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    发布时间: 2018 - 09 - 20
    摘要本文首次给出了荷包牡丹亚科完整的质体基因组。与已经报道的两个罂粟科质体基因组相比,荷包牡丹质体基因组的大小、结构、基因数量及替换速率都有较大的不同。本研究团队打算构建一个模型解释新发现的重排现象,其中包括至少6个反向重复边界的位移和5个倒位,大量的基因复制和重新定位,反向重复区和小单拷贝区2倍的扩张。从单拷贝区转移至反向重复区基因的替换速率降低,accD和clpP替换速率提高。accD替换速率的升高和一个大的氨基酸重复(AAR)Motif插入有关,但clpP替换速率的升高原因不明。分析发现荷包牡丹个体间accD和clpP有可变的AAR,此外比较三个罂粟科质体基因组发现:罂粟rps15失去了编码功能,但是发现了其功能转移到细胞核中。材料方法新鲜植物叶片(单株荷包牡丹),200mg用于总DNA提取。测序方案:Illumina HiSeq 2000,71.2 million 100 bp PE reads,文库550bp。质体基因组组装:Velvet v1.2.10(k-mer),组装成包含一个拷贝IR的最大contig当作是一个完整质体,Geneious R7 v7.1.8(手动检查),基因组覆盖深度:Bowtie v2.2.9,注释:DOGMA,tRNA预测:tRNAscan-SE v1.3.1,ARAGORN v1.2.38,环状及线性质体基因组作图:OGDRAW v1.2,二级结构:tRNAscan-SE 2.0 web server。散布重复序列鉴定:blastn(11bp,e值1× 10-10,90%序列相似性),串联重复序列:Tandem Repeats Finder v4.09(默认参数)。组装结果验证:设计引物(Primer3),扩增产物用1.5%琼脂糖胶电泳评估。罂粟科三个物种+外群(领春木)质体基因组多比对:Mauve v2.3.1。基因排序和...
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    发布时间: 2018 - 09 - 17
    马铃薯CircRNA响应胡萝卜软腐果胶杆菌侵染的转录组鉴定和表征摘要目前关于circRNAs在马铃薯胡萝卜软腐果胶杆菌(Pectobacterium carotovorum subsp. Brasiliense,pcb)中交互作用的研究资料较少。本研究对马铃薯品种Valor(感病)和BP1(抗病)受Pcb感染的时间序列样品进行了circRNA的系统鉴定。共检测到2098个circRNA,约有一半(931,44.38%)是基因间区circRNA。差异表达分析检测到429个明显调控的circRNA,circRNA通过调节亲本基因和对miRNA的海绵作用来参与调节。亲本基因和miRNA靶向mRNA的GO富集揭示这些差异表达的circRNA参与了防御反应(GO:0006952)、细胞壁(GO:0005199)、ADP结合(GO:0043531)、磷酸化(GO:0016310)和激酶活性(GO:0016301),揭示了circRNA在调节马铃薯免疫应答中的作用。此外,加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现,circRNA与编码基因和lncRNA密切相关。它们共同被专一调控,以增强马铃薯对pcb感染的免疫反应,这意味着circRNA在重编程疾病应答转录组中的作用。文章的研究结果将为马铃薯--pcb相互作用提供新的见解,并可能引领未来新的疾病控制策略。前言先前的研究已经表明,lncRNA在响应Pcb感染马铃薯基因表达中起关键作用。然而,据我们所知,circRNA在马铃薯-Pcb相互作用中的作用目前尚不明确。在本研究中关注:(1)马铃薯感染Pcb后circRNA的鉴定和特性描述;(2)通过亲本基因和miRNA靶向mRNA的GO富集分析,差异表达circRNA参与了哪些通路,以揭示其在调节马铃薯免疫应答中的可能作用;(3)通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)推断编码基因,circRNA...
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    发布时间: 2018 - 09 - 13
    基于iTRAQ的蛋白质组学和RNA序列分析揭示一个调控石榴果皮颜色的复杂网络摘要01果皮颜色是影响石榴果实商品性的重要因素。因此,阐明果皮颜色发育的遗传机制,可为提高果皮颜色的石榴品种选育提供参考。在本研究中,基于iTRAQ的蛋白质组水平分析与基于RNA序列的转录组水平分析相结合,以检测与果皮颜色发育相关的蛋白质和基因。分析了“Tunisia”(红色水果)和“White”(白色水果)石榴品种在果实发育的两个阶段。在蛋白质组学和转录组学中,共鉴定出27个差异丰富的蛋白质(增加的丰度)和54个不同表达的基因(16个上调,38个下调)。所鉴定的蛋白质和基因参与了花青素、二苯乙烯类、二芳基庚烷类、姜醇类、蚕豆类和苯丙素的生物合成,从而促进了石榴果皮颜色的形成。几种候选蛋白和基因与石榴果皮颜色有关的化合物和色素的一般反应(PAL;4CL;DFR;LDOX/ANS;CHS;and F3′5′H)和糖基化(GT1 and UGAT)相关的酶对应。互补蛋白质和转录组水平分析揭示了控制果皮颜色的复杂分子网络。本研究筛选出的候选基因可为石榴新品种的标记育种提供参考。材料与方法02材料:“Tunisia”(TP,红色果皮)和“White”(SP,白色果皮)石榴,在果实着色和成熟期收集果皮,3个生物学重复方法:SPSS分析;iTRAQ;LC-MS/MS分析;RNA-seq分析;qPCR验证测序平台:HiSeq2000,PE100生信分析:蛋白质的鉴定和量化:Mascot 2.3.02;IQuant程序识别蛋白质;Mascot软件包报告峰面积自动选择多肽;SOAPnuke筛选测序数据;HISAT比对到参考基因组序列;TEREAD用于组装成转录本;使用Cufinks的参考基因模型进行比较;用RSEM对基因表达进行定量;Cufdif确定P值的阈值;利用KOBAS2.0网站对DAP或DEGS进行了KEGG...
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    发布时间: 2018 - 09 - 07
    摘要为了确认硒-壳聚糖对大鳞副泥鳅生长和肠道健康的影响,从15个PVC贮水池中随机收集的了450条鱼(初始平均体重5.0± 0.2 g),分别喂食0(C组)、0.6(T1组)、1.2(T2组)、1.8(T3组)、2.4(T4组)mg/kg硒-壳聚糖60天。生长参数(包括最终平均体重,生长速率,增重,存活率)在对照和实验组间并未发现显著差异。当喂食超过1.2 mg/kg硒-壳聚糖,发现实验组酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(ALP)、溶解酵素(LZM)活性显著受到影响。随着硒-壳聚糖喂食量的增加免疫球蛋白M(IgM)含量也在上升,T4实验组和对照组之间差异最大。进行16S rRNA测序分析,在T3和对照组间共鉴定到296个OTUs。α多样性分析结果表明随着硒-壳聚糖喂食量的增加微生物总的丰度和种类也在增加。其中丰度增加的包含拟杆菌门、蓝藻细菌、厚壁菌门,而变形菌门、放线菌门、梭杆菌门丰度是下降的。表明硒-壳聚糖的补充可能会影响泥鳅肠道的健康,同时在泥鳅养殖中可能有增强免疫的作用。材料方法大鳞副泥鳅共450只(初始平均体重5.0± 0.2 g),平均投放到15个相同PVC贮水池饲养,每三个PVC贮水池作为一组,分别喂食0(C组)、0.6(T1组)、1.2(T2组)、1.8(T3组)、2.4(T4组)mg/kg硒-壳聚糖60天。生成参数调查:最终平均体重,生长速率,增重,存活率;免疫指标调查:幽门盲囊至肛门前1cM间的肠子,切除并去除粪便,液氮速冻;ELISA kits检测酸性磷酸酶、碱性磷酸酶、溶解酵素活性;DNA提取样品:C组,T3组每个生物学重复取5条鱼,去除肠周围的脂肪堆积物,肠道内容物挤压出来并收集,混样用来提取DNA;16S rRNA测序:Illumina HiSeq,V4-V5可变区,扩增引物515F (5′-GTGCCAGCMGCCGCGG-3...
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    发布时间: 2018 - 08 - 30
    摘要细胞分裂素活化蛋白激酶(MAPK)级联反应是通用的信号转到模块,在植物的各种生物和非生物胁迫、激素、细胞分裂和发育过程中起着至关重要的作用。MAPK作为级联反应的一部分,对进一步适当的细胞反应起着重要的作用。尽管MAPK在几种模式植物中都有相关报道,但是目前在猕猴桃中还没有系统的分析。本文在猕猴桃基因组中共鉴定到18个可能的MAPK基因,并对该基因家族在基因组上的位置,基因结构,系统发育及保守motif进行了分析。系统发育分析结果表明猕猴桃的MAPK基因家族能够分类到5个亚家族,这些基因的motif在相同的亚家族组具有很高的相似度。基因结构分析表明猕猴桃MAPK家族基因的外显子个数从2-29个不等,表明该家族的基因之间存在很大的变异。利用qRT-PCR对该家族的基因进行定量分析,证实了该基因家族响应多种生物和非生物胁迫及激素处理,对胁迫响应和激素信号转导通路都有潜在的影响作用。材料方法猕猴桃品种“jinkui”,MS培养基生长,4周后进行激素、冷胁迫、热激处理、盐处理;长势正常的植株,用丁香假单孢菌处理植物根系。定量PCR平台:ABI 7300 Real-time PCR System,每种处理的0h当作标准“1”,热图构建:MeV4.8;MAPK鉴定:拟南芥MAPK(https://www.arabidopsis.org),葡萄MAPK(http://www.genoscope.cns.fr/ externe/GenomeBrowser/Vitis/),猕猴桃基因组(http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/kiwi/download.cgi),BLASTP(阈值设置1x e -50),HMMER比对猕猴桃蛋白数据库;然后分析基因序列是否包含TDY或TEY motif以及11个保守亚结构域(符合条件的鉴定为预测MAPK基因)。蛋白分...
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    发布时间: 2018 - 08 - 22
    南京集思慧远客户发表麻栎叶绿体全基因组序列及系统发育分析IF=3.687麻栎(Quercus Acutissima)是栎属重要的特有生态植物,广泛分布于全国各地。然而,对其叶绿体基因组的研究却很少。在本研究中,对麻栎的叶绿体(Cp)全基因组进行了测序、分析,并与壳斗科家族4种植物进行了比较。麻栎叶绿体基因组的大小为161124bp,包括1个90,423 bp的大单拷贝(LSC)区和一个19,068 bp的小单拷贝(SSC)区,由51,632 bp的两个反向重复区(IR)隔开。全基因组的GC含量为36.08%,LSC、SSC和IR的GC含量分别为34.62%、30.84%和42.78%。麻栎叶绿体基因组编码136个基因,其中蛋白质编码基因88个,rRNA基因4个,tRNA基因40个。在重复结构分析中,麻栎叶绿体基因组中共检测到31个正向重复、22个反向重复序列和65个简单序列重复位点。基因组中丰富的简单序列重复位点(SSRs)的存在表明了未来群体遗传工作的潜力。基因组比较表明,LSC区比SSC区和IR区的差异更大,非编码区的差异比编码区的差异更大。25个物种的系统发育关系推断,栎属的成员不形成进化枝,而麻栎(Quercus acutissima)与栓皮栎(Q.variabilis)密切相关。本研究确定了麻栎叶绿体基因组的独特特征,为物种鉴定和生物学研究提供了理论依据。材料方法材料:在南京林业大学和南京紫金山分别种植麻栎,收集新鲜的叶子用冰冷冻,并立即储存于-80֯C,以供后期分析。方法:测序平台:Illumina Hiseq 2500;数据质控:Fastqc;组装软件:NOVOPlasty;注释:CpGAVAS;检测注释结果:Dogma和BLAST;鉴定tRNA:tRNAcanse;图谱绘制:OGDRAWv1.2;用MISA和REPuter对SSRs和long repeat进...
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型号:
时间: 2018 - 06 - 20
产品介绍短链脂肪酸(short-chain fatty acids, SCFAs),也称挥发性脂肪酸(Volatile fatty acids, VFA),根据碳链中碳原子的多少,把碳原子数为1-6的有机脂肪酸成为锻炼脂肪酸,主要包括乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸、戊酸、异戊酸。短链脂肪酸被后肠迅速吸收后,既储存了能量又降低了渗透压,并且短链脂肪酸对于维持大肠的正常功能和结肠上皮细胞的形态和功能具有重要作用。短链脂肪酸还可促进钠的吸收,丁酸在这方面的作用比乙酸和丙酸更强并且丁酸可增加乳酸杆菌的产量而减少大肠杆菌的数量。受发酵底物、细菌种类等因素的影响,肠道内所产生的的短链脂肪酸的种类和数量不同,其发挥的作用也不尽相同。标准物质清单质量控制体系样本要求动物及临床组织标本            200mg/sample血清、血浆                          200μL/sample尿液 ...
型号:
时间: 2016 - 06 - 13
样品提供:液氮低温冷冻的组织样品和详细的目标基因的信息。服务类型:CpG岛的预测:重亚硫酸盐处理甲基化位点检测:提供结果:详细的实验报告,以及数据作图。收费标准:根据不同的实验类型面议。交货周期:面议。
产品名称: lncRNA测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:  长链非编码RNA(LncRNA)是一类长度大于200nt且不编码蛋白质的RNA,通常伴随着mRNA协同转录,广泛存在于各种生物体内,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达,在生命活动中具有重要作用。   LncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNA和mRNA。 应用领域:•  新lncRNA找寻与预测•  疾病研究•  调控网络研究 产品优势:分析内容全面:不限于对已知lncRNA的研究分析,并设置严格的筛选条件预测新的lncRNA;数据信息量大:可一次性获得样本中几乎所有的lncRNA信息,有利于提高后续分析结果的准确性和全面性;测序物种多元:对包括人类、动植物在内的许多物种的lncRNA进行鉴定和分析;关联全面分析:得到mRNA数据,可开展lncRNA与mRNA的关联分析,深入分析lncRNA调控网络。  技术路线:分析内容:mRNA分析 SNP、Indel鉴定、可变...
型号:
时间: 2018 - 06 - 20
产品介绍游离脂肪酸(FFA)即非酯化脂肪酸,大致可以分为胆固醇、中性脂肪(三酸甘油脂)、磷脂质等 3 种,主要来源于脂蛋白和脂肪组织内甘油三酯(TG)的脂解。脂肪细胞内的 TG 在各种脂肪酶作用下被水解为 FFA 和甘油,被机体各组织利用。有研究表明游离脂肪酸与心血管疾病,肝脏疾病,二型糖尿病有密切联系,正常人体组织对 FFA 的利用受胰岛素和胰高血糖素等激素的调控。标准物质清单(45种)样本要求植物组织                             1g/sample动物及临床组织标本            200mg/sample血清、血浆                          200μL/sample尿液   &#...
产品名称: 基因定点突变
型号:
时间: 2016 - 06 - 13
样品要求:请提供质粒长度,抗性,图变前序列,突变后序列。提供结果:提供2个阳性克隆,测序结果。收费标准:根据不同的突变类型价格面议.交货期:1-2周。服务类型: 单碱基突变  单碱基突变       多碱基突变   片段的插入
产品名称: circRNA测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 20
产品简介:circRNAs(Circular RNAs,环状RNA)是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。circRNAs广泛存在于人和动植物中,是一类新的隐秘未知但却功能异常强大的非编码RNA。不同于线性RNA,circRNAs呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。这种特性,预示circRNAs有巨大潜力成为新的临床诊断标志物。最近的研究证实,circRNAs是ceRNA调控网络中的重要成员,可以像“海绵”一样大量吸附miRNAs,进而调控基因表达。然而,circRNAs隐秘的更强大的功能远未被发掘和阐释。 技术优势◆ 文库优化:采用核糖体去除、链特异性文库构建、以及RNase R消化方案,既能获取完整的环状RNA和线性RNA序列,也可以仅保留环状RNA序列。◆ 分析全面:全面分析和鉴定样本环状RNA和长链线性RNA(包括mRNA和lncRNA)。◆ 方案系统:从circRNA发掘与表达分析,环状RNA与长链线性RNA互作分析,到ceRNA调控机制探析,由研究人员自由选择研究方案。 ...
产品名称: 植物激素检测
型号:
时间: 2018 - 06 - 15
产品介绍植物激素亦称植物天然激素或植物内源激素。是指植物体内产生的一些微量而能调节(促进、抑制)自身生理过程的有机化合物。生长素、赤霉素、细胞分裂素能促进植物生长和发育过程,而脱落酸和乙烯的作用则是抑制植物生长,促进成熟和衰老。这几种激素在植物生长发育的不同时期除各有其独特作用外,还能互相促进或抑制,充分发挥调节植物生长发育的作用。公司建立了一种基于LC-MS/MS平台的植物激素分析方法,高通量检测包括生长素 (Auxin)、 赤霉素(Gibberellines,GAs)、细胞分裂素 (Cytokinins,CKs)、脱落酸 (Abscisic acid,ABA)、茉莉酸 (Jasmonates,JA)、水杨酸 (Salicy acid,SA)在内的6大类植物激素。通过高效的样品预处理技术对植物激素进行富集、纯化,结合超高效液相色谱(UPLC)出色的分离能力和串联质谱(MS/MS)的高选择性,可有效降低复杂的样品基质对检测的干扰,进而提高植物激素的检测灵敏度,确保分析结果的可靠性。植物激素种类(25种)样本要求IAA          ...
产品名称: 免疫共沉淀(Co-IP)
型号:
时间: 2016 - 06 - 13
免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation)是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。免疫共沉淀的优势:与其他研究蛋白质相互作用技术(如GST-Pull down、酵母双杂交等)相比,免疫共沉淀鉴定的相互作用蛋白是在细胞内与目的蛋白发生的天然结合,避免了人为的影响,因此符合体内实际情况,得到的蛋白可信度更高。免疫共沉淀的一般操作流程:
产品名称: 宏转录组测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 20
产品简介:宏转录组学(Metatranscriptomics)兴起于宏基因组之后,从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律。它以生态环境中的全部RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。2006年,Leiniger等首次使用454测序技术对一个复杂微生物群落的宏转录组进行研究。与宏基因组学相比较,宏转录组学能从转录水平研究复杂微生物群落变化,能更好的挖掘潜在的新基因。 技术优势◆ 宏转录组研究采用先进的测序平台。◆ 高通量覆盖可全面检测生态环境中的微生物信息。◆ 充分挖掘样品中存在的微生物多样性及动态变化情况。◆ 广泛应用于肠道内容物、土壤、水体等研究中。 技术路线:    分析内容:测序数据质量评估:过滤掉低质量数据,保证数据质量基因预测:基因预测及相关性分析物种、功能注释:物种、基因功能注释及相关分析CAG(Co-abundance genes):疾病和菌株关联研究CNV(copy number variation) 菌株拷贝数变异与疾病关联...
产品名称: 载体构建
型号:
时间: 2016 - 06 - 13
样品要求:提供新鲜的PCR产物或者胶回收产物,或者提供PCR所需的模板。提供结果:提供2个阳性克隆收费标准:根据克隆片段大小收费,具体面议。交货期:根据克隆类型以及克隆片段大小面议
产品名称: 基因表达谱
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:数字基因表达谱(DGE)是基于HiSeq平台,研究特定组织在特定状态下的基因表达情况,全面、经济、快速地检测不同材料间的差异表达基因,挖掘调控某一性状的关键靶点基因。 应用领域:•  基因表达量测定•  多样本转录组组装•  基因表达网络构建•  疾病分类研究 产品优势:1. 数字化信号:直接测定每个基因的特异表达标签序列,通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量,大大提高了定量分析的准确度;2. 可重复性高:不同批次的表达谱度量准确,能够更准确的进行表达差异分析;3. 高灵敏度:对于表达存在差异的基因能够灵敏的检测其表达差异,能够检测出低丰度的表达基因;4. 高通量:一次测序可得到800万以上的序列;5. 高准确性:使用RPKM方法计算基因表达量,消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响确保基因表达量计算的高准确性。  技术路线: 分析内容:1.  测序数据统计与评估测序质量值分布检查碱基分布检查测序数据产出统计&#...
产品名称: 质粒DNA提取
型号:
时间: 2016 - 06 - 13
样品要求:提供提取用菌种(甘油菌),表明菌种和质粒的类型和抗性提供结果:质粒DNA,电泳图片收费标准:面议交货期:1-2周
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