 更多
  • 浏览次数: 20
    发布时间: 2019 - 03 - 13
    合作单位:江苏大学食品与生物工程学院发表期刊:Food Chemistry影响因子:4.946(SCI二区)研究背景:桔霉素(citrinin,CIT)是一种次生代谢物,最初由桔青霉Penicillium citrinum生产。后来发现它是由曲霉属、红曲属、青霉属等产生的。一些农业食品中报告了CIT的污染情况,包括大米、奶酪、小麦、苹果和其他商业食品。食品中的CIT污染不仅造成重大经济损失,而且对人们构成肾毒性威胁。实验目的:比较10μg/mL CIT处理和不处理Cryptococcus podzolicus Y3的转录和蛋白质组,以揭示酵母对CIT的防御反应及CIT降解的分子机制。实验取材:CIT处理和不处理Cryptococcus podzolicus Y3酵母菌株组学:转录组学和蛋白组学主要研究成果01蛋白的差异表达分析在每个凝胶中总共检测到102个差异表达的蛋白质(平均fold change>1.2)。其中42个差异显著表达蛋白(平均fold change2,p2,p02差异表达蛋白的WEGO分类对所有已鉴定的蛋白质进行了GO功能注释分析,其中被鉴定为细胞和代谢过程的蛋白质为第1位,其次是生物调节和对刺激的反应。所涉及的许多细胞成分是细胞器、细胞成分和生物大分子。结合和催化功能是分子功能中识别最多的蛋白质,其次是抗氧化蛋白、电子携带蛋白、转运蛋白等。03基因的差异表达分析共获得了43928个转录物和17088个unigenes,其N50值分别为2844和2219(补充表S2)。所有基因均用BLAST软件进行注释,其中包括NR、Swissprot、GO、COG、KOG、Pfam和KEGG数据库。共有14550个基因被注释到数据库中。检测所有基因的表达水平,共获得1409个差异表达基因(DEGS,fold change2,p04基因的GO分类根据细胞...
  • 浏览次数: 14
    发布时间: 2019 - 03 - 11
    摘要草莓属配子体不亲和系统的研究已经广为人知了,但是其遗传机制目前仍是未知的。通过人工自花授粉获得了11个不同亲和性的第二世代绿色草莓,用来代表不同的坐果率水平。本研究对两个较大差异坐果率的自交系进行全基因组重测序,Ls-S2-53(自交不亲和)和Ls-S2-76(强自交亲和)。利用完全自交亲和的野草莓作为参考样品,进行两个绿色草莓全基因组变异检测和注释分析。两测序样品间每条染色体上的多态分布都很相似,但是纯合变异的数量和分布区域是不一致的。基因表达分析表明6个和自交不亲和显著相关的候选基因,用野草莓基因组作为参考,将一个FIP2-like(肌动蛋白骨架合成相关)作为两个自交不亲和自交系的候选基因,该基因编码的肽链在两个材料中均存在不同长短的数量的氨基酸数量的丢失。通过抑制FIP2-like的表达减少了花粉管顶端F-actin的合成,在一定程度上抑制了花粉粒的生成和花粉管的发育。研究结果表明差异的纯合变异分布影响了绿色草莓的果实坐果率,完整编码的FIP2-like能够正常促进F-actin的合成,而较短氨基酸序列的FIP2-like对两个自花授粉草莓的亲和性有影响。材料方法植物材料:F.viridis 42,Ls-S1-2,11个Ls-S1-2自交系;测序材料:Ls-S2-53,Ls-S2-76(幼嫩叶片);Ls-S2-53人工自花授粉后(0h)叶、花梗、花萼、花瓣、雌蕊、花药用来做组织特异表达分析,雌蕊自花授粉后(6,12,24,48,72h)做时空表达分析。测序策略:Illumina Hiseq 2500,Ls-S2-53(80X),Ls-S2-76(75X)。参考基因组:F. vesca reference genome v2.0.a1;比对参考基因组:BWA v0.6.1,过滤冗余序列:SAMtools,变异检测:GATK,变异位点注释:SnpEff,基因功能注释:...
  • 浏览次数: 103
    发布时间: 2019 - 01 - 29
    小基因组测序,等待您的加入!客户发表文章:”The Complete Plastid Genome of Magnolia zenii and Genetic Comparison to Magnoliaceae species“        壹俺们很优秀,无奈太低调,悄悄告诉您,俺们公司客户叶绿体文章又有一篇发表啦!集思慧远带着自主研发的叶绿体组装软件为您科研道路上添砖加瓦!下面小编就带您看看,一篇叶绿体文章如何造就!贰                      宝华玉兰的完整质体基因组及其与木兰科植物的遗传比较                           IF=3.098宝华玉兰是一种极度濒危物种,仅存于中国江苏省宝华山有18棵。关于它的分子生物学的信息很少,直到现在还没有对宝华玉兰进行质体基因组研究。本文通过对宝华玉兰(Magnolia Zenii)的完整叶绿体基因组进行测序组装,鉴定SSR,并通过对近缘物种基因组结构和序列数据的比较分析,揭示了5个突变热点,对今后木兰科的系统发育和进化研究具有重要意义。这篇文章的研究内容如下:1、叶绿体基因组组装宝华玉兰基因组长160,048 bp,GC含量为39.2%,包括一对26,596 bp的反向重复区(IRA和IRB),一个大单拷贝区(LRC)88,098 bp,一个小单拷贝区(SSC)18,757 bp.2、木兰科物种叶绿体基因组比较分析用28种木兰科物种和2种鹅掌楸的叶绿体基因组进行序列比对。宝华玉兰的叶绿体基因组放...
  • 浏览次数: 49
    发布时间: 2019 - 01 - 28
    摘要油菜是一种重要的油料作物,为了适应不同的气候带和纬度,形成了三种主要的生态型(冬性,半冬性,春性)。这些生态型多样性背后的遗传机制目前还是未知的。本研究这对收集的世界各地的991份资源品种进行全基因组重测序并分析了这些资源的遗传多样性。测序结果分别和油菜“Darmor-bzh”,“Tapidor”基因组比对鉴定到5.56M/5.53M SNPs,1.86M/1.92M Indels。文章通过构建等位基因漂变图揭示主要群落的,利用遗传多样性和连锁不平衡参数研究了甘蓝型油菜两个亚基因组的非对称进化。选择性清除分析表明了调控各种植物发育和胁迫的直系同源基因间的遗传多样性。全基因组关联分析发现在FT和FLC同源基因的启动子区域的SNP,符合不同生态型的油菜。材料方法实验材料:来自39个国家,658种冬性、145种半冬性、188种春性油菜。测序策略:Illumina HiSeq Xten PE150,共7.9T(平均测序深度6.6X)。油菜参考基因组:‘‘Darmor-bzh’’ genome (B. napus v4.1 genome),‘‘Tapidor’’genome。系统发育分析:MEGA5.2(NJ树,Kimura 2-parameter model);LD分析:PLINK,群体结构:ADMIXTURE;PCA:EIGENSOFT(smartPCA)。SNP重组率计算:R package FastEPRR;等位基因漂移分析:TREEMIX,基因流画图:R package ggplot2。选择性清除:PopGenome(Fst),XP-CLR;关联分析:TASSEL(MLM)。研究结果1、991份油菜资源群体结构和遗传变异A/B.991份油菜资源全球分布情况及对应三种生态型;C.991份材料的系统进化分析(与油菜生态型大致相同);D.群体主成分分析,PC1能够区分冬性和半...
  • 浏览次数: 128
    发布时间: 2018 - 12 - 13
    发表期刊:Postharvest Biology and Technology影响因子:IF=3.112(SCI二区)研究背景草莓(Fragaria×ananassa Duch.)由于其独特的风味和多汁的质地,是一种在世界范围内广受欢迎的园艺作物。它是维生素C和抗氧化剂的良好来源,但由于软化快、机械损坏、真菌腐烂和采后代谢迅速,很容易腐烂。在6℃贮藏1d后,草莓果实中的蔗糖水平由于快速的采后代谢而达到无法检测的水平。虽然草莓品种的贮藏期不同,但平均贮藏期通常只有3-5d。先前研究报道了CO2诱导的生理和机械变化,收获后,草莓果实中含有较高水平的二氧化碳(CO2)以提高可储存性。暴露于20%CO2中12或48h的草莓果实比在环境空气中贮藏3d的水果更结实。高浓度的二氧化碳会影响细胞壁钙的结合,提高果实的硬度。为了深入了解高浓度CO2在分子和生化水平上的影响,多学科方法是必要的。整合基因组学、蛋白质组学和代谢组学将有助于更好地理解植物对外界刺激的全面定性和定量反应。尽管对草莓果实采后对高CO2的响应进行了研究,但对细胞反应的全面了解仍不甚清楚。本研究联合转录组学和代谢组学方法来研究分子和细胞反应,将收获的草莓果实短期暴露于30%CO2,以全面了解改善的果实耐贮性。材料与方法01植物材料与CO2处理草莓于80%红色收获,收获后,果实立即运往实验室。选择大小和颜色一致的果实作为试验材料。分组:0D:环境空气0h(收获后立即)1D:3h环境空气处理后1d1DT:3h 30%CO2处理后1d 02硬度测定随机抽取3个重复容器中的10个草莓果实进行硬度测定(n=30),经硬度测定后丢弃。采用CT-3纹理分析仪进行硬度测量。用直径为100mm、速度为2mm、应变为5mm、直径为100 mm的平板探针,在果实赤道面测量果实硬度(N)。草莓果实表面微生物...
  • 浏览次数: 104
    发布时间: 2018 - 12 - 13
    集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》英文标题:Comparative transcriptome analysis of roots, stems and leaves Isodon amethystoides reveals candidate genes involved in Wangzaozins biosynthesis杂志:BMC PLANT BIOLOGY影响因子:IF=3.930摘要    王枣子是一种重要的中药植物,具有治疗多种疾病的药理作用,包括肺结核。四环二萜类化合物王枣子素(王枣子甲素Wang zaozin A,王枣子乙素GlucocalyxB)是王枣子的主要生物活性化合物。然而,关于这些化合物生物合成的分子信息仍然不清楚。通过对王枣子中王枣子素积累水平的研究,发现该植物的根、茎和叶组织有很大的变化,表明不同组织间代谢产物生物合成和积累的可能存在差异。为了更好地阐明四环二萜生物合成途径,我们对根、茎和叶组织进行转录组测序,并进行了de novo序列组装和分析。分析了与二萜类生物合成有关的候选基因,如CPS、KSL等。用qRT-PCR方法对8种涉及四环二萜类生物合成的转录本在王枣子不同组织中的表达谱进行了验证,解构该通路的基因表达谱。ISPD、ISPF和ISPH(MEP途径)以及IaCPS和IaKSL(二萜类途径)候选基因在叶片和根中的差异表达,可能是造成王枣子叶片中王枣子素积累较高的原因之一。本文报道的基因组数据和分析为进一步研究这一重要药用植物奠定了基础。材料与方法植物材料:一年生健康王枣子个体的根、茎、叶(3个重复)王枣子素的提取与鉴定(靶标代谢):种类:王枣子甲素、王枣子乙素和王枣子丙素        &...
在线咨询
  • 咨询类别:
  • *
  • 联系人
  • 公司名称:
  • *
  • 公司网址:
  • MSN:
  • QQ:
  • 电话
  • 手机:
  • 传真:
  • E-mail:
  • *
  • 邮政编码:
  • 留言主题:
  • 留言内容
  • *

落花生中不同发育阶段的雌蕊miRNA分析

日期: 2016-07-30
浏览次数: 90

摘要:

花生是世界上最重要的油料作物之一,为许多人提供了大量的脂质和蛋白质。雌激素在花生胚珠受精后的雌蕊发育中起重要作用。小RNA(miRNA)在植物的许多发育和生理过程中发挥重要作用。因此,分析不同雌激素阶段的miRNA序列,可以探索和验证基因功能。从雌激素阶段A1A2A3(分别为51020天的发育期)收集提取小RNA,进行测序。从三个不同阶段获得了266个已知的和357个新的miRNAA3阶段reads数最多。在木质素分解代谢过程中涉及的基因仅在A1阶段被鉴定。铜离子结合过程也特异性地出现在A1阶段,而生物过程的负调节仅出现在A2A3阶段。与生长相关的基因仅在A3阶段发现,表明该生长因子可能有助于落花生在这一阶段的快速生长。不同雌蕊阶段的miRNAs的鉴定和评估可以作为进一步研究雌蕊miRNA调节机制的基础。一些生物过程在不同的雌蕊阶段特异性调节,表明miRNA在雌蕊发育中起重要作用。

 

材料与方法:

材料落花生(A. duranensis

取材方法收集三个不同阶段的雌蕊(A1:5天,A210天,和A320天),并在RNA提取之前在液氮中速冻。

 

测序策略和分析流程:

测序:Illumina HiSeq2000。

分析:测花生潜在的miRNAs:psRNATarget program

  分析潜在靶目标的功能:BLASTx;

  从头组装:SOAP denovo;

  层次聚类分析:MultiExperiment Viewer;

  功能注释、GO功能分析、KEGG途径分析:BLASTx

 

结果:

1、 序列分析

高通量测序用于鉴定雌蕊不同发育阶段的低丰度候选miRNAs,包括miRNA,非编码RNAtRNArRNAsnRNAsnoRNA。在所有的小RNA中,70.62%是A1A2阶段共有的,而16.28%和13.10%分别是A1A2阶段独有的。此外,60.45%的小RNA是A1A3阶段共有的,而15.72%和23.83%分别是A1A3阶段独有的。64.17%的小RNAA2A3阶段共有的,12.33%是A2阶段独有的,23.50%是A3阶段独有的。

在雌蕊不同阶段中鉴定的小RNA的数量和种类显示在表1中。

在三个发育阶段中均检测到大量已知的miRNA。在A2阶段发现最多的miRNAA1阶段包含种类最多的miRNA,而A3阶段包含种类最少的miRNA。小RNA在不同阶段的长度分布通常决定了它们在特定阶段的作用。如图1所示,A1A2A3阶段中的大多数小RNA21nt,占总的29.9%、34.0%和32.5%。24nt的小RNA的数量分别占总数的26.4%、22.7%和30.4%。2124 ntRNAs在植物中最普遍,这与其他花生组织报道的结果一致。

落花生中不同发育阶段的雌蕊miRNA分析落花生中不同发育阶段的雌蕊miRNA分析

 

2、 已知的和新发现的miRNAs

三个不同的雌激素阶段(A1,A2A3)已知的(A)和新发现的(BmiRNA的聚簇分析。

 落花生中不同发育阶段的雌蕊miRNA分析

 

 

不同雌蕊阶段(A1、A2A3)的基因数比较。A1A2阶段(A:已知,D:新型miRNA)、A1和A3阶段(B:已知,E:新型miRNA)、A2和A3阶段(C:已知,F:新型miRNA)之间的对比。

 落花生中不同发育阶段的雌蕊miRNA分析

 

3、 功能预测

不同雌蕊阶段(A1、A2A3)的已知miRNA的功能。

对于已知的miRNA,发现A1阶段许多基因参与木质素分解过程,而在A2A3阶段中没有检测到。细胞组分表明46个基因涉及A1阶段的质外体形成,表明花生质发育过程对于阶段A1发展成阶段A2是必要的。在所有三个发育阶段中,大量基因参与不同的结合过程。许多基因参与A1阶段的铜离子结合过程,而在A2A3阶段中没有发现这些基因。参与蛋白激酶活性的基因在A2阶段中完全发挥作用,表明在该阶段的蛋白激酶比在其他两个阶段更有活性。关于能量消耗(ATP代谢过程、质子运输和ATP水解耦合质子运输)的几个基因仅在A3阶段发现,表明A3阶段可能是生长激素的快速发展阶段。此外,负调节生物过程的基因特异性存在于A2A3阶段,而在A1阶段没有出现。与A1和A3阶段相比,A2阶段与营养物储存活动相关的基因较少,表明A2阶段可能是生长激素的消耗阶段。

落花生中不同发育阶段的雌蕊miRNA分析 

 

不同雌蕊阶段(A1、A2A3)新发现的miRNA的功能,与已知的miRNA相似。

新miRNA参与生长过程的基因只在A3阶段发现,表明在A3阶段雌蕊快速生长。

落花生中不同发育阶段的雌蕊miRNA分析


分享到:
回到顶部
相关内容
2016 - 05 - 13
平台概况:MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术,它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。MiSeq系统特有全新的射流结构,能使试剂循环时间缩短5倍。革命性的流程和无可比拟的准确性,这让MiSeq成为快速高效的测序平台,适合广泛的应用。 MiSeq特性:·现有NGS平台中最短的实验周期:从样品制备开始只需要8小时即可得到超过100M的高质量测序结果。·现有NGS平台中最便捷的样品制备流程:只需50ngDNA模板,2小时的自动化操作就可以完成全部样品制备工作。·现在NGS平台中最精确的测序原理:MiSeq继续GA和HiSeq平台的边合成边测序的化学原理,数千篇高质量的国际期刊文章是对Illumina NGS平台测序结果可信度最有力的证明。·现在N...
2016 - 03 - 24
摘 要:Pm48 为本实验室鉴定的一个抗白粉病新基因。为精细定位该基因,利用混池 ddRAD 测序鉴定了 81 个与该基因关联的序列,开发了 STS 标记 Xmp931,转化了 CAPS 标记 Xmp928、Xmp930 和 Xmp936;同时,利用粗山羊草基因组序列开发了 71 个基因组 SSR 标记, 定位了其中的 Xmp1089 和 Xmp1112。 在 115 个宁糯麦 1 号´Tabasco 衍生的 F2:3 家系中, Xmp928与目的基因共分离,Xmp1112&...
2018 - 06 - 20
摘要梅山猪是中国的一种本土品种,因其高繁殖力而闻名世界。梅山猪的性状和它的进化和驯化历史具有明显的强相关性,但是表明梅山猪的驯化和独特的性状相关的基因组证据一直都很欠缺。本文利用高通量测序对与梅山猪表型性状相关的基因组标签和进化证据进行分析。研究发现太湖流域(马家浜和梁祝文化之间)的梅山猪具有独特的驯化历史,其中300个编码蛋白的基因受到正向选择。尤其是FoxO信号通路显著富集,IGF1R可能与梅山猪的高繁殖力想关。NFKB1(积极参与透明质酸的合成)也检测到强烈的受选择信号,是NF-kB信号通路的关键基因(可能是梅山猪面部和皮肤褶皱的原因)。PYROXD1,MC1R,FAM83G在三个群体中具有特殊的同义突变SNP,MC1R中的一个非同义突变能够解释梅山猪黑色皮肤。此外,梅山猪和杜洛克猪之间共有的单倍型证实了之前来自亚洲猪的渐渗以及梅山猪的特殊贡献。材料方法测序材料:32头梅山猪,31头...
2013 - 11 - 29
1. Illumina新一代测序技术可以高通量、并行对核酸片段进行深度测序。2. 测序的技术原理是采用可逆性末端边合成边测序反应,首先在DNA片段两端加上序列已知的通用接头构建文库,文库加载到测序芯片Flowcell上,文库两端的已知序列与Flowcell基底上的Oligo序列互补,每条文库片段都经过桥式PCR扩增形成一个簇,测序时采用边合成边测序反应,即在碱基延伸过程中,每个循环反应只能延伸一个正确互补的碱基,根据四种不同的荧光信号确认碱基种类,保证最终的核酸序列质量,经过多个循环后,完整读取核酸序列。3. 利用该技术,可以对任何物种(包括动物、植物、细菌、病毒、寄生虫等)在DNA水平上进行全基因组测序、基因组靶向区域测序,检测基因组范围内的遗传变异或多态性,在细菌、病毒等病原溯源上分辨率最高;4. 在RNA水平上进行基因的表达测序分析,准确检测基因表达量和表达片段的序列信息;5. 对D...
Copyright © 2005 - 2013 南京集思慧远生物科技有限公司
犀牛云提供企业云服务
地址:江苏省南京市栖霞区仙林大学城纬地路9号江苏生命科技创新园F6栋522室
技术顾问:025-85381280/025-85380280行政人事:025-83361344
邮箱:tech@genepioneer.com
邮编:330520