服务热线: 025-85381280
专业领域 更多
优秀案例 / Case 更多
  • 浏览次数: 30
    发布时间: 2019 - 01 - 29
    小基因组测序,等待您的加入!客户发表文章:”The Complete Plastid Genome of Magnolia zenii and Genetic Comparison to Magnoliaceae species“        壹俺们很优秀,无奈太低调,悄悄告诉您,俺们公司客户叶绿体文章又有一篇发表啦!集思慧远带着自主研发的叶绿体组装软件为您科研道路上添砖加瓦!下面小编就带您看看,一篇叶绿体文章如何造就!贰                      宝华玉兰的完整质体基因组及其与木兰科植物的遗传比较                           IF=3.098宝华玉兰是一种极度濒危物种,仅存于中国江苏省宝华山有18棵。关于它的分子生物学的信息很少,直到现在还没有对宝华玉兰进行质体基因组研究。本文通过对宝华玉兰(Magnolia Zenii)的完整叶绿体基因组进行测序组装,鉴定SSR,并通过对近缘物种基因组结构和序列数据的比较分析,揭示了5个突变热点,对今后木兰科的系统发育和进化研究具有重要意义。这篇文章的研究内容如下:1、叶绿体基因组组装宝华玉兰基因组长160,048 bp,GC含量为39.2%,包括一对26,596 bp的反向重复区(IRA和IRB),一个大单拷贝区(LRC)88,098 bp,一个小单拷贝区(SSC)18,757 bp.2、木兰科物种叶绿体基因组比较分析用28种木兰科物种和2种鹅掌楸的叶绿体基因组进行序列比对。宝华玉兰的叶绿体基因组放...
  • 浏览次数: 8
    发布时间: 2019 - 01 - 28
    摘要油菜是一种重要的油料作物,为了适应不同的气候带和纬度,形成了三种主要的生态型(冬性,半冬性,春性)。这些生态型多样性背后的遗传机制目前还是未知的。本研究这对收集的世界各地的991份资源品种进行全基因组重测序并分析了这些资源的遗传多样性。测序结果分别和油菜“Darmor-bzh”,“Tapidor”基因组比对鉴定到5.56M/5.53M SNPs,1.86M/1.92M Indels。文章通过构建等位基因漂变图揭示主要群落的,利用遗传多样性和连锁不平衡参数研究了甘蓝型油菜两个亚基因组的非对称进化。选择性清除分析表明了调控各种植物发育和胁迫的直系同源基因间的遗传多样性。全基因组关联分析发现在FT和FLC同源基因的启动子区域的SNP,符合不同生态型的油菜。材料方法实验材料:来自39个国家,658种冬性、145种半冬性、188种春性油菜。测序策略:Illumina HiSeq Xten PE150,共7.9T(平均测序深度6.6X)。油菜参考基因组:‘‘Darmor-bzh’’ genome (B. napus v4.1 genome),‘‘Tapidor’’genome。系统发育分析:MEGA5.2(NJ树,Kimura 2-parameter model);LD分析:PLINK,群体结构:ADMIXTURE;PCA:EIGENSOFT(smartPCA)。SNP重组率计算:R package FastEPRR;等位基因漂移分析:TREEMIX,基因流画图:R package ggplot2。选择性清除:PopGenome(Fst),XP-CLR;关联分析:TASSEL(MLM)。研究结果1、991份油菜资源群体结构和遗传变异A/B.991份油菜资源全球分布情况及对应三种生态型;C.991份材料的系统进化分析(与油菜生态型大致相同);D.群体主成分分析,PC1能够区分冬性和半...
  • 浏览次数: 95
    发布时间: 2018 - 12 - 13
    发表期刊:Postharvest Biology and Technology影响因子:IF=3.112(SCI二区)研究背景草莓(Fragaria×ananassa Duch.)由于其独特的风味和多汁的质地,是一种在世界范围内广受欢迎的园艺作物。它是维生素C和抗氧化剂的良好来源,但由于软化快、机械损坏、真菌腐烂和采后代谢迅速,很容易腐烂。在6℃贮藏1d后,草莓果实中的蔗糖水平由于快速的采后代谢而达到无法检测的水平。虽然草莓品种的贮藏期不同,但平均贮藏期通常只有3-5d。先前研究报道了CO2诱导的生理和机械变化,收获后,草莓果实中含有较高水平的二氧化碳(CO2)以提高可储存性。暴露于20%CO2中12或48h的草莓果实比在环境空气中贮藏3d的水果更结实。高浓度的二氧化碳会影响细胞壁钙的结合,提高果实的硬度。为了深入了解高浓度CO2在分子和生化水平上的影响,多学科方法是必要的。整合基因组学、蛋白质组学和代谢组学将有助于更好地理解植物对外界刺激的全面定性和定量反应。尽管对草莓果实采后对高CO2的响应进行了研究,但对细胞反应的全面了解仍不甚清楚。本研究联合转录组学和代谢组学方法来研究分子和细胞反应,将收获的草莓果实短期暴露于30%CO2,以全面了解改善的果实耐贮性。材料与方法01植物材料与CO2处理草莓于80%红色收获,收获后,果实立即运往实验室。选择大小和颜色一致的果实作为试验材料。分组:0D:环境空气0h(收获后立即)1D:3h环境空气处理后1d1DT:3h 30%CO2处理后1d 02硬度测定随机抽取3个重复容器中的10个草莓果实进行硬度测定(n=30),经硬度测定后丢弃。采用CT-3纹理分析仪进行硬度测量。用直径为100mm、速度为2mm、应变为5mm、直径为100 mm的平板探针,在果实赤道面测量果实硬度(N)。草莓果实表面微生物...
  • 浏览次数: 67
    发布时间: 2018 - 12 - 13
    集思慧远客户发表——《王枣子根、茎和叶的比较转录组分析揭示了王枣子素生物合成的候选基因》英文标题:Comparative transcriptome analysis of roots, stems and leaves Isodon amethystoides reveals candidate genes involved in Wangzaozins biosynthesis杂志:BMC PLANT BIOLOGY影响因子:IF=3.930摘要    王枣子是一种重要的中药植物,具有治疗多种疾病的药理作用,包括肺结核。四环二萜类化合物王枣子素(王枣子甲素Wang zaozin A,王枣子乙素GlucocalyxB)是王枣子的主要生物活性化合物。然而,关于这些化合物生物合成的分子信息仍然不清楚。通过对王枣子中王枣子素积累水平的研究,发现该植物的根、茎和叶组织有很大的变化,表明不同组织间代谢产物生物合成和积累的可能存在差异。为了更好地阐明四环二萜生物合成途径,我们对根、茎和叶组织进行转录组测序,并进行了de novo序列组装和分析。分析了与二萜类生物合成有关的候选基因,如CPS、KSL等。用qRT-PCR方法对8种涉及四环二萜类生物合成的转录本在王枣子不同组织中的表达谱进行了验证,解构该通路的基因表达谱。ISPD、ISPF和ISPH(MEP途径)以及IaCPS和IaKSL(二萜类途径)候选基因在叶片和根中的差异表达,可能是造成王枣子叶片中王枣子素积累较高的原因之一。本文报道的基因组数据和分析为进一步研究这一重要药用植物奠定了基础。材料与方法植物材料:一年生健康王枣子个体的根、茎、叶(3个重复)王枣子素的提取与鉴定(靶标代谢):种类:王枣子甲素、王枣子乙素和王枣子丙素        &...
  • 浏览次数: 29
    发布时间: 2018 - 12 - 10
    英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要   逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果,RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止,经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中,有13个候选参考基因(包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因,以及目前使用的β-actin基因)在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA)、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中,用GeNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2,分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后,被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外,为了验证我们的结果,我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性,并将有...
  • 浏览次数: 43
    发布时间: 2018 - 12 - 03
    发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反,这类信息可以由功能宏组学收集,如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP),它们对微扰具有较高的敏感性,因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面,特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系,为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标,在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢,氨基酸生物合成,孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少,尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息,并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析,到目前为止,还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征,这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注:从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名,女性8名)。从每个人身上采集粪便样本,同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库,以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较,并进行分类和功...
在线咨询
  • 咨询类别:
  • *
  • 联系人
  • 公司名称:
  • *
  • 公司网址:
  • MSN:
  • QQ:
  • 电话
  • 手机:
  • 传真:
  • E-mail:
  • *
  • 邮政编码:
  • 留言主题:
  • 留言内容
  • *
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:微生物群落多样性分析是指利用二代高通量测序技术,对微生物的16S rDNA、18S rDNA、ITS以及目标区域扩增子测序,分析环境中细菌、古细菌以及真菌的种类组成和含量,揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的差异、相对丰度、种群结构和进化关系;对于研究微生物与人类医疗健康、食品安全、环境检测与治理、微生物资源的利用等有着重要的指导作用。 产品优势:1. 强大的实验测序平台,测序周期短且可靠2. 成熟的分析方法,专业的技术人员3.全面的分析内容,为您的项目提供解决方案技术路线:分析内容:样品要求:1.样品类型:环境样品DNA;2.样品浓度:>10 ng/ul(Qbit 检测浓度);3.样品总量:≥500ng;4.样品纯度: OD260/280为1.8~2.2;5.电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解。案例分析:1、16s rRNA揭示水稻根系微生物多样性 本研究对不同地方和不同品种的水稻根部三个区间(根系与土壤接触的部分、根表皮、根根内部)的微生物的种类和丰度进行分析,扩增了样本DNA的16s rRNA的V4区域。研究结果表明:温室栽培条件下,根系微生物主要受土壤类...
产品名称: 微生物重测序
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介微生物基因组的重测序,是基于小片段文库的高通量测序数据,与近缘参考基因组进行比对,进行变异检测的方法。检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息,以精准快捷为特点,系统全面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。应用领域•环境微生物研究;•海洋微生物研究;•土壤微生物研究;•工业微生物研究;•生物体微生物研究。产品优势•采用主流PacBio+Illumina Hiseq测序平台;•丰富的项目经验:土壤微生物、动物肠道微生物、农业致病菌等。技术路线分析内容变异检测:准确定位变异位点;基本进化分析:构建系统进化树,确定菌株间进化关系;地域归属分析:研究菌株的地域传播规律;分歧时间估计:讨论菌株支系之间的分化历史;选择压力分析:菌株进化过程中的选择压力,揭示与环境相关的关键基因;变异基因功能富集:统计变异基因分布规律,寻找变异丰富的功能分类。样品要求1.样品类型:基因组DNA;2.样品需求量:小片段文库≥2 ug,2-3kb文库≥20 ug,5-6kb文库≥20 ug,10kb文库≥30 ug,20和40kb文库≥60 ug;3.样品浓...
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介真菌属于较低等的真核生物,种类繁多,在自然界中分布广泛。合理利用有益真菌,控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明,将为真菌特性的分析提供有用的依据。随着第二及第三代高通量测序技术的成熟,基因组测序成本已大大降低,使得快速而经济的进行真菌基因组de novo测序成为可能,目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。真菌基因组测序可以细分为如下2个产品:真菌框架图:采用小片段文库建库的方式,利用Illumina HiSeq进行深度测序,并进行初步的基因组组装,获得基因组序列;其性价比高,满足真菌基因组研究基本需求。真菌精细图:采用大片段加小片段文库的方式,利用二代+三代进行深度测序,并进行反复优化的基因组组装,获得基因组序列,其是目前研究真菌基因组的主流产品;对于复杂基因组结合Hi-C测序技术将其基因组组装到染色体水平。 应用领域•农业致病菌;•工业菌;•极端环境微生物;•生物体耐药菌。产品优势•PacBio+Illumina Hiseq+光学图谱组装到染色体水平;•SMRT超长的Reads轻松跨越高重复和GC异常区域;•全面的基因组信...
型号:
时间: 2017 - 02 - 06
产品简介随着细菌基因组研究的迅速发展,细菌基因组de novo测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。新一代高通量测序技术大大减少了细菌基因组de novo测序的成本和时间,让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。细菌基因组de novo测序和分析可以分为如下3个产品:细菌框架图:采用小片段建库,MiSeq深度测序和初步的基因组组装策略,性价比高,满足细菌基因组研究基本需求。细菌精细图:采用大片段加小片段建库,HiSeq加MiSeq深度测序和反复优化的基因组组装策略,是目前研究细菌基因组的主流产品。细菌完成图:综合利用一代二代甚至三代测序技术,根据菌株具体情况制定最优策略,最终得到一条完整的基因组序列(1个contig,0 gaps),是细菌基因组测序组装的最高要求。应用领域•环境微生物研究;•海洋微生物研究;•土壤微生物研究;•工业微生物研究;•生物体微生物研究;产品优势•采用主流PacBio+Illumina Hiseq测序平台;•1个contig,0 gaps,获得完美细菌基因组;•丰富的项目经验:土壤微生物、动物肠道微生物、农业致病菌等。技术路线  分...
产品名称: 宏基因组测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:宏基因组测序,是一种直接对某一特定环境中微生物基因组进行分析,通过构建宏基因组文库,利用基因组学的研究策略研究微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体的多样性与丰度,是研究微生物功能多样性、开发新的生理活性物质等的一种新理念和新方法。对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。  产品优势:•  全面的研究方案:对测序结果组装分析后,得到微生物群体基因组及功能、分析微生物群体中物种和基因的多样性和丰度,微生物菌落结构与宿主(或环境)之间的相互关系等•  更合理的研究方法:在分析过程中,采用一些更为准确的方法,从而得到更为可靠的分析结果•  新的分析方法:增加了最前沿的MGS等宏基因组分析的方法,对样品中的信息得到更大的解析技术路线: 分析内容: 样品要求:1.样品类型:环境样品 DNA;2.样品浓度:≥50 ng/ul;3.样品总量:≥15ug;单次文库制备用量为5ug,为保证实验的顺利进行,因此需保证样品总量大于3次以上的建库用量;4.样品纯度:OD...
回到顶部
Copyright © 2005 - 2013 南京集思慧远生物科技有限公司
犀牛云提供企业云服务
地址:江苏省南京市栖霞区仙林大学城纬地路9号江苏生命科技创新园F6栋522室
技术顾问:025-85381280/025-85380280行政人事:025-83361344
邮箱:tech@genepioneer.com
邮编:330520