服务热线: 025-85381280
专业领域 更多
优秀案例 / Case 更多
  • 浏览次数: 2
    发布时间: 2018 - 12 - 10
    英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要   逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果,RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止,经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中,有13个候选参考基因(包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因,以及目前使用的β-actin基因)在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA)、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中,用GeNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2,分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后,被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外,为了验证我们的结果,我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性,并将有...
  • 浏览次数: 10
    发布时间: 2018 - 12 - 03
    发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反,这类信息可以由功能宏组学收集,如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP),它们对微扰具有较高的敏感性,因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面,特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系,为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标,在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢,氨基酸生物合成,孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少,尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息,并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析,到目前为止,还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征,这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注:从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名,女性8名)。从每个人身上采集粪便样本,同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库,以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较,并进行分类和功...
  • 浏览次数: 15
    发布时间: 2018 - 11 - 26
    摘要全转录组范围内鉴定能与蛋白结合的RNA(RBPs),是了解转录后基因调控网络的必要条件。然而RBPs蛋白组的研究主要局限于多聚腺苷酸的RNA与蛋白的结合,对于没有ploy-A尾的RNA(主要的是非编码RNA和RNA前体)几乎都没发现。本文介绍了一种点击化学(主旨是通过小单元的拼接,来快速可靠地完成形形色色分子的化学合成。它尤其强调开辟以碳-杂原子键(C-X-C)合成为基础的组合化学新方法,并借助这些反应(点击反应)来简单高效地获得分子多样性。)辅助的RNA互作捕获策略(CARIC),能够对RBPs进行无差别鉴定,不受RNA是否具有ploy-A尾的约束。CARIC主要是利用炔基尿苷类似物对RNA进行标记,并在活体内进行RNA-protein光照交联,然后与叠氮化物生物素进行点击化学反应,亲和富集后进行蛋白组分析。利用CARIC在人的宫颈癌细胞中鉴定到597个RBPs,包括130个之前未知的RBPs。这些新发现的RBPs可能是和非编码RNA结合的,因此发现了一些之前未知的非编码RNA参与的过程(例如蛋白酶体功能和中间代谢)。材料方法实验材料:人的宫颈癌细胞,胚肾细胞;质粒构建和细胞转染:克隆宫颈癌细胞cDNA(hnRNPC,MBNL1,VDAC1,NME2),克隆质粒:VigoFect;几种已知RPBs用来验证CARIC技术成功率CARIC分离出的RNA测序:Illumina HisEq 4000 PE150;蛋白质谱检测:LC-MS/MS,Easy nLC 1000 system +Velos Pro Orbitrap Elite mass spectrometer;质谱数据分析:MaxQuant version 1.5.5.1(原始数据分析),依靠人的蛋白数据(UniProt)Andromeda search engine进行蛋白查询;CARIC RBPs验证:CLIP...
  • 浏览次数: 20
    发布时间: 2018 - 11 - 09
    前沿慢性阻塞性肺病(COPD)是一种炎性疾病,其特征在于进行性空气流量限制,并且被认为部分地由于响应于慢性空气污染物暴露(主要来自吸烟)而引起的夸大的肺部炎症。目前可用的治疗方法在很大程度上是无效的。因此,有效治疗COPD迫切需要新型的治疗药物。前期系统药理学鉴定了补肺益肾方(BYF)的195种潜在靶点,并被证实对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠有短期治疗作用。然而,对慢性阻塞性肺疾病(COPD)的长期疗效及机制尚不清楚。因此,本研究以慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠为研究对象,于第9~20周给药。然后通过转录组学-蛋白质组学-代谢组学分析第32周BYF对慢性阻塞性肺病大鼠的长期影响。材料与方法样本收集第0-8周构建COPD大鼠模型,将32只大鼠置于一个暴露于烟草和反复肺炎克雷伯菌感染的封闭的盒子里,第9-20周大鼠每日灌胃给予生理盐水(2mL)、BYF(4.44g/kg,0.5g/ml)和氨茶碱(2.3mg/kg)。检测方法转录组:Microarray(4×44K)大鼠全基因组表达谱芯片;蛋白组:8-plex iTRAQ,NanoLC-QTOF-MS;代谢组:Agilent-1200 LC-Agilent-6520 Q-TOF;数据分析Agilent GeneSpring GX software version 11.0Mascot:蛋白质鉴定Mass Hunter:代谢物鉴定SIMCA-P:PLS-DA基因、蛋白质和代谢物集富集、网络和通路分析Bingo(CytosCapev3.1.1插件)用于分析转录本和蛋白质的分子功能;DAVID和KEGG数据库对转录本和蛋白质进行途径富集分析。Metscape用于分析基因、蛋白质和代谢组学数据的整合途径;ClueGO(Cytoscape插件被用来探索基因和蛋白的分子功能。MetaboAnalyst 3.0被用来确定代谢物...
  • 浏览次数: 25
    发布时间: 2018 - 11 - 08
    砷暴露对小鼠肠道宏基因组和代谢谱的响应IF=8.3091.摘要背景:人类肠道是一个极其复杂、多样和庞大的微生物群落-肠道微生物群。肠道微生物群在代谢过程、能量产生、免疫和认知发育、上皮稳态等方面发挥着重要作用。然而,肠道微生物群的组成和多样性很容易受到外界因素的影响,这就增加了接触有毒环境化学物质导致肠道微生物群改变或失调的可能性。砷的暴露影响全世界的大量人口,并且与许多疾病有关,包括癌症,糖尿病和心血管疾病。目的:研究了砷暴露对肠道微生物组成及其代谢状况的影响。方法:采用16S rRNA基因测序和质谱代谢组学分析相结合的方法,研究砷暴露对肠道微生物群的功能影响。结果:16S rRNA基因测序结果表明,10 ppm砷暴露4周后,砷对C57BL/6小鼠肠道微生物组分有明显的干扰作用。此外,代谢组学图谱显示了一种并行效应,许多肠道菌群相关的代谢物在多个生物基质中被干扰。结论:砷的暴露不仅改变肠道微生物群落的丰度水平,而且在功能水平上也严重干扰其代谢状况。这些发现可能为肠道微生物群的微扰及其作为接触砷导致或加重人类疾病的潜在新机制的作用提供新的见解。2.材料和方法动物和处理:无特定病原体的C57BL/6雌性小鼠20只(6周龄,体重20±3g)。平均分为两组。两组小鼠在同样的环境条件下饲养,供给相同的食物和水。饲养到8周龄后,处理组:饮用水中注入无机砷(亚砷酸钠,10ppm)持续四周;对照组:依旧供给清水。在整个实验过程中,每天评估小鼠腹泻,脱水和身体状况恶化的情况。用砷4周后,用二氧化碳对小鼠实施安乐死并进行尸体剖检。对肝脏(左侧,内侧,右侧和尾状叶)和结肠(远端,横向和前期结肠)的多发区域的炎症,水肿,上皮缺损,高血浆和发育异常等指标进行评估。病理评分未显示对照组和砷治疗组小鼠之间存在任何显着差异,也未观察到体重,死亡率和食物摄入量的任何显着变化。16SrRNA测序数...
  • 浏览次数: 18
    发布时间: 2018 - 10 - 30
    文章题目:A strategy for association study on intestinal microbiomeand brain metabolome across lifespan of rats.杂志:Analytical  Chemistry 影响因子:IF=6.0421摘要   人们越来越认识到微生物群-肠-脑轴在哺乳动物一生中对哺乳动物生长和健康的不同作用。大量研究表明,肠道微生物群及其代谢物广泛参与脑与肠的沟通。脑代谢组与肠道微生物的关联研究是一个活跃的领域,它提供了大量关于微生物、脑和肠道相互作用的信息,但数据大小和复杂的层次关系是形成重要的、可重复的结论的主要障碍。本研究采用多种分析平台和生物信息学方法,对雄性Wistar大鼠在生长过程中的脑代谢和肠道微生物群关联分析进行了两级策略的研究。轨迹分析表明,与年龄相关的脑代谢组和肠道微生物在总体变化模式上具有相似性。 四个高水平分类的相关对“代谢类型—细菌门”包含“脂质-螺旋菌”、“游离脂肪酸-厚壁菌门”、“胆汁酸-厚壁菌门”、“神经递质-拟杆菌门”在单元-多元相关分析和功能分析的基础上被筛选出。进一步鉴定了上述高水平关键对中的四组特异性“代谢产物-细菌”关联对。通过一项独立的动物研究验证了关键相关对的有效性。这种两级策略有效地识别了从系统多组学研究中获得的大数据集中的主要相关性,加深我们对大脑和肠道之间终生联系的理解。材料与方法动物材料:正常生长实验取出生后第1、3、7、12、24、56、111周的雄性大鼠全脑和肠内容物,每组6只,共42只。      在限制饮食验证实验中,12只雄性大鼠(4周龄)被喂食3周,然后6只(随机选择)饲喂Libitum,其余6只饲喂60%的Libitum 5周...
在线咨询
  • 咨询类别:
  • *
  • 联系人
  • 公司名称:
  • *
  • 公司网址:
  • MSN:
  • QQ:
  • 电话
  • 手机:
  • 传真:
  • E-mail:
  • *
  • 邮政编码:
  • 留言主题:
  • 留言内容
  • *
产品名称: 泛基因组测序
型号:
时间: 2017 - 02 - 07
产品简介泛基因组即通过de novo组装策略,构建不同亚种或生态型全基因组序列,从而完善该物种基因集并获得个体特异基因信息。现在的研究趋势逐渐转向探索更大分类阶元的进化关系,通过具有内在关联的不同属或科内物种测序分析,我们可以发现物种保守功能元件及其特异序列,有利于理解物种形成的分子进化机制及其与自然选择的关系。应用领域•同一物种不同品种基因组测序分析;•物种核心基因组评估;•物种非必须基因组评估;产品优势•获得物种全部基因集;•对不同个体间变异信息进行解读;•对不同个体进行系统进化分析、基因家族分析。技术路线 分析内容标准信息分析1.泛基因组组装:组装;GC含量分析;测序深度分析;通过参考基因组构建super-scaffold。2.泛基因组结构注释核心基因组预测;非必要基因组预测;重复序列注释;Non-coding RNA注释。高级信息分析1.泛基因组功能注释:Nt注释分析;Nr注释分析;KEGG代谢通路分析;COG分析;GO注释(Gene Ontology);TrEMBL注释分析。2.比较基因组学分析:分析不同亚种的特有基因和基因家族的数量、功能;构建系统发育树;估算分化...
产品名称: 全基因组survey
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介基因组调研图研究是对于没有基因组参考序列的物种,基于小片段文库的低深度测序数据,快速获得基因组基本信息。进而为制定该物种的全基因组组装测序策略提供有效依据。应用领域•物种基因组大小评估;•物种基因组GC含量评估;•物种基因组杂合度评估;•物种基因组初步组装。产品优势•利用K-mer分析快速评估出物种基因组基本信息;•通过基因组的初步组装进行SSR标记开发。技术路线 分析内容标准信息分析1.数据基本处理,去低质量和接头序列;2.K-mer 分析以及基因组大小估计;3.杂合率估计;4.精细图建库方案评估;高级信息分析(只针对纯调研图项目,不计入总时间)初步组装;重复序列预测;初步基因预测和注释,NT、GO、KEGG比对;GC-Depth 分布分析,判断 测序偏好性;SSR标记鉴定。样品要求 1.样品类型:基因组DNA;2.样品浓度:≥100 ng/ul;3.样品总量:≥30 ug;单次文库制备用量分别为10ug,为保证实验的顺利进行,因此需保证样品总量大于3次以上的建库用量(不包括样品检测损耗);4.样品纯度:OD260/280为1.8-2.0;5.电泳要求:主带清晰,...
型号:
时间: 2016 - 11 - 17
非靶向代谢组学主要是将对照组和实验组的代谢物(某一生物体的全部代谢物)进行比对,以找出其代谢物的差异。其分析一般包括:◆  代谢谱分析(也称为差异表达分析):在一组实验和对照样品中,寻找丰度改变有统计学意义的感兴趣代谢物。◆  代谢物鉴定:进行代谢谱分析后,测定这些代谢物的化学结构。◆  代谢物注释:研究流程的最后一步,解释所发现的代谢物与生物过程或生物状态之间的关联。 LC-MS代谢组产品定义通过液质联用(LC-MS)方法检测生物体受扰动或刺激前后大量代谢产物的动态变化,进而阐明生物体代谢相关过程的代谢组学技术。其研究对象主要是相对分子质量1000以下的内源性小分子代谢物。技术原理液相色谱可以分离无挥发性和未衍生化的代谢物,因此LC-MS可以分析的化合物种类范围比GC-MC广。LC-MS最适合作为未知代谢物研究中的探索方法,或者在多种目标代谢物由于挥发性问题不能用GC-MS进行分析时采用。实验流程 使用仪器agilent UHPLC1290-Agilent6550; agilent UHPLC1290-AB6600质谱分析模...
产品名称: 真核转录组测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 20
产品简介:主要针对转录产物mRNA进行高通量测序,可全面快速获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的基因表达量及结构变异等,可用于差异表达分析、挖掘功能基因、RNA编辑分析等。目前已广泛应用于生物学研究、农业、医学等多个领域,揭示生物生长发育调控机制、不同环境适应机制、作物优良形成机理、疾病发生发展的分子机理等。  应用领域:•样本全转录本信息获取•基因注释及筛选•基因结构分析 产品优势:•精确的数字化信号,高效的检测通量,广泛的检测范围 •富涵7大功能注释数据库,全面精确描述基因功能 •建立差异表达分析,有效挖掘功能基因 •专业的定制化信息分析服务  技术路线:分析内容:1.测序数据及其质量控制2.转录组测序数据组装3.转录组文库质量评估4. Unigene功能注释5.基因结构分析:CDS预测、SSR分析、SNP分析6.基因表达量分析:Unigene表达量计算、不同样品总体表达量比对7.差异表达分析: 重复相关性评估、差异表达基因筛选、差异表达基因聚类分析8.差异表达基因功能注释和富集分析:差异表达基因G...
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:微生物群落多样性分析是指利用二代高通量测序技术,对微生物的16S rDNA、18S rDNA、ITS以及目标区域扩增子测序,分析环境中细菌、古细菌以及真菌的种类组成和含量,揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的差异、相对丰度、种群结构和进化关系;对于研究微生物与人类医疗健康、食品安全、环境检测与治理、微生物资源的利用等有着重要的指导作用。 产品优势:1. 强大的实验测序平台,测序周期短且可靠2. 成熟的分析方法,专业的技术人员3.全面的分析内容,为您的项目提供解决方案技术路线:分析内容:样品要求:1.样品类型:环境样品DNA;2.样品浓度:>10 ng/ul(Qbit 检测浓度);3.样品总量:≥500ng;4.样品纯度: OD260/280为1.8~2.2;5.电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解。案例分析:1、16s rRNA揭示水稻根系微生物多样性 本研究对不同地方和不同品种的水稻根部三个区间(根系与土壤接触的部分、根表皮、根根内部)的微生物的种类和丰度进行分析,扩增了样本DNA的16s rRNA的V4区域。研究结果表明:温室栽培条件下,根系微生物主要受土壤类...
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:全基因组de novo测序即基因组从头测序,是指对基因组序列未知或没有近缘物种基因组的某个物种的全基因组序列的测序。然后利用生物信息学手段对测序序列进行拼接、组装和注释,从而获得该物种完整的基因组序列图谱。 应用领域:•  基因组survey评估•  全基因组组装及注释•  物种进化分析 产品优势:•  随着越来越多物种基因组序列不断解读,重测序适用范围越来越广; •  信息精准全面,有效挖掘全基因组范围内遗传变异信息,开发海量标记; •  有助于进行遗传进化分析和重要性状候选基因的预测等研究; •  测序技术成熟,测序及分析结果具有高质量研究价值,易于发表高质量文章。技术路线:分析内容:1.基因组拼接组装统计提供基因组拼接的基本信息,包括原始数据统计、测序覆盖度统计、Contig N50大小、基因组GC含量等信息。2.基因组注释包括基因预测、功能基因注释(与Nt、Nr、Swiss-Prot、Interpro等数据进行...
产品名称: 微生物重测序
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介微生物基因组的重测序,是基于小片段文库的高通量测序数据,与近缘参考基因组进行比对,进行变异检测的方法。检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息,以精准快捷为特点,系统全面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。应用领域•环境微生物研究;•海洋微生物研究;•土壤微生物研究;•工业微生物研究;•生物体微生物研究。产品优势•采用主流PacBio+Illumina Hiseq测序平台;•丰富的项目经验:土壤微生物、动物肠道微生物、农业致病菌等。技术路线分析内容变异检测:准确定位变异位点;基本进化分析:构建系统进化树,确定菌株间进化关系;地域归属分析:研究菌株的地域传播规律;分歧时间估计:讨论菌株支系之间的分化历史;选择压力分析:菌株进化过程中的选择压力,揭示与环境相关的关键基因;变异基因功能富集:统计变异基因分布规律,寻找变异丰富的功能分类。样品要求1.样品类型:基因组DNA;2.样品需求量:小片段文库≥2 ug,2-3kb文库≥20 ug,5-6kb文库≥20 ug,10kb文库≥30 ug,20和40kb文库≥60 ug;3.样品浓...
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介真菌属于较低等的真核生物,种类繁多,在自然界中分布广泛。合理利用有益真菌,控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明,将为真菌特性的分析提供有用的依据。随着第二及第三代高通量测序技术的成熟,基因组测序成本已大大降低,使得快速而经济的进行真菌基因组de novo测序成为可能,目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。真菌基因组测序可以细分为如下2个产品:真菌框架图:采用小片段文库建库的方式,利用Illumina HiSeq进行深度测序,并进行初步的基因组组装,获得基因组序列;其性价比高,满足真菌基因组研究基本需求。真菌精细图:采用大片段加小片段文库的方式,利用二代+三代进行深度测序,并进行反复优化的基因组组装,获得基因组序列,其是目前研究真菌基因组的主流产品;对于复杂基因组结合Hi-C测序技术将其基因组组装到染色体水平。 应用领域•农业致病菌;•工业菌;•极端环境微生物;•生物体耐药菌。产品优势•PacBio+Illumina Hiseq+光学图谱组装到染色体水平;•SMRT超长的Reads轻松跨越高重复和GC异常区域;•全面的基因组信...
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介随着细菌基因组研究的迅速发展,细菌基因组de novo测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。新一代高通量测序技术大大减少了细菌基因组de novo测序的成本和时间,让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。细菌基因组de novo测序和分析可以分为如下3个产品:细菌框架图:采用小片段建库,MiSeq深度测序和初步的基因组组装策略,性价比高,满足细菌基因组研究基本需求。细菌精细图:采用大片段加小片段建库,HiSeq加MiSeq深度测序和反复优化的基因组组装策略,是目前研究细菌基因组的主流产品。细菌完成图:综合利用一代二代甚至三代测序技术,根据菌株具体情况制定最优策略,最终得到一条完整的基因组序列(1个contig,0 gaps),是细菌基因组测序组装的最高要求。应用领域•环境微生物研究;•海洋微生物研究;•土壤微生物研究;•工业微生物研究;•生物体微生物研究;产品优势•采用主流PacBio+Illumina Hiseq测序平台;•1个contig,0 gaps,获得完美细菌基因组;•丰富的项目经验:土壤微生物、动物肠道微生物、农业致病菌等。技术路线  分...
型号:
时间: 2016 - 11 - 17
靶向代谢组学分析主要是以标准品为参照,对特定的代谢物群进行有针对性地、特异性地检测与分析。靶向代谢组学分析成功的关键因素是准确度、高通量和可靠性。虽然这类分析比代谢谱分析更为常规,但必须面对非常大量(成千上万)的样品。靶向代谢组学可以应用于:• 验证由发现代谢组学实验提出的假说;• 进行基于假说的探索性实验(通常根据最新的解释),针对特定代谢物,研究代谢模型。 目标代谢物绝对定量产品定义靶向代谢组学分析主要是以标准品为参照,对特定的代谢物群进行有针对性地、特异性地检测与分析。通常采用的技术方案包括常规的液质联用(LC-MS)分析技术,以及选择性反应/多反应监测技术(MRM/ SRM)。技术原理常规分析法首先利用LC-MS的方法对待分析样本进行大规模代谢组分析,然后通过与相同分析条件下标准品的分析结果进行比对,实现对样本内目标代谢群的定性和定量分析。MRM/SRM技术是更为特异、灵敏的靶向分析方法。其主要基于已知或假定的反应离子信息,有针对性地选择数据进行质谱信号采集,对符合规则的离子对进行信号记录,去除不符合规则离子信号的干扰。定量过程中,该技术首先筛选到目标代谢物特异性的母...
产品名称: 原核转录组测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 20
产品简介: 原核转录组测序是基于HiSeq平台,构建链特异性文库,研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构,需要采用去除rRNA的方法构建文库,针对不同的研究物种采取有效的方法去除rRNA,保证数据质量。 产品优势: •精确的数字化信号,高效的检测通量,广泛的检测范围•富涵7大功能注释数据库,全面精确描述基因功能•建立差异表达分析,有效挖掘功能基因•专业的定制化信息分析服务 技术路线:    分析内容:参考基因组比对;新转录本预测;测序质量评估;UTR分析 基因表达水平分析;反义转录本预测;差异基因表达水平分析(2个以上样本)sRNA分析(链特异性转录组);差异基因GO/KEGG富集分析;SNP和InDel分析;差异基因蛋白互作网络分析;RNA-seq整体质量评估;可视化结果展示 (利用ipath2.0对代谢途径进行可视化分析。) 样品要求:1.样品类型:总RNA;2.样品浓度:≥250 ng/ul;3.样品总量:10ug(原核生物)4.样品纯度: OD260/280为1...
产品名称: 宏基因组测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:宏基因组测序,是一种直接对某一特定环境中微生物基因组进行分析,通过构建宏基因组文库,利用基因组学的研究策略研究微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体的多样性与丰度,是研究微生物功能多样性、开发新的生理活性物质等的一种新理念和新方法。对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。  产品优势:•  全面的研究方案:对测序结果组装分析后,得到微生物群体基因组及功能、分析微生物群体中物种和基因的多样性和丰度,微生物菌落结构与宿主(或环境)之间的相互关系等•  更合理的研究方法:在分析过程中,采用一些更为准确的方法,从而得到更为可靠的分析结果•  新的分析方法:增加了最前沿的MGS等宏基因组分析的方法,对样品中的信息得到更大的解析技术路线: 分析内容: 样品要求:1.样品类型:环境样品 DNA;2.样品浓度:≥50 ng/ul;3.样品总量:≥15ug;单次文库制备用量为5ug,为保证实验的顺利进行,因此需保证样品总量大于3次以上的建库用量;4.样品纯度:OD...
产品名称: 重测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:全基因组重测序对已有参考序列或与已知参考序列物种足够接近的不同个体进行基因组测序,并在此基础上进行个体或群体水平的差异性分析,可以全面挖掘基因序列的差异和结构变异,助力遗传学研究。这在人类疾病预防和治疗、动植物育种研究等方面具有重大的指导意义。 应用领域:•  个体基因组变异检测•  突变体功能突变位点定位•  群体遗传学分析•  全基因关联分析 研究路线:分析内容:1、  标准分析:测序数据质控、与参考基因组比对统计、SNP检测与注释2、  高级分析:InDel检测与注释、SV检测与注释、各变异在基因组上的分布、DNA水平变异基因分析3、  个性化分析:群体遗传学分析、GWAS分析等。产品优势:•  随着越来越多物种基因组序列不断解读,重测序适用范围越来越广; •  信息精准全面,有效挖掘全基因组范围内遗传变异信息,开发海量标记; •  有助于进行遗传进化分...
产品名称: 简化基因组
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:简化基因组测序利用限制性内切酶获取基因组上与酶切位点关联的序列片段,进行高通量测序,获得海量标签序列来代表研究物种的全基因组信息。常见的简化基因组技术主要有RAD(Restriction site Associated DNA)、GBS(Genotyping By Sequencing)等。主要目的是开发分子标记,进而进行种质资源鉴定、群体进化、GWAS、图谱构建、BSA定位等,为功能基因的挖掘及标记辅助育种提供理论基础。 应用领域:•  遗传图谱构建及QTL定位•  群体遗传学分析•  局部组装及新分子标记开发 产品优势:•  相对于全基因组重测序,成本相对低,研究所需数据量低,极大简化了基因组•  对于大量样本、基因组比较大、高杂合或研究相对落后的物种具有极高的性价比 •  检测范围广,可适用于各类育种群体,有无参考基因组均可进行研究   无参考基因组:不受已知基因组序列的限制,可大规模筛查SNP位点,降...
产品名称: 群体进化
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介群体进化是通过对种内不同生存条件下的不同亚群的代表性个体进行全基因组重测序,基于群体遗传差异,分析导致不同亚群适应性进化的基因组层面的特异变化。亚群之间的遗传差异变化也能反映出各自的动态变化及相互之间的影响。对于筛选到的受选择压力作用的基因组区域,通常是重要的功能区域,对于理解功能对环境的适应有重要指导意义。应用领域•人工驯化机制研究;•自然选择机制研究;•种群历史的研究。产品优势•90个工作日即可获得全部信息分析结果;•多种序列多样性参数(π、ZHp、ZFst、qw)分析,结果更准确;•丰富的物种经验:鸡、油茶、含笑、鸭儿芹等。技术路线分析内容标准信息分析测序数据质量评估;与参考基因组比对;SNP、CNV检测及注释SNP检测及注释;高级信息分析构建系统进化树;全基因组变异图谱绘制;群体主成分分析;连锁不平衡分析;block分析;选择性清除分析;基因功能注释。样品要求1.样品类型:基因组DNA;2.样品需求量:单次2 ug;3.样品浓度:文库≥30 ng/µl;4.样品纯度:OD260/280为1.8-2.0;5.电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解。(距送样日最近的...
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)在动植物的研究中对于重要性状特别是复杂形状的定位有着快速、高效、准确的优点。基于高通量测序对某种农作物或禽畜的代表性品种、地方种或野生种进行基因分型,结合准确的表型数据可对农作物或禽畜重要复杂性性状进行定位。特别是在包含了野生种、驯化种和改良种的群体中,结合群体进化分析对收到驯化和改良的重要基因进行定位,是研究作物或禽畜微进化及驯化改良表型的重要思路。应用领域•全基因组范围内多性状的定位;•目标性状的生物学基础研究。产品优势•高通量检测全基因组SNP并进行关联分析,扫除定位盲点;•重重筛选SNP,多重检验显著性,保证结果准确性;•同时对多种性状进行定位;•定位精度最多可达单基因水平。技术路线分析内容标准信息分析已有参考基因组序列的动植物自然群体;样本间无明显的亚群分化(如生殖隔离等);所研究表型性状遗传力较强。≥200个样本;基于SNP:≥5 X/个体;基于CNV:≥30X/个体 10~20W Tags;平均8 X/Tag;测序数据质量评估;与参考基因组比对;SNP、CNV检测及注释 SNP...
产品名称: 遗传图谱
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介遗传图谱(genetic map),又叫连锁图谱(linkage map),根据重组交换定律,将标记之间的重组交换率定义为二者之间的相对距离构建标记的线性图谱。随着标记密度的增加,一条染色体会形成一个连锁群。基于这样的特点,通过构建高密度的SNP标记连锁图,能辅助基因组de novo组装到染色体水平,同时通过连锁群之间的共线性分析以及连锁群与物理图谱的共线性分析进行比较基因组学的研究,以揭示基因组在进化过程中所发生的重大结构变异。遗传图谱最适合用于QTL定位,通过对作图群体进行测序和连锁作图,结合表型数据定位控制目标性状QTL。应用领域•QTL(数量性状位点)定位;•辅助基因组组装;•比较基因组学研究。产品优势•亲本高深度+子代低深度方式构建高密度遗传图;•显著降低图谱构建和QTL定位的时间和劳力成本;•可用于多种亲本间差异性状的QTL定位;•丰富的物种经验:油菜、油茶、水稻等。技术路线分析内容标准信息分析测序数据质量评估;与参考基因组比对;与拟参考基因组比对(无参);群体SNP检测及注释;遗传标记开发及过滤;遗传图谱构建及质量评估;高级信息分析目标性状QTL定位:找到与目标性...
产品名称: BSA性状关联分析
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介混池测序是基于集群分离(Bulked Segregant Analysis,BSA)策略实现对目标性状的定位研究。在分离群体中,通过对发生性状分离的子代个体分别混成两个样本池进行测序,利用高性能计算平台和生物信息学方法,计算影响性状的候选区域以及相应的突变位置和突变类型,实现对目标性状的快速定位,加速作物育种改良。应用领域•质量性状位点定位;•QTL-seq定位数量性状位点;•Mutmap定位诱变位点;产品优势•性价比高:测序文库少,周期短,准确性高;•分析全面:针对候选基因筛选进行详细的分析;•丰富的物种经验:甘蔗、油菜、桃、水稻等。技术路线  分析内容标准信息分析与参考基因组比对:比对率和覆盖度分析;SNP、InDel检测及注释:开发SNP、InDel标记;子代SNP、InDel频率差异分析:寻找有差异的SNP、InDel位点。高级信息分析目标性状区域定位:找到与目标性状关联的区域;候选基因提取和功能注释:获得候选基因及基因功能。样品要求1.样品类型:基因组DNA(混池测序);2.样品需求量:单次2 ug;3.样品浓度:文库≥30 ng/µl;4.样品...
产品名称: 脂质组学
型号:
时间: 2016 - 11 - 17
脂质组学(lipidomics)研究对象主要包括以下八种:脂肪酸类fatty acyls甘油脂类glycerolipds甘油磷脂类glycerophospholipids鞘脂类sphingolipdis固醇脂类sterol lipids孕烯醇酮脂类prenolipids糖脂类saccharolipids多聚乙烯类polyketides脂质结构的多样性赋予了脂质多种重要的生物功能。脂质不仅参与调节多种生命活动过程,包括能量转换、物质运输、信息识别与传递、细胞发育和分化及细胞凋亡等,而且脂质的异常代谢还与某些疾病,如动脉硬化症、糖尿病、肥胖症、阿尔茨海默病以及肿瘤发生发展密切相关。脂质组学已经被广泛运用于药物研发、分子生理学、分子病理学、功能基因组学、营养学以及环境与健康等重要领域。● 技术原理脂质代谢物结构较为复杂,按极性可分为极性脂类(如甘油磷脂、鞘脂)和非极性脂类(如甘油酯、胆固醇)。基于不同头部结构、碳链长度、双键数量等导致的极性差异,不同的脂质类别可在色谱上被分离,进而减小离子抑制效应,增强质谱分析的效果。不同脂质在质谱中会表现出规律性的碎裂模式,通过子离子、中性丢失等...
产品名称: 全长转录组测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 20
产品简介:全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究,无需片段打断,直接读取反转录的全长cDNA,能够有效获取高质量的单个RNA分子的全部序列。无需进行转录本的组装,即可准确辨别二代测序无法识别的完整的、准确的可变剪接、转录起始位点,能够有效的获取高质量的单个mRNA分子的序列信息。 产品优势:无需组装,直接测序获得全长mRNA和lncRNA转录本;可准确识别可变剪接形式,检测新基因和新的基因亚型;无参考基因组情况下,解析物种特有基因或基因家族;提高无参转录组研究的定量准确性。 测序实验流程图:   技术路线:    分析内容:测序Reads质量质控(QV);测序Reads聚类;转录本全长评估;基因结构优化;新转录本的预测;转录本功能注释;基因融合分析;可变剪接鉴定;等位基因分析(基于同一样本的二代数据);非编码RNA及其靶基因预测;SSR分析;SNP分析(基于同一样本的二代数据);C...
产品名称: MeDIP
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:甲基化DNA 免疫共沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP测序)先用5'-甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断,然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组,所需测序数据量较少,可广泛用于大样本量的疾病研究和分子育种研究。然而,该方法不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧啶甲基化状态。 应用领域:•  样本间DNA甲基化修饰差异分析•  大样本量疾病研究 技术路线:分析内容:1.标准信息分析1)测序完成后,去污染,去接头及去除低质量数据; 2)MeDIP-Seq序列与参考序列的比对; 3)MeDIP-Seq数据的全基因组分布趋势:a)MeDIP-Seq测序reads在全基因组每条染色体上的分布;b)MeDIP-Seq测序reads在全基因组上的覆盖深度;c)MeDIP-Seq测序reads在不同CpG密度区域中的分布;d)MeDIP-Seq测序reads在不同基因功能元件上的分布;e)MeDIP-Seq测...
回到顶部
Copyright © 2005 - 2013 南京集思慧远生物科技有限公司
犀牛云提供企业云服务
地址:江苏省南京市栖霞区仙林大学城纬地路9号江苏生命科技创新园F6栋522室
技术顾问:025-85381280/025-85380280行政人事:025-83361344
邮箱:tech@genepioneer.com
邮编:330520