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    发布时间: 2019 - 01 - 29
    小基因组测序,等待您的加入!客户发表文章:”The Complete Plastid Genome of Magnolia zenii and Genetic Comparison to Magnoliaceae species“        壹俺们很优秀,无奈太低调,悄悄告诉您,俺们公司客户叶绿体文章又有一篇发表啦!集思慧远带着自主研发的叶绿体组装软件为您科研道路上添砖加瓦!下面小编就带您看看,一篇叶绿体文章如何造就!贰                      宝华玉兰的完整质体基因组及其与木兰科植物的遗传比较                           IF=3.098宝华玉兰是一种极度濒危物种,仅存于中国江苏省宝华山有18棵。关于它的分子生物学的信息很少,直到现在还没有对宝华玉兰进行质体基因组研究。本文通过对宝华玉兰(Magnolia Zenii)的完整叶绿体基因组进行测序组装,鉴定SSR,并通过对近缘物种基因组结构和序列数据的比较分析,揭示了5个突变热点,对今后木兰科的系统发育和进化研究具有重要意义。这篇文章的研究内容如下:1、叶绿体基因组组装宝华玉兰基因组长160,048 bp,GC含量为39.2%,包括一对26,596 bp的反向重复区(IRA和IRB),一个大单拷贝区(LRC)88,098 bp,一个小单拷贝区(SSC)18,757 bp.2、木兰科物种叶绿体基因组比较分析用28种木兰科物种和2种鹅掌楸的叶绿体基因组进行序列比对。宝华玉兰的叶绿体基因组放...
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    发布时间: 2019 - 01 - 28
    摘要油菜是一种重要的油料作物,为了适应不同的气候带和纬度,形成了三种主要的生态型(冬性,半冬性,春性)。这些生态型多样性背后的遗传机制目前还是未知的。本研究这对收集的世界各地的991份资源品种进行全基因组重测序并分析了这些资源的遗传多样性。测序结果分别和油菜“Darmor-bzh”,“Tapidor”基因组比对鉴定到5.56M/5.53M SNPs,1.86M/1.92M Indels。文章通过构建等位基因漂变图揭示主要群落的,利用遗传多样性和连锁不平衡参数研究了甘蓝型油菜两个亚基因组的非对称进化。选择性清除分析表明了调控各种植物发育和胁迫的直系同源基因间的遗传多样性。全基因组关联分析发现在FT和FLC同源基因的启动子区域的SNP,符合不同生态型的油菜。材料方法实验材料:来自39个国家,658种冬性、145种半冬性、188种春性油菜。测序策略:Illumina HiSeq Xten PE150,共7.9T(平均测序深度6.6X)。油菜参考基因组:‘‘Darmor-bzh’’ genome (B. napus v4.1 genome),‘‘Tapidor’’genome。系统发育分析:MEGA5.2(NJ树,Kimura 2-parameter model);LD分析:PLINK,群体结构:ADMIXTURE;PCA:EIGENSOFT(smartPCA)。SNP重组率计算:R package FastEPRR;等位基因漂移分析:TREEMIX,基因流画图:R package ggplot2。选择性清除:PopGenome(Fst),XP-CLR;关联分析:TASSEL(MLM)。研究结果1、991份油菜资源群体结构和遗传变异A/B.991份油菜资源全球分布情况及对应三种生态型;C.991份材料的系统进化分析(与油菜生态型大致相同);D.群体主成分分析,PC1能够区分冬性和半...
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    发布时间: 2018 - 12 - 13
    发表期刊:Postharvest Biology and Technology影响因子:IF=3.112(SCI二区)研究背景草莓(Fragaria×ananassa Duch.)由于其独特的风味和多汁的质地,是一种在世界范围内广受欢迎的园艺作物。它是维生素C和抗氧化剂的良好来源,但由于软化快、机械损坏、真菌腐烂和采后代谢迅速,很容易腐烂。在6℃贮藏1d后,草莓果实中的蔗糖水平由于快速的采后代谢而达到无法检测的水平。虽然草莓品种的贮藏期不同,但平均贮藏期通常只有3-5d。先前研究报道了CO2诱导的生理和机械变化,收获后,草莓果实中含有较高水平的二氧化碳(CO2)以提高可储存性。暴露于20%CO2中12或48h的草莓果实比在环境空气中贮藏3d的水果更结实。高浓度的二氧化碳会影响细胞壁钙的结合,提高果实的硬度。为了深入了解高浓度CO2在分子和生化水平上的影响,多学科方法是必要的。整合基因组学、蛋白质组学和代谢组学将有助于更好地理解植物对外界刺激的全面定性和定量反应。尽管对草莓果实采后对高CO2的响应进行了研究,但对细胞反应的全面了解仍不甚清楚。本研究联合转录组学和代谢组学方法来研究分子和细胞反应,将收获的草莓果实短期暴露于30%CO2,以全面了解改善的果实耐贮性。材料与方法01植物材料与CO2处理草莓于80%红色收获,收获后,果实立即运往实验室。选择大小和颜色一致的果实作为试验材料。分组:0D:环境空气0h(收获后立即)1D:3h环境空气处理后1d1DT:3h 30%CO2处理后1d 02硬度测定随机抽取3个重复容器中的10个草莓果实进行硬度测定(n=30),经硬度测定后丢弃。采用CT-3纹理分析仪进行硬度测量。用直径为100mm、速度为2mm、应变为5mm、直径为100 mm的平板探针,在果实赤道面测量果实硬度(N)。草莓果实表面微生物...
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    发布时间: 2018 - 12 - 13
    集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》英文标题:Comparative transcriptome analysis of roots, stems and leaves Isodon amethystoides reveals candidate genes involved in Wangzaozins biosynthesis杂志:BMC PLANT BIOLOGY影响因子:IF=3.930摘要    王枣子是一种重要的中药植物,具有治疗多种疾病的药理作用,包括肺结核。四环二萜类化合物王枣子素(王枣子甲素Wang zaozin A,王枣子乙素GlucocalyxB)是王枣子的主要生物活性化合物。然而,关于这些化合物生物合成的分子信息仍然不清楚。通过对王枣子中王枣子素积累水平的研究,发现该植物的根、茎和叶组织有很大的变化,表明不同组织间代谢产物生物合成和积累的可能存在差异。为了更好地阐明四环二萜生物合成途径,我们对根、茎和叶组织进行转录组测序,并进行了de novo序列组装和分析。分析了与二萜类生物合成有关的候选基因,如CPS、KSL等。用qRT-PCR方法对8种涉及四环二萜类生物合成的转录本在王枣子不同组织中的表达谱进行了验证,解构该通路的基因表达谱。ISPD、ISPF和ISPH(MEP途径)以及IaCPS和IaKSL(二萜类途径)候选基因在叶片和根中的差异表达,可能是造成王枣子叶片中王枣子素积累较高的原因之一。本文报道的基因组数据和分析为进一步研究这一重要药用植物奠定了基础。材料与方法植物材料:一年生健康王枣子个体的根、茎、叶(3个重复)王枣子素的提取与鉴定(靶标代谢):种类:王枣子甲素、王枣子乙素和王枣子丙素        &...
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    发布时间: 2018 - 12 - 10
    英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要   逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果,RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止,经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中,有13个候选参考基因(包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因,以及目前使用的β-actin基因)在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA)、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中,用GeNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2,分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后,被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外,为了验证我们的结果,我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性,并将有...
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    发布时间: 2018 - 12 - 03
    发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反,这类信息可以由功能宏组学收集,如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP),它们对微扰具有较高的敏感性,因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面,特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系,为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标,在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢,氨基酸生物合成,孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少,尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息,并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析,到目前为止,还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征,这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注:从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名,女性8名)。从每个人身上采集粪便样本,同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库,以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较,并进行分类和功...
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型号:
时间: 2016 - 11 - 17
非靶向代谢组学主要是将对照组和实验组的代谢物(某一生物体的全部代谢物)进行比对,以找出其代谢物的差异。其分析一般包括:◆  代谢谱分析(也称为差异表达分析):在一组实验和对照样品中,寻找丰度改变有统计学意义的感兴趣代谢物。◆  代谢物鉴定:进行代谢谱分析后,测定这些代谢物的化学结构。◆  代谢物注释:研究流程的最后一步,解释所发现的代谢物与生物过程或生物状态之间的关联。 LC-MS代谢组产品定义通过液质联用(LC-MS)方法检测生物体受扰动或刺激前后大量代谢产物的动态变化,进而阐明生物体代谢相关过程的代谢组学技术。其研究对象主要是相对分子质量1000以下的内源性小分子代谢物。技术原理液相色谱可以分离无挥发性和未衍生化的代谢物,因此LC-MS可以分析的化合物种类范围比GC-MC广。LC-MS最适合作为未知代谢物研究中的探索方法,或者在多种目标代谢物由于挥发性问题不能用GC-MS进行分析时采用。实验流程 使用仪器agilent UHPLC1290-Agilent6550; agilent UHPLC1290-AB6600质谱分析模...
型号:
时间: 2016 - 11 - 17
靶向代谢组学分析主要是以标准品为参照,对特定的代谢物群进行有针对性地、特异性地检测与分析。靶向代谢组学分析成功的关键因素是准确度、高通量和可靠性。虽然这类分析比代谢谱分析更为常规,但必须面对非常大量(成千上万)的样品。靶向代谢组学可以应用于:• 验证由发现代谢组学实验提出的假说;• 进行基于假说的探索性实验(通常根据最新的解释),针对特定代谢物,研究代谢模型。 目标代谢物绝对定量产品定义靶向代谢组学分析主要是以标准品为参照,对特定的代谢物群进行有针对性地、特异性地检测与分析。通常采用的技术方案包括常规的液质联用(LC-MS)分析技术,以及选择性反应/多反应监测技术(MRM/ SRM)。技术原理常规分析法首先利用LC-MS的方法对待分析样本进行大规模代谢组分析,然后通过与相同分析条件下标准品的分析结果进行比对,实现对样本内目标代谢群的定性和定量分析。MRM/SRM技术是更为特异、灵敏的靶向分析方法。其主要基于已知或假定的反应离子信息,有针对性地选择数据进行质谱信号采集,对符合规则的离子对进行信号记录,去除不符合规则离子信号的干扰。定量过程中,该技术首先筛选到目标代谢物特异性的母...
型号:
时间: 2018 - 06 - 20
产品简介广泛靶标代谢技术平台建立了LC-MS/MS代谢数据库,区别于现有代谢物检测方法,整合了非靶标和靶标代谢物检测技术的优点,创造性实现了高通量、高灵敏度靶向代谢物检测,为定性、定量检测大批量、低丰度代谢物提供了高效的方法。同时,结合气质联用(GC-MS)和核磁共振(NMR)无创检测手段,进一步丰富了初生代谢物和次生代谢物的检测和鉴定的多样性。
产品名称: 脂质组学
型号:
时间: 2016 - 11 - 17
脂质组学(lipidomics)研究对象主要包括以下八种:脂肪酸类fatty acyls甘油脂类glycerolipds甘油磷脂类glycerophospholipids鞘脂类sphingolipdis固醇脂类sterol lipids孕烯醇酮脂类prenolipids糖脂类saccharolipids多聚乙烯类polyketides脂质结构的多样性赋予了脂质多种重要的生物功能。脂质不仅参与调节多种生命活动过程,包括能量转换、物质运输、信息识别与传递、细胞发育和分化及细胞凋亡等,而且脂质的异常代谢还与某些疾病,如动脉硬化症、糖尿病、肥胖症、阿尔茨海默病以及肿瘤发生发展密切相关。脂质组学已经被广泛运用于药物研发、分子生理学、分子病理学、功能基因组学、营养学以及环境与健康等重要领域。● 技术原理脂质代谢物结构较为复杂,按极性可分为极性脂类(如甘油磷脂、鞘脂)和非极性脂类(如甘油酯、胆固醇)。基于不同头部结构、碳链长度、双键数量等导致的极性差异,不同的脂质类别可在色谱上被分离,进而减小离子抑制效应,增强质谱分析的效果。不同脂质在质谱中会表现出规律性的碎裂模式,通过子离子、中性丢失等...
型号:
时间: 2018 - 06 - 20
产品介绍短链脂肪酸(short-chain fatty acids, SCFAs),也称挥发性脂肪酸(Volatile fatty acids, VFA),根据碳链中碳原子的多少,把碳原子数为1-6的有机脂肪酸成为锻炼脂肪酸,主要包括乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸、戊酸、异戊酸。短链脂肪酸被后肠迅速吸收后,既储存了能量又降低了渗透压,并且短链脂肪酸对于维持大肠的正常功能和结肠上皮细胞的形态和功能具有重要作用。短链脂肪酸还可促进钠的吸收,丁酸在这方面的作用比乙酸和丙酸更强并且丁酸可增加乳酸杆菌的产量而减少大肠杆菌的数量。受发酵底物、细菌种类等因素的影响,肠道内所产生的的短链脂肪酸的种类和数量不同,其发挥的作用也不尽相同。标准物质清单质量控制体系样本要求动物及临床组织标本            200mg/sample血清、血浆                          200μL/sample尿液 ...
型号:
时间: 2018 - 06 - 20
产品介绍游离脂肪酸(FFA)即非酯化脂肪酸,大致可以分为胆固醇、中性脂肪(三酸甘油脂)、磷脂质等 3 种,主要来源于脂蛋白和脂肪组织内甘油三酯(TG)的脂解。脂肪细胞内的 TG 在各种脂肪酶作用下被水解为 FFA 和甘油,被机体各组织利用。有研究表明游离脂肪酸与心血管疾病,肝脏疾病,二型糖尿病有密切联系,正常人体组织对 FFA 的利用受胰岛素和胰高血糖素等激素的调控。标准物质清单(45种)样本要求植物组织                             1g/sample动物及临床组织标本            200mg/sample血清、血浆                          200μL/sample尿液   &#...
产品名称: 植物激素检测
型号:
时间: 2018 - 06 - 15
产品介绍植物激素亦称植物天然激素或植物内源激素。是指植物体内产生的一些微量而能调节(促进、抑制)自身生理过程的有机化合物。生长素、赤霉素、细胞分裂素能促进植物生长和发育过程,而脱落酸和乙烯的作用则是抑制植物生长,促进成熟和衰老。这几种激素在植物生长发育的不同时期除各有其独特作用外,还能互相促进或抑制,充分发挥调节植物生长发育的作用。公司建立了一种基于LC-MS/MS平台的植物激素分析方法,高通量检测包括生长素 (Auxin)、 赤霉素(Gibberellines,GAs)、细胞分裂素 (Cytokinins,CKs)、脱落酸 (Abscisic acid,ABA)、茉莉酸 (Jasmonates,JA)、水杨酸 (Salicy acid,SA)在内的6大类植物激素。通过高效的样品预处理技术对植物激素进行富集、纯化,结合超高效液相色谱(UPLC)出色的分离能力和串联质谱(MS/MS)的高选择性,可有效降低复杂的样品基质对检测的干扰,进而提高植物激素的检测灵敏度,确保分析结果的可靠性。植物激素种类(25种)样本要求IAA          ...
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