转录组高分文章怎么发？这些套路要掌握

导语

       转录组测序是功能基因研究的一把利器。为后续实验设计、基金课题申请提供基础数据，并且数据可以长期反复使用，同时性价比很高、短平快的技术特点，使其在高通量检测时代得到广泛应用。也正因为如此，早期转录组发文章相当容易，但目前想要再发高影响因子的文章，却必须更加重视实验方案的设计了。小编今天就来和大家探讨一下转录组后续工作怎么做、怎么才能发高分转录组文章。

一. 高分文章特点

       我们通过对近些年来动植物高分转录组文章的分析，总结出了该领域高分文章大致有以下几个特点：

       ① 大样本量（例如群体转录组）

       ② 新技术手段（例如单细胞转录组）

       ③ 深入数据挖掘（例如比较转录组、融合基因、可变剪接）

       ④ 多组学数据联合分析（例如转录组+蛋白组+代谢组+表观组）

       ⑤ 多类型数据联合分析（例如mRNA+circRNA+miRNA+lncRNA）

       ⑥ 表达验证实验结合（例如RT-PCR、southern、northern、western）

       ⑦ 功能验证实验结合（例如基因克隆、过表达、基因干扰与沉默、原核表达、酵母双杂、BiFC、亚细胞定位）

       ⑧ 其他分子检测结合（例如生理生化指标检测）

       常规转录组测序+表达验证实验一般可以发到3分左右的文章，做到功能验证实验一般可以发到5分左右的文章，做到功能回复、循环验证、多组学、多数据联合分析就可以向7分以上发起挑战。多维度、网络化的数据分析已成为科学发现的新热点、新趋势。我们文末提供了各个层次转录组测序的相关文献，供大家下载参考:

二. 转录组业务链

       目前集思慧远已经完成转录组测序服务链的闭环（全国范围屈指可数），从上游样本的采集处理到下游基因功能验证、生理生化指标测定等，满足了广大客户对一站式完成实验方案的需求，免去来回送样、检测、整合数据结果等繁琐步骤，可以腾出更多精力出来：

       我们已经有自己品牌的核酸提取试剂盒，效果非常的好，但今天重点给大家介绍的是表达验证实验和功能验证实验及生理指标的测定。

三. 表达验证实验

       转录组测序后期最常用的表达验证实验主要有：qPCR（实时荧光定量PCR）和Northern blot。

       （一）qPCR

       利用荧光信号的变化，实时检测PCR扩增反应中每次循环扩增产物量的变化，通过循环阈值和标准曲线的分析对标本中起始模板拷贝数进行定量分析，是一种相对定量技术。

       （二）Northern blot

       用变性琼脂糖凝胶电泳将不同分子量大小的RNA进行分离，然后将RNA通过印迹转移到尼龙膜或硝酸纤维素膜上，用特异性探针与目标RNA分子进行杂交，通过检测杂交信号的强弱对其表达情况进行定性或定量判断。

       目前qPCR已经成为转录组文章标配，一般选取20个左右的基因进行验证，需要注意的一点是：优先选择表达量高的差异表达显著的基因进行验证。最好选择至少在一个样品中的表达量值FPKM或TPM大于50的基因。

四. 功能验证实验

       功能验证实验的方法有很多，像基因克隆、过表达、沉默、酵母双杂等等，我们今天重点介绍以下几个：

       （一）目的基因过表达

       选择目的基因并构建过表达载体，将过表达载体进行转基因实验，从而检测目的基因的表达情况，并观察表型、功能的变化，是否符合预期、目的表型是否更加明显。

       （二）基因干扰或沉默

       方法有siRNA干扰、CRISPR/Cas9、T-DNA插入、VIGS等，构建相关载体，转入目的基因，以便观察表型功能的变化。

       （三）亚细胞定位

       指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位，例如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。越来越多的证据显示，在生物学过程中位于不同的亚细胞器RNA拥有不同的功能，亚细胞定位有利于更深入地了解RNA的生物功能。

       （四）原核表达

       通过基因克隆技术，将外源目的基因，通过构建表达载体并导入表达菌株的方法，使其在特定原核生物或细胞内表达。

       （五）酵母双杂

       利用酵母体系，杂交基因通过激活报道基因的表达，来探测蛋白－蛋白的相互作用。

       （六）BiFC

       双分子荧光互补(Bimolecular Fluorescent Complimentary, BiFC)技术，通过具有相互作用亲和力的两个蛋白质，将分别与其相连的荧光蛋白片段拉近，组装成完整的荧光蛋白，从而表征蛋白质相互作用的发生及其空间位置。

五. 生理生化指标检测

       生理生化活动是生命体基本的过程，通过测定动植物和微生物的生理生化指标来反映其生命活动规律，揭示生命现象的本质，认识生物体的物质代谢、能量转化和生长发育等规律，以及生物体内外环境条件对其生命活动的影响。集思慧远目前具有最全的生理生化指标检测技术，采用国标认可的方法进行样品前处理操作与检测，可检测样本范围包括：植物、动物、土壤、水体、食品等，指标种类全面广泛：

       相信通过小编的介绍，大家对转录组测序下游工作的开展有了更多的思路，同时我们也给大家提供了参考文章，供大家下载：

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