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    发布时间: 2019 - 03 - 19
    ◆◆前沿◆◆由于技术的巨大进步,我们已经进入了多组学时代,能够对细胞分子机制(基因组,转录组,蛋白质组和代谢组)进行系统的定量表征。代谢物是一种较新的进入组学光谱的物质,这些小分子化合物与基因组和蛋白质组相联系,代表了这个被定义为新陈代谢的动态系统中最下游的阶段。以更直观的方式,新陈代谢可以被描述为具有代谢齿轮的机制,其与基因和蛋白质的活性交织在一起。这些齿轮被视为只是作为一个更大的系统的一个组成部分的功能执行。通过这些不同组学水平的生化组织的信息流被描述为分子生物学的中心法则(图1)。在这个框架内,代谢组已被广泛接受为分子水平的表型的动态和敏感测量,将代谢组学置于与病理生理过程相关的生物标志物和机制发现的最前沿。图1 代谢产物作为基因和蛋白质活性的活性调节剂然而,对代谢物的感知主要是作为下游产品的基因和蛋白质活性的标志物,使其对其影响深远的监管活动的认识最小化。事实上,代谢组与所有其他组学水平相互作用并积极调节(图1)。通过这种相互作用,代谢物也是生物过程和表型的直接调控者。这一概念,即代谢物是生物过程中的活跃实体,已被研究数十年,其中开创性地发现乳糖依赖性调节来自lac操纵子的细菌中的基因表达;葡萄糖,脂肪酸和其他脂类可作为胰岛素分泌和敏感性的调节剂;以及营养和能量传感器mTOR激酶的关键细胞作用。最近,随着代谢组学技术的出现和发展,对具有生物活性的代谢物的发现迅速增长。因此,代谢物可以在各种情况下显著影响细胞生理学,支持它们作为生物活性剂的重要作用。01代谢活性原理最近的机制研究表明,活性代谢物强烈影响组学景观的所有层面,从基因组,表观基因组和转录组到蛋白质组。在此框架内,代谢组具有两种控制DNA,RNA和蛋白质功能的总体机制:化学修饰和代谢物-大分子相互作用。1.1大分子的代谢化学修饰代谢物驱动DNA和RNA(例如甲基化)和蛋白质(翻译后修饰)的关键共价化学修饰。已...
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    发布时间: 2019 - 03 - 19
    继叶绿体开年连发3篇后,集思慧远sRNA-seq也见新篇章了!客户们棒棒哒!!!下面小编给大家分享下这篇文章英文题目:Identification and Analysis of microRNAs in the SAM and Leaves of Populus tomentosa杂志:Forests影响因子:IF=1.956摘要茎尖分生组织(SAM)是位于植物顶端的一种重要组织,可持续生长和分化、发育为地上部分。SAM的发育受到一系列复杂的分子调控网络的控制,其中microRNAs(miRNAs)及其靶基因起着关键作用。然而,人们对木本植物中的miRNAs知之甚少。本研究利用小RNA(Srna)测序技术,建立了毛白杨茎尖和成熟叶组织的4个文库,鉴定了99个已知的miRNA家族。此外,193种已知的miRNA,包括植物激素、发育和细胞过程相关的miRNA,表现出显著的差异表达。有趣的是,对miR172、miR164和miR 393的qPCR分析显示在茎尖发育过程中表达模式有显著变化。这些miRNAs的靶基因参与调节激素反应和干细胞功能。特别是参与维持茎尖干细胞的miR 172靶基因APETALA2(AP2)在发育的初始活动阶段就有特异性表达。这些发现对了解miRNAs参与SAM的发展和分化在树种中的调节机制提供了新的见解。材料与方法植物材料:  毛白杨(20年)的健康茎尖和周围叶片.选择了以下三个发展阶段:图中绿色框中组织表示用于qPCR测定的组织;蓝色框表示用于高通量测序的组织。方法:形态观测:切片,显微镜观察sRNA测序与分析:测序平台:Illumina HiSeq 2500(IA时期每个样品2个重复,共4个文库;数据量平均每个文库12M)分析:GenBank和Rfam数据库对sRNA进行分类注释   ...
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    发布时间: 2019 - 03 - 13
    合作单位:江苏大学食品与生物工程学院发表期刊:Food Chemistry影响因子:4.946(SCI二区)研究背景:桔霉素(citrinin,CIT)是一种次生代谢物,最初由桔青霉Penicillium citrinum生产。后来发现它是由曲霉属、红曲属、青霉属等产生的。一些农业食品中报告了CIT的污染情况,包括大米、奶酪、小麦、苹果和其他商业食品。食品中的CIT污染不仅造成重大经济损失,而且对人们构成肾毒性威胁。实验目的:比较10μg/mL CIT处理和不处理Cryptococcus podzolicus Y3的转录和蛋白质组,以揭示酵母对CIT的防御反应及CIT降解的分子机制。实验取材:CIT处理和不处理Cryptococcus podzolicus Y3酵母菌株组学:转录组学和蛋白组学主要研究成果01蛋白的差异表达分析在每个凝胶中总共检测到102个差异表达的蛋白质(平均fold change>1.2)。其中42个差异显著表达蛋白(平均fold change2,p2,p02差异表达蛋白的WEGO分类对所有已鉴定的蛋白质进行了GO功能注释分析,其中被鉴定为细胞和代谢过程的蛋白质为第1位,其次是生物调节和对刺激的反应。所涉及的许多细胞成分是细胞器、细胞成分和生物大分子。结合和催化功能是分子功能中识别最多的蛋白质,其次是抗氧化蛋白、电子携带蛋白、转运蛋白等。03基因的差异表达分析共获得了43928个转录物和17088个unigenes,其N50值分别为2844和2219(补充表S2)。所有基因均用BLAST软件进行注释,其中包括NR、Swissprot、GO、COG、KOG、Pfam和KEGG数据库。共有14550个基因被注释到数据库中。检测所有基因的表达水平,共获得1409个差异表达基因(DEGS,fold change2,p04基因的GO分类根据细胞...
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    发布时间: 2019 - 03 - 11
    摘要草莓属配子体不亲和系统的研究已经广为人知了,但是其遗传机制目前仍是未知的。通过人工自花授粉获得了11个不同亲和性的第二世代绿色草莓,用来代表不同的坐果率水平。本研究对两个较大差异坐果率的自交系进行全基因组重测序,Ls-S2-53(自交不亲和)和Ls-S2-76(强自交亲和)。利用完全自交亲和的野草莓作为参考样品,进行两个绿色草莓全基因组变异检测和注释分析。两测序样品间每条染色体上的多态分布都很相似,但是纯合变异的数量和分布区域是不一致的。基因表达分析表明6个和自交不亲和显著相关的候选基因,用野草莓基因组作为参考,将一个FIP2-like(肌动蛋白骨架合成相关)作为两个自交不亲和自交系的候选基因,该基因编码的肽链在两个材料中均存在不同长短的数量的氨基酸数量的丢失。通过抑制FIP2-like的表达减少了花粉管顶端F-actin的合成,在一定程度上抑制了花粉粒的生成和花粉管的发育。研究结果表明差异的纯合变异分布影响了绿色草莓的果实坐果率,完整编码的FIP2-like能够正常促进F-actin的合成,而较短氨基酸序列的FIP2-like对两个自花授粉草莓的亲和性有影响。材料方法植物材料:F.viridis 42,Ls-S1-2,11个Ls-S1-2自交系;测序材料:Ls-S2-53,Ls-S2-76(幼嫩叶片);Ls-S2-53人工自花授粉后(0h)叶、花梗、花萼、花瓣、雌蕊、花药用来做组织特异表达分析,雌蕊自花授粉后(6,12,24,48,72h)做时空表达分析。测序策略:Illumina Hiseq 2500,Ls-S2-53(80X),Ls-S2-76(75X)。参考基因组:F. vesca reference genome v2.0.a1;比对参考基因组:BWA v0.6.1,过滤冗余序列:SAMtools,变异检测:GATK,变异位点注释:SnpEff,基因功能注释:...
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    发布时间: 2019 - 01 - 29
    小基因组测序,等待您的加入!客户发表文章:”The Complete Plastid Genome of Magnolia zenii and Genetic Comparison to Magnoliaceae species“        壹俺们很优秀,无奈太低调,悄悄告诉您,俺们公司客户叶绿体文章又有一篇发表啦!集思慧远带着自主研发的叶绿体组装软件为您科研道路上添砖加瓦!下面小编就带您看看,一篇叶绿体文章如何造就!贰                      宝华玉兰的完整质体基因组及其与木兰科植物的遗传比较                           IF=3.098宝华玉兰是一种极度濒危物种,仅存于中国江苏省宝华山有18棵。关于它的分子生物学的信息很少,直到现在还没有对宝华玉兰进行质体基因组研究。本文通过对宝华玉兰(Magnolia Zenii)的完整叶绿体基因组进行测序组装,鉴定SSR,并通过对近缘物种基因组结构和序列数据的比较分析,揭示了5个突变热点,对今后木兰科的系统发育和进化研究具有重要意义。这篇文章的研究内容如下:1、叶绿体基因组组装宝华玉兰基因组长160,048 bp,GC含量为39.2%,包括一对26,596 bp的反向重复区(IRA和IRB),一个大单拷贝区(LRC)88,098 bp,一个小单拷贝区(SSC)18,757 bp.2、木兰科物种叶绿体基因组比较分析用28种木兰科物种和2种鹅掌楸的叶绿体基因组进行序列比对。宝华玉兰的叶绿体基因组放...
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    发布时间: 2019 - 01 - 28
    摘要油菜是一种重要的油料作物,为了适应不同的气候带和纬度,形成了三种主要的生态型(冬性,半冬性,春性)。这些生态型多样性背后的遗传机制目前还是未知的。本研究这对收集的世界各地的991份资源品种进行全基因组重测序并分析了这些资源的遗传多样性。测序结果分别和油菜“Darmor-bzh”,“Tapidor”基因组比对鉴定到5.56M/5.53M SNPs,1.86M/1.92M Indels。文章通过构建等位基因漂变图揭示主要群落的,利用遗传多样性和连锁不平衡参数研究了甘蓝型油菜两个亚基因组的非对称进化。选择性清除分析表明了调控各种植物发育和胁迫的直系同源基因间的遗传多样性。全基因组关联分析发现在FT和FLC同源基因的启动子区域的SNP,符合不同生态型的油菜。材料方法实验材料:来自39个国家,658种冬性、145种半冬性、188种春性油菜。测序策略:Illumina HiSeq Xten PE150,共7.9T(平均测序深度6.6X)。油菜参考基因组:‘‘Darmor-bzh’’ genome (B. napus v4.1 genome),‘‘Tapidor’’genome。系统发育分析:MEGA5.2(NJ树,Kimura 2-parameter model);LD分析:PLINK,群体结构:ADMIXTURE;PCA:EIGENSOFT(smartPCA)。SNP重组率计算:R package FastEPRR;等位基因漂移分析:TREEMIX,基因流画图:R package ggplot2。选择性清除:PopGenome(Fst),XP-CLR;关联分析:TASSEL(MLM)。研究结果1、991份油菜资源群体结构和遗传变异A/B.991份油菜资源全球分布情况及对应三种生态型;C.991份材料的系统进化分析(与油菜生态型大致相同);D.群体主成分分析,PC1能够区分冬性和半...
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产品名称

外显子测序

发布时间 2016-05-13
点击次数 170


产品简介:

外显子仅占整个人类基因组序列1%-2%的外显子组,包含180,000个能够被表达为蛋白质的外显子,约30MB大小,且外显子区域突变与85%能够引起疾病的突变相关。

结合高通量测序手段,对利用高效序列捕获技术捕捉并富集的全基因组外显子区域进行测序分析,能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传变异,进而寻找与各种疾病相关的致病基因和易感基因。

 

应用领域:

1.单基因遗传病(小家系孟德尔遗传病)、散发性遗传病研究:通过对患病群体或家系进行外显子组测序分析,可以鉴别和定位致病基因;

2.复杂遗传病研究:对胰岛素抵抗动脉粥样硬化、脑皮质发育异常等复杂遗传病患病群体结合连锁分析,外显子组测序可以筛选出这些复杂遗传病的相关候选致病基因;

3.癌症及复杂代谢类疾病研究:利用外显子组测序技术对肿瘤组织进行有针对性的深度测序,可以发现基因突变和蛋白质编码区的染色体重排事件,揭示癌症发生发展原理;

4. 米勒综合症、歌舞伎综合症、重型颅脑畸形等大多数的复杂代谢类疾病的致病突变和发生在蛋白质编码区的染色质重排事件,揭示出现代谢异常的病因,便于疾病诊疗的研究。

 

产品优势:

•  直接对蛋白编码序列进行测序,找出影响蛋白结构的变异。

•  高深度测序,可发现常见变异及频率低于1%的罕见变异。

•  针对外显子组区域测序,约占基因组的1%,有效降低费用、周期、工作量。

技术路线:


外显子测序


 分析内容:

1、标准分析:

(1)数据质控:去除接头污染和低质量数据

(2)与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度

(3)SNP/InDel/SV/CNV检测、注释及统计

(4)Somatic SNV/InDel/SV/CNV检测、注释及统计(肿瘤成对样本)

2、高级分析:

单基因疾病:

(1)突变位点过滤

(2)显/隐性遗传模式分析(需老师提供家系信息)

(3)候选基因功能注释

(4)基因功能及通路分析

(5)家系连锁分析

(6)纯合子区域(ROH)分析

复杂疾病:

(1)突变位点过滤

(2)显/隐性遗传模式分析(需老师提供家系信息)

(3)候选基因功能注释

(4)新生突变筛选及分析(成三/成四家系): de novo mutation筛选、新生突变速率计算

(5)候选基因功能富集

(6)蛋白互作网络分析(PPI)

(7)基因显著性分析 (推荐20对Case/Control or trios样本)

癌症及复杂代谢类疾病:

(1)易感基因筛查

(2)NMF突变特征及突变频谱分析

(3)已知驱动基因筛选

(4)高频突变基因统计及通路富集分析

(5)MRT高频突变基因相关性分析

(6)OncodriveCLUST驱动基因预测

(7)高频CNV分布及重现性分析

(8)肿瘤纯度/倍性分析

(9) 异质性/克隆结构分析

(10) NovoDrug高频突变基因靶向用药预测

(11) NovoDR耐药突变筛选

(12) 基因组变异Circos图展示

 样品要求:

1)样品类型:无降解,无污染的DNA样品;

2)样品需求量:≥2μg;

3)样品浓度:≥30 ng/μl;

4)样品纯度:OD260/280=1.8~2.0。

案例分析:

1.目标区域测序与外显子组测序研究肿瘤异质性

以肺腺癌患者为研究对象,发现肿瘤异质性在不同癌症类型之间可能各不相同。研究人员对来自11个手术切除局限性肺腺癌的48个肿瘤区域进行了全外显子组测序,发现76%的突变以及21个已知癌症基因突变中的20个存在于同一肿瘤的所有区域。平均21个月后随访发现,11位患者中有三人复发。这三人均具有更大比例的亚克隆突变(肿瘤某部分区域的异质性突变)占到了总突变的40%,而相比之下没有复发的患者中亚克隆突变只占17%。

研究表明这些亚克隆突变有可能驱动了肿瘤的复发。

外显子测序

肿瘤异质性鉴定

 

2.常染色体隐性色素性视网膜炎致病基因定位

通过对近亲结婚家族的一个色素性视网膜炎病人已报道的144个致病基因进行目标区域捕获测序,以及对该病人及病人的父母和姐姐进行全外显子组测序,找到新的致病基因SLC7A14;进一步对248名无亲缘关系的常染色体隐性遗传色素性视网膜炎患者进行外显子组测序和直接筛查,发现SLC7A14基因突变导致了其中2%的常染色体隐性遗传色素性视网膜炎病例;后续研究发现SLC7A14基因在人类视网膜观光层中特异表达,且随着视网膜发育表达水平提高。

外显子测序

arRP患者的家谱和临床特点

 

参考文献:

1. Intratumor heterogeneity in localized lung adenocarcinomas delineated by multiregion sequencing(Science, IF=3.611,2014)

2. 7A14 linked to autosomal recessive retinitis igmentosa (NATURE COMMUNICATIONS, IF=11.47 ,2014)

 



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