从基因家族分析文章简单看“套路”

基因家族分析是具体研究一个目标基因前必要的背景调研，是十分重要的基础性工作。

1.理清基因家族成员，各基因的结构与功能，为后续的功能验证研究打下基础。

2.相同的基因家族有相似的功能，确定与目标形状有关的基因所属的家族，快速预测其功能。

3.发表SCI论文

         小编找了最近一篇发表在《BMC genomics》的基因家族文章，大致分析一下如果想投一篇基因家族分析四分左右的文章，你至少需要哪些“结果”。

         LBD(lateral organ boundaries domain)基因家族因包含保守的LOB(lateral organ boundaries)结构域区段而得名，是一种植物特异性转录因子。该家族基因最早起源于早期陆生藻类植物，在进化过程中产生分化，从而具有多种生物学功能。早期关于LBD基因家族的生物学功能验证多集中于植物的侧生器官，近年研究发现，该家族基因还与植物再生、次生生长、环境胁迫信号响应等植物细胞生长调节过程密切相关。

作者在中国白梨基因组中共鉴定出60个PbrLBDs。根据基因结构和系统发育分析，将PbrLBD基因家族分为class I（53）and class II（7）。顺式作用元件分析表明PbrLBDs可能参与类黄酮的生物合成和胁迫反应等多个生物学过程。共线性分析结果表明，全基因组复制/片段复制是LBD基因家族进化的主要方式，LBD基因家族经历了最近一次全基因组复制事件。纯化选择是LBD基因家族进化的主要动力。基于‘砀山酥梨’6个组织的转录组数据，发现10个LBD基因在6个组织中均有表达，73.33% LBD基因的基因在萼片中表达。qRT-PCR实验验证11个PbrLBDs的表达水平，其中PbrLBD20、PbrLBD35和PbrLBD53基因在花青素浓度较高时表达下调，而PbrLBD33基因在花青素浓度较高时表达上调。进一步的功能分析表明PbrLBD20位于细胞核内。

本研究为理解PbrLBD基因家族的进化提供了有价值的信息，为梨色素代谢的调控提供了新的思路，为进一步揭示LBD基因调控黄酮代谢的分子机制奠定了基础。

作者做的工作还是比较全面的，给大家整理了一下，主要包括9部分内容：

1）PbrLBD基因家族的全基因组水平的鉴定

2）PbrLBD蛋白的等电点和分子质量的预测，基因的染色体定位

3）进化树，基因结构，保守motif分析

4）PbrLBD基因启动子的顺势作用元件分析

5）PbrLBD基因加倍和共线性分析

6）PbrLBD基因家族的进化历史和选择压力分析

7）转录组和qRT-PCR 揭示PbrLBD基因家族在梨6个不同组织的表达模式

8）转录组挖掘与花青素积累相关的LBD基因

9）候选基因亚细胞定位分析

         这些大多是3-4分基因家族研究文章的通用套路，不同物种，不同基因家族可能会在研究上有不同的偏向，在数据分析时也会有不同的侧重点。但关键还是在于解释某基因家族对某物种的生长发育过程（有可能）起到什么作用，如果能进行合理的推测并摆出令人信服的证据，那就是一篇合格的基因家族分析文章了。当分析思路上升到家族成员的遗传进化关系，有更高层次的认识与更独特的视角时，文章也就不局限于5分之下了，想领略5分+的基因家族分析该如何做？快来联系我们啦：025-85381280

原文链接：https://doi.org/10.1186/s12864-020-06999-9