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    发布时间: 2018 - 12 - 10
    英文标题:Selection and Validation of Novel RT-qPCR Reference Genes under Hormonal Stimuli and in Diferent Tissues of Santalum album杂志:Scientific  Reports影响因子:IF=4.122摘要   逆转录实时定量聚合酶链式反应 (RT-qPCR)因其高通量、特异性和敏感性而被广泛应用于基因表达水平的研究。为了获得准确可靠的结果,RT-qPCR分析必须有一个合适的参考基因。到目前为止,经济热带树种檀香((Santalum album L.)还没有被验证的可靠参考基因。在本研究中,有13个候选参考基因(包括从大量的檀香转录组数据中筛选出的12个新的可能的参考基因,以及目前使用的β-actin基因)在不同的组织(茎、叶、根和愈伤组织)、以及水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯 (MeJA)、赤霉素(GA)处理作用下的愈伤组织中,用GeNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT和 RefFinder算法综合验证。几种新的候选参考基因比目前使用的传统基因ACT要稳定得多。SA处理中ODD和Fbp1、MeJA处理中的CSA 和Fbp3、JA处理中的PP2C和Fbp2、以及3个激素处理中FBP 1和FBP 2,分别是最准确的参考基因。当FAB1A与PP2C结合后,被鉴定为四种组织最适宜的参考基因组合。而HLMt, PPR和FAB1A的组合则是所有实验样本中最理想的参考基因。此外,为了验证我们的结果,我们还通过参考基因及他们的组合在MeJA处理下的三种檀香组织中评估了SaSSy基因的相对表达水平。本研究中所鉴定的参考基因将提高RT-qPCR分析的准确性,并将有...
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    发布时间: 2018 - 12 - 03
    发表期刊:Microbiome影响因子:9.133(SCI一区)研究背景最近几年,对肠道微生物群(GM)的研究已经不仅仅是描述分类组成,通常是将16S rRNA基因测序应用于粪便样本,更广泛地研究GM的功能潜力,这是通过鸟枪法宏基因组学(MG)方法实现的。群体MG研究表明,尽管存在较大的个体间结构/组成变异,GMs仍有一组稳定的核心功能。然而,由于测序的基因不一定表达,MG不能提供可靠的信息,说明哪些微生物的功能特征实际上在响应宿主代谢、免疫、神经生物学、饮食或其他环境因素的刺激而发生变化。相反,这类信息可以由功能宏组学收集,如宏转录组学(MT)和宏蛋白质组学(MP),它们对微扰具有较高的敏感性,因此可能更好地反映宿主微生物相互作用。在这方面,特别令人感兴趣的是调查人类群体中潜在的和实际活跃的GM特征之间的关系,为了从已知的MG的潜能开始鉴定在健康肠中组成型表达的微生物功能。最近的一项研究已经针对MT实现了这一目标,在具有最高表达率(mRNA/DNA比率)和参与淀粉代谢,氨基酸生物合成,孢子形成和以及具有最低表达率的肽聚糖生物合成的基因中发现了核糖体蛋白和柠檬酸循环酶的转录物。人们对微生物蛋白的了解较少,尽管它们提供了有关GM代谢的主要信息,并且代表了宿主-GM相互作用中的关键分子。尽管有一些开创性的研究提出了对疾病有关的人类群体中的宏基因组和宏蛋白组的分析,到目前为止,还没有系统地、比较地调查健康人群的分类学和功能特征,这种特征可能和实际由GM表达。材料与方法01实验设计图1本研究的实验设计注:从临床监测的撒丁岛人群中选出15名健康成人(男性7名,女性8名)。从每个人身上采集粪便样本,同时进行Illumina鸟枪法DNA测序(宏基因组)和LTQ-Orbitrap鸟枪法质谱分析(宏蛋白组)。宏基因组学也被用作序列数据库,以便进行严格的宏蛋白质组/宏基因组比较,并进行分类和功...
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    发布时间: 2018 - 11 - 26
    摘要全转录组范围内鉴定能与蛋白结合的RNA(RBPs),是了解转录后基因调控网络的必要条件。然而RBPs蛋白组的研究主要局限于多聚腺苷酸的RNA与蛋白的结合,对于没有ploy-A尾的RNA(主要的是非编码RNA和RNA前体)几乎都没发现。本文介绍了一种点击化学(主旨是通过小单元的拼接,来快速可靠地完成形形色色分子的化学合成。它尤其强调开辟以碳-杂原子键(C-X-C)合成为基础的组合化学新方法,并借助这些反应(点击反应)来简单高效地获得分子多样性。)辅助的RNA互作捕获策略(CARIC),能够对RBPs进行无差别鉴定,不受RNA是否具有ploy-A尾的约束。CARIC主要是利用炔基尿苷类似物对RNA进行标记,并在活体内进行RNA-protein光照交联,然后与叠氮化物生物素进行点击化学反应,亲和富集后进行蛋白组分析。利用CARIC在人的宫颈癌细胞中鉴定到597个RBPs,包括130个之前未知的RBPs。这些新发现的RBPs可能是和非编码RNA结合的,因此发现了一些之前未知的非编码RNA参与的过程(例如蛋白酶体功能和中间代谢)。材料方法实验材料:人的宫颈癌细胞,胚肾细胞;质粒构建和细胞转染:克隆宫颈癌细胞cDNA(hnRNPC,MBNL1,VDAC1,NME2),克隆质粒:VigoFect;几种已知RPBs用来验证CARIC技术成功率CARIC分离出的RNA测序:Illumina HisEq 4000 PE150;蛋白质谱检测:LC-MS/MS,Easy nLC 1000 system +Velos Pro Orbitrap Elite mass spectrometer;质谱数据分析:MaxQuant version 1.5.5.1(原始数据分析),依靠人的蛋白数据(UniProt)Andromeda search engine进行蛋白查询;CARIC RBPs验证:CLIP...
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    发布时间: 2018 - 11 - 09
    前沿慢性阻塞性肺病(COPD)是一种炎性疾病,其特征在于进行性空气流量限制,并且被认为部分地由于响应于慢性空气污染物暴露(主要来自吸烟)而引起的夸大的肺部炎症。目前可用的治疗方法在很大程度上是无效的。因此,有效治疗COPD迫切需要新型的治疗药物。前期系统药理学鉴定了补肺益肾方(BYF)的195种潜在靶点,并被证实对慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠有短期治疗作用。然而,对慢性阻塞性肺疾病(COPD)的长期疗效及机制尚不清楚。因此,本研究以慢性阻塞性肺疾病(COPD)大鼠为研究对象,于第9~20周给药。然后通过转录组学-蛋白质组学-代谢组学分析第32周BYF对慢性阻塞性肺病大鼠的长期影响。材料与方法样本收集第0-8周构建COPD大鼠模型,将32只大鼠置于一个暴露于烟草和反复肺炎克雷伯菌感染的封闭的盒子里,第9-20周大鼠每日灌胃给予生理盐水(2mL)、BYF(4.44g/kg,0.5g/ml)和氨茶碱(2.3mg/kg)。检测方法转录组:Microarray(4×44K)大鼠全基因组表达谱芯片;蛋白组:8-plex iTRAQ,NanoLC-QTOF-MS;代谢组:Agilent-1200 LC-Agilent-6520 Q-TOF;数据分析Agilent GeneSpring GX software version 11.0Mascot:蛋白质鉴定Mass Hunter:代谢物鉴定SIMCA-P:PLS-DA基因、蛋白质和代谢物集富集、网络和通路分析Bingo(CytosCapev3.1.1插件)用于分析转录本和蛋白质的分子功能;DAVID和KEGG数据库对转录本和蛋白质进行途径富集分析。Metscape用于分析基因、蛋白质和代谢组学数据的整合途径;ClueGO(Cytoscape插件被用来探索基因和蛋白的分子功能。MetaboAnalyst 3.0被用来确定代谢物...
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    发布时间: 2018 - 11 - 08
    砷暴露对小鼠肠道宏基因组和代谢谱的响应IF=8.3091.摘要背景:人类肠道是一个极其复杂、多样和庞大的微生物群落-肠道微生物群。肠道微生物群在代谢过程、能量产生、免疫和认知发育、上皮稳态等方面发挥着重要作用。然而,肠道微生物群的组成和多样性很容易受到外界因素的影响,这就增加了接触有毒环境化学物质导致肠道微生物群改变或失调的可能性。砷的暴露影响全世界的大量人口,并且与许多疾病有关,包括癌症,糖尿病和心血管疾病。目的:研究了砷暴露对肠道微生物组成及其代谢状况的影响。方法:采用16S rRNA基因测序和质谱代谢组学分析相结合的方法,研究砷暴露对肠道微生物群的功能影响。结果:16S rRNA基因测序结果表明,10 ppm砷暴露4周后,砷对C57BL/6小鼠肠道微生物组分有明显的干扰作用。此外,代谢组学图谱显示了一种并行效应,许多肠道菌群相关的代谢物在多个生物基质中被干扰。结论:砷的暴露不仅改变肠道微生物群落的丰度水平,而且在功能水平上也严重干扰其代谢状况。这些发现可能为肠道微生物群的微扰及其作为接触砷导致或加重人类疾病的潜在新机制的作用提供新的见解。2.材料和方法动物和处理:无特定病原体的C57BL/6雌性小鼠20只(6周龄,体重20±3g)。平均分为两组。两组小鼠在同样的环境条件下饲养,供给相同的食物和水。饲养到8周龄后,处理组:饮用水中注入无机砷(亚砷酸钠,10ppm)持续四周;对照组:依旧供给清水。在整个实验过程中,每天评估小鼠腹泻,脱水和身体状况恶化的情况。用砷4周后,用二氧化碳对小鼠实施安乐死并进行尸体剖检。对肝脏(左侧,内侧,右侧和尾状叶)和结肠(远端,横向和前期结肠)的多发区域的炎症,水肿,上皮缺损,高血浆和发育异常等指标进行评估。病理评分未显示对照组和砷治疗组小鼠之间存在任何显着差异,也未观察到体重,死亡率和食物摄入量的任何显着变化。16SrRNA测序数...
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    发布时间: 2018 - 10 - 30
    文章题目:A strategy for association study on intestinal microbiomeand brain metabolome across lifespan of rats.杂志:Analytical  Chemistry 影响因子:IF=6.0421摘要   人们越来越认识到微生物群-肠-脑轴在哺乳动物一生中对哺乳动物生长和健康的不同作用。大量研究表明,肠道微生物群及其代谢物广泛参与脑与肠的沟通。脑代谢组与肠道微生物的关联研究是一个活跃的领域,它提供了大量关于微生物、脑和肠道相互作用的信息,但数据大小和复杂的层次关系是形成重要的、可重复的结论的主要障碍。本研究采用多种分析平台和生物信息学方法,对雄性Wistar大鼠在生长过程中的脑代谢和肠道微生物群关联分析进行了两级策略的研究。轨迹分析表明,与年龄相关的脑代谢组和肠道微生物在总体变化模式上具有相似性。 四个高水平分类的相关对“代谢类型—细菌门”包含“脂质-螺旋菌”、“游离脂肪酸-厚壁菌门”、“胆汁酸-厚壁菌门”、“神经递质-拟杆菌门”在单元-多元相关分析和功能分析的基础上被筛选出。进一步鉴定了上述高水平关键对中的四组特异性“代谢产物-细菌”关联对。通过一项独立的动物研究验证了关键相关对的有效性。这种两级策略有效地识别了从系统多组学研究中获得的大数据集中的主要相关性,加深我们对大脑和肠道之间终生联系的理解。材料与方法动物材料:正常生长实验取出生后第1、3、7、12、24、56、111周的雄性大鼠全脑和肠内容物,每组6只,共42只。      在限制饮食验证实验中,12只雄性大鼠(4周龄)被喂食3周,然后6只(随机选择)饲喂Libitum,其余6只饲喂60%的Libitum 5周...
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产品名称: 真核转录组测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 20
产品简介:主要针对转录产物mRNA进行高通量测序,可全面快速获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的基因表达量及结构变异等,可用于差异表达分析、挖掘功能基因、RNA编辑分析等。目前已广泛应用于生物学研究、农业、医学等多个领域,揭示生物生长发育调控机制、不同环境适应机制、作物优良形成机理、疾病发生发展的分子机理等。  应用领域:•样本全转录本信息获取•基因注释及筛选•基因结构分析 产品优势:•精确的数字化信号,高效的检测通量,广泛的检测范围 •富涵7大功能注释数据库,全面精确描述基因功能 •建立差异表达分析,有效挖掘功能基因 •专业的定制化信息分析服务  技术路线:分析内容:1.测序数据及其质量控制2.转录组测序数据组装3.转录组文库质量评估4. Unigene功能注释5.基因结构分析:CDS预测、SSR分析、SNP分析6.基因表达量分析:Unigene表达量计算、不同样品总体表达量比对7.差异表达分析: 重复相关性评估、差异表达基因筛选、差异表达基因聚类分析8.差异表达基因功能注释和富集分析:差异表达基因G...
产品名称: 原核转录组测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 20
产品简介: 原核转录组测序是基于HiSeq平台,构建链特异性文库,研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构,需要采用去除rRNA的方法构建文库,针对不同的研究物种采取有效的方法去除rRNA,保证数据质量。 产品优势: •精确的数字化信号,高效的检测通量,广泛的检测范围•富涵7大功能注释数据库,全面精确描述基因功能•建立差异表达分析,有效挖掘功能基因•专业的定制化信息分析服务 技术路线:    分析内容:参考基因组比对;新转录本预测;测序质量评估;UTR分析 基因表达水平分析;反义转录本预测;差异基因表达水平分析(2个以上样本)sRNA分析(链特异性转录组);差异基因GO/KEGG富集分析;SNP和InDel分析;差异基因蛋白互作网络分析;RNA-seq整体质量评估;可视化结果展示 (利用ipath2.0对代谢途径进行可视化分析。) 样品要求:1.样品类型:总RNA;2.样品浓度:≥250 ng/ul;3.样品总量:10ug(原核生物)4.样品纯度: OD260/280为1...
产品名称: 全长转录组测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 20
产品简介:全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究,无需片段打断,直接读取反转录的全长cDNA,能够有效获取高质量的单个RNA分子的全部序列。无需进行转录本的组装,即可准确辨别二代测序无法识别的完整的、准确的可变剪接、转录起始位点,能够有效的获取高质量的单个mRNA分子的序列信息。 产品优势:无需组装,直接测序获得全长mRNA和lncRNA转录本;可准确识别可变剪接形式,检测新基因和新的基因亚型;无参考基因组情况下,解析物种特有基因或基因家族;提高无参转录组研究的定量准确性。 测序实验流程图:   技术路线:    分析内容:测序Reads质量质控(QV);测序Reads聚类;转录本全长评估;基因结构优化;新转录本的预测;转录本功能注释;基因融合分析;可变剪接鉴定;等位基因分析(基于同一样本的二代数据);非编码RNA及其靶基因预测;SSR分析;SNP分析(基于同一样本的二代数据);C...
产品名称: Small RNA测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:小RNA是一类长度在18-30nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA等,参与调控基因表达、生长发育、非生物胁迫和病原菌的侵害等过程。  利用第二代高通量测序技术,对特定状态下的组织的small RNA进行测序,对获得的小 RNA 序列进行分析、鉴定,同时还可以预测新的miRNA,并对鉴定出的miRNA进行靶基因预测和功能分析。   应用领域:•  样本全转录本信息获取•  基因注释及筛选•  基因结构分析  产品优势:•  技术稳定性好:技术稳定,建库稳定性好•  检测精度高:几百万级深度检测,可以检测出低丰度small RNA•  分析内容全面:不仅可以分析microRNA,还可以分析siRNA  技术路线:分析内容:1.测序数据及其质量控制:   测序碱基质量值   测序数据产出统计  2.sR...
产品名称: lncRNA测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:  长链非编码RNA(LncRNA)是一类长度大于200nt且不编码蛋白质的RNA,通常伴随着mRNA协同转录,广泛存在于各种生物体内,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达,在生命活动中具有重要作用。   LncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNA和mRNA。 应用领域:•  新lncRNA找寻与预测•  疾病研究•  调控网络研究 产品优势:分析内容全面:不限于对已知lncRNA的研究分析,并设置严格的筛选条件预测新的lncRNA;数据信息量大:可一次性获得样本中几乎所有的lncRNA信息,有利于提高后续分析结果的准确性和全面性;测序物种多元:对包括人类、动植物在内的许多物种的lncRNA进行鉴定和分析;关联全面分析:得到mRNA数据,可开展lncRNA与mRNA的关联分析,深入分析lncRNA调控网络。  技术路线:分析内容:mRNA分析 SNP、Indel鉴定、可变...
产品名称: circRNA测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 20
产品简介:circRNAs(Circular RNAs,环状RNA)是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。circRNAs广泛存在于人和动植物中,是一类新的隐秘未知但却功能异常强大的非编码RNA。不同于线性RNA,circRNAs呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。这种特性,预示circRNAs有巨大潜力成为新的临床诊断标志物。最近的研究证实,circRNAs是ceRNA调控网络中的重要成员,可以像“海绵”一样大量吸附miRNAs,进而调控基因表达。然而,circRNAs隐秘的更强大的功能远未被发掘和阐释。 技术优势◆ 文库优化:采用核糖体去除、链特异性文库构建、以及RNase R消化方案,既能获取完整的环状RNA和线性RNA序列,也可以仅保留环状RNA序列。◆ 分析全面:全面分析和鉴定样本环状RNA和长链线性RNA(包括mRNA和lncRNA)。◆ 方案系统:从circRNA发掘与表达分析,环状RNA与长链线性RNA互作分析,到ceRNA调控机制探析,由研究人员自由选择研究方案。 ...
产品名称: 宏转录组测序
型号:
时间: 2016 - 05 - 20
产品简介:宏转录组学(Metatranscriptomics)兴起于宏基因组之后,从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律。它以生态环境中的全部RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。2006年,Leiniger等首次使用454测序技术对一个复杂微生物群落的宏转录组进行研究。与宏基因组学相比较,宏转录组学能从转录水平研究复杂微生物群落变化,能更好的挖掘潜在的新基因。 技术优势◆ 宏转录组研究采用先进的测序平台。◆ 高通量覆盖可全面检测生态环境中的微生物信息。◆ 充分挖掘样品中存在的微生物多样性及动态变化情况。◆ 广泛应用于肠道内容物、土壤、水体等研究中。 技术路线:    分析内容:测序数据质量评估:过滤掉低质量数据,保证数据质量基因预测:基因预测及相关性分析物种、功能注释:物种、基因功能注释及相关分析CAG(Co-abundance genes):疾病和菌株关联研究CNV(copy number variation) 菌株拷贝数变异与疾病关联...
产品名称: 基因表达谱
型号:
时间: 2016 - 05 - 13
产品简介:数字基因表达谱(DGE)是基于HiSeq平台,研究特定组织在特定状态下的基因表达情况,全面、经济、快速地检测不同材料间的差异表达基因,挖掘调控某一性状的关键靶点基因。 应用领域:•  基因表达量测定•  多样本转录组组装•  基因表达网络构建•  疾病分类研究 产品优势:1. 数字化信号:直接测定每个基因的特异表达标签序列,通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量,大大提高了定量分析的准确度;2. 可重复性高:不同批次的表达谱度量准确,能够更准确的进行表达差异分析;3. 高灵敏度:对于表达存在差异的基因能够灵敏的检测其表达差异,能够检测出低丰度的表达基因;4. 高通量:一次测序可得到800万以上的序列;5. 高准确性:使用RPKM方法计算基因表达量,消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响确保基因表达量计算的高准确性。  技术路线: 分析内容:1.  测序数据统计与评估测序质量值分布检查碱基分布检查测序数据产出统计&#...
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